genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25252049--25252119	24	2.9	24	80	4	88	25	22	16	35	1.95
25259141--25259223	22	3.6	22	82	10	96	28	18	16	36	1.93
25259163--25259243	24	3.4	22	86	6	90	29	18	17	34	1.94
25259594--25259678	39	2.1	40	89	4	127	15	20	16	48	1.81
25261769--25261849	41	2.0	41	90	0	126	40	19	8	30	1.82
25265796--25265822	14	1.9	14	100	0	54	74	0	7	18	1.05
25267339--25267377	10	3.9	10	93	0	60	61	7	0	30	1.24
25271750--25271812	27	2.3	27	86	5	83	42	15	15	25	1.87
25271801--25272016	27	8.0	27	80	7	224	25	13	19	41	1.88
25271800--25272018	81	2.7	81	82	3	264	26	13	19	41	1.88
25272339--25272401	18	3.0	20	75	22	67	22	17	12	47	1.81
25273663--25273717	3	18.0	3	77	3	56	63	1	1	32	1.15
25273663--25273714	22	2.4	21	90	3	77	63	1	1	32	1.16
25275899--25276030	43	3.1	43	75	6	117	32	25	15	25	1.96
25280480--25280569	22	3.9	24	85	7	109	34	17	22	25	1.96
25280529--25280577	22	2.2	22	88	0	71	32	22	24	20	1.98
25290834--25290950	29	4.1	29	86	4	157	29	17	28	25	1.97
25293306--25293374	24	2.8	24	84	8	77	36	15	20	27	1.93
25296542--25296762	46	4.7	48	81	8	226	28	19	28	23	1.98
25296589--25296762	93	1.9	95	85	9	250	27	18	30	22	1.98
25304167--25304388	46	4.7	46	80	7	216	25	19	31	23	1.98
25304217--25304434	47	4.6	48	79	14	190	25	19	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25306398--25306427	15	2.0	15	100	0	60	33	26	20	20	1.97
25306553--25306643	33	2.8	33	94	0	155	26	24	17	31	1.97
25310417--25310474	29	2.0	29	96	0	107	41	13	12	32	1.82
25315230--25315282	16	3.2	16	74	10	52	62	7	3	26	1.39
25315236--25315275	17	2.3	17	86	4	53	65	5	5	25	1.34
25317006--25317031	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
25318329--25318567	43	5.6	43	85	2	302	30	26	17	25	1.97
25318306--25318551	84	2.9	83	84	4	314	30	26	17	25	1.97
25321141--25321232	34	2.7	34	75	9	98	27	25	23	23	2.00
25324339--25324406	34	2.0	34	91	0	109	33	5	32	27	1.81
25327145--25327180	18	2.0	18	100	0	72	38	33	16	11	1.84
25332587--25332613	12	2.2	12	100	0	54	14	29	33	22	1.94
25339275--25339437	26	6.3	26	85	6	208	26	22	21	28	1.99
25339275--25339437	52	3.2	52	90	5	244	26	22	21	28	1.99
25339483--25339557	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
25339483--25339538	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
25339500--25339556	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
25341256--25341295	20	2.0	21	90	5	64	22	40	17	20	1.92
25352843--25352971	40	3.2	40	85	4	170	25	27	23	24	2.00
25352887--25353021	40	3.4	39	83	12	136	25	25	24	23	2.00
25360582--25360802	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
25360622--25360802	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25360619--25360802	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
25364410--25364632	40	5.6	40	80	9	219	24	21	28	26	1.99
25364409--25364630	79	2.8	78	80	7	234	24	21	27	26	1.99
25364491--25364651	40	4.1	40	83	8	127	24	21	29	24	1.99
25364464--25364665	79	2.6	79	80	9	200	26	19	28	25	1.99
25368005--25368057	25	2.1	26	96	3	99	26	18	18	35	1.95
25368115--25368171	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
25368111--25368173	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
25368210--25368257	25	1.9	25	86	0	69	25	16	22	35	1.95
25375741--25375803	31	2.1	31	87	3	92	25	23	14	36	1.93
25376016--25376109	22	4.1	23	91	6	156	29	20	20	29	1.97
25375995--25376110	24	5.0	24	87	11	170	28	21	20	29	1.98
25376163--25376205	20	2.2	20	95	0	77	30	18	13	37	1.90
25376242--25376289	24	2.0	24	87	0	69	27	16	25	31	1.97
25384593--25384630	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
25387321--25387368	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
25387407--25387463	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
25387405--25387467	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
25387521--25387664	24	6.0	24	89	8	213	30	20	20	27	1.98
25390650--25390724	38	2.0	38	91	0	123	24	24	24	28	2.00
25390658--25390753	38	2.5	38	82	0	102	25	19	25	30	1.98
25390746--25390866	43	2.8	43	87	1	161	11	25	33	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25390796--25390917	60	2.0	60	95	0	217	10	27	33	28	1.90
25390838--25390882	17	2.7	17	96	3	83	8	35	31	24	1.86
25401553--25401590	14	2.9	13	81	11	51	60	10	13	15	1.59
25401559--25401588	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
25410972--25411494	261	2.0	261	94	0	913	31	21	19	28	1.97
25411861--25411898	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
25413636--25413697	17	3.4	17	71	16	52	32	1	29	37	1.67
25413632--25413706	38	2.0	38	94	0	132	33	2	28	36	1.71
25417715--25417844	40	3.3	40	84	3	174	28	27	20	23	1.99
25417718--25417890	80	2.2	80	81	11	196	27	27	20	24	1.99
25425422--25425602	39	4.6	39	82	7	208	25	28	21	24	1.99
25432292--25432506	46	4.6	46	77	7	179	24	30	19	26	1.98
25432292--25432514	94	2.4	92	82	8	258	24	30	18	26	1.98
25440636--25440763	46	2.7	48	79	7	154	27	20	28	24	1.99
25440633--25440801	48	3.6	47	78	3	178	26	19	29	24	1.98
25441976--25442025	26	1.9	26	100	0	100	20	22	20	38	1.94
25445015--25445128	42	2.7	41	78	2	111	27	17	25	29	1.97
25450078--25450117	16	2.5	16	95	0	71	22	22	22	32	1.98
25454956--25455028	36	2.0	37	97	2	139	35	10	9	43	1.73
25459324--25459437	27	4.2	27	80	4	113	42	21	6	29	1.76
25459462--25459733	27	10.1	27	86	2	298	35	19	19	26	1.95
25459406--25459735	80	4.1	81	81	8	318	36	19	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25459467--25459734	54	5.0	54	85	2	333	35	19	19	25	1.96
25459455--25459705	107	2.3	107	85	4	310	36	19	18	25	1.94
25459467--25459735	134	2.0	134	85	0	367	35	19	19	25	1.95
25459939--25460008	25	2.8	25	82	0	95	30	24	20	25	1.99
25459989--25460035	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
25460984--25461240	55	4.8	55	76	14	238	35	17	24	22	1.95
25462661--25462831	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	22	1.98
25462653--25462828	46	3.8	46	76	12	189	30	27	19	22	1.98
25470215--25470343	46	2.8	46	94	4	217	30	27	20	20	1.98
25471725--25471755	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
25476868--25477127	130	2.0	130	96	0	475	31	12	21	34	1.90
25478983--25479237	55	4.8	54	78	12	255	36	16	24	21	1.94
25478990--25479190	108	1.8	110	87	4	300	34	16	24	23	1.95
25483746--25483792	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
25483840--25483947	25	4.4	24	86	5	128	26	22	23	27	1.99
25483840--25483960	49	2.4	50	84	9	158	25	23	23	28	2.00
25484156--25484219	31	2.1	31	85	5	85	39	12	21	26	1.89
25485027--25485097	20	3.7	20	81	5	83	35	2	7	54	1.42
25489109--25489338	115	2.0	115	99	0	451	30	16	26	26	1.97
25508063--25508155	43	2.2	43	82	7	118	29	27	18	24	1.98
25508140--25508342	56	3.6	56	90	1	309	33	23	14	28	1.94
25508141--25508342	111	1.8	112	90	1	325	33	23	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25508333--25508537	43	4.8	43	76	7	193	30	25	17	26	1.97
25511641--25511672	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
25516761--25516792	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
25520660--25520772	27	4.2	27	87	0	163	29	24	6	39	1.79
25520660--25520772	54	2.1	54	91	0	181	29	24	6	39	1.79
25520674--25520789	27	4.3	27	85	2	135	32	23	6	37	1.79
25520660--25520789	54	2.4	54	87	2	154	31	23	6	37	1.82
25520778--25520933	27	5.8	27	82	3	190	39	21	9	28	1.85
25520888--25521014	27	4.6	27	74	13	80	44	18	7	30	1.76
25520815--25520955	54	2.6	54	79	8	162	41	20	9	28	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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