genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82410905--82411171	54	4.9	54	74	6	189	30	10	18	40	1.85
82410992--82411138	27	5.4	27	81	4	120	29	8	19	42	1.82
82411019--82411171	81	1.9	81	80	8	177	29	11	18	39	1.87
82410990--82411178	27	7.0	26	73	11	105	28	10	20	40	1.86
82411170--82411341	27	6.4	27	85	4	231	37	7	25	29	1.84
82411158--82411341	80	2.3	80	85	3	237	36	8	24	29	1.85
82411170--82411341	54	3.2	54	90	3	258	37	7	25	29	1.84
82414856--82414916	29	2.1	30	87	3	88	60	11	3	24	1.46
82416328--82416359	15	2.1	15	100	0	64	53	0	0	46	1.00
82429029--82429179	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
82429099--82429321	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
82429650--82429713	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
82429657--82429713	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
82443274--82443480	101	2.0	101	83	7	260	39	14	23	23	1.91
82443322--82443544	101	2.2	101	80	6	247	39	14	22	22	1.90
82444201--82444344	71	2.0	71	94	0	252	34	20	18	26	1.96
82446814--82446929	57	2.0	58	83	11	150	29	18	6	45	1.73
82449763--82449898	48	2.8	48	82	0	155	28	25	18	27	1.98
82453464--82453496	6	5.3	6	92	7	57	84	0	0	15	0.61
82473356--82474376	509	2.0	511	99	0	2019	38	15	13	32	1.87
82474750--82474835	27	3.2	27	86	6	131	30	13	22	33	1.93
82474753--82474834	26	3.1	26	86	6	121	30	14	20	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82478982--82479078	41	2.4	40	89	3	142	37	23	21	17	1.94
82479294--82479667	186	2.0	186	98	1	732	29	6	24	38	1.82
82483463--82483775	47	6.6	47	94	0	428	32	8	30	27	1.87
82483894--82484031	37	3.7	37	97	0	249	24	18	31	25	1.98
82485474--82485541	9	7.6	9	77	6	57	26	2	26	44	1.69
82485495--82485541	3	15.7	3	78	8	51	27	2	29	40	1.68
82485495--82485550	18	3.1	18	82	10	62	26	5	28	39	1.78
82487934--82488111	40	4.5	40	87	4	236	24	27	23	24	2.00
82495295--82495321	12	2.2	12	100	0	54	51	14	18	14	1.76
82496491--82496528	19	2.1	19	90	9	62	42	5	0	52	1.24
82497087--82497127	21	2.0	21	100	0	82	24	19	53	2	1.57
82497428--82497663	43	5.5	43	81	3	260	24	19	24	31	1.98
82498696--82498891	55	3.6	53	76	13	175	34	16	25	23	1.95
82506374--82506621	55	4.8	52	79	12	250	35	18	25	21	1.95
82506483--82506621	49	2.9	48	86	5	176	35	19	25	20	1.96
82517969--82518027	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
82528424--82528596	93	1.9	93	87	0	256	30	28	19	21	1.98
82528417--82528605	46	4.0	48	74	11	160	31	29	18	21	1.97
82532596--82533445	206	4.1	206	92	1	1348	31	17	22	28	1.97
82535269--82535342	12	6.4	11	72	7	58	32	5	1	60	1.27
82535756--82535785	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
82535826--82535884	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82566804--82566914	49	2.2	50	88	1	161	31	24	18	25	1.98
82567778--82567835	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
82568164--82568384	46	4.7	46	74	14	175	29	19	28	22	1.98
82577339--82578121	47	16.5	47	95	1	1359	32	8	28	29	1.87
82577339--82578121	190	4.1	188	94	1	1377	32	8	28	29	1.87
82577339--82578121	237	3.3	237	96	0	1422	32	8	28	29	1.87
82578244--82578377	37	3.6	37	95	0	232	23	19	30	26	1.98
82579668--82579997	40	8.2	40	91	1	500	24	20	27	27	1.99
82583072--82583137	32	2.1	32	100	0	132	45	12	15	27	1.81
82584030--82584436	47	8.6	47	93	2	688	32	8	29	29	1.87
82584030--82584436	96	4.3	94	94	2	688	32	8	29	29	1.87
82584030--82584436	143	2.9	143	95	0	719	32	8	29	29	1.87
82584555--82584692	37	3.7	37	95	0	231	26	18	29	25	1.98
82586631--82586859	47	4.9	46	79	6	212	27	18	30	23	1.98
82586686--82586834	46	3.2	45	82	9	174	29	20	28	21	1.98
82586639--82586858	93	2.4	93	79	4	237	28	19	30	22	1.98
82593776--82593817	14	3.0	14	82	10	50	47	0	2	50	1.14
82594592--82594663	36	2.0	36	97	0	135	43	19	6	30	1.77
82596371--82596573	27	7.6	27	86	5	232	30	28	14	27	1.95
82596371--82596572	80	2.5	80	83	4	237	30	28	14	27	1.95
82607968--82608174	27	7.7	27	83	5	231	30	28	14	27	1.95
82613105--82613288	40	4.6	40	85	7	178	26	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82613108--82613288	80	2.3	80	82	9	201	25	27	22	23	2.00
82620896--82621042	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
82620902--82621120	79	2.8	80	79	8	193	26	27	21	24	1.99
82620942--82621120	40	4.5	39	81	10	186	27	27	21	23	1.99
82620942--82621120	78	2.3	80	83	11	210	27	27	21	23	1.99
82626214--82626257	21	2.1	21	100	0	88	29	18	25	27	1.98
82626168--82626302	69	2.0	66	86	4	189	28	19	25	26	1.98
82626287--82626409	46	2.7	44	85	7	149	26	19	30	23	1.98
82627121--82627172	25	2.1	25	100	0	104	32	7	40	19	1.80
82638127--82638153	13	2.1	13	100	0	54	7	0	7	85	0.75
82641078--82641306	48	4.8	48	70	15	170	27	21	23	27	1.99
82644083--82644182	48	2.1	48	84	1	130	34	25	9	32	1.87
82647625--82647739	56	2.0	58	85	8	155	45	6	20	26	1.77
82658433--82658544	41	2.7	42	70	14	97	25	18	25	30	1.98
82666835--82666938	52	2.0	52	96	0	190	27	10	14	47	1.77
82668687--82668856	46	3.7	45	83	10	193	26	20	31	21	1.98
82668687--82668856	92	1.8	93	86	8	249	26	20	31	21	1.98
82672734--82672764	11	2.8	11	100	0	62	58	6	16	19	1.59
82673144--82673181	13	2.8	13	85	14	51	84	2	2	10	0.83
82676115--82676157	5	8.8	5	85	14	63	16	0	2	81	0.79
82676802--82676841	6	6.7	6	82	0	53	77	5	2	15	1.04
82681977--82682149	93	1.9	93	92	0	292	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82681970--82682148	46	3.9	46	80	10	211	27	29	22	20	1.98
82682522--82682869	152	2.4	144	86	4	480	32	20	16	31	1.95
82682522--82682864	72	4.6	73	86	4	438	32	20	16	30	1.95
82682823--82682918	49	2.0	49	91	0	156	32	17	16	33	1.93
82682751--82682990	121	2.0	121	91	0	390	32	19	16	31	1.94
82682872--82683012	72	2.0	72	97	0	264	33	17	15	33	1.92
82682872--82683092	72	2.9	76	84	9	238	33	19	16	31	1.93
82683061--82683166	54	1.9	55	84	5	144	37	19	15	27	1.92
82683017--82683644	140	4.5	140	95	1	1132	37	20	17	24	1.94
82683201--82683306	54	1.9	54	83	9	135	36	18	16	28	1.92
82683341--82683446	54	1.9	54	81	9	126	37	18	16	27	1.92
82683481--82683586	54	1.9	54	83	9	135	38	19	14	27	1.90
82683577--82683742	72	2.3	71	86	4	226	42	20	14	22	1.88
82683617--82683863	122	2.0	124	89	3	383	39	22	13	24	1.90
82683742--82683916	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
82694632--82694732	30	3.4	29	87	6	157	17	5	50	25	1.69
82695260--82695299	21	1.9	21	89	0	62	30	30	10	30	1.90
82695413--82695953	90	6.0	90	79	8	477	37	18	16	27	1.92
82695757--82695789	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
82695413--82697185	146	10.5	176	73	18	749	35	19	16	27	1.93
82695860--82696730	73	11.3	74	72	15	597	34	19	16	29	1.94
82696174--82696333	86	1.8	87	87	2	241	35	20	16	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82696338--82696712	75	5.0	77	84	4	455	31	20	17	30	1.96
82696900--82696944	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
82696728--82697016	100	2.9	101	88	2	413	39	18	17	24	1.91
82696924--82697092	73	2.3	74	87	2	241	33	20	18	27	1.96
82698037--82698069	16	2.1	16	88	11	50	0	12	0	87	0.53
82698037--82698069	12	2.9	11	91	8	57	0	12	0	87	0.53
82704423--82704450	10	2.8	10	100	0	56	42	0	10	46	1.38
82705879--82705937	29	2.0	29	100	0	118	35	16	16	30	1.92
82712718--82712825	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
82716272--82716452	67	2.8	63	75	10	168	30	16	28	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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