genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96--149	24	2.4	22	82	11	72	62	5	3	27	1.34
2718--2845	54	2.4	53	92	5	215	39	18	13	28	1.88
2793--3198	88	4.7	87	86	8	512	37	19	16	26	1.92
14825--14869	20	2.1	22	88	8	67	53	0	2	44	1.13
15579--15614	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
23861--24036	71	2.5	70	86	3	221	28	14	22	34	1.93
24193--25160	76	12.5	76	73	16	363	30	17	20	31	1.96
24322--24348	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
24247--24423	90	2.0	90	85	4	241	28	20	19	31	1.97
24193--25160	164	6.2	160	80	11	879	30	17	20	31	1.96
24338--25160	74	10.8	73	76	12	622	30	16	20	32	1.95
24488--24514	14	1.9	14	100	0	54	14	14	7	62	1.51
24489--24522	14	2.4	14	90	0	50	17	20	5	55	1.62
24414--24591	90	2.0	89	85	4	243	26	19	19	34	1.96
24503--25160	72	8.8	73	81	7	750	31	16	20	32	1.94
24523--25155	226	2.8	223	90	3	972	31	15	20	31	1.94
24503--25155	148	4.4	148	85	5	791	31	16	20	32	1.94
26028--26119	25	3.6	25	91	8	141	67	22	5	4	1.30
39146--39221	29	2.6	28	76	12	73	56	3	0	39	1.18
42420--42502	21	3.9	21	80	3	76	38	26	20	14	1.91
42418--42492	21	3.5	22	81	9	91	40	26	20	13	1.89
42877--42933	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43948--43989	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
44012--44048	8	4.6	8	100	0	74	62	0	0	37	0.96
53010--53082	33	2.2	33	82	0	83	13	42	21	21	1.88
59004--59030	14	1.9	14	100	0	54	37	7	37	18	1.79
61371--61410	19	2.1	19	100	0	80	32	17	15	35	1.91
61669--61699	14	2.2	14	94	0	53	0	38	0	61	0.96
63909--64018	55	2.0	55	96	0	202	22	11	40	24	1.87
64165--64305	70	2.0	70	98	0	273	43	5	3	47	1.44
65817--65860	23	1.9	23	85	0	61	61	0	0	38	0.96
74363--74479	28	4.3	27	86	7	155	33	21	23	22	1.97
74363--74478	56	2.1	54	88	6	171	33	20	23	22	1.97
81088--81115	6	4.7	6	100	0	56	53	28	0	17	1.44
81076--81115	18	2.2	18	86	0	53	55	22	0	22	1.44
82498--82736	33	7.2	33	77	1	210	31	4	42	21	1.73
82499--82706	99	2.1	99	83	2	265	31	3	42	22	1.72
82733--82822	33	2.7	31	73	13	81	25	3	50	21	1.64
86392--86448	30	1.9	30	85	0	78	35	17	8	38	1.81
88774--88827	27	1.9	27	85	7	72	53	3	5	37	1.42
88953--89028	22	3.5	22	75	18	70	63	0	2	34	1.09
88940--89007	28	2.3	30	80	16	72	58	2	4	33	1.33
90124--90392	3	90.0	3	69	15	89	27	6	3	62	1.37
90294--90345	23	2.3	23	86	0	68	30	7	1	59	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90499--90535	19	1.9	19	94	0	65	21	8	2	67	1.29
90511--90591	35	2.2	36	79	14	87	24	12	3	59	1.49
90600--90697	34	2.9	34	72	4	81	29	9	2	59	1.40
95192--95326	60	2.2	59	80	8	148	26	25	20	28	1.99
95331--95374	19	2.2	20	84	4	54	34	20	18	27	1.96
96627--96664	19	2.1	19	85	9	53	73	0	15	10	1.09
98800--98886	30	2.9	30	98	0	165	17	51	6	24	1.69
101388--101433	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
109560--111127	87	18.1	87	92	2	2413	33	23	22	20	1.97
111638--111723	30	2.9	30	98	0	163	16	52	6	24	1.68
112228--112319	3	30.3	3	75	18	77	30	3	1	65	1.16
112233--112323	30	3.0	30	73	20	91	31	3	1	63	1.17
114717--114750	17	2.0	17	88	0	50	44	14	2	38	1.61
114967--115093	64	2.0	66	87	3	186	57	3	5	33	1.38
115317--115370	27	2.0	26	82	10	65	29	3	7	59	1.42
117805--117846	22	1.9	22	85	0	57	28	0	2	69	1.01
118552--118598	18	2.5	19	83	13	62	36	2	2	59	1.21
119999--120236	118	2.0	120	89	5	363	38	12	12	36	1.81
124470--124551	26	3.2	26	96	0	146	31	7	24	36	1.83
129146--129175	12	2.5	12	94	0	51	36	3	13	46	1.60
130212--130262	7	7.4	7	88	4	77	27	31	13	27	1.94
132223--132276	26	2.1	26	100	0	108	38	18	0	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134085--134134	20	2.5	19	81	15	57	66	2	4	28	1.21
136809--136861	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
139424--139465	14	2.9	14	89	3	57	21	7	0	71	1.09
139499--139750	3	83.7	3	72	9	113	29	8	2	59	1.40
139612--139649	13	2.8	14	84	8	51	28	13	0	57	1.36
139678--139719	22	1.9	22	95	0	75	35	4	0	59	1.19
139749--139791	3	14.0	3	95	4	77	0	2	32	65	1.06
144572--144623	14	3.9	14	76	19	56	76	0	0	23	0.78
144580--144617	13	2.9	13	81	11	51	73	0	0	26	0.83
144572--144623	20	2.6	20	79	11	70	76	0	0	23	0.78
152803--152863	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
157445--157533	43	2.0	44	93	2	153	22	10	30	37	1.87
157679--157755	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
161786--161883	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
164316--165232	459	2.0	459	94	0	1613	30	23	19	26	1.98
171739--171815	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
175728--175769	15	2.9	14	82	10	57	35	0	11	52	1.38
176153--176226	21	3.4	23	72	14	75	14	16	25	43	1.86
176163--176226	21	3.0	21	81	0	83	15	17	25	42	1.88
184682--184750	28	2.4	29	78	2	77	24	13	30	31	1.93
201297--201335	18	2.2	18	100	0	78	28	17	10	43	1.82
205366--205413	24	2.0	24	100	0	96	20	29	8	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215144--215275	26	5.0	26	70	17	85	40	6	14	37	1.72
215111--215273	81	2.0	81	98	0	317	40	7	12	38	1.73
215987--216031	19	2.3	18	82	14	54	62	6	0	31	1.21
216886--216916	15	2.1	15	100	0	62	32	0	0	67	0.91
219769--219819	24	2.1	25	96	3	95	37	11	19	31	1.88
220793--220842	15	3.3	15	85	0	64	38	18	32	12	1.87
223163--223195	12	2.6	13	85	9	50	60	9	0	30	1.27
223411--223460	20	2.4	21	80	10	57	44	2	10	44	1.49
224804--224844	21	2.0	21	90	4	66	51	2	0	46	1.14
224796--224853	22	2.7	21	76	12	64	48	3	0	48	1.18
225826--225875	20	2.5	19	81	9	55	54	8	6	32	1.54
227677--227728	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
229646--229697	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
232498--232635	70	2.0	70	97	0	258	28	24	17	28	1.97
232812--233940	559	2.0	559	96	0	2091	35	20	9	34	1.85
235556--235755	25	8.4	24	83	8	223	36	19	25	19	1.95
235556--235731	47	3.7	46	89	6	230	37	19	24	18	1.94
235598--235755	72	2.2	72	87	5	219	36	19	24	19	1.95
235556--235755	47	4.2	49	88	6	227	36	19	25	19	1.95
244142--244600	227	2.0	227	99	0	909	31	21	15	32	1.94
245405--245434	8	3.8	8	95	0	51	43	0	0	56	0.99
248461--248486	12	2.2	12	100	0	52	19	19	15	46	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255586--255614	15	1.9	15	100	0	58	27	6	0	65	1.18
256994--257027	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
259924--260001	38	2.1	38	95	0	138	39	12	23	24	1.89
260050--260274	48	4.7	48	77	5	204	28	21	28	20	1.98
268463--268521	28	2.1	28	96	0	109	27	8	13	50	1.70
280118--280147	12	2.6	12	94	5	53	16	0	0	83	0.65
281279--281320	14	3.0	14	79	6	50	28	4	0	66	1.12
283912--283945	17	2.1	16	88	5	50	41	0	17	41	1.50
285719--285757	3	12.7	3	83	5	51	33	2	2	61	1.23
286026--286102	20	3.8	20	75	13	68	35	3	3	57	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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