genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62491735--62491937	24	8.4	24	88	0	289	29	24	21	25	1.99
62499448--62499475	8	3.5	8	100	0	56	42	21	21	14	1.88
62499989--62500027	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
62500077--62500279	24	8.4	24	91	0	307	30	24	20	25	1.99
62503278--62503383	44	2.5	44	81	6	119	24	20	25	29	1.99
62503278--62503424	42	3.4	43	77	10	124	25	20	24	29	1.99
62509079--62509230	48	3.2	48	72	17	138	29	19	28	22	1.98
62509079--62509438	47	7.6	47	71	14	147	27	20	28	23	1.99
62509079--62509390	94	3.3	94	77	9	309	27	20	28	23	1.99
62509127--62509441	141	2.2	142	81	7	347	27	20	28	23	1.99
62521700--62521813	42	2.7	43	78	13	128	24	16	25	33	1.96
62521665--62521821	43	3.7	43	73	10	124	24	16	25	33	1.96
62522648--62522786	74	1.9	74	90	0	224	23	25	27	23	2.00
62522648--62522808	74	2.2	74	87	0	223	21	26	28	22	1.99
62529162--62529256	26	3.7	26	81	5	93	42	25	13	18	1.87
62529180--62529269	26	3.5	26	86	1	119	38	25	15	20	1.91
62532632--62532714	41	2.0	41	100	0	166	26	19	14	39	1.90
62536516--62536585	23	3.3	23	64	25	64	55	2	21	20	1.56
62536516--62536592	39	2.0	39	97	0	145	53	2	23	20	1.58
62540875--62540933	31	1.9	31	86	10	86	45	1	22	30	1.62
62541152--62541204	25	2.1	25	83	13	65	33	0	3	62	1.13
62541155--62541226	12	6.4	11	73	20	51	31	0	2	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62541159--62541226	11	6.1	11	69	20	52	30	0	2	66	1.07
62541188--62541236	19	2.5	20	80	6	64	34	0	2	63	1.06
62542453--62542478	12	2.2	12	100	0	52	61	7	15	15	1.55
62542583--62542655	37	2.0	37	100	0	146	31	19	13	35	1.91
62560236--62560278	20	2.2	20	86	0	59	20	25	18	34	1.96
62560203--62560375	60	2.9	60	77	10	149	26	21	16	36	1.94
62561941--62562204	68	3.9	68	81	3	298	25	21	15	38	1.92
62597067--62597137	32	2.1	34	85	12	103	42	40	5	11	1.64
62597421--62597492	31	2.3	31	85	0	90	18	37	25	19	1.94
62599777--62599805	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
62603377--62603451	29	2.6	29	85	6	98	28	32	14	25	1.95
62611718--62611796	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62614398--62614486	29	3.1	28	79	7	90	25	16	28	29	1.97
62618904--62618989	28	3.0	28	86	3	118	27	15	29	27	1.96
62631215--62631342	25	5.2	25	83	0	159	21	19	21	37	1.94
62638416--62638476	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
62651288--62651423	70	1.9	70	93	0	236	30	9	23	36	1.87
62654091--62654166	38	2.0	38	100	0	152	42	13	10	34	1.78
62655777--62655857	40	2.1	39	83	2	99	28	13	17	40	1.87
62666594--62666726	25	5.3	25	81	0	140	22	21	17	39	1.93
62666592--62666736	75	1.9	76	87	1	211	23	20	18	37	1.94
62666586--62666758	25	7.0	25	78	2	118	23	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62666900--62666951	26	2.0	26	85	7	70	40	5	17	36	1.73
62676455--62676507	26	2.0	26	100	0	106	33	11	11	43	1.76
62682611--62682651	15	2.6	16	81	11	50	68	2	7	21	1.26
62694444--62694833	50	7.8	50	78	5	342	30	26	18	24	1.98
62694443--62694833	151	2.6	151	93	0	660	29	26	18	25	1.98
62694443--62694833	101	3.9	100	77	7	355	29	26	18	25	1.98
62697696--62697750	26	2.1	27	80	16	62	36	10	7	45	1.67
62702094--62702630	151	3.6	151	94	0	891	29	27	17	24	1.98
62702142--62702627	101	4.8	100	76	10	479	30	27	17	25	1.97
62705990--62706162	40	4.3	40	84	6	163	25	27	22	24	2.00
62706016--62706168	80	1.9	80	100	0	306	24	28	23	23	1.99
62706017--62706162	40	3.7	40	87	7	233	23	28	24	22	1.99
62726311--62726728	139	3.0	140	83	3	509	27	19	21	32	1.97
62727300--62727614	70	4.5	70	73	7	212	21	24	17	36	1.94
62727302--62727627	105	3.1	105	77	6	261	21	24	16	37	1.94
62727368--62727621	70	3.6	72	74	7	220	21	25	17	35	1.95
62727305--62727628	35	9.3	35	70	10	180	21	23	16	37	1.94
62727765--62727842	34	2.3	35	84	4	104	11	24	10	53	1.67
62729727--62729794	29	2.4	29	85	2	93	51	4	1	42	1.31
62729753--62729792	18	2.0	20	86	13	57	47	5	0	47	1.24
62730624--62730663	18	2.2	18	95	0	71	12	35	2	50	1.54
62735236--62735314	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62744885--62744929	22	2.0	22	100	0	90	42	13	4	40	1.64
62752315--62752503	55	3.5	53	80	9	204	22	24	17	34	1.96
62752490--62752611	47	2.6	47	93	0	208	27	23	11	37	1.89
62752634--62752745	45	2.4	45	82	8	120	21	24	19	34	1.96
62752751--62752833	43	1.9	43	82	4	105	25	25	12	37	1.90
62754512--62754743	49	4.7	49	83	4	268	25	18	26	29	1.98
62754511--62754750	99	2.4	101	83	2	297	25	18	26	29	1.98
62757747--62757809	15	4.2	14	84	8	72	9	15	17	57	1.65
62757752--62757811	30	2.0	30	87	6	86	8	16	18	56	1.64
62759955--62760178	49	4.5	49	86	3	279	24	17	28	29	1.97
62769308--62769396	40	2.2	40	92	4	144	28	15	11	44	1.81
62770205--62770243	19	2.1	19	95	0	69	12	28	5	53	1.60
62770209--62770252	19	2.3	19	84	7	54	9	27	6	56	1.55
62774467--62774637	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	21	1.98
62774459--62774634	46	3.8	46	78	10	205	28	29	20	21	1.98
62778389--62778556	92	1.8	91	91	3	275	27	30	20	21	1.98
62778386--62778572	45	4.1	46	70	21	117	28	29	19	21	1.98
62783104--62783155	20	2.6	20	84	0	77	25	30	28	15	1.96
62787985--62788090	29	3.7	29	73	15	87	31	14	29	25	1.94
62804359--62804496	40	3.5	40	92	3	217	23	28	23	23	1.99
62812268--62812405	40	3.5	40	93	3	217	23	28	23	23	2.00
62815281--62815406	43	2.9	45	80	5	152	23	13	26	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62817771--62817824	26	2.1	26	85	0	72	31	12	16	38	1.87
62831872--62832013	73	1.9	73	98	0	275	27	14	23	34	1.93
62840691--62840921	49	4.7	49	82	6	277	28	25	19	26	1.99
62840691--62840921	100	2.3	98	81	5	277	28	25	19	26	1.99
62845451--62845681	49	4.7	49	77	8	243	28	25	19	26	1.99
62845451--62845671	100	2.2	99	78	7	234	28	24	19	27	1.98
62850757--62850797	16	2.6	16	96	0	73	46	17	24	12	1.82
62851011--62851157	29	5.2	29	81	4	149	28	13	30	27	1.94
62858791--62858942	29	5.3	29	74	9	127	26	15	32	26	1.95
62861345--62861378	17	2.0	17	100	0	68	41	11	17	29	1.85
62863728--62863764	18	2.2	18	85	9	51	37	16	8	37	1.78
62865177--62865223	19	2.6	17	81	15	58	46	8	2	42	1.46
62865605--62865665	24	2.6	24	94	2	106	55	11	8	24	1.62
62869034--62869124	45	2.0	45	93	0	155	25	12	24	38	1.90
62869042--62869111	21	3.2	21	64	18	52	21	11	25	41	1.86
62872196--62872267	35	2.1	35	97	0	135	16	11	26	45	1.81
62872451--62872483	16	2.1	16	100	0	66	42	21	24	12	1.86
62879594--62879635	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
62883862--62883971	29	3.8	29	95	1	186	23	15	33	27	1.95
62885934--62886111	35	4.9	37	90	5	283	25	30	19	25	1.98
62885934--62886111	72	2.5	72	88	5	279	25	30	19	25	1.98
62886271--62886652	93	4.1	90	84	8	410	25	30	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62886319--62886652	47	7.1	47	90	4	510	26	30	12	31	1.92
62886409--62886482	22	3.3	22	65	20	62	25	32	13	28	1.94
62886488--62886558	23	3.1	23	62	22	58	25	29	14	30	1.94
62888837--62889014	84	2.1	85	97	1	340	26	27	8	37	1.85
62890461--62890569	57	1.9	58	88	1	166	28	28	19	23	1.98
62890781--62891049	40	6.8	40	92	2	436	24	29	21	23	1.99
62892318--62892497	37	4.9	37	94	2	310	25	31	18	24	1.98
62892318--62892493	72	2.4	73	93	2	300	25	31	18	25	1.97
62892706--62893039	47	7.1	47	92	2	544	26	30	12	30	1.92
62895226--62895404	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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