genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72936352--72936404	24	2.4	20	79	17	52	24	3	3	67	1.23
72943455--72943576	43	2.8	44	84	9	155	31	25	18	24	1.98
72943986--72944010	8	3.1	8	100	0	50	24	24	0	52	1.48
72953276--72953311	12	2.8	13	91	8	56	25	0	5	69	1.10
72967224--72967432	55	3.9	53	80	7	224	34	16	25	22	1.95
72967232--72967432	108	1.8	110	86	4	291	34	16	25	23	1.96
72974787--72974983	55	3.7	52	78	10	191	34	17	25	22	1.96
72976339--72976417	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
72976536--72976824	47	6.1	47	91	4	454	28	30	8	31	1.88
72976536--72976824	95	3.0	95	93	2	474	28	30	8	31	1.88
72976538--72976822	142	2.0	141	91	2	464	28	30	9	31	1.88
72980608--72980723	40	2.9	40	89	0	178	25	25	22	26	2.00
72981029--72981107	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72981089--72981191	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
72983053--72983131	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
72983250--72983538	47	6.1	47	91	3	454	28	30	8	31	1.88
72983250--72983538	95	3.0	95	93	2	474	28	30	8	31	1.88
72986455--72986485	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
72991943--72991991	25	2.0	25	83	0	62	36	0	18	44	1.50
72992387--72992472	43	2.0	43	88	4	129	50	1	23	25	1.57
72993878--72993903	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
72999739--72999800	8	7.0	9	74	18	51	33	1	0	64	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73005177--73005257	27	3.0	27	80	12	69	41	2	1	54	1.21
73005447--73005476	13	2.3	13	100	0	60	20	30	0	50	1.49
73006478--73007030	137	4.0	138	90	2	828	41	6	5	46	1.54
73007013--73007048	18	2.0	18	100	0	72	50	5	0	44	1.25
73006875--73007185	156	2.0	156	92	1	525	42	7	5	45	1.55
73007251--73007283	17	1.9	17	93	0	57	54	6	0	39	1.25
73009392--73009541	28	5.4	28	91	3	214	26	12	28	33	1.92
73017412--73017562	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
73027513--73027638	48	2.6	47	84	2	162	26	19	26	27	1.99
73027644--73027762	42	2.8	42	83	0	130	27	14	26	31	1.95
73030747--73031526	258	3.0	256	91	2	1285	27	13	18	39	1.89
73035891--73036015	48	2.6	48	88	0	178	23	17	29	29	1.97
73041579--73041708	39	3.3	39	87	0	161	25	19	27	27	1.99
73041616--73041726	39	2.8	39	84	2	116	26	21	27	25	2.00
73042852--73042890	20	1.9	21	89	5	62	46	5	20	28	1.72
73044278--73044505	48	4.9	47	72	11	180	28	22	21	27	1.99
73050251--73050372	43	2.9	42	80	7	147	28	15	25	30	1.96
73053193--73053350	43	3.7	43	78	5	158	31	26	17	25	1.97
73056634--73056846	55	3.9	54	82	4	250	21	24	19	34	1.96
73067702--73067909	55	3.8	54	77	6	206	33	15	25	24	1.95
73067709--73067911	108	1.9	110	85	2	284	32	16	25	25	1.96
73068149--73068179	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73075379--73075594	55	4.0	54	76	7	206	34	16	26	22	1.95
73075825--73075855	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
73076949--73077015	33	2.0	34	88	2	100	29	19	22	28	1.98
73081579--73081606	3	9.3	3	100	0	56	0	0	32	67	0.91
73094352--73094851	249	2.0	251	91	4	808	33	24	19	22	1.97
73097567--73097747	55	3.4	54	83	3	213	20	23	18	36	1.95
73100629--73100670	20	2.1	20	95	0	75	52	11	0	35	1.38
73109068--73109325	40	6.5	40	90	2	369	24	28	24	22	1.99
73117361--73117412	26	2.0	26	85	7	70	46	15	1	36	1.57
73123674--73123703	11	2.7	11	94	0	51	36	33	0	30	1.58
73126887--73126925	21	1.9	20	89	5	60	20	20	38	20	1.94
73127278--73127342	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
73127278--73127328	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
73127280--73127340	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
73127374--73127445	25	2.9	25	93	0	126	26	26	22	25	2.00
73127376--73127458	25	3.4	24	90	5	114	28	22	22	25	1.99
73127374--73127470	50	1.9	50	83	8	126	27	24	22	24	2.00
73127664--73127746	31	2.7	31	87	3	116	28	15	25	30	1.96
73128830--73129197	27	13.6	27	85	0	457	40	20	8	30	1.81
73129181--73129252	27	2.7	27	84	0	90	43	20	8	27	1.81
73128830--73129198	54	6.8	54	89	1	542	40	20	8	30	1.81
73128823--73129198	108	3.5	108	92	0	599	40	20	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73128882--73129270	81	4.8	81	79	7	272	41	20	8	30	1.82
73129290--73129755	27	17.3	27	86	1	585	37	19	19	24	1.94
73130158--73130236	6	12.8	6	77	15	81	17	18	15	48	1.82
73130158--73130236	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
73132172--73132528	27	13.3	27	83	0	446	40	20	8	31	1.81
73132172--73132599	81	5.3	81	77	3	371	39	20	8	31	1.83
73132172--73132535	54	6.8	54	88	2	527	40	19	8	31	1.81
73132172--73132599	27	15.9	27	76	6	307	39	20	8	31	1.83
73132596--73132621	12	2.2	12	100	0	52	42	7	7	42	1.62
73132643--73133135	27	18.3	27	86	0	626	36	19	19	24	1.95
73133542--73133616	6	12.2	6	77	16	73	17	18	16	48	1.82
73133542--73133616	31	2.4	31	93	0	123	17	18	16	48	1.82
73141485--73141541	10	5.6	10	75	8	53	35	10	21	33	1.87
73141491--73141541	21	2.4	21	83	0	66	35	11	21	31	1.90
73141587--73141658	25	2.9	25	91	0	117	26	25	22	26	2.00
73141589--73141685	25	4.0	24	82	10	83	27	22	22	26	1.99
73141587--73141683	50	1.9	50	81	8	117	27	23	22	25	2.00
73141877--73141959	31	2.7	31	87	3	116	28	18	24	28	1.98
73147506--73147595	39	2.3	39	84	3	110	24	25	22	27	2.00
73150324--73150350	13	2.1	13	100	0	54	22	40	14	22	1.90
73175239--73175516	6	45.8	6	74	15	243	48	14	16	20	1.81
73175218--73175516	30	10.1	29	78	12	272	48	14	17	20	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73175239--73175516	85	3.2	85	94	3	466	48	14	16	20	1.81
73175633--73175692	27	2.3	26	85	5	84	38	23	23	15	1.92
73175633--73175707	27	2.8	27	80	9	82	37	20	24	18	1.94
73175873--73175930	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
73176015--73176096	27	3.1	26	84	5	101	37	19	21	20	1.94
73176295--73176490	27	7.3	27	82	1	223	26	19	18	35	1.95
73176495--73177199	27	26.2	27	81	4	717	41	8	20	28	1.82
73184135--73184266	44	3.0	44	81	8	155	32	28	15	23	1.95
73188345--73188463	29	4.2	29	79	6	136	26	28	15	30	1.96
73188348--73188459	58	1.9	57	90	1	179	25	29	16	29	1.96
73192840--73192952	58	2.0	57	80	5	129	23	29	15	31	1.95
73202377--73202599	119	1.9	120	81	6	274	25	26	22	25	2.00
73202375--73202599	40	5.7	40	82	6	260	25	27	22	25	2.00
73214529--73214615	20	4.4	20	74	7	70	29	21	22	25	1.99
73214531--73214646	60	1.9	59	84	5	153	33	19	20	25	1.97
73219005--73219113	47	2.3	46	87	7	150	27	29	10	33	1.89
73221663--73221703	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
73237646--73237766	44	2.8	43	74	7	111	27	19	25	28	1.98
73239956--73239988	17	1.9	17	100	0	66	24	18	21	36	1.95
73240943--73240996	27	2.1	27	86	6	76	14	14	20	50	1.78
73241279--73241393	29	4.0	29	82	6	128	28	28	14	27	1.95
73241270--73241380	58	1.9	58	85	1	152	27	29	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73244686--73244719	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
73245808--73245922	29	4.0	29	80	6	119	29	27	13	28	1.95
73245808--73245907	29	3.5	29	81	1	121	29	28	15	28	1.96
73251336--73251469	41	3.3	40	80	5	153	38	14	19	27	1.91
73251482--73251610	41	3.2	41	86	1	179	36	23	20	19	1.95
73251651--73251726	22	3.5	22	73	10	66	52	25	0	22	1.47
73252452--73252498	14	3.2	14	80	11	58	19	4	29	46	1.68
73252701--73252819	14	8.3	14	68	20	50	16	2	33	47	1.61
73252783--73252822	14	2.9	14	92	0	71	7	0	45	47	1.31
73252787--73252860	14	5.2	14	77	8	69	14	0	43	41	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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