genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86860052--86861015	39	24.6	39	97	1	1733	25	22	28	23	2.00
86863902--86864007	44	2.4	45	82	7	128	31	26	16	25	1.97
86864459--86864498	21	1.9	21	94	0	71	40	25	5	30	1.77
86866268--86866311	22	2.0	22	86	0	61	52	0	2	45	1.13
86866395--86866450	15	3.5	15	71	19	51	50	1	0	48	1.11
86866383--86866446	34	1.9	32	87	6	92	50	3	0	46	1.17
86871117--86871292	46	3.8	46	76	12	180	20	19	29	30	1.97
86871114--86871285	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
86873691--86873756	33	2.0	33	96	0	123	31	15	28	24	1.95
86881183--86881265	41	2.0	41	97	0	157	42	16	20	20	1.90
86885403--86885451	23	2.1	22	82	14	55	73	8	8	10	1.25
86900621--86900680	28	2.1	28	82	11	70	26	31	13	28	1.94
86900749--86900785	19	2.0	19	89	5	58	16	37	18	27	1.92
86900892--86900934	16	2.7	16	88	0	59	6	18	20	53	1.67
86905119--86905165	23	2.0	23	100	0	94	25	12	25	36	1.92
86907679--86907796	43	2.8	42	81	7	157	28	25	15	30	1.96
86914561--86914700	70	2.0	70	90	8	223	45	12	17	23	1.83
86916088--86916141	26	2.1	26	100	0	108	40	14	11	33	1.82
86916617--86916880	145	1.8	144	86	4	379	36	10	25	27	1.89
86918538--86918612	9	8.4	9	81	8	91	40	24	10	25	1.87
86918538--86918609	26	2.7	26	89	6	101	40	25	11	23	1.87
86918611--86918722	37	3.0	37	90	0	179	44	14	7	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86918657--86918715	17	3.3	17	71	13	55	50	13	3	32	1.58
86918641--86918700	20	3.2	20	69	13	63	45	15	6	33	1.72
86921456--86921584	33	3.9	33	81	6	136	32	22	10	34	1.89
86921458--86921584	65	2.0	65	85	0	173	33	22	10	33	1.88
86921577--86921933	29	12.3	29	98	0	669	24	30	13	31	1.93
86921621--86922150	29	17.7	31	93	1	312	26	29	14	29	1.95
86921621--86922150	58	8.9	62	91	2	349	26	29	14	29	1.95
86921882--86922150	93	2.9	93	88	2	355	28	27	15	27	1.96
86933894--86934030	69	2.0	69	98	0	265	33	20	20	25	1.97
86934132--86934296	83	2.0	83	97	0	312	37	20	20	21	1.94
86934356--86934660	153	2.0	154	96	0	567	33	22	24	19	1.97
86936189--86936298	55	2.0	55	96	0	202	21	23	19	35	1.96
86944758--86944813	28	2.0	28	100	0	112	42	7	10	39	1.67
86945116--86945171	28	2.0	28	100	0	112	42	7	10	39	1.67
86944642--86945652	358	2.9	358	89	5	1523	36	11	10	41	1.75
86949903--86950121	45	4.9	45	89	2	302	22	22	29	25	1.99
86950057--86950163	41	2.5	42	82	7	119	27	20	28	23	1.99
86953359--86953433	23	3.0	23	72	20	78	37	14	18	29	1.91
86954200--86954231	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
86954201--86954231	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
86958653--86958684	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
86958654--86958684	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86959293--86959408	24	4.9	24	81	5	119	32	32	13	20	1.92
86960723--86960779	17	3.2	17	77	5	60	42	5	0	52	1.24
86964354--86964409	26	2.2	26	96	0	103	42	10	32	14	1.80
86965462--86965566	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
86969995--86970054	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
86970701--86970933	49	4.7	50	84	2	317	25	18	27	28	1.98
86970704--86970933	100	2.3	98	87	2	325	25	18	27	29	1.98
86974598--86974643	5	9.4	5	77	13	51	73	0	2	23	0.94
86974571--86974648	16	4.8	16	75	15	63	69	1	2	26	1.09
86974582--86974638	10	5.5	11	74	18	52	70	1	1	26	1.07
86974738--86974809	36	2.0	36	94	0	126	25	16	44	13	1.85
86975061--86975114	22	2.5	22	81	3	65	20	33	29	16	1.95
86976605--86976645	15	2.7	15	92	3	64	43	21	2	31	1.66
86978367--86978430	30	2.1	30	91	0	101	18	23	28	29	1.98
86978520--86978550	16	1.9	16	93	0	53	25	0	9	64	1.24
86979765--86980041	27	10.3	27	87	1	378	42	22	16	19	1.89
86979765--86980014	107	2.3	108	90	0	394	42	22	16	18	1.88
86980033--86980412	27	14.0	27	80	4	410	26	13	19	40	1.89
86981597--86981648	25	2.0	26	92	3	88	19	19	23	38	1.93
86982894--86982999	24	4.4	24	87	1	140	18	37	4	38	1.72
86988781--86988864	32	2.6	32	79	7	89	29	26	16	27	1.97
86988786--86988864	33	2.4	34	80	8	99	30	24	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86990491--86990583	24	3.9	24	91	0	141	22	37	3	36	1.71
86997243--86997464	27	8.3	27	82	1	257	42	21	15	21	1.89
86997243--86997466	80	2.8	81	84	6	294	42	20	15	21	1.89
86997243--86997436	107	1.8	107	87	2	291	43	21	14	20	1.87
86997456--86997751	27	11.0	27	76	7	244	26	14	18	40	1.89
86997454--86997751	54	5.6	54	76	9	286	26	14	19	39	1.90
86997430--86997749	81	4.0	80	80	4	324	26	15	19	38	1.91
86997511--86997706	106	1.8	106	84	4	270	28	13	17	39	1.88
87002105--87002162	16	3.9	15	72	17	50	75	0	3	20	0.94
87004783--87005046	46	5.7	46	91	1	397	25	23	13	38	1.90
87007466--87007533	30	2.3	29	84	5	82	29	17	4	48	1.67
87012474--87012625	40	3.8	41	90	3	220	23	21	28	25	1.99
87012474--87012645	80	2.2	80	85	3	222	23	20	28	27	1.99
87015615--87015709	50	1.9	50	86	0	136	29	22	12	35	1.91
87016404--87016437	17	2.0	17	100	0	68	52	17	0	29	1.45
87023010--87023139	40	3.2	40	88	4	197	25	21	21	31	1.98
87023012--87023139	42	3.1	42	89	2	197	25	21	21	31	1.98
87039540--87039806	48	5.5	48	82	2	286	27	30	17	24	1.97
87040163--87040235	36	2.0	36	100	0	146	32	16	5	45	1.70
87040595--87040621	5	5.4	5	100	0	54	44	18	18	18	1.87
87044097--87044129	15	2.2	15	100	0	66	57	24	12	6	1.57
87047786--87048007	48	4.6	48	81	3	216	29	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87048594--87048687	28	3.2	28	79	16	100	27	23	22	26	1.99
87048817--87048908	27	3.4	27	83	1	114	36	23	21	17	1.94
87049079--87049130	27	1.9	27	88	7	79	26	17	21	34	1.95
87049114--87049227	54	2.1	54	83	3	140	28	13	24	34	1.93
87049114--87049227	27	4.2	27	68	11	72	28	13	24	34	1.93
87050975--87051186	106	2.0	106	96	0	388	25	29	16	28	1.97
87059500--87059539	11	3.9	11	78	15	50	50	2	0	47	1.14
87059495--87059535	20	2.0	20	100	0	82	43	4	0	51	1.23
87059550--87059594	22	2.0	22	83	8	56	53	0	4	42	1.21
87059733--87059774	22	1.9	22	90	0	66	52	4	2	40	1.35
87059731--87059773	10	4.1	10	82	11	50	55	4	2	37	1.33
87064519--87064679	79	2.0	79	87	0	232	27	26	23	22	1.99
87065569--87065700	47	2.8	48	83	1	158	34	25	15	25	1.94
87069282--87069394	25	4.5	25	74	13	90	15	23	20	39	1.91
87069748--87069846	49	2.0	49	98	0	189	31	9	22	37	1.85
87076422--87076570	57	2.6	58	79	9	162	34	20	17	28	1.95
87087913--87088038	47	2.7	47	87	0	180	30	27	17	24	1.97
87099017--87099118	43	2.4	42	74	11	98	39	20	12	27	1.89
87101456--87101541	15	6.2	15	67	26	64	5	31	0	62	1.18
87101443--87101541	24	3.7	26	85	9	103	6	34	0	59	1.22
87101456--87101541	6	14.5	6	72	7	61	5	31	0	62	1.18
87102949--87102979	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87104062--87104098	18	2.1	17	95	5	65	40	10	24	24	1.87
87104444--87104664	27	8.3	27	88	5	290	39	16	13	29	1.87
87104444--87104676	81	2.9	81	85	3	328	39	16	14	29	1.89
87106787--87106909	41	2.9	41	76	11	113	22	17	29	30	1.97
87109775--87110081	30	10.5	30	81	11	363	48	14	18	18	1.82
87109775--87110119	6	56.8	6	75	14	298	47	14	18	19	1.82
87109783--87110118	79	4.2	79	81	14	386	47	14	18	19	1.82
87109775--87110073	91	3.5	85	93	5	475	47	14	18	19	1.82
87109775--87110079	85	3.5	91	89	9	467	47	14	18	19	1.82
87110237--87110302	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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