genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78052736--78052802	30	2.3	29	94	2	116	34	25	14	25	1.94
78057810--78057888	42	1.9	42	86	2	115	31	26	15	26	1.95
78057916--78057992	40	1.9	40	84	10	104	33	23	15	27	1.95
78063308--78063376	24	2.9	25	87	6	90	55	17	18	8	1.67
78067472--78067626	27	5.8	27	81	6	145	32	12	15	38	1.86
78073437--78073560	9	14.0	9	75	8	103	35	1	18	44	1.60
78073427--78073542	45	2.6	45	89	4	173	37	1	17	43	1.59
78075395--78075523	43	3.0	43	75	8	129	32	15	23	28	1.95
78081724--78081752	14	2.0	15	93	6	51	86	0	13	0	0.58
78090929--78091141	46	4.6	46	77	10	218	30	27	20	22	1.98
78091032--78091171	47	3.0	47	71	17	155	29	27	18	24	1.98
78090986--78091171	93	2.0	93	96	0	345	30	26	18	24	1.98
78091021--78091164	46	3.1	46	71	16	152	29	26	20	23	1.99
78098601--78098771	93	1.8	93	87	2	254	29	28	19	22	1.98
78098596--78098764	46	3.7	46	77	12	166	30	27	18	22	1.98
78104118--78104183	28	2.4	26	71	16	62	43	21	16	18	1.87
78109226--78109270	23	2.0	23	95	0	81	44	8	20	26	1.80
78112506--78114680	751	2.9	751	94	3	3623	41	8	9	41	1.67
78114704--78114774	36	2.0	36	82	0	88	18	23	18	39	1.92
78114769--78114806	19	2.0	19	89	0	58	13	26	18	42	1.87
78123108--78123229	46	2.7	44	80	8	120	28	15	27	27	1.96
78123205--78123332	47	2.6	48	82	6	152	27	17	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78123824--78123890	31	2.2	31	94	0	116	37	13	16	32	1.88
78127454--78127674	40	5.6	40	90	2	304	25	23	27	23	2.00
78138742--78138828	44	2.0	44	93	0	147	35	21	6	35	1.81
78153332--78153445	44	2.6	42	80	6	104	32	21	13	33	1.91
78156552--78156599	24	2.0	24	100	0	96	29	29	0	41	1.56
78158156--78158187	17	1.9	16	93	6	55	53	21	12	12	1.71
78158804--78158866	33	1.9	33	93	0	108	31	17	17	33	1.93
78164169--78164365	55	3.7	53	75	11	157	19	22	18	38	1.93
78170911--78170996	28	3.0	28	86	3	118	29	13	27	29	1.95
78173656--78173701	20	2.2	21	88	3	67	63	0	26	10	1.27
78173708--78173743	6	6.0	6	93	0	54	33	0	27	38	1.57
78175812--78175836	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
78176855--78177063	55	3.9	54	77	8	201	35	15	23	24	1.94
78176865--78177063	108	1.8	110	85	4	287	35	15	23	25	1.94
78180561--78180774	54	4.0	53	78	4	214	20	22	16	40	1.91
78180568--78180762	53	3.6	52	80	6	194	21	23	16	38	1.93
78191824--78192007	40	4.6	40	82	9	207	23	22	28	24	1.99
78191876--78192030	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
78194648--78194697	18	3.1	18	68	31	58	30	6	22	42	1.77
78194648--78194705	30	1.9	30	93	6	100	32	6	20	39	1.79
78198992--78199114	38	3.2	38	83	4	140	33	26	19	20	1.96
78205541--78205580	21	1.9	21	89	0	62	27	12	25	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78209607--78209636	12	2.6	12	94	5	53	70	10	0	20	1.16
78213112--78213791	295	2.3	299	81	7	769	40	10	14	34	1.80
78215078--78215168	31	3.0	31	75	13	89	35	10	13	40	1.79
78220981--78221056	27	2.8	26	92	4	116	32	21	25	21	1.97
78229910--78230029	49	2.5	48	90	2	188	31	10	28	30	1.89
78230010--78230048	19	2.1	19	90	0	60	35	10	25	28	1.89
78230175--78230253	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
78232690--78232775	27	3.2	26	85	4	100	38	20	22	18	1.94
78234004--78234053	25	2.0	25	100	0	100	60	0	24	16	1.36
78234607--78234648	18	2.3	18	84	12	50	45	21	11	21	1.84
78235585--78235614	8	3.6	8	95	4	51	60	13	0	26	1.34
78236868--78236994	46	2.8	43	78	10	137	29	16	27	25	1.97
78245657--78245918	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
78253684--78253945	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
78255367--78255539	46	3.7	46	76	10	156	30	19	26	24	1.98
78255406--78255577	94	1.8	94	87	0	254	28	18	27	25	1.98
78267457--78267481	8	3.1	8	100	0	50	60	12	0	28	1.32
78267869--78268210	116	2.9	116	97	0	657	41	20	20	17	1.90
78287301--78287533	49	4.7	50	83	2	290	26	18	25	29	1.98
78294787--78295860	269	4.0	269	99	0	2130	37	18	8	35	1.82
78296672--78296868	40	4.9	40	87	0	259	25	28	22	23	1.99
78296738--78296947	40	5.3	39	81	7	128	25	27	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78296723--78296947	80	2.8	80	79	7	208	24	27	22	25	2.00
78296686--78296949	120	2.2	120	80	4	300	25	28	22	23	1.99
78297253--78297331	29	2.7	29	88	2	113	27	31	15	25	1.95
78297313--78297415	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
78306634--78306708	37	2.0	37	97	0	141	25	25	18	30	1.98
78308048--78308129	40	2.0	40	80	0	92	25	23	15	35	1.94
78318610--78318674	34	1.9	34	83	0	85	29	23	24	23	1.99
78319514--78319548	17	2.1	17	100	0	70	42	5	17	34	1.73
78327568--78327669	42	2.4	42	86	3	143	30	24	21	23	1.99
78330106--78330438	117	2.8	117	87	0	486	30	27	22	20	1.98
78330106--78330438	39	8.5	39	84	0	423	30	27	22	20	1.98
78330431--78330521	39	2.3	39	83	5	112	24	24	19	31	1.98
78336436--78336468	16	2.1	16	94	0	57	39	15	6	39	1.72
78336957--78337071	27	4.3	26	86	5	149	34	22	24	18	1.96
78337464--78337529	33	2.0	33	96	0	123	15	22	21	40	1.90
78341418--78341474	30	1.9	30	85	0	78	38	8	22	29	1.85
78343622--78343656	17	1.9	19	88	11	56	40	0	17	42	1.49
78350942--78350970	13	2.3	13	94	5	51	24	6	0	68	1.13
78360639--78360842	47	4.4	47	83	3	243	31	9	32	26	1.88
78360639--78360854	94	2.3	93	83	7	281	32	8	31	26	1.87
78362413--78362592	55	3.2	55	85	9	252	24	22	28	23	1.99
78367247--78367307	25	2.4	25	83	0	77	49	14	16	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78368484--78368707	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
78368445--78368707	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
78368445--78368707	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
78377971--78378041	26	2.7	27	80	8	83	26	25	14	33	1.94
78377971--78378050	27	3.0	27	87	3	108	25	23	16	35	1.95
78388503--78388731	115	2.0	115	93	1	397	32	29	12	25	1.93
78392778--78392845	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
78392667--78392994	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
78392947--78393025	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
78397946--78398126	40	4.6	40	86	4	226	23	23	28	24	2.00
78402450--78402625	46	3.8	45	77	12	187	21	20	29	28	1.98
78402446--78402618	93	1.9	93	91	2	285	21	20	30	27	1.98
78426076--78426109	15	2.3	15	89	0	50	58	8	0	32	1.29
78433376--78433413	15	2.5	15	91	0	58	52	15	13	18	1.74
78434150--78434317	46	3.6	45	85	8	196	25	29	17	27	1.97
78439537--78439566	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
78444251--78444324	25	3.0	25	91	0	112	31	18	21	28	1.97
78444258--78444332	25	3.0	24	86	3	87	30	17	24	28	1.97
78445762--78445829	30	2.3	30	89	0	100	16	20	35	27	1.94
78451000--78451144	27	5.4	27	75	3	130	35	15	17	31	1.91
78450999--78451144	54	2.7	54	76	6	152	35	15	17	30	1.92
78454700--78454871	27	6.4	27	82	5	188	38	19	13	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78454699--78454871	54	3.2	53	84	1	229	38	19	13	28	1.90
78454699--78454871	81	2.1	81	85	5	233	38	19	13	28	1.90
78458088--78458122	18	1.9	18	88	0	52	28	11	11	48	1.74
78460916--78461033	39	3.0	39	95	2	202	20	21	31	27	1.98
78463755--78463784	12	2.5	12	94	0	51	16	26	33	23	1.96
78472567--78472670	45	2.3	45	89	0	163	36	29	11	22	1.89
78474452--78474562	27	4.2	26	85	5	132	36	21	24	18	1.95
78478566--78478653	6	14.3	6	71	17	65	46	15	18	19	1.84
78478575--78478653	31	2.5	31	89	0	113	46	15	18	18	1.84
78479073--78479276	27	7.6	27	89	0	291	23	21	21	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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