genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837857--2837962	54	2.0	54	100	0	212	24	8	40	26	1.83
2839189--2839222	15	2.3	15	89	0	50	55	0	11	32	1.36
2839172--2839208	18	2.1	18	89	0	56	64	0	8	27	1.21
2860155--2860339	90	2.0	91	85	3	248	29	6	14	49	1.68
2860251--2860309	29	2.0	31	83	6	77	32	5	13	49	1.64
2861177--2861249	29	2.5	29	86	0	101	34	12	13	39	1.82
2863051--2863128	30	2.6	30	91	0	120	34	48	7	8	1.63
2862996--2863260	132	2.0	132	90	0	422	29	47	8	14	1.74
2863183--2863283	30	3.4	30	80	5	132	32	44	12	9	1.76
2863536--2863836	18	16.7	18	76	4	97	17	25	18	38	1.92
2863537--2863962	24	18.2	24	70	12	206	19	24	17	39	1.92
2863526--2863954	42	10.1	42	78	7	233	18	24	17	39	1.92
2863554--2863954	84	4.7	84	75	8	287	18	24	17	39	1.92
2863876--2863918	18	2.4	18	88	0	59	23	16	16	44	1.86
2863893--2863927	18	1.9	18	88	0	52	28	14	17	40	1.88
2864157--2864219	24	2.6	24	92	0	99	26	11	14	47	1.77
2864327--2865462	444	2.5	451	85	5	1427	24	36	7	31	1.84
2869021--2869079	3	19.7	3	89	0	73	30	0	64	5	1.15
2869057--2869088	15	2.1	15	100	0	64	12	0	68	18	1.20
2869054--2869091	18	2.1	18	95	0	67	13	0	68	18	1.21
2869427--2869475	3	16.3	3	82	0	62	36	0	61	2	1.08
2870583--2870938	18	19.8	18	77	4	261	39	18	26	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2870583--2870938	42	8.3	42	80	4	266	39	18	26	15	1.90
2870583--2870937	24	15.3	24	80	8	277	40	18	26	15	1.90
2871154--2871224	30	2.4	30	90	0	106	8	11	46	33	1.70
2871275--2871344	30	2.3	30	95	0	122	8	10	47	34	1.68
2871096--2871425	120	2.8	120	90	0	516	16	8	45	30	1.76
2874241--2874338	50	2.0	50	97	0	187	35	20	8	35	1.82
2874886--2875012	51	2.5	51	82	0	182	37	5	13	43	1.67
2874909--2874986	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
2880077--2880212	51	2.7	51	83	0	191	38	5	12	42	1.67
2880109--2880186	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
2884805--2884852	24	2.0	24	95	0	87	25	10	20	43	1.83
2892992--2893031	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
2894101--2894129	15	1.9	15	100	0	58	20	27	20	31	1.98
2898511--2898571	3	20.3	3	96	0	113	32	1	0	65	1.02
2901478--2901593	12	9.7	12	80	3	126	3	27	23	45	1.69
2901478--2901605	24	5.3	24	84	5	143	3	27	23	45	1.70
2901536--2901661	6	21.0	6	75	6	94	9	30	19	40	1.84
2901536--2901661	24	5.2	24	82	7	112	9	30	19	40	1.84
2901715--2901764	12	4.3	11	82	9	55	8	20	20	52	1.71
2901743--2901988	6	41.0	6	73	4	120	17	23	14	45	1.85
2901733--2901808	30	2.5	30	79	12	84	13	28	14	43	1.83
2901703--2901861	42	3.8	42	83	3	124	12	25	15	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2901743--2901986	18	13.6	18	76	6	163	16	23	14	45	1.84
2901739--2901994	42	6.1	42	82	2	248	16	23	13	46	1.83
2901731--2901994	12	23.0	12	70	15	139	16	23	14	45	1.84
2902145--2902252	54	2.0	54	88	0	162	18	34	4	42	1.71
2901989--2902750	210	3.6	210	90	0	1168	20	35	6	37	1.79
2902355--2902462	54	2.0	54	92	0	180	15	35	4	44	1.68
2902569--2902672	54	1.9	53	94	1	181	18	38	5	37	1.75
2902751--2902912	54	3.0	54	91	0	261	16	35	6	41	1.74
2903927--2903961	3	11.7	3	87	0	52	31	62	0	5	1.18
2906676--2906725	24	2.1	24	100	0	100	28	32	16	24	1.96
2908029--2908063	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
2908628--2908677	20	2.5	20	90	0	82	14	28	38	20	1.91
2913839--2913890	25	2.1	25	85	0	68	38	17	19	25	1.93
2918971--2918995	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2919066--2919134	31	2.2	30	89	7	102	40	4	0	55	1.20
2919125--2919166	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
2919129--2919165	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
2919201--2919237	19	1.9	19	88	0	56	48	5	0	45	1.25
2919186--2919250	15	4.0	16	75	16	62	52	6	0	41	1.26
2919706--2919744	14	2.8	14	81	14	53	35	12	7	43	1.72
2923258--2923404	66	2.2	66	89	2	215	23	43	6	26	1.77
2923262--2924164	132	6.8	127	81	10	812	23	45	5	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2923397--2924164	66	11.4	66	85	6	1004	23	45	5	25	1.73
2923258--2924164	348	2.7	329	82	10	1105	23	45	5	25	1.74
2923651--2924160	129	3.9	129	86	6	682	23	45	5	24	1.74
2924101--2924376	90	3.1	90	90	0	444	26	40	3	28	1.74
2925670--2925701	6	5.3	6	92	0	55	3	28	0	68	1.04
2926799--2926923	19	6.9	18	76	17	91	37	10	15	36	1.81
2926806--2926923	35	3.3	35	93	3	191	38	11	14	36	1.81
2927412--2927471	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
2927413--2927471	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
2927448--2927497	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
2932854--2933036	66	2.8	66	80	0	159	26	40	3	29	1.73
2933033--2933773	66	11.2	66	85	1	867	24	43	5	26	1.75
2932910--2933815	132	7.0	128	74	9	531	24	42	4	27	1.75
2934200--2934224	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
2935387--2935426	21	2.0	20	85	5	53	55	2	5	37	1.35
2935563--2935605	17	2.5	17	75	14	52	65	2	2	30	1.18
2938755--2938804	23	2.2	23	86	10	68	52	6	4	38	1.45
2942094--2942384	146	2.0	146	87	4	417	41	25	7	25	1.81
2943685--2943728	23	2.0	22	81	4	52	29	2	11	56	1.46
2945497--2945553	20	2.8	20	84	10	71	35	0	7	57	1.26
2945726--2945778	23	2.3	25	75	18	60	47	11	7	33	1.68
2947059--2947092	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2948901--2948949	22	2.3	21	86	13	66	26	0	4	69	1.06
2949340--2949390	23	2.1	25	89	7	79	66	1	0	31	1.03
2950371--2950448	18	4.3	17	71	17	59	29	2	0	67	1.03
2950498--2950566	21	3.4	20	78	11	70	39	2	0	57	1.13
2952603--2952822	103	2.2	101	91	3	352	18	19	31	31	1.95
2952743--2952892	71	2.1	71	90	3	232	23	16	29	30	1.96
2957337--2957387	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
2957259--2957480	103	2.2	103	93	1	374	18	18	31	31	1.95
2957400--2957549	70	2.1	71	92	1	248	23	16	30	30	1.96
2957510--2957561	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
2959016--2959047	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2963096--2963129	17	2.0	17	88	0	50	47	8	0	44	1.34
2963258--2963303	24	1.9	24	90	0	74	32	10	13	43	1.78
2969844--2969884	22	2.0	21	85	9	57	53	29	7	9	1.60
2970758--2970896	69	2.0	69	100	0	278	25	18	18	36	1.94
2974541--2974583	20	2.1	21	86	4	61	25	0	4	69	1.07
2976766--2976803	18	2.0	20	85	10	53	34	2	2	60	1.24
2976851--2976893	23	1.9	22	90	4	68	37	9	4	48	1.56
2977281--2977334	21	2.5	21	80	11	65	29	9	0	61	1.27
2980789--2980847	28	2.1	27	84	9	75	23	5	8	62	1.43
2982305--2982347	23	1.9	22	85	4	59	27	4	2	65	1.25
2988636--2988662	14	1.9	14	100	0	54	92	0	7	0	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2990417--2990485	20	3.8	19	71	24	60	44	2	0	52	1.16
2990447--2990485	18	2.0	20	90	9	64	46	0	0	53	1.00
2995000--2995077	30	2.6	30	81	2	93	48	8	12	29	1.72
3005381--3005453	36	2.0	36	97	0	137	32	8	17	41	1.79
3005703--3005797	47	2.0	47	97	0	181	26	16	17	38	1.91
3012171--3012209	19	2.0	20	95	5	71	71	12	0	15	1.14
3012289--3012317	12	2.5	12	94	5	51	58	6	6	27	1.50
3012398--3012427	16	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
3015967--3016008	19	2.2	19	100	0	84	42	19	9	28	1.82
3020111--3020148	17	2.2	18	85	4	51	55	2	0	42	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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