genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22323649--22323800	29	5.5	28	73	17	104	30	1	1	65	1.11
22323646--22323756	12	9.5	11	69	17	55	33	1	1	63	1.16
22323699--22323791	32	3.0	31	77	22	97	32	2	1	64	1.12
22336222--22336271	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
22342646--22342709	12	5.1	12	72	10	56	68	7	1	21	1.23
22342778--22342940	3	55.0	3	71	12	88	61	2	7	28	1.36
22342973--22343030	26	2.1	28	84	6	75	56	1	10	31	1.43
22342993--22343051	25	2.4	25	77	5	66	59	1	5	33	1.29
22343094--22343132	15	2.7	14	88	7	60	64	2	10	23	1.37
22344231--22344272	20	2.1	20	86	8	59	14	0	19	66	1.25
22347934--22347973	20	2.0	21	90	5	64	57	0	5	37	1.21
22349977--22350029	20	2.7	19	85	8	63	64	0	1	33	1.05
22350989--22351020	12	2.7	12	90	0	55	34	18	0	46	1.49
22350986--22351014	15	1.9	15	100	0	58	34	17	0	48	1.47
22350983--22351021	18	2.2	18	90	0	60	33	15	0	51	1.44
22351315--22351374	21	2.9	20	82	7	59	25	21	15	38	1.92
22355786--22355810	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22355783--22355851	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
22356064--22356122	30	1.9	30	82	3	73	27	22	1	49	1.59
22356422--22356469	18	2.7	18	80	0	60	47	18	4	29	1.67
22356543--22357462	70	13.3	69	75	6	578	27	18	24	29	1.98
22356564--22357338	140	5.6	139	78	7	684	26	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22382771--22382871	41	2.5	41	90	0	148	51	3	25	18	1.63
22385605--22385876	47	5.8	45	81	13	293	28	19	29	22	1.98
22385605--22385873	94	2.9	92	88	6	364	28	19	30	21	1.98
22385610--22385876	140	1.9	140	86	8	382	28	19	29	22	1.98
22396364--22396546	51	3.6	51	80	0	161	26	17	27	28	1.98
22396425--22396600	51	3.5	51	81	3	167	26	17	27	27	1.98
22401085--22401136	21	2.5	21	100	0	104	26	26	11	34	1.91
22408641--22408721	37	2.2	37	93	0	135	30	25	12	30	1.92
22408650--22408723	37	2.0	37	100	0	148	29	24	13	32	1.93
22415357--22415524	40	4.2	40	80	1	149	25	27	23	23	2.00
22415420--22415524	41	2.6	39	82	7	129	23	26	24	24	2.00
22428720--22428842	47	2.6	49	78	7	146	33	8	30	26	1.87
22428961--22429066	37	2.9	37	92	0	167	26	18	27	27	1.98
22436601--22436731	55	2.6	49	76	18	135	28	14	25	32	1.95
22436632--22436766	55	2.4	56	86	2	191	28	14	24	33	1.94
22436635--22436793	55	2.9	55	83	4	160	27	13	25	33	1.94
22438056--22438088	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
22440642--22440712	27	2.6	27	79	0	88	30	7	25	36	1.83
22442070--22442096	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
22445722--22445896	40	4.4	40	91	2	273	22	20	30	25	1.98
22446123--22446166	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
22453882--22454058	40	4.4	40	88	2	259	23	20	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22454285--22454328	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
22456747--22456850	18	5.4	18	68	13	64	37	12	9	40	1.76
22456724--22456860	39	3.5	39	86	0	202	36	12	10	40	1.77
22456710--22456860	78	1.9	78	89	0	230	37	12	9	39	1.77
22457003--22457094	44	2.1	44	85	4	123	36	25	18	19	1.94
22465030--22465356	24	13.6	24	75	8	121	35	27	11	24	1.90
22465052--22465356	48	6.4	48	79	3	328	36	27	11	24	1.90
22465053--22465352	96	3.1	96	97	0	555	36	27	11	25	1.89
22465092--22465362	24	11.2	25	77	11	189	37	26	10	24	1.88
22469247--22469285	14	2.8	14	96	0	69	35	2	23	38	1.68
22470706--22470810	53	2.0	53	92	3	176	18	19	8	54	1.68
22478091--22478262	40	4.3	40	88	5	233	26	27	20	25	1.99
22478831--22479006	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
22484845--22485069	40	5.7	40	83	8	255	26	28	21	24	1.99
22484845--22485069	79	2.8	79	82	5	247	26	28	21	24	1.99
22484847--22485067	119	1.9	120	82	6	288	25	28	21	24	1.99
22485985--22486130	39	3.7	39	81	0	184	37	12	10	39	1.78
22486727--22486762	9	3.8	9	86	13	54	0	16	0	83	0.65
22486854--22486918	24	2.8	25	73	19	59	46	6	0	47	1.27
22507131--22507299	43	3.9	43	78	3	178	24	15	28	31	1.96
22514574--22514730	43	3.7	42	76	16	155	29	26	17	27	1.97
22515253--22515304	28	1.9	26	84	7	68	25	17	5	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22515471--22515505	18	2.0	18	94	5	63	62	11	2	22	1.41
22520653--22520807	31	5.0	31	90	1	240	30	24	16	28	1.96
22520822--22520913	42	2.2	42	92	0	148	33	21	14	30	1.93
22520956--22521047	38	2.4	38	100	0	184	26	42	16	15	1.87
22522043--22522128	27	3.1	27	77	14	86	33	10	16	39	1.83
22522133--22522533	27	14.9	27	80	2	180	35	8	20	34	1.84
22522197--22522378	81	2.2	81	80	3	222	40	8	23	28	1.83
22522196--22522378	54	3.4	54	85	1	251	40	8	23	27	1.83
22524719--22524873	31	5.0	31	90	1	240	30	24	16	28	1.96
22524888--22524979	42	2.2	42	92	0	148	33	21	14	30	1.93
22525022--22525113	38	2.4	38	100	0	184	26	42	16	15	1.87
22525992--22526069	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
22526110--22526234	27	4.6	27	74	15	96	34	9	16	39	1.82
22526188--22526627	27	16.3	27	76	5	156	34	8	20	36	1.84
22526263--22526447	81	2.3	81	88	1	246	37	8	23	29	1.85
22526265--22526447	54	3.4	54	83	6	235	38	8	22	30	1.85
22526437--22526598	53	3.0	53	76	4	157	32	9	18	38	1.84
22528486--22528643	43	3.7	43	74	10	153	24	17	25	32	1.96
22529870--22529901	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
22532354--22532411	25	2.3	25	82	11	66	65	1	10	22	1.32
22539895--22540019	56	2.2	56	81	5	146	25	18	27	28	1.98
22543281--22543320	20	2.0	20	85	5	53	40	0	15	45	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22546185--22546333	43	3.5	43	80	1	156	27	18	29	24	1.98
22546326--22546428	40	2.5	40	82	1	98	28	18	27	26	1.98
22546338--22546428	40	2.2	40	86	1	119	25	18	27	28	1.98
22550715--22550811	49	2.0	49	91	0	158	22	6	26	44	1.76
22551132--22551274	43	3.3	42	83	3	160	30	19	26	23	1.98
22551812--22551844	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
22555466--22556403	40	23.5	40	96	0	1688	29	27	20	22	1.99
22563619--22563725	49	2.2	49	91	3	171	20	24	9	45	1.80
22564529--22565466	40	23.5	40	97	0	1715	29	27	20	22	1.98
22573278--22573375	49	2.0	49	97	0	187	24	21	28	25	1.99
22585516--22585573	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
22587415--22587473	30	2.0	31	86	6	86	44	5	18	32	1.72
22598634--22598704	29	2.5	29	79	2	72	28	25	15	30	1.96
22598918--22598948	16	1.9	16	93	0	53	9	19	22	48	1.78
22602024--22602286	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
22602024--22602286	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
22602218--22602295	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
22609970--22610139	40	4.3	40	92	0	243	26	27	21	24	1.99
22609970--22610192	40	5.6	39	86	3	241	26	27	21	25	1.99
22610124--22610201	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
22612052--22612186	43	3.2	43	74	14	127	28	22	17	30	1.97
22613167--22613265	42	2.3	43	84	8	132	25	18	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22613106--22613277	43	4.0	42	77	10	177	23	16	27	31	1.96
22614049--22614087	19	2.1	19	85	9	53	38	0	17	43	1.50
22620458--22620572	43	2.7	43	90	2	169	31	27	18	22	1.97
22625252--22625337	44	1.9	45	90	2	138	44	24	9	22	1.82
22629363--22629419	27	2.1	27	100	0	114	52	19	3	24	1.61
22632557--22632724	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
22632592--22632777	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
22632594--22632777	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
22654974--22655045	37	2.0	34	81	7	81	5	37	1	55	1.32
22655123--22655206	42	2.0	42	100	0	168	35	23	16	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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