genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A02
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100057689

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49057773--49057918	51	2.9	49	79	3	157	28	24	19	27	1.99
49058166--49058219	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
49064866--49065119	40	6.3	40	87	2	307	26	26	22	24	2.00
49064830--49065119	80	3.7	80	84	5	331	27	26	21	24	1.99
49067036--49067432	49	8.0	50	77	3	361	30	26	16	26	1.97
49067050--49067322	99	2.7	99	80	2	269	31	27	15	25	1.96
49067042--49067432	150	2.6	150	93	0	658	30	26	16	26	1.97
49069666--49069784	27	4.4	27	82	8	127	26	15	20	37	1.92
49069682--49069968	27	10.7	27	81	3	310	27	11	22	37	1.90
49069985--49070036	26	2.0	26	100	0	104	30	23	7	38	1.83
49070312--49070374	27	2.3	28	80	5	74	26	38	15	19	1.92
49071545--49071639	25	3.8	25	92	0	154	25	21	26	27	1.99
49071532--49071639	50	2.2	50	85	5	139	25	21	24	29	1.99
49071844--49072033	81	2.3	81	86	5	267	24	18	19	36	1.94
49071844--49072033	27	7.0	26	84	8	220	24	18	19	36	1.94
49072061--49072268	27	7.7	27	77	8	181	27	8	23	39	1.84
49072036--49072228	81	2.4	82	81	7	223	27	9	22	40	1.84
49072061--49072270	54	3.9	54	84	3	237	28	8	23	40	1.84
49072077--49072253	81	2.2	81	83	4	214	25	7	24	41	1.82
49072036--49072390	27	13.1	27	79	5	155	32	9	21	36	1.86
49072207--49072397	81	2.4	81	77	1	213	37	9	21	31	1.86
49072248--49072378	54	2.4	54	88	7	212	41	9	22	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49072258--49072378	27	4.5	27	93	4	190	40	10	23	25	1.87
49080399--49080575	46	3.8	46	77	12	191	21	19	29	29	1.97
49080396--49080566	93	1.8	93	93	0	297	21	19	29	29	1.98
49090288--49090317	15	2.0	15	100	0	60	40	26	6	26	1.81
49093596--49093627	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
49100372--49100573	50	4.0	50	75	1	181	27	19	23	28	1.99
49100382--49100564	101	1.8	101	86	0	267	27	20	22	28	1.99
49104311--49104377	16	4.2	16	80	0	62	28	20	4	46	1.70
49105620--49105670	22	2.3	22	93	0	93	13	23	3	58	1.52
49107717--49107756	21	1.9	21	84	0	53	35	17	10	37	1.83
49114063--49114120	30	1.9	30	85	0	80	31	20	6	41	1.79
49127059--49127117	27	2.2	27	93	0	100	22	22	27	28	1.99
49127066--49127123	27	2.1	27	87	0	80	22	24	24	29	1.99
49130888--49131059	46	3.8	44	77	10	166	22	18	29	30	1.97
49130880--49131051	93	1.8	93	88	0	263	22	19	29	29	1.98
49135543--49135567	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49137531--49138133	47	12.7	47	93	1	1008	33	8	29	29	1.87
49139170--49139227	30	1.9	30	89	6	91	18	27	32	20	1.97
49151151--49151203	23	2.3	24	87	9	83	28	24	28	18	1.98
49151161--49151206	23	2.0	23	100	0	92	34	26	21	17	1.95
49152181--49152497	94	3.4	93	76	8	313	21	30	20	26	1.98
49152322--49152497	47	3.8	46	79	10	189	19	31	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49160514--49160571	30	1.9	30	89	6	91	22	24	32	20	1.98
49168071--49168126	26	2.2	26	90	0	85	21	23	25	30	1.99
49171002--49171108	29	3.8	28	75	10	110	28	15	31	24	1.96
49173998--49174182	40	4.6	40	93	2	302	27	28	22	22	1.99
49178449--49178567	43	2.8	43	81	2	132	24	20	25	30	1.99
49178458--49178560	42	2.4	42	83	4	109	25	20	25	29	1.99
49180458--49180584	39	3.2	40	82	7	154	24	28	22	25	1.99
49188626--49188886	39	6.6	39	92	3	330	26	28	21	23	1.99
49188619--49188887	78	3.4	78	89	4	389	26	28	21	23	1.99
49196719--49196827	42	2.6	42	77	4	103	24	15	25	33	1.95
49204861--49205017	27	5.8	27	87	1	208	31	12	24	31	1.92
49204861--49205012	81	1.9	81	90	0	241	32	11	23	31	1.91
49207472--49207656	79	2.3	81	82	9	220	25	22	27	24	2.00
49207473--49207656	40	4.6	40	80	9	198	25	22	27	24	2.00
49207524--49207689	79	2.1	79	81	6	194	27	21	26	24	1.99
49214979--49215026	17	2.8	18	75	12	57	66	2	22	8	1.29
49214979--49215029	18	2.9	18	76	23	56	64	1	23	9	1.34
49224548--49224603	15	3.7	15	83	7	78	10	16	12	60	1.58
49224544--49224603	30	2.0	30	90	6	95	10	15	16	58	1.63
49226012--49226045	13	2.6	13	100	0	68	70	5	0	23	1.09
49226492--49226667	46	3.8	46	80	10	196	21	19	28	30	1.98
49226488--49226659	93	1.8	93	89	0	272	21	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49228138--49228250	58	2.0	57	81	8	131	29	13	30	26	1.94
49228138--49228250	29	3.9	30	78	10	103	29	13	30	26	1.94
49229290--49229324	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
49233371--49233457	40	2.2	40	83	8	106	31	17	21	29	1.96
49233388--49233465	40	1.9	41	84	2	104	30	17	23	28	1.97
49234124--49234321	6	32.2	6	71	14	145	46	15	19	18	1.83
49234124--49234321	25	8.0	24	78	10	145	46	15	19	18	1.83
49234145--49234300	37	4.5	37	70	18	138	45	14	20	19	1.85
49234156--49234321	62	2.7	62	99	0	323	45	15	20	18	1.85
49235881--49235939	24	2.5	24	91	0	91	32	30	13	23	1.93
49236785--49237059	27	10.2	27	83	5	315	25	20	18	36	1.95
49236787--49237059	81	3.4	81	94	0	458	24	20	18	36	1.95
49236783--49237059	54	5.1	54	84	0	349	24	20	18	36	1.95
49236828--49237089	81	3.2	81	82	5	307	25	17	19	36	1.94
49237054--49237310	27	9.5	27	90	0	361	42	7	19	30	1.78
49237315--49237492	81	2.2	81	81	4	198	30	11	20	37	1.87
49237315--49237492	27	6.6	27	78	1	144	30	11	20	37	1.87
49239923--49239982	31	1.9	32	86	3	86	38	20	11	30	1.88
49241324--49241383	27	2.3	26	82	2	66	23	21	18	36	1.95
49250445--49250505	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
49253142--49253404	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
49253181--49253439	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49261082--49261344	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
49261121--49261379	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
49263156--49263213	26	2.3	26	82	11	68	22	10	1	65	1.32
49280629--49280694	32	2.1	32	94	0	114	22	12	25	39	1.89
49282895--49283014	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
49284436--49284983	47	11.6	47	91	3	804	33	9	29	27	1.88
49284436--49284962	143	3.7	141	92	4	814	33	9	29	27	1.89
49284436--49284983	190	2.9	189	90	3	856	33	9	29	27	1.88
49287256--49287727	157	3.0	159	84	5	544	25	21	27	25	1.99
49287255--49287728	197	2.4	199	83	5	566	25	21	27	25	1.99
49287255--49287727	40	11.9	40	88	4	550	25	21	27	25	1.99
49288992--49289111	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
49290556--49291201	47	13.6	47	92	3	953	33	9	29	27	1.88
49290769--49290842	22	3.3	22	64	17	62	31	10	32	25	1.90
49294007--49294182	41	4.3	42	74	7	139	28	15	25	30	1.96
49294007--49294182	81	2.2	82	81	7	198	28	15	25	30	1.96
49294008--49294147	40	3.5	40	75	10	133	28	15	27	28	1.96
49294497--49294622	27	4.6	27	80	3	137	42	19	15	21	1.88
49294497--49294622	55	2.3	55	84	1	164	42	19	15	21	1.88
49294613--49294723	27	4.1	27	83	5	138	27	13	22	36	1.92
49294613--49294723	54	2.1	54	86	5	154	27	13	22	36	1.92
49295008--49295052	23	1.9	24	90	4	74	22	2	51	24	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49299010--49299191	40	4.6	40	84	6	228	25	28	21	24	1.99
49299012--49299191	79	2.3	80	83	7	224	25	28	22	24	1.99
49307034--49307213	78	2.3	80	83	6	224	25	28	22	24	1.99
49307013--49307215	40	5.1	40	82	7	236	25	28	22	24	1.99
49312309--49312479	27	6.3	28	80	8	167	29	12	18	39	1.87
49312334--49312513	54	3.3	53	74	10	166	26	11	20	42	1.86
49312334--49312513	27	6.6	27	76	8	134	26	11	20	42	1.86
49314057--49314221	43	3.8	43	69	15	124	35	24	14	24	1.93
49316344--49316374	14	2.2	14	100	0	62	45	12	6	35	1.68
49333172--49333311	39	3.6	39	90	5	212	25	27	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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