genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6157999--6158074	32	2.4	32	78	12	84	51	19	2	26	1.60
6158021--6158067	16	2.9	16	80	0	58	53	17	2	27	1.55
6168760--6168828	34	2.0	34	91	0	111	43	15	7	33	1.75
6169688--6169719	15	2.1	15	100	0	64	9	25	6	59	1.52
6169781--6169808	5	5.6	5	100	0	56	39	21	0	39	1.54
6171782--6171890	42	2.6	42	78	5	121	24	19	17	38	1.93
6176284--6176316	13	2.5	13	85	14	50	75	0	9	15	1.03
6189723--6189833	55	2.1	54	89	6	172	43	10	19	26	1.84
6192214--6192268	27	2.0	27	100	0	110	14	25	9	50	1.72
6194995--6195075	42	1.9	42	94	0	144	46	3	11	38	1.57
6198185--6198221	16	2.2	18	86	13	53	75	5	10	8	1.17
6199183--6199487	89	3.4	88	82	10	352	33	20	17	28	1.95
6199397--6199431	14	2.5	14	100	0	70	57	5	20	17	1.60
6199183--6199738	179	3.3	171	76	13	504	34	19	16	28	1.94
6199325--6200295	147	6.5	161	76	13	514	31	22	16	28	1.96
6199580--6199794	75	2.9	74	88	3	317	30	23	16	28	1.96
6199741--6199846	54	2.0	54	96	0	194	18	32	18	30	1.96
6199667--6199921	127	2.0	128	91	1	413	25	26	17	30	1.97
6199795--6200300	75	6.9	74	85	5	643	30	23	17	28	1.97
6211782--6211818	16	2.2	18	86	13	53	75	5	10	8	1.17
6219989--6220150	87	1.9	87	81	5	202	25	23	20	30	1.99
6220001--6220413	44	9.5	45	71	11	213	27	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6219950--6220417	214	2.2	214	87	3	672	26	22	20	30	1.98
6239795--6239867	33	2.2	32	79	18	78	47	2	6	42	1.44
6257707--6257766	30	2.0	30	100	0	120	56	16	3	23	1.55
6257798--6257846	22	2.2	22	81	0	62	59	8	10	22	1.56
6262484--6262574	25	3.7	24	68	20	71	58	2	2	37	1.23
6262967--6263006	20	2.0	21	90	5	64	35	2	10	52	1.48
6265496--6265610	42	2.7	42	86	4	133	28	27	13	29	1.95
6265581--6265700	47	2.6	47	83	1	143	29	27	15	27	1.96
6265733--6265877	31	4.7	31	90	3	229	26	27	17	27	1.98
6265853--6265981	50	2.5	51	86	7	174	24	22	15	37	1.93
6270778--6270836	12	4.9	12	85	4	75	61	0	15	23	1.34
6270783--6270836	24	2.3	24	93	3	92	62	0	12	24	1.30
6273051--6273149	34	2.9	34	92	0	171	40	19	26	14	1.89
6273261--6273361	29	3.6	29	76	10	95	46	0	0	51	1.14
6275186--6275218	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
6275294--6275343	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
6280764--6280827	3	21.3	3	76	6	58	32	4	1	60	1.26
6281509--6281548	16	2.4	16	83	4	53	37	2	2	57	1.26
6281699--6281745	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
6281719--6281752	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42
6284003--6284027	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
6285585--6285609	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6286748--6286814	32	2.1	32	97	0	125	38	1	16	43	1.57
6287434--6287522	36	2.5	36	98	0	169	31	24	12	31	1.92
6287434--6287526	18	5.2	18	84	8	127	32	23	12	31	1.92
6288390--6288425	18	2.0	19	89	10	58	77	2	0	19	0.88
6288423--6288524	30	3.4	30	84	2	134	29	22	3	44	1.71
6289076--6289132	10	5.4	10	78	15	53	77	0	21	1	0.86
6289067--6289145	22	3.6	23	75	17	71	77	0	18	3	0.92
6289078--6289121	13	3.2	13	80	6	52	77	0	20	2	0.88
6289542--6289571	16	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
6300958--6301068	44	2.5	44	79	2	116	45	16	25	13	1.84
6302081--6302464	122	3.0	125	80	11	381	28	15	20	35	1.93
6302410--6302758	123	2.6	131	76	15	364	28	15	19	37	1.92
6302495--6303088	145	4.4	125	81	10	374	30	15	18	35	1.92
6301905--6302830	334	2.8	328	95	2	1636	28	15	20	35	1.93
6302676--6303122	72	6.2	73	93	1	722	30	16	17	34	1.93
6302676--6303118	145	3.1	145	92	1	737	30	16	17	34	1.93
6303202--6303235	15	2.5	13	82	17	50	11	8	8	70	1.34
6303033--6303224	86	2.2	87	77	11	214	25	18	16	40	1.91
6303207--6303235	15	1.9	15	100	0	58	13	6	6	72	1.26
6303321--6303636	54	5.9	54	92	4	518	28	15	18	37	1.91
6303321--6303636	107	3.0	105	91	5	503	28	15	18	37	1.91
6303916--6304017	30	3.4	30	82	5	134	30	21	3	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6304556--6304615	12	4.9	12	76	15	52	75	0	23	1	0.90
6304565--6304630	10	6.5	10	77	16	57	77	0	19	3	0.90
6304556--6304632	22	3.6	23	73	16	76	76	0	20	2	0.90
6304567--6304632	13	4.8	13	74	9	60	77	0	19	3	0.90
6305025--6305054	16	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
6305597--6305633	17	2.2	17	90	4	58	35	8	10	45	1.69
6311567--6311600	17	2.0	17	100	0	68	23	29	41	5	1.78
6316419--6316449	5	6.0	5	92	7	53	19	0	3	77	0.90
6317037--6317082	15	2.9	15	87	6	56	30	2	0	67	1.03
6317264--6317868	126	4.8	126	88	1	743	26	14	19	39	1.90
6321199--6321283	32	2.6	32	85	9	102	34	14	9	42	1.77
6321199--6321292	33	2.9	34	84	4	113	37	14	8	39	1.77
6322786--6322841	27	2.1	26	93	3	94	25	10	19	44	1.83
6323757--6323836	40	2.0	40	100	0	160	50	10	22	17	1.76
6325300--6325339	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
6325452--6325511	21	2.7	21	75	22	59	28	0	6	65	1.18
6325531--6325562	11	2.9	11	90	0	55	65	0	0	34	0.93
6334955--6334988	16	2.1	17	94	5	61	35	5	0	58	1.22
6337235--6337284	20	2.5	20	87	6	66	66	0	2	32	1.03
6337890--6337921	7	4.6	7	96	0	55	3	15	9	71	1.24
6347788--6347828	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
6357070--6357105	19	1.9	19	88	5	56	36	0	38	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6358348--6358478	24	5.7	23	68	20	69	57	4	5	32	1.42
6358413--6358479	20	3.4	19	73	8	62	56	4	4	34	1.39
6358882--6358970	3	30.0	3	73	15	51	59	2	3	34	1.26
6360883--6361107	80	2.9	75	83	4	245	39	19	18	23	1.92
6361131--6361509	160	2.4	160	93	0	654	36	21	14	27	1.93
6361208--6361349	73	1.9	74	88	1	214	33	21	16	28	1.95
6361368--6361518	73	2.1	74	88	1	223	34	21	15	28	1.94
6373804--6373909	25	4.3	25	76	10	103	56	3	5	33	1.41
6373778--6373892	48	2.4	51	79	15	129	56	5	4	33	1.41
6374354--6374444	12	6.8	13	71	15	62	58	2	3	36	1.27
6374402--6374441	18	2.2	18	91	8	64	67	0	0	32	0.91
6375097--6375125	13	2.2	13	100	0	58	6	41	31	20	1.79
6376017--6376053	14	2.9	12	85	14	56	40	8	0	51	1.32
6377509--6377533	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
6378182--6378303	61	2.0	60	91	1	199	23	26	10	39	1.87
6378243--6379119	92	9.6	92	93	1	1449	21	28	13	35	1.92
6378243--6379119	182	4.8	183	92	1	1420	21	28	13	35	1.92
6378243--6379119	274	3.2	275	92	1	1465	21	28	13	35	1.92
6382290--6382463	37	4.8	37	94	1	280	38	13	21	26	1.91
6382426--6382549	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
6389965--6390140	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
6390103--6390226	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6392245--6392306	30	2.0	31	84	9	83	64	8	3	24	1.36
6394732--6394780	22	2.3	22	89	3	73	48	2	6	42	1.39
6396909--6396942	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
6402924--6402956	17	1.9	17	88	11	50	30	6	0	63	1.18
6407353--6407434	26	3.2	26	94	0	146	34	7	23	35	1.82
6413381--6413438	30	1.9	30	100	0	116	37	3	31	27	1.73
6415617--6415665	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
6415629--6415693	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
6415655--6415693	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
6422844--6422888	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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