Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  171  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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8
29
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
T
Entropy
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1.38
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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177
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25
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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0
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0
50
32
0
0
68
0.90
56152548--56152598
19
2.7
19
81
6
59
31
27
27
13
1.94
56155341--56155429
10
9.2
9
73
15
54
40
2
1
56
1.19
56156335--56156409
31
2.5
30
87
10
100
54
13
5
26
1.60
56164525--56164559
19
1.9
18
88
11
54
45
11
2
40
1.55
56176002--56176031
12
2.5
12
100
0
60
23
6
13
56
1.60
56176096--56176188
47
2.0
46
93
4
161
33
6
13
46
1.69
56177241--56177301
30
2.0
30
96
0
113
31
9
6
52
1.60
56180233--56180541
161
1.9
161
89
1
476
31
21
21
25
1.98
56183667--56183701
15
2.4
15
95
4
63
8
11
0
80
0.92
56184818--56184922
22
4.5
22
69
22
72
66
0
1
30
1.09
56188086--56188122
17
2.1
18
85
14
51
78
2
2
16
0.98
56188032--56188261
115
2.0
114
93
2
390
58
8
12
20
1.60
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56188196--56188233
16
2.3
17
81
4
51
73
0
5
21
1.02
56189314--56189371
30
1.9
30
92
0
98
13
27
39
18
1.89
56200126--56200175
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
56204765--56204814
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
56207725--56207794
26
2.5
28
77
11
81
61
1
1
35
1.14
56210665--56210699
17
2.1
17
100
0
70
17
17
5
60
1.55
56211263--56211295
16
2.0
17
88
5
50
57
0
6
36
1.23
56211334--56211375
22
2.0
21
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4
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61
0
0
38
0.96
56211340--56211401
32
1.9
33
87
9
92
64
1
0
33
1.03
56211490--56211543
16
3.2
16
73
16
56
35
0
0
64
0.94
56219065--56219116
26
2.0
26
100
0
104
38
11
15
34
1.83
56219914--56219964
21
2.4
21
96
0
93
11
17
41
29
1.85
56223324--56223386
30
2.1
30
91
5
101
28
1
11
58
1.41
56226471--56226500
14
2.1
14
100
0
60
53
0
0
46
1.00
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21
2.2
20
88
4
63
28
24
17
28
1.97
56229907--56229961
21
2.6
21
76
21
53
36
0
3
60
1.15
56231474--56231513
21
1.9
21
89
0
62
17
20
35
27
1.95
56234745--56234808
29
2.2
29
86
2
85
37
1
12
48
1.51
56237593--56237625
17
2.0
17
88
5
50
51
0
0
48
1.00
56237594--56237649
23
2.7
20
79
15
60
57
1
0
41
1.09
56243076--56243123
23
2.1
23
96
0
87
22
14
10
52
1.72
56247928--56247958
16
2.0
16
93
6
55
80
0
0
19
0.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
56249665--56249799
70
1.9
70
95
3
245
27
24
17
30
1.97
56249874--56249956
42
2.0
42
92
0
139
22
18
16
42
1.89
56256941--56257057
51
2.3
51
92
0
189
25
23
17
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1.96
56263269--56263302
11
3.0
12
87
12
54
32
0
0
67
0.91
56266545--56266578
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2.4
14
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5
50
47
0
0
52
1.00
56289787--56290409
310
2.0
310
96
0
1158
22
19
13
44
1.86
56296883--56296909
6
4.5
6
100
0
54
48
14
0
37
1.45
56302770--56302801
15
2.1
15
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0
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6
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18
1.42
56302868--56302924
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2.2
26
87
6
80
29
14
17
38
1.89
56303473--56303790
155
2.1
155
93
1
539
35
15
18
29
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310