genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96863746--96863924	59	3.1	57	79	7	182	37	12	25	24	1.91
96874753--96875224	235	2.0	237	95	1	860	36	8	19	35	1.83
96877761--96877952	50	3.8	50	83	4	226	26	18	26	29	1.98
96877764--96877955	99	1.9	101	85	4	264	25	17	26	30	1.97
96880301--96880355	27	2.0	27	96	0	101	34	20	7	38	1.80
96880819--96880869	23	2.2	23	92	0	84	27	33	27	11	1.92
96882359--96882440	43	1.9	43	84	0	110	26	26	18	28	1.98
96884282--96884306	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
96885669--96885792	43	2.9	42	83	3	142	28	29	18	23	1.98
96887399--96887460	25	2.5	25	86	0	88	30	24	22	22	1.99
96892690--96892727	2	19.0	2	94	0	67	50	0	2	47	1.15
96893035--96893100	26	2.5	26	80	9	73	25	3	9	62	1.40
96895229--96895291	26	2.5	25	85	10	76	25	6	3	65	1.32
96896171--96896201	15	2.1	15	100	0	62	48	6	19	25	1.72
96901429--96901476	21	2.3	21	85	0	60	14	41	20	22	1.89
96903194--96903306	46	2.5	44	81	9	129	28	16	25	29	1.97
96903294--96903366	24	3.0	24	95	0	128	31	19	26	23	1.98
96903342--96903468	50	2.6	50	81	7	145	29	21	27	21	1.98
96903431--96903562	47	2.8	48	78	11	144	26	21	28	24	1.99
96910999--96911125	47	2.7	47	83	9	154	27	18	27	25	1.98
96915413--96915452	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
96932087--96932124	19	2.0	19	85	10	51	60	0	36	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96934918--96935110	40	4.8	40	82	2	235	21	27	15	35	1.93
96934918--96935135	80	2.7	79	80	5	251	23	27	15	33	1.95
96934921--96935140	120	1.8	120	85	1	289	23	28	14	33	1.94
96936891--96936919	15	1.9	15	100	0	58	41	20	6	31	1.79
96937659--96937700	19	2.2	19	91	8	68	66	2	0	30	1.04
96939510--96939540	14	2.1	15	94	5	55	12	22	29	35	1.91
96939971--96939998	13	2.2	13	100	0	56	42	28	14	14	1.84
96951275--96951310	14	2.6	14	100	0	72	30	8	36	25	1.85
96963324--96963505	55	3.4	57	77	12	177	22	24	18	35	1.96
96963702--96963788	44	2.0	44	84	4	113	25	26	12	35	1.92
96983468--96983661	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
96983497--96983568	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
96983542--96983617	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
96983864--96984008	37	3.9	37	95	0	254	24	19	31	25	1.98
96985461--96985665	40	5.1	40	99	0	401	22	21	29	25	1.99
96990858--96990908	26	1.9	27	92	4	86	33	21	15	29	1.94
96991008--96991122	27	4.3	26	86	5	140	19	21	22	36	1.95
97004864--97005030	46	3.6	46	75	10	169	22	18	27	31	1.97
97004855--97005025	93	1.8	93	89	0	270	21	19	28	30	1.97
97005577--97006694	566	2.0	566	96	0	2040	38	11	16	34	1.84
97014632--97014701	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
97015104--97015129	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97025146--97025223	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93
97025176--97025503	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
97033296--97033373	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93
97033351--97033624	145	1.9	145	96	0	503	30	15	23	31	1.95
97048974--97049144	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
97048969--97049141	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
97052061--97052094	17	2.0	17	94	0	59	61	5	11	20	1.50
97061275--97061314	20	2.0	20	85	9	55	52	0	5	42	1.23
97061284--97061323	20	2.0	20	85	5	53	52	0	5	42	1.23
97061408--97061439	17	2.0	17	88	11	50	46	6	12	34	1.67
97063096--97063175	18	4.4	18	82	0	97	32	11	17	38	1.85
97063096--97063177	36	2.3	36	86	0	119	32	10	18	37	1.86
97064061--97064115	21	2.6	21	79	0	65	20	25	32	21	1.97
97065918--97066095	27	6.6	27	85	3	205	29	28	15	26	1.96
97065939--97066094	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
97065918--97066109	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
97073983--97074160	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
97074004--97074159	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
97086640--97086700	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
97088209--97088489	43	6.6	43	80	5	246	21	17	19	41	1.91
97089418--97089448	11	2.8	11	95	0	53	80	3	0	16	0.83
97098440--97098534	25	3.8	25	92	0	154	24	24	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97098415--97098535	50	2.4	49	77	11	138	24	23	23	27	2.00
97099324--97099415	27	3.4	27	86	3	96	22	27	16	33	1.95
97099446--97099805	27	13.3	27	77	5	217	32	9	19	38	1.84
97099448--97099754	54	5.7	53	77	6	240	30	9	20	39	1.85
97099531--97099754	81	2.8	79	83	6	254	29	9	20	40	1.84
97099557--97099764	80	2.6	81	86	2	267	30	9	20	40	1.83
97099766--97099913	27	5.5	27	84	0	179	41	7	21	29	1.80
97099758--97099909	81	1.9	81	84	0	205	41	7	20	30	1.79
97099758--97099913	54	2.9	54	84	0	222	41	7	21	30	1.79
97102760--97102798	19	2.1	19	85	0	51	30	43	10	15	1.80
97104768--97104906	39	3.5	39	88	1	197	18	30	18	31	1.95
97110871--97110918	18	2.7	18	76	0	60	27	20	8	43	1.80
97113264--97113503	55	4.5	54	80	8	226	37	17	22	22	1.94
97113272--97113474	108	1.9	110	83	4	268	35	17	22	24	1.95
97113562--97113672	37	3.0	37	98	0	213	45	8	28	17	1.76
97117326--97117503	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
97117327--97117482	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
97117323--97117503	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
97123014--97123218	27	7.6	27	86	3	250	30	27	14	26	1.95
97128635--97128812	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
97128636--97128791	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
97128632--97128812	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97131117--97131484	185	2.0	184	97	1	702	34	24	11	29	1.91
97134472--97134601	43	3.0	43	80	2	145	32	27	18	21	1.97
97143102--97143321	40	5.6	40	84	1	291	25	22	25	26	2.00
97143102--97143321	79	2.8	79	94	0	368	25	22	25	26	2.00
97148363--97148525	40	4.1	40	84	3	222	22	21	28	27	1.99
97150431--97150466	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
97156386--97156748	40	9.1	40	90	4	538	22	19	28	30	1.98
97159906--97159937	12	2.7	12	100	0	64	28	9	31	31	1.88
97161693--97161834	43	3.3	42	78	8	135	28	16	23	31	1.96
97166939--97167156	47	4.7	47	76	9	200	23	29	19	27	1.98
97167869--97167893	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
97171603--97171628	13	2.0	13	100	0	52	0	46	15	38	1.46
97172542--97173425	94	9.4	94	97	1	1585	25	30	17	26	1.97
97178206--97178363	39	4.1	39	88	0	217	27	21	22	27	1.99
97190066--97190202	49	2.7	50	82	7	170	25	20	25	28	1.99
97190066--97190211	51	2.9	51	79	10	165	26	19	25	28	1.99
97192541--97192628	43	2.0	43	95	0	158	36	12	12	38	1.81
97197824--97197877	27	2.0	27	88	0	81	37	7	16	38	1.77
97198129--97198361	49	4.7	49	80	2	259	26	18	27	27	1.98
97198129--97198361	101	2.3	98	81	3	270	26	18	27	27	1.98
97199669--97199701	17	1.9	17	93	0	57	30	6	24	39	1.79
97200961--97201048	43	2.0	43	97	0	167	38	13	18	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97207583--97207846	47	5.6	46	74	13	173	24	29	18	26	1.98
97209350--97209396	24	2.0	24	95	0	85	38	14	19	27	1.91
97209432--97209578	51	2.9	51	92	2	242	32	13	25	28	1.94
97213896--97214015	43	2.9	41	79	8	125	25	20	25	29	1.99
97213896--97214054	85	1.9	84	80	5	185	25	20	26	28	1.99
97220825--97220912	40	2.2	41	86	11	121	23	23	27	25	2.00
97223445--97223613	47	3.6	47	76	11	166	24	28	20	26	1.99
97223496--97223661	47	3.5	48	76	10	171	24	31	17	26	1.97
97223356--97223661	94	3.3	93	79	6	309	25	28	18	27	1.98
97231652--97231678	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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