genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1650725--1650871	44	3.4	43	71	10	129	21	23	20	35	1.96
1651385--1651559	55	3.2	55	96	0	332	51	10	17	20	1.75
1652980--1653083	45	2.3	45	80	6	113	27	25	14	32	1.94
1653162--1653314	43	3.6	41	71	8	110	19	18	23	37	1.94
1653155--1653314	86	1.9	85	80	7	189	19	20	23	37	1.94
1653695--1653841	44	3.4	43	71	10	129	21	23	20	35	1.96
1654355--1654529	55	3.2	55	96	0	332	51	10	17	20	1.75
1668428--1668592	70	2.4	70	90	0	258	34	25	9	30	1.87
1668428--1668592	35	4.7	35	87	1	233	34	25	9	30	1.87
1669562--1669685	45	2.7	46	93	1	214	20	25	13	40	1.89
1688877--1688901	8	3.1	8	100	0	50	24	12	52	12	1.72
1697474--1697652	91	2.0	91	94	0	313	40	12	18	29	1.87
1698167--1698227	31	2.0	31	93	0	104	55	21	9	13	1.66
1698468--1698528	21	2.9	21	87	4	79	4	47	16	31	1.68
1698476--1698536	21	2.9	20	77	18	61	4	47	18	29	1.69
1703583--1703607	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1707246--1707381	70	1.9	71	88	5	204	38	5	36	19	1.74
1707545--1707826	115	2.5	114	84	3	361	33	19	16	29	1.94
1708227--1708274	22	2.2	22	84	0	60	22	0	27	50	1.50
1708235--1708287	14	3.7	14	77	5	52	20	0	28	50	1.48
1708235--1708330	29	3.3	28	77	4	93	23	2	29	44	1.65
1708315--1708364	21	2.3	21	86	10	66	24	0	40	36	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1708882--1708947	15	4.5	15	77	9	57	42	40	0	16	1.48
1710909--1710958	21	2.4	21	96	0	91	6	0	68	26	1.13
1712394--1712418	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1716865--1716938	8	8.9	8	81	11	78	32	0	4	63	1.13
1716858--1716907	23	2.2	23	85	0	64	36	0	4	60	1.16
1716865--1716912	15	3.1	15	90	3	78	29	0	4	66	1.10
1716868--1716913	23	2.0	23	91	0	74	28	0	4	67	1.10
1717081--1717128	22	2.2	22	84	0	60	22	0	27	50	1.50
1717089--1717141	14	3.7	14	77	5	52	20	0	28	50	1.48
1717089--1717184	29	3.3	28	77	4	93	23	2	29	44	1.65
1717169--1717218	21	2.3	21	86	10	66	24	0	40	36	1.55
1717736--1717801	15	4.5	15	77	9	57	42	40	0	16	1.48
1719763--1719812	21	2.4	21	96	0	91	6	0	68	26	1.13
1721248--1721272	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1722253--1722439	87	2.2	86	90	2	295	25	19	30	24	1.98
1722248--1722417	43	3.9	43	93	2	286	24	18	34	22	1.96
1722492--1722574	31	2.6	31	80	3	85	61	19	3	15	1.48
1727000--1727057	30	1.9	30	85	0	80	43	1	24	31	1.64
1727269--1727300	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1727395--1728386	50	19.7	50	97	0	1761	26	24	32	16	1.96
1729479--1729594	58	2.0	58	93	0	196	34	7	19	37	1.81
1732052--1732239	9	20.4	9	70	16	91	38	1	12	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1732040--1732093	26	2.1	26	100	0	108	35	3	14	46	1.63
1732087--1732235	43	3.4	45	74	15	125	39	1	12	46	1.49
1732050--1732171	26	4.6	25	75	9	84	36	1	13	47	1.53
1732016--1732239	69	3.2	69	80	8	222	38	1	13	45	1.54
1733209--1733760	183	3.0	183	96	0	1014	42	14	15	27	1.86
1736682--1736730	15	3.5	15	73	21	61	28	0	53	18	1.45
1736681--1736733	26	2.0	26	100	0	106	30	0	49	20	1.50
1737011--1737068	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
1737045--1737088	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
1737316--1737363	21	2.3	22	85	7	73	41	39	0	18	1.51
1737437--1737574	41	3.4	41	91	1	215	19	22	21	36	1.95
1737629--1737654	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
1740499--1740897	201	2.0	201	97	1	755	31	16	13	38	1.87
1746175--1746263	44	2.0	44	95	0	160	35	16	7	39	1.78
1747270--1747311	11	3.6	11	81	12	57	59	4	0	35	1.19
1757318--1757356	19	2.1	19	95	0	69	30	10	33	25	1.89
1763036--1763283	44	5.6	44	72	10	166	29	18	24	27	1.98
1763068--1763282	44	4.9	43	73	13	177	30	18	24	26	1.98
1763035--1763426	133	2.9	132	86	3	500	31	19	21	26	1.97
1776340--1776420	40	2.0	40	88	4	119	45	14	11	28	1.79
1777100--1777159	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
1777402--1777507	54	2.0	54	94	0	185	23	30	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1778122--1778154	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
1783569--1783637	5	14.4	5	85	13	92	20	1	0	78	0.83
1783558--1783649	14	6.4	14	77	17	57	20	2	0	77	0.88
1783562--1783629	19	3.6	19	92	5	104	19	1	0	79	0.81
1785193--1785252	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
1785399--1785513	55	2.1	55	96	1	214	37	22	3	36	1.71
1786216--1786249	12	2.8	12	100	0	68	23	8	0	67	1.18
1787693--1787771	26	3.0	26	87	3	106	36	5	18	39	1.73
1787695--1787766	13	5.5	13	68	12	58	31	5	20	41	1.76
1789083--1789206	30	4.3	30	89	8	202	24	50	6	19	1.71
1789087--1789204	56	2.1	56	93	1	209	24	48	6	20	1.74
1789686--1789894	25	8.6	25	71	14	98	32	6	4	56	1.43
1789703--1789815	50	2.3	49	76	6	111	36	6	3	53	1.43
1789961--1790016	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
1792917--1793294	43	8.8	42	72	8	183	30	24	21	23	1.99
1793645--1793702	21	2.8	21	89	0	80	1	50	18	29	1.57
1799273--1799409	9	14.6	9	73	8	112	31	2	21	45	1.64
1799273--1799404	48	2.8	48	79	3	149	31	2	21	45	1.64
1799273--1799409	57	2.4	57	83	0	166	31	2	21	45	1.64
1802769--1802818	7	7.0	7	79	2	55	44	34	0	22	1.53
1802772--1802814	14	3.1	14	87	9	61	44	32	0	23	1.54
1802769--1802818	21	2.3	21	86	3	64	44	34	0	22	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1803285--1803323	21	1.9	19	85	10	51	25	43	0	30	1.55
1804235--1804316	35	2.3	35	83	4	94	47	24	2	25	1.64
1804392--1804500	57	1.9	57	94	0	191	27	27	22	22	1.99
1804449--1804830	41	9.3	41	88	2	534	22	26	21	29	1.99
1809549--1809615	29	2.3	29	84	0	89	32	2	32	31	1.73
1809611--1810031	188	2.2	187	84	2	533	33	15	22	28	1.95
1810401--1810443	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
1810846--1810909	22	2.9	22	95	0	110	43	0	9	46	1.35
1812512--1812603	42	2.2	42	83	9	118	21	31	29	17	1.96
1818611--1818653	21	2.0	22	90	4	70	44	16	6	32	1.74
1818727--1818778	21	2.5	21	87	0	77	44	13	17	25	1.85
1819482--1819517	17	2.1	17	90	10	56	36	0	0	63	0.94
1819603--1819646	22	2.0	21	83	12	54	29	0	4	65	1.12
1819831--1819954	61	2.0	61	100	0	248	30	0	19	50	1.48
1822765--1822843	41	1.9	42	85	12	110	29	10	0	60	1.29
1822867--1822996	3	43.3	3	100	0	260	33	0	0	66	0.92
1828534--1828637	55	1.9	54	94	2	181	16	13	50	19	1.77
1833489--1833602	56	2.0	56	84	3	149	39	13	16	30	1.87
1847745--1847847	26	4.0	26	72	20	76	75	11	6	5	1.17
1847747--1847853	52	2.1	52	91	3	171	77	9	7	5	1.12
1850360--1850388	15	2.0	15	93	6	51	62	0	10	27	1.28
1862833--1862990	30	5.3	30	77	5	108	39	12	24	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1862859--1863079	30	7.4	30	75	6	144	40	12	25	21	1.88
1863065--1863141	30	2.5	31	79	4	86	40	9	23	27	1.84
1864874--1865039	43	3.9	43	77	5	149	26	16	26	30	1.96
1866754--1866792	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
1873476--1873551	36	2.1	36	97	0	143	21	9	21	48	1.77
1888287--1888595	155	2.0	155	98	0	591	35	15	11	37	1.84
1891109--1891133	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1900110--1900151	19	2.3	19	83	4	59	40	0	0	59	0.97
1900742--1900770	6	4.8	6	100	0	58	0	13	17	68	1.20
1906237--1906293	6	9.3	6	80	3	60	49	3	3	43	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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