genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99701435--99701659	40	5.6	40	81	5	231	26	24	26	23	2.00
99701435--99701659	80	2.8	80	83	2	281	26	24	26	23	2.00
99701435--99701659	120	1.9	121	85	4	312	26	24	26	23	2.00
99709871--99709975	42	2.5	43	89	4	151	33	15	22	28	1.95
99709927--99710063	57	2.4	56	85	4	177	29	13	22	34	1.93
99709927--99710094	57	3.0	57	80	8	150	28	14	23	33	1.94
99718460--99718589	45	2.9	45	93	2	208	28	26	21	23	1.99
99719394--99719489	47	2.0	47	92	4	158	44	12	12	30	1.79
99731586--99731642	29	2.0	29	96	0	105	26	15	29	28	1.96
99733790--99733820	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
99740013--99740442	143	3.0	143	100	0	860	40	9	14	34	1.79
99742156--99742195	20	2.0	20	85	9	55	37	17	7	37	1.78
99742702--99742728	10	2.7	10	100	0	54	33	0	37	29	1.58
99747099--99747165	27	2.5	27	97	0	125	25	22	16	35	1.94
99747182--99747282	27	3.7	27	89	2	150	34	15	17	31	1.92
99747388--99747436	18	2.8	18	96	3	91	16	42	22	18	1.88
99754321--99754490	40	4.3	40	87	0	216	24	28	22	24	1.99
99768491--99768533	19	2.1	21	87	8	63	18	27	0	53	1.45
99769300--99769341	17	2.5	17	84	0	57	9	26	40	23	1.85
99769399--99769513	29	4.0	28	85	2	131	26	16	29	26	1.97
99769412--99769522	57	1.9	58	87	1	161	26	17	30	26	1.97
99772288--99772457	89	1.9	89	90	2	270	23	23	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99772288--99772546	45	5.9	45	83	8	277	25	22	27	25	2.00
99772290--99772489	89	2.3	89	85	6	255	24	23	27	26	2.00
99777126--99777392	46	5.7	47	79	11	241	23	30	18	27	1.98
99777341--99777641	150	2.0	150	100	0	602	26	24	15	32	1.96
99790425--99790508	28	3.0	29	85	3	118	28	29	15	26	1.96
99791240--99791276	16	2.2	17	90	4	58	13	2	29	54	1.53
99793861--99793923	27	2.3	27	89	7	101	36	11	19	33	1.87
99793861--99793952	27	3.4	26	83	7	85	33	15	20	30	1.93
99796661--99796885	40	5.6	40	81	2	247	23	26	24	25	2.00
99807071--99807124	22	2.5	21	79	8	63	38	14	11	35	1.82
99807183--99807224	13	3.0	14	86	6	50	40	14	0	45	1.45
99809516--99809686	93	1.8	93	88	2	263	23	19	27	29	1.98
99809521--99809691	46	3.7	46	73	15	163	23	19	26	29	1.98
99812077--99812159	41	2.0	41	90	0	130	25	19	25	30	1.98
99817152--99817277	46	2.7	46	88	2	182	21	19	28	30	1.97
99820445--99820501	28	2.0	28	96	0	105	45	14	5	35	1.67
99820817--99821038	45	5.0	45	78	5	206	34	27	16	22	1.95
99820780--99821038	45	5.9	44	76	8	188	33	27	16	22	1.96
99821582--99821612	15	2.1	15	93	0	53	51	25	3	19	1.62
99830717--99830862	40	3.7	40	88	3	197	26	27	22	23	1.99
99834713--99834940	38	5.9	38	84	4	226	21	22	25	29	1.99
99836738--99836801	30	2.1	30	91	0	101	25	26	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99836793--99837018	30	7.6	30	74	6	129	20	26	12	40	1.88
99836793--99836864	29	2.4	30	90	4	110	16	27	11	44	1.82
99836913--99836969	29	2.0	29	89	0	87	15	26	14	43	1.85
99836788--99837012	119	1.9	120	85	2	310	20	27	12	39	1.89
99836974--99837047	31	2.4	31	86	2	105	24	22	10	41	1.86
99837104--99837135	12	2.4	14	90	10	50	59	3	0	37	1.13
99840225--99840315	42	2.2	42	92	4	148	30	13	26	29	1.94
99840225--99840342	42	2.8	42	87	7	143	29	14	26	29	1.95
99847186--99847244	27	2.2	27	90	0	91	25	22	22	30	1.99
99847195--99847388	27	7.4	27	82	9	204	23	18	21	36	1.95
99847207--99847299	48	2.0	48	84	2	125	22	18	24	34	1.96
99847196--99847388	75	2.5	76	84	7	228	23	18	21	36	1.95
99850801--99851162	46	7.8	46	75	15	352	22	20	28	29	1.98
99850847--99851108	47	5.6	47	77	15	301	23	19	27	29	1.98
99850798--99851155	93	3.8	93	98	0	671	22	20	28	28	1.98
99853086--99853216	65	2.0	65	100	0	262	21	32	6	40	1.78
99855376--99855519	46	3.1	44	70	21	107	29	28	19	22	1.98
99856993--99857328	132	2.5	131	80	0	348	37	11	16	33	1.86
99857220--99857836	95	6.7	95	75	7	338	39	11	15	33	1.83
99857442--99857594	78	2.0	78	86	0	216	42	11	10	35	1.76
99857345--99857664	173	1.8	173	86	2	464	40	11	14	34	1.81
99857256--99857741	268	1.8	268	83	0	650	40	11	14	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99857520--99857839	95	3.4	95	84	0	408	40	13	14	32	1.84
99869434--99869553	47	2.6	46	84	6	138	25	29	18	27	1.98
99873125--99873203	25	3.3	24	71	16	74	32	5	30	31	1.79
99873179--99873236	31	1.9	30	82	10	73	34	5	29	31	1.79
99873115--99873270	47	3.3	46	85	7	192	33	7	29	29	1.85
99873347--99873425	40	2.0	39	82	2	95	18	20	30	30	1.97
99887455--99887529	15	4.9	15	74	8	71	41	2	25	30	1.69
99887455--99887530	30	2.5	30	82	6	91	40	2	25	31	1.69
99890185--99890209	13	1.9	13	100	0	50	24	20	48	8	1.76
99899715--99899817	43	2.4	43	82	6	120	27	21	26	25	1.99
99910430--99910523	22	4.3	22	77	5	100	11	26	27	34	1.91
99910425--99910523	44	2.2	44	85	3	128	12	26	28	33	1.92
99912268--99912300	16	2.1	16	94	0	57	75	0	15	9	1.03
99912988--99913098	35	3.2	35	71	10	100	21	23	25	29	1.99
99921190--99921247	30	2.0	30	86	3	82	36	10	10	43	1.73
99922749--99922979	40	5.8	40	84	1	277	23	27	23	25	2.00
99938954--99939018	34	1.9	33	87	3	94	23	20	24	32	1.98
99941187--99941257	39	1.9	35	100	0	106	30	25	15	28	1.96
99950188--99950365	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
99950209--99950364	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
99955151--99955247	25	3.8	25	79	5	77	29	21	21	26	1.99
99958509--99958543	15	2.3	15	90	0	61	40	5	25	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99963850--99963916	31	2.1	32	94	2	118	23	17	13	44	1.85
99968492--99968531	15	2.7	15	84	0	53	45	10	25	20	1.81
99972196--99972263	24	2.8	24	84	4	73	39	20	16	23	1.91
99973338--99973503	39	4.2	40	80	6	128	28	28	21	21	1.98
99973370--99973531	78	2.1	78	80	5	177	26	29	22	22	1.99
99973408--99973531	39	3.2	39	90	0	185	27	29	20	22	1.99
99975316--99975354	19	2.1	19	95	0	69	41	7	23	28	1.82
99977188--99977298	48	2.4	47	88	5	181	27	22	5	45	1.74
99980346--99980421	26	2.9	26	92	0	116	42	10	17	30	1.82
99992804--99992994	40	4.8	40	87	2	251	24	24	28	23	2.00
99996500--99996540	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
100001506--100001562	28	2.0	29	83	10	73	31	17	15	35	1.92
100010157--100010301	61	2.3	60	82	8	159	27	26	19	26	1.99
100010322--100010377	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
100016653--100016685	14	2.5	13	90	9	57	72	0	9	18	1.10
100017834--100017873	21	1.9	21	94	0	71	22	35	35	7	1.82
100019841--100020146	46	6.5	49	73	9	185	24	27	19	28	1.99
100024211--100024260	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
100024680--100024751	16	4.5	16	68	25	53	61	4	6	27	1.41
100024677--100024770	48	2.0	48	100	0	188	61	3	5	29	1.33
100025265--100025295	11	2.8	11	95	0	53	41	0	0	58	0.98
100025337--100025376	20	2.1	19	90	9	64	70	2	0	27	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100025393--100025448	20	2.7	21	78	10	62	62	3	8	25	1.41
100025410--100025448	21	1.9	20	89	5	60	56	2	10	30	1.46
100025444--100025488	20	2.4	19	92	7	74	71	0	0	28	0.87
100025443--100025489	18	2.6	18	80	12	60	70	0	0	29	0.88
100026296--100026341	9	4.6	10	76	17	51	65	0	0	34	0.93
100026551--100026579	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
100026604--100026740	67	2.0	68	97	1	258	34	8	10	47	1.67
100027792--100027880	43	2.1	43	100	0	178	32	10	10	47	1.71
100035353--100035407	28	2.0	28	85	0	74	34	21	27	16	1.95
100036195--100036266	36	2.0	36	91	0	117	36	12	30	20	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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