genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5152763--5152822	12	4.9	12	83	16	79	63	0	1	35	1.05
5152767--5152815	23	2.1	23	88	7	73	61	0	2	36	1.08
5154732--5154787	27	2.1	27	82	0	67	12	5	58	23	1.54
5154836--5154994	30	5.3	30	61	22	82	22	4	52	21	1.64
5154837--5154995	60	2.7	59	98	0	291	22	4	52	20	1.64
5154848--5154953	36	3.3	36	62	29	92	24	5	50	19	1.69
5154927--5155090	78	2.1	78	88	2	240	26	4	51	17	1.63
5155038--5155097	30	2.0	30	83	0	75	28	5	50	16	1.66
5155183--5155264	24	3.4	24	74	5	85	12	2	59	25	1.45
5156133--5156202	29	2.4	29	82	17	83	22	4	5	67	1.30
5156901--5157186	42	6.8	42	90	3	434	32	21	22	23	1.98
5156901--5157188	125	2.3	126	91	1	454	32	21	21	24	1.98
5156912--5157273	167	2.2	167	87	2	503	30	20	20	27	1.98
5156901--5157288	42	9.2	42	83	5	408	31	20	20	27	1.98
5157600--5157670	21	3.4	21	78	0	70	2	43	18	35	1.65
5158073--5158217	73	2.0	73	98	0	281	40	6	2	51	1.41
5158099--5158211	35	3.1	35	65	16	95	37	7	2	52	1.45
5158100--5158216	38	3.2	37	65	16	98	35	7	2	53	1.43
5158364--5158434	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
5158363--5158434	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
5158439--5158596	17	8.6	17	77	20	149	40	1	12	45	1.50
5158406--5158605	57	3.5	57	97	0	364	43	2	11	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5159936--5159975	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
5160958--5161158	84	2.4	83	93	2	330	29	17	19	32	1.95
5161544--5161569	12	2.2	12	100	0	52	19	34	7	38	1.80
5162182--5162772	111	5.3	111	93	1	957	26	29	19	25	1.98
5162720--5162836	40	2.9	40	94	0	198	20	29	16	33	1.94
5163370--5163438	30	2.3	30	85	5	86	40	1	5	52	1.34
5164160--5164206	15	3.2	15	71	17	53	23	8	14	53	1.69
5166744--5166782	15	2.7	15	88	11	55	38	0	0	61	0.96
5166744--5166774	14	2.2	14	94	0	53	41	0	0	58	0.98
5166996--5167055	31	2.0	31	86	3	86	55	5	8	31	1.51
5176175--5176214	21	1.9	21	85	10	55	35	0	7	57	1.27
5187136--5187210	23	3.3	23	96	0	132	17	21	28	33	1.96
5190677--5190784	26	4.2	26	92	0	171	37	22	7	33	1.82
5193665--5193702	16	2.3	17	81	4	51	78	7	10	2	1.04
5198107--5198222	10	11.5	10	66	17	53	56	2	5	35	1.35
5198101--5198175	21	3.5	20	71	16	62	61	2	4	32	1.28
5198111--5198170	32	1.9	31	89	3	93	63	3	5	28	1.31
5198224--5198268	24	2.0	22	87	12	65	37	13	6	42	1.70
5218209--5218252	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
5218272--5218313	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
5218276--5218312	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
5218345--5218398	15	3.3	15	76	18	63	55	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5218730--5218768	14	2.8	14	88	0	51	33	12	7	46	1.71
5222942--5222979	19	2.0	19	100	0	76	47	10	15	26	1.78
5230000--5230061	22	2.7	23	78	9	74	58	4	1	35	1.29
5230108--5230159	24	2.2	24	86	6	70	44	0	0	55	0.99
5230119--5230175	30	1.9	30	85	7	80	45	1	0	52	1.11
5237815--5237874	31	1.9	32	86	3	86	28	20	0	51	1.47
5242101--5242133	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
5242918--5242956	15	2.4	16	83	16	53	43	0	10	46	1.37
5243861--5243890	8	3.6	8	95	4	51	23	0	0	76	0.78
5250239--5250323	43	2.0	43	88	0	125	49	14	7	29	1.69
5250353--5250392	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
5254983--5255075	43	2.2	44	88	3	136	52	12	5	29	1.61
5257522--5257585	32	2.0	32	100	0	128	34	25	15	25	1.95
5266065--5266123	26	2.4	24	86	8	82	28	0	1	69	0.98
5274037--5274075	21	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
5280423--5280624	39	5.2	39	88	0	278	11	26	22	39	1.88
5280463--5280562	18	5.2	18	69	13	74	11	27	22	40	1.87
5281995--5282035	14	3.0	14	89	3	57	31	17	0	51	1.46
5283283--5283315	11	2.8	12	95	4	59	51	12	0	36	1.39
5285894--5285927	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
5286362--5286482	36	3.3	36	73	14	104	60	3	5	30	1.36
5286105--5286461	3	121.7	3	68	14	120	60	3	8	27	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5286431--5286482	21	2.6	21	85	8	65	63	0	3	32	1.12
5286595--5286628	14	2.2	16	90	10	54	64	0	8	26	1.22
5286655--5286744	3	30.0	3	71	8	67	60	1	6	32	1.30
5286704--5286755	23	2.3	23	83	6	61	61	1	7	28	1.34
5286787--5286822	16	2.2	17	90	5	56	52	0	5	41	1.24
5286892--5286943	25	2.2	23	83	13	61	71	1	3	23	1.13
5300035--5300121	42	2.1	42	97	0	165	44	5	2	47	1.39
5300637--5300663	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
5301975--5302013	7	5.9	7	91	8	64	25	0	0	74	0.82
5301964--5302013	20	2.7	20	80	20	63	26	0	0	74	0.83
5301975--5302013	13	2.9	14	92	7	64	25	0	0	74	0.82
5301964--5302014	14	4.0	13	83	16	63	25	0	0	74	0.82
5302197--5302240	22	1.9	24	86	9	65	47	2	11	38	1.52
5302362--5302405	19	2.3	19	88	7	63	54	4	2	38	1.33
5302986--5303037	16	2.9	18	78	18	56	51	0	1	46	1.12
5304931--5304980	20	2.5	20	80	3	55	52	8	10	30	1.64
5306875--5306910	19	1.9	19	88	5	56	66	0	0	33	0.92
5306874--5306946	28	2.6	28	77	10	69	60	2	4	32	1.30
5306894--5307006	31	3.7	30	73	16	83	56	4	6	32	1.44
5307225--5307281	18	3.1	18	69	14	53	61	1	7	29	1.32
5307207--5307281	37	2.0	37	89	5	116	60	2	6	30	1.37
5306910--5307457	285	1.9	280	85	9	745	50	6	7	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5308005--5308043	18	2.2	18	86	9	53	28	7	5	58	1.47
5308579--5308685	30	3.6	29	79	11	92	42	12	3	42	1.60
5309963--5310005	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
5315721--5315935	39	5.5	39	92	1	349	27	27	24	20	1.99
5315928--5316020	39	2.4	39	85	3	134	23	24	19	32	1.98
5327386--5327572	60	3.2	60	84	6	256	20	19	20	39	1.93
5327398--5327571	57	3.0	57	87	2	249	18	20	21	40	1.92
5328456--5328482	9	3.0	9	100	0	54	44	0	44	11	1.39
5329482--5329520	20	2.0	20	89	0	60	20	0	10	69	1.17
5331268--5331302	16	2.1	18	89	10	56	37	17	0	45	1.48
5333158--5333182	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
5336370--5336414	17	2.6	17	78	0	63	48	0	0	51	1.00
5336832--5336922	21	4.3	21	84	8	123	29	35	7	27	1.85
5336822--5336922	42	2.4	42	91	3	159	28	32	7	30	1.86
5341878--5341902	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
5342457--5342505	15	2.9	17	75	22	50	59	2	2	36	1.21
5342459--5342508	24	2.1	24	82	14	59	62	2	2	34	1.18
5343518--5343554	13	2.5	15	87	12	51	43	0	5	51	1.24
5346554--5346593	18	2.3	17	95	4	71	40	22	5	32	1.76
5354628--5354666	20	2.0	21	85	10	55	64	0	0	35	0.94
5357410--5357586	88	2.0	88	90	2	275	32	24	15	28	1.95
5358488--5358781	132	2.2	132	89	0	453	23	25	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5363885--5363925	19	2.2	19	95	0	73	31	17	26	24	1.97
5364799--5364890	46	2.0	46	100	0	184	34	10	10	43	1.75
5365024--5365174	76	2.0	76	94	1	268	45	2	4	47	1.37
5365343--5365413	36	2.0	36	97	0	133	35	19	5	39	1.76
5367706--5367751	8	5.5	8	80	10	56	50	0	0	50	1.00
5367706--5367751	18	2.8	16	77	9	56	50	0	0	50	1.00
5367668--5367751	34	2.4	36	80	13	104	52	0	1	46	1.08
5367792--5367847	19	3.1	18	76	16	53	55	1	0	42	1.10
5367799--5367860	19	3.3	18	78	14	63	56	1	3	38	1.25
5370827--5370875	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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