genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30327355--30327744	202	1.9	200	96	1	717	29	28	8	32	1.88
30332275--30332550	39	7.1	39	89	0	426	23	29	23	23	1.99
30332270--30332556	117	2.4	117	94	0	493	24	28	22	24	1.99
30350830--30350867	20	1.9	20	84	10	51	55	15	7	21	1.66
30355155--30355224	20	3.5	20	76	16	56	47	14	4	34	1.64
30360534--30360598	25	2.9	23	80	15	66	64	9	1	24	1.31
30360560--30360598	19	2.0	20	90	5	62	69	10	2	17	1.28
30366401--30366431	5	6.0	5	96	3	53	77	3	0	19	0.90
30366978--30367017	20	1.9	22	90	10	66	52	2	7	37	1.43
30368269--30368325	24	2.4	23	83	13	80	49	1	1	47	1.22
30369157--30369393	131	1.8	131	85	3	334	27	21	4	46	1.70
30375940--30375977	20	1.9	20	88	0	58	10	36	31	21	1.87
30386340--30386438	43	2.3	43	82	1	119	34	25	16	24	1.95
30400070--30400166	43	2.3	42	82	5	115	32	25	17	23	1.96
30409934--30410101	43	4.0	42	74	14	150	30	28	17	23	1.97
30418704--30418731	13	2.2	13	100	0	56	35	35	0	28	1.58
30444575--30444686	27	4.1	27	77	3	118	40	21	8	29	1.84
30444580--30444682	54	1.9	54	84	7	138	42	17	9	30	1.81
30444585--30444710	27	4.7	27	74	9	98	44	19	7	28	1.77
30444719--30444773	27	2.1	26	86	3	74	38	10	10	40	1.76
30445717--30445774	25	2.3	25	85	5	73	20	24	24	31	1.98
30445922--30446013	42	2.2	42	96	0	166	31	16	19	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30446037--30446120	31	2.7	31	96	1	152	27	17	27	27	1.98
30448368--30448449	27	3.0	27	96	0	146	37	23	8	30	1.84
30449424--30449481	25	2.3	25	85	5	73	24	27	22	25	2.00
30449411--30449494	25	3.4	24	75	8	71	29	22	22	25	1.99
30449629--30449720	42	2.2	42	94	0	157	31	14	20	33	1.92
30449744--30449858	31	3.7	31	94	1	196	29	17	25	27	1.97
30452095--30452264	27	6.3	26	81	8	162	39	21	10	29	1.86
30452105--30452262	81	2.0	81	87	2	228	39	20	10	29	1.85
30452241--30452326	27	3.1	27	75	11	93	38	15	9	37	1.79
30453254--30453323	25	2.8	24	82	4	77	25	25	21	27	1.99
30453279--30453336	25	2.4	24	80	11	64	29	18	22	29	1.98
30453471--30453559	39	2.2	41	90	9	139	31	14	22	31	1.94
30453583--30453697	31	3.7	31	95	1	205	28	17	26	27	1.97
30463126--30463167	20	2.0	21	90	4	68	40	28	11	19	1.87
30475571--30475661	29	3.2	28	77	10	94	28	29	14	27	1.95
30488285--30488498	107	2.0	107	99	0	419	26	14	22	35	1.94
30488895--30488967	27	2.7	27	89	0	119	35	17	10	35	1.85
30488898--30489010	27	4.1	29	75	10	114	35	16	11	36	1.85
30493282--30493342	31	2.0	31	83	3	79	34	9	24	31	1.88
30500234--30500298	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
30500230--30500298	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
30502018--30502098	26	3.2	26	62	19	62	23	14	32	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30501958--30502152	50	3.9	49	79	7	196	25	18	28	27	1.98
30507828--30507926	30	3.4	30	80	8	105	30	1	21	47	1.57
30507850--30507909	21	3.0	21	73	14	72	30	0	23	46	1.52
30507841--30507926	9	9.2	9	77	7	82	30	1	20	47	1.58
30508744--30508793	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
30512192--30512216	13	1.9	13	100	0	50	32	0	36	32	1.58
30512726--30512760	17	2.0	18	88	5	54	65	0	0	34	0.93
30512865--30512938	26	2.8	26	87	4	96	48	2	8	40	1.47
30512874--30512948	26	2.9	26	90	4	107	44	4	6	45	1.48
30513382--30513429	14	3.4	14	77	5	60	37	37	2	22	1.66
30513372--30513450	29	2.8	28	86	9	106	35	35	1	27	1.65
30513804--30513858	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
30513981--30514064	40	2.1	40	84	6	109	27	22	17	32	1.97
30514152--30514283	40	3.3	39	72	16	110	24	18	23	34	1.96
30523423--30523486	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
30524843--30524951	45	2.3	46	85	4	139	28	20	28	22	1.99
30532905--30533086	40	4.6	40	89	2	269	26	26	24	22	2.00
30540774--30540954	40	4.6	40	87	4	242	25	27	24	22	2.00
30552916--30553088	46	3.8	46	90	6	255	27	30	21	20	1.98
30561744--30561775	16	2.0	16	93	0	55	43	21	25	9	1.82
30561991--30562093	28	3.7	28	85	3	118	24	15	34	25	1.94
30564157--30564312	40	3.9	40	89	1	242	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30566492--30566525	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
30568831--30569046	40	5.4	40	87	3	278	25	21	27	25	2.00
30571367--30571708	165	2.1	161	85	5	456	44	16	8	29	1.78
30572939--30572985	21	2.2	21	81	7	60	21	34	25	19	1.96
30573195--30573298	4	26.0	4	88	0	118	25	6	25	43	1.78
30588127--30588338	38	5.3	38	78	10	190	33	26	20	19	1.97
30588171--30588336	84	2.0	86	90	2	264	31	25	22	20	1.98
30591704--30591741	19	2.0	19	94	0	67	34	10	5	50	1.59
30593061--30593086	8	3.2	8	100	0	52	23	0	0	76	0.78
30595670--30595710	15	3.0	15	76	23	54	68	4	0	26	1.10
30599883--30599916	14	2.4	14	90	0	50	50	2	5	41	1.42
30603224--30603268	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
30606993--30607037	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
30609380--30609425	22	2.1	22	100	0	92	47	28	8	15	1.74
30611930--30611974	21	2.1	21	95	0	81	42	4	11	42	1.60
30612509--30612579	15	4.7	15	80	5	81	15	18	9	56	1.66
30612500--30612579	30	2.7	30	78	7	90	15	17	12	55	1.70
30614974--30615146	47	3.7	47	88	9	248	21	20	29	28	1.98
30618874--30618956	41	2.0	41	100	0	166	42	28	2	26	1.68
30620735--30620921	67	2.8	65	76	10	191	31	16	29	23	1.96
30646007--30646075	26	2.7	25	84	4	93	30	20	10	39	1.85
30648176--30648215	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30649456--30649503	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
30655822--30655949	49	2.6	49	82	0	139	22	26	21	29	1.99
30655972--30656133	46	3.5	46	82	1	162	22	29	20	27	1.99
30661198--30661231	12	2.8	12	86	0	50	14	32	14	38	1.87
30662349--30662387	20	2.0	21	90	10	64	20	30	38	10	1.86
30663830--30663941	46	2.4	46	86	2	154	27	28	14	29	1.95
30671323--30671498	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
30671320--30671491	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
30674453--30674497	21	2.2	20	88	4	63	22	15	26	35	1.94
30675705--30675774	26	2.8	27	80	18	73	41	7	4	47	1.50
30676078--30676152	6	13.0	6	73	8	66	4	28	0	68	1.08
30676078--30676152	9	8.7	9	76	8	66	4	28	0	68	1.08
30676084--30676152	20	3.6	19	81	9	61	2	28	0	68	1.04
30676074--30676144	20	3.4	21	80	7	74	2	28	0	69	1.03
30676073--30676152	32	2.6	32	82	7	103	3	27	0	68	1.06
30676078--30676150	23	3.2	22	75	7	65	4	27	0	68	1.07
30676073--30676152	17	5.0	17	76	15	82	3	27	0	68	1.06
30678103--30678140	20	1.9	20	94	0	67	44	5	2	47	1.39
30678183--30678224	22	1.9	22	85	0	57	26	0	21	52	1.47
30678776--30678816	21	2.1	19	86	9	55	60	0	4	34	1.18
30680884--30680997	43	2.7	42	82	5	149	28	26	16	28	1.97
30685440--30685694	55	4.8	54	80	7	265	21	24	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30685487--30685687	108	1.8	110	88	4	309	22	24	18	34	1.96
30692754--30692784	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
30692751--30692790	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
30692976--30693230	55	4.8	53	80	7	218	20	25	17	36	1.94
30693023--30693223	108	1.8	110	89	4	318	21	25	17	34	1.96
30698687--30698800	43	2.7	42	82	5	149	28	26	16	28	1.97
30710609--30710693	24	3.5	24	72	12	84	28	30	16	24	1.96
30727688--30727764	21	3.5	21	70	20	68	32	1	12	53	1.47
30727694--30727781	44	2.0	44	95	0	158	34	2	13	50	1.55
30740683--30740725	22	2.0	22	90	0	68	39	0	2	58	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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