genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5524492--5524680	10	20.7	9	68	17	81	35	2	2	59	1.23
5525140--5525179	11	3.5	11	83	12	53	35	0	2	62	1.09
5525174--5525218	19	2.4	19	85	7	56	44	2	4	48	1.35
5525919--5525966	5	9.4	5	90	4	78	81	0	2	16	0.79
5529980--5530017	5	7.4	5	88	5	58	81	0	2	15	0.80
5534103--5534158	28	2.0	28	100	0	112	39	17	14	28	1.89
5535157--5535206	23	2.1	25	82	14	61	58	6	4	32	1.41
5536019--5536150	44	3.0	44	93	0	219	39	10	18	31	1.85
5537275--5537299	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
5542935--5542970	17	2.2	17	95	5	65	44	5	19	30	1.73
5546122--5546167	14	3.3	14	75	19	51	17	15	6	60	1.55
5548447--5548491	23	2.0	23	100	0	90	48	4	22	24	1.68
5549718--5549956	49	4.8	49	88	2	316	25	18	27	28	1.98
5549711--5549958	99	2.5	100	86	2	347	25	18	27	28	1.98
5553794--5554039	38	6.0	38	74	16	206	30	15	24	29	1.95
5553742--5554032	85	3.4	85	95	0	512	30	15	24	29	1.95
5553964--5554037	37	2.0	38	89	2	114	29	16	24	29	1.96
5565507--5565570	32	2.0	32	96	0	119	42	9	17	31	1.81
5565970--5566061	46	2.0	46	100	0	184	36	19	10	32	1.87
5566458--5566523	33	2.0	33	82	8	82	48	0	4	46	1.22
5566978--5567022	19	2.3	19	84	3	63	42	4	17	35	1.70
5567676--5567704	14	2.0	15	93	6	51	68	6	20	3	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5568463--5568708	70	3.4	70	89	6	332	43	0	18	37	1.54
5568505--5568613	34	3.1	34	65	27	93	43	0	18	38	1.50
5568469--5568579	36	3.1	36	65	27	101	44	0	17	38	1.49
5575443--5575518	40	1.9	40	83	0	98	36	31	13	18	1.89
5575602--5575680	41	1.9	41	92	0	131	34	35	3	26	1.75
5577259--5577344	21	4.0	23	76	13	74	18	20	23	37	1.94
5577269--5577341	21	3.4	21	79	5	76	16	20	24	38	1.93
5579959--5579985	14	1.9	14	100	0	54	48	0	14	37	1.45
5584777--5584815	19	2.1	19	100	0	78	5	20	28	46	1.72
5592762--5592857	25	3.9	24	76	9	77	20	26	19	33	1.97
5600587--5600658	26	2.8	26	79	8	76	16	25	23	34	1.95
5600746--5600809	25	2.5	26	80	5	69	23	25	20	31	1.98
5603302--5603473	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
5603295--5603470	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
5610624--5610661	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
5610891--5611061	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
5610886--5611058	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
5611481--5611540	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
5617641--5617697	23	2.5	23	97	0	105	35	12	7	45	1.69
5620680--5620841	82	2.0	82	95	0	288	41	10	6	40	1.66
5620762--5621067	139	2.2	138	90	4	492	39	6	7	46	1.60
5621722--5621746	13	1.9	13	100	0	50	48	12	8	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5629053--5629333	133	2.1	133	95	0	508	35	18	18	27	1.94
5629648--5629795	47	3.3	47	67	21	143	31	18	23	25	1.98
5629695--5629831	41	3.2	41	65	22	109	29	17	26	27	1.98
5629621--5630248	88	7.2	88	77	11	592	31	17	23	27	1.97
5629859--5630155	90	3.3	88	72	13	262	33	18	22	26	1.96
5630276--5630491	78	2.8	77	90	1	342	31	20	23	24	1.98
5629710--5630889	556	2.1	558	84	4	1511	32	17	23	26	1.97
5630431--5630673	45	5.4	45	75	9	226	30	15	26	27	1.96
5630658--5630931	131	2.1	133	84	2	365	32	16	22	28	1.96
5631048--5631420	78	4.8	78	93	1	604	31	18	24	25	1.98
5631360--5631633	45	6.1	46	76	10	235	31	15	27	25	1.96
5631434--5631633	89	2.2	90	83	5	253	33	14	28	24	1.94
5631985--5632082	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
5631985--5632075	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
5631985--5632098	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
5632365--5632399	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
5633208--5633305	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
5633208--5633298	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
5633208--5633321	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
5633588--5633622	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
5636603--5636629	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
5640148--5640204	25	2.2	25	82	14	71	61	1	3	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5640922--5640963	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
5643885--5643925	17	2.4	17	95	0	73	31	26	17	24	1.97
5647134--5647198	32	2.0	32	90	0	103	49	18	4	27	1.67
5658175--5658208	17	2.0	17	88	0	50	20	5	8	64	1.43
5679274--5679321	26	2.0	25	84	12	64	47	4	10	37	1.57
5684212--5684297	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
5685928--5686076	74	2.0	75	93	2	255	28	33	16	22	1.95
5687106--5687414	154	2.0	154	100	0	618	40	16	6	36	1.75
5696518--5696688	51	3.4	51	77	2	130	31	26	16	25	1.97
5699545--5699684	50	2.8	50	82	1	163	28	27	19	24	1.98
5699600--5699731	52	2.6	51	80	2	149	34	28	13	24	1.93
5701445--5701516	25	2.9	26	82	10	73	27	23	12	36	1.91
5701437--5701530	25	3.8	25	75	12	63	27	23	15	32	1.95
5701487--5701549	24	2.6	24	82	5	74	31	22	19	26	1.97
5714594--5714682	25	3.6	25	81	4	110	22	24	20	32	1.98
5717098--5717127	14	2.1	14	93	0	51	33	10	10	46	1.71
5721716--5721764	23	2.1	23	100	0	98	30	8	12	48	1.69
5722986--5723078	48	1.9	48	88	0	141	27	13	13	44	1.83
5740858--5741028	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
5740853--5741025	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
5741448--5741507	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
5743562--5743620	31	1.9	31	96	0	109	54	3	11	30	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5745505--5745557	26	2.0	26	92	0	88	20	5	20	52	1.66
5750526--5750596	23	3.0	23	84	12	81	73	4	1	21	1.08
5750604--5750924	3	107.7	3	78	7	307	64	1	4	28	1.24
5750923--5750954	3	10.7	3	100	0	64	34	0	31	34	1.58
5759899--5759933	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
5759792--5760075	120	2.4	120	90	2	455	44	1	4	49	1.34
5760019--5760053	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
5760007--5760322	156	2.0	157	96	0	589	46	6	3	43	1.45
5760175--5760223	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
5760175--5760229	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
5760374--5760464	45	2.0	45	87	2	130	38	28	5	27	1.79
5760445--5760513	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
5760445--5760513	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
5762714--5762773	14	4.4	15	76	18	60	35	46	1	16	1.57
5762986--5763167	39	4.6	40	78	6	133	27	21	20	30	1.98
5762986--5763179	79	2.5	79	79	3	185	27	22	20	29	1.98
5763228--5763312	40	2.1	40	84	0	107	28	22	15	34	1.94
5763430--5763487	29	2.0	29	83	12	75	32	1	3	62	1.22
5764825--5764858	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
5765347--5765375	13	2.3	13	94	5	51	65	6	0	27	1.18
5770022--5770048	9	3.0	9	100	0	54	0	11	0	88	0.50
5771069--5771110	20	2.1	20	82	8	50	61	4	4	28	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5771695--5771729	15	2.3	15	85	0	52	60	0	2	37	1.12
5771718--5771823	27	3.8	29	73	19	84	59	2	2	34	1.27
5771767--5771825	19	3.3	18	79	9	75	67	0	0	32	0.91
5771693--5771823	8	15.1	8	69	16	59	58	2	3	35	1.26
5783213--5783265	22	2.5	20	77	19	54	20	5	26	47	1.72
5790009--5790046	15	2.6	14	84	15	51	55	2	26	15	1.54
5790103--5790134	6	5.3	6	92	0	55	31	0	65	3	1.08
5796559--5796583	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
5803156--5803359	47	4.4	47	79	10	206	25	19	29	25	1.98
5803156--5803468	94	3.3	93	75	12	275	26	19	29	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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