genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68507290--68507352	29	2.1	29	82	8	74	31	9	12	46	1.74
68516444--68516622	83	2.2	83	89	0	277	33	18	25	22	1.97
68517777--68517876	20	5.2	20	91	6	161	24	24	40	12	1.88
68518930--68519056	42	3.0	42	85	6	161	28	27	14	29	1.95
68519015--68519136	47	2.6	46	82	1	145	28	27	15	28	1.96
68519156--68519335	31	5.8	31	90	2	281	24	26	20	28	1.99
68519318--68519439	50	2.4	51	89	5	185	27	22	13	36	1.92
68520505--68520541	18	2.1	18	90	5	58	37	13	2	45	1.58
68525520--68525555	17	2.2	17	95	5	65	50	0	11	38	1.38
68530094--68530125	16	2.0	16	100	0	64	31	0	31	37	1.58
68531856--68531973	17	6.6	17	86	7	137	36	11	14	38	1.81
68531856--68531973	18	6.6	18	88	5	159	36	11	14	38	1.81
68531856--68531973	35	3.3	35	89	3	173	36	11	14	38	1.81
68536178--68536203	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
68538727--68538793	20	3.3	20	93	4	109	34	11	19	34	1.88
68538738--68538793	11	5.5	11	71	16	57	33	12	19	33	1.89
68538843--68538913	24	3.0	24	89	2	108	26	19	22	30	1.98
68545184--68545250	20	3.3	20	91	4	100	34	11	20	32	1.90
68545195--68545250	11	5.5	11	71	16	57	33	12	21	32	1.91
68545300--68545394	24	4.0	24	83	6	122	27	22	23	27	1.99
68547090--68547170	24	3.4	22	72	21	65	82	0	14	2	0.77
68547092--68547170	23	3.3	24	82	12	92	82	0	15	2	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68547113--68547168	15	3.7	15	84	13	78	82	0	16	1	0.76
68547093--68547169	7	10.9	7	81	10	77	81	0	15	2	0.79
68547904--68547934	14	2.2	14	100	0	62	35	16	35	12	1.87
68548138--68548339	84	2.4	84	86	4	291	30	23	23	23	1.99
68548465--68549388	207	4.5	207	93	0	1544	29	17	23	29	1.97
68549786--68550372	35	16.7	35	97	1	1088	36	11	14	36	1.83
68550984--68551127	54	2.7	54	83	4	157	22	22	27	26	1.99
68551567--68551633	29	2.2	29	84	5	80	32	10	13	43	1.78
68551588--68551646	29	2.0	30	90	3	93	28	8	15	47	1.74
68551592--68551655	29	2.2	29	83	8	76	31	10	12	45	1.77
68551870--68551924	16	3.4	16	79	0	65	36	7	27	29	1.84
68556208--68556241	16	2.1	16	94	0	59	52	0	17	29	1.45
68556753--68556789	18	2.1	18	100	0	74	56	5	5	32	1.45
68558399--68558468	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
68558399--68558496	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
68560731--68560764	14	2.3	15	95	5	61	23	0	0	76	0.79
68562000--68562130	67	2.0	67	89	3	201	31	32	14	22	1.94
68562257--68562458	58	3.5	58	89	0	305	23	25	20	30	1.98
68566352--68566429	40	2.0	40	92	0	129	21	19	29	29	1.98
68574215--68574329	40	2.9	40	93	0	194	22	19	30	27	1.98
68576184--68576216	16	2.1	16	100	0	66	33	36	6	24	1.80
68580229--68580287	29	2.1	28	90	3	91	52	16	6	23	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68581377--68581453	21	3.6	21	69	10	66	37	10	24	27	1.88
68581372--68581457	43	2.0	43	100	0	172	39	11	23	25	1.88
68584201--68584465	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
68593233--68593266	10	3.3	10	84	8	50	55	0	2	41	1.15
68593204--68593266	21	3.0	21	77	6	74	53	0	3	42	1.16
68593212--68593267	27	2.1	27	83	6	69	51	0	3	44	1.18
68595380--68595482	51	2.0	51	86	3	145	31	17	25	26	1.97
68600229--68600456	116	2.0	114	80	6	255	20	18	23	37	1.94
68605862--68605908	24	2.0	24	83	8	60	53	6	2	38	1.39
68605885--68605920	17	2.1	18	90	10	58	50	5	0	44	1.25
68606096--68606150	16	3.5	16	75	9	60	52	1	0	45	1.11
68612899--68612960	31	2.0	31	100	0	124	41	6	16	35	1.74
68633830--68633966	40	3.5	40	79	6	154	24	21	27	27	1.99
68634194--68634235	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
68643121--68643233	44	2.6	45	80	6	108	28	11	23	36	1.90
68643869--68643901	7	4.7	7	100	0	66	39	45	0	15	1.46
68644917--68644949	15	2.2	15	94	0	57	63	9	6	21	1.45
68662057--68662102	21	2.0	24	88	12	71	60	4	13	21	1.49
68665962--68666012	16	3.2	16	94	0	84	52	13	13	19	1.73
68666182--68666209	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
68666375--68666416	19	2.3	19	83	4	59	38	2	0	59	1.10
68666493--68666531	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68666661--68666692	15	2.0	17	88	11	50	31	3	6	59	1.38
68666790--68666846	27	2.1	28	90	3	89	43	7	7	42	1.58
68668629--68668752	58	2.1	58	83	2	160	43	0	4	51	1.26
68668859--68668952	44	2.1	44	88	4	134	35	26	6	31	1.82
68668934--68669003	16	4.4	16	83	3	97	27	27	7	38	1.82
68668934--68669003	31	2.2	32	87	2	97	27	27	7	38	1.82
68669946--68670011	29	2.2	29	84	7	80	34	10	10	43	1.74
68669966--68670024	29	2.0	30	90	3	93	28	8	15	47	1.74
68671009--68671199	47	4.0	47	83	0	220	39	15	17	26	1.90
68672297--68672348	26	2.0	26	100	0	104	38	23	3	34	1.73
68691132--68691169	5	7.6	5	87	0	58	60	26	0	13	1.33
68691132--68691173	10	4.2	10	96	0	75	59	28	0	11	1.33
68694694--68694742	23	2.1	23	88	7	73	26	8	26	38	1.84
68712088--68712223	70	1.9	70	90	0	218	29	25	14	30	1.95
68712168--68712306	41	3.4	41	75	10	124	29	27	17	25	1.97
68724263--68724327	25	2.6	25	79	11	71	23	20	24	32	1.98
68724332--68724400	24	2.9	24	82	0	84	34	21	20	23	1.96
68724742--68724775	12	2.8	12	90	4	50	41	11	0	47	1.40
68729594--68729623	14	2.1	14	100	0	60	26	10	13	50	1.73
68730153--68730209	29	1.9	30	92	3	98	29	7	14	49	1.69
68730155--68730218	29	2.2	29	86	8	85	31	9	12	46	1.73
68738612--68738655	23	2.0	22	86	4	61	40	4	0	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68738660--68738773	54	2.1	54	91	1	185	44	6	6	42	1.54
68739512--68739538	14	1.9	14	100	0	54	29	7	0	62	1.22
68746550--68746592	18	2.3	19	80	4	52	65	0	4	30	1.13
68746661--68746698	18	2.1	18	100	0	76	23	5	36	34	1.78
68759162--68759218	30	1.9	30	96	0	105	36	12	12	38	1.80
68764204--68764279	31	2.5	30	81	16	93	72	1	18	7	1.16
68768204--68768245	22	1.9	22	95	0	75	28	23	23	23	2.00
68770390--68770459	34	2.1	34	81	5	79	27	27	21	24	1.99
68770785--68770851	34	2.0	34	100	0	134	71	5	13	8	1.29
68775088--68775132	16	2.8	16	83	6	56	64	20	11	4	1.42
68780289--68780322	17	2.0	17	88	0	50	26	11	20	41	1.87
68780536--68780604	34	2.0	34	97	0	129	23	2	36	37	1.70
68781935--68782046	27	4.2	26	87	7	152	36	23	24	16	1.94
68781935--68782046	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
68783445--68783501	25	2.3	24	93	6	96	19	38	5	36	1.74
68783445--68783508	25	2.6	25	90	5	85	17	42	4	35	1.70
68789737--68789843	27	3.9	27	78	9	110	37	18	24	19	1.94
68791251--68791299	25	2.0	24	92	4	80	20	40	4	34	1.71
68793676--68793780	43	2.5	42	81	3	129	32	25	18	23	1.97
68796916--68796996	43	1.9	42	87	2	117	32	20	18	28	1.97
68800442--68800529	34	2.6	34	80	7	90	29	26	22	21	1.99
68809536--68809963	71	6.0	71	85	0	505	30	22	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68809808--68809963	35	4.4	37	70	8	117	30	20	23	25	1.98
68811419--68811479	16	4.0	15	81	8	61	54	3	0	42	1.17
68813486--68813571	32	2.7	32	85	0	109	18	23	40	17	1.91
68816694--68816771	20	3.9	20	81	6	95	11	29	23	35	1.90
68828618--68828744	50	2.5	50	85	1	164	33	16	24	25	1.96
68828793--68828915	47	2.6	47	88	3	169	30	13	26	30	1.94
68833745--68833873	50	2.5	51	89	2	197	34	17	23	24	1.95
68833849--68833997	31	4.8	31	88	0	217	27	19	26	26	1.99
68834015--68834187	47	3.7	47	85	6	206	28	13	26	31	1.94
68835526--68835620	20	4.8	20	72	13	81	38	20	28	12	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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