genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95818600--95818698	38	2.5	40	76	14	98	28	27	20	24	1.99
95823784--95823841	28	2.1	28	96	0	107	24	27	17	31	1.97
95825500--95825571	31	2.3	32	80	7	85	45	9	8	36	1.67
95826836--95826866	14	2.2	14	100	0	62	16	38	12	32	1.86
95828012--95828049	20	1.9	20	88	0	58	36	18	13	31	1.89
95829687--95829722	10	3.6	10	96	0	63	63	0	16	19	1.30
95830740--95830856	56	2.1	56	95	0	207	43	7	24	23	1.80
95832110--95832294	40	4.7	40	80	6	198	24	21	27	25	1.99
95832166--95832327	79	2.1	79	81	6	186	26	19	27	25	1.99
95837468--95837551	26	3.2	26	94	0	141	34	4	23	36	1.76
95844430--95844537	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
95846024--95846076	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
95848188--95848237	26	1.9	26	95	0	91	32	6	26	36	1.81
95849059--95849159	51	2.0	51	94	0	175	31	8	20	38	1.84
95860500--95860529	6	5.0	6	91	0	51	3	16	0	80	0.85
95868916--95868970	28	2.0	28	89	10	87	21	29	23	25	1.99
95868944--95869114	46	3.7	45	81	7	200	22	29	20	27	1.98
95868945--95869117	94	1.9	92	86	7	251	22	30	20	27	1.98
95869918--95870096	85	2.1	85	98	0	349	39	8	25	26	1.85
95888438--95888515	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
95888468--95888794	173	1.9	174	92	0	548	29	13	24	31	1.94
95891713--95891852	49	2.8	50	86	1	183	30	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95892084--95892136	27	2.0	27	84	0	70	39	11	7	41	1.69
95905493--95905551	29	2.0	30	86	3	84	28	23	8	38	1.84
95913703--95913812	46	2.3	48	84	3	134	26	27	16	30	1.97
95919736--95919930	49	3.9	49	83	5	257	28	18	24	29	1.98
95919729--95919925	100	2.0	101	87	2	288	27	18	24	29	1.98
95922916--95922967	15	3.5	15	77	17	63	11	13	13	61	1.57
95922908--95922967	30	2.0	30	90	6	95	10	11	16	61	1.55
95924979--95925120	51	2.8	51	78	8	157	26	19	24	29	1.99
95927224--95927281	26	2.2	26	78	6	64	44	8	13	32	1.75
95929304--95929488	40	4.6	39	82	5	194	24	22	27	24	2.00
95929304--95929486	79	2.3	81	82	7	214	25	22	27	24	2.00
95929357--95929521	79	2.1	79	80	6	183	26	21	27	24	1.99
95931941--95932118	48	3.8	48	72	15	167	28	17	28	25	1.98
95932079--95932246	90	1.9	89	81	7	205	27	21	29	21	1.99
95934104--95934208	47	2.2	47	94	0	183	27	31	7	33	1.85
95943389--95944373	40	24.6	40	97	0	1864	27	20	27	24	1.99
95948641--95948748	35	3.1	35	98	0	207	44	15	5	34	1.70
95948880--95948908	6	5.0	6	95	4	51	34	0	0	65	0.93
95951421--95951486	28	2.4	28	82	5	80	30	3	15	51	1.58
95951437--95951485	15	3.4	16	71	23	54	30	0	16	53	1.43
95951662--95951705	20	2.2	21	84	8	56	47	2	13	36	1.56
95952233--95952290	30	1.9	30	96	0	107	22	18	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95954845--95954927	25	3.4	25	81	6	98	31	16	24	27	1.97
95958952--95958977	9	2.9	9	100	0	52	57	0	11	30	1.34
95966192--95966311	6	20.0	6	92	0	150	17	40	31	10	1.83
95966942--95966976	14	2.5	14	90	0	52	42	2	5	48	1.41
95966854--95967024	62	2.7	62	89	4	236	49	8	5	37	1.55
95966972--95967048	24	3.2	24	63	14	59	53	10	3	32	1.53
95966956--95967072	48	2.4	48	94	0	198	49	8	5	35	1.58
95966900--95967143	110	2.2	110	97	1	454	48	8	6	36	1.59
95967004--95967134	62	2.1	62	94	0	226	48	8	6	36	1.58
95970234--95970277	14	3.2	14	87	3	63	2	27	0	70	0.99
95970240--95970285	23	2.0	24	87	12	69	0	34	0	65	0.93
95979727--95979989	39	6.7	38	86	4	328	20	20	28	30	1.97
95979727--95979989	78	3.4	78	88	2	377	20	20	28	30	1.97
95979727--95979989	117	2.2	117	87	0	373	20	20	28	30	1.97
95987860--95988083	39	5.7	39	87	0	304	20	21	27	30	1.98
95988229--95988263	18	1.9	18	94	0	61	20	5	25	48	1.71
95992965--95993006	7	6.0	7	88	0	66	45	0	52	2	1.13
95995799--95995823	10	2.5	10	100	0	50	68	8	0	24	1.16
95998131--95998177	3	15.7	3	82	8	51	0	31	4	63	1.13
96000987--96001031	20	2.2	21	84	11	58	28	2	0	68	1.01
96001370--96001412	19	2.3	19	79	0	50	18	23	25	32	1.97
96003620--96003651	15	2.1	15	94	0	55	65	6	0	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96006807--96006887	35	2.3	35	89	0	117	14	4	33	46	1.66
96008325--96008359	18	1.9	18	88	11	54	51	0	8	40	1.33
96008393--96008429	18	2.0	19	89	5	58	75	0	21	2	0.92
96010397--96010464	34	2.0	34	100	0	136	26	17	8	47	1.77
96013265--96013300	16	2.3	16	90	4	56	13	2	2	80	0.93
96016521--96016579	30	2.0	30	86	0	82	33	13	23	28	1.93
96016908--96017129	46	4.8	45	80	11	211	24	19	31	23	1.98
96022366--96022422	30	1.9	30	85	0	78	33	21	8	36	1.84
96023399--96023482	40	2.1	40	97	0	159	32	15	23	28	1.95
96024968--96025029	6	10.3	6	89	0	70	48	1	1	48	1.21
96024974--96025020	9	5.2	9	84	0	58	48	0	0	51	1.00
96026710--96026743	15	2.3	15	100	0	68	52	5	5	35	1.50
96028166--96028205	9	4.4	9	87	0	53	15	2	60	22	1.47
96042715--96043603	87	10.3	85	82	5	1018	35	21	24	19	1.96
96042715--96043603	173	5.1	173	93	1	1381	35	21	24	19	1.96
96053320--96053418	43	2.2	45	77	15	116	30	16	22	31	1.95
96053334--96053416	43	2.0	42	88	4	123	33	18	21	26	1.96
96053488--96053554	31	2.2	31	86	0	89	58	17	5	17	1.59
96053488--96053571	31	2.6	31	79	5	87	60	19	4	15	1.52
96054251--96054279	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
96059373--96059458	9	9.6	9	74	9	68	33	3	19	43	1.68
96059460--96059489	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96059922--96059954	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
96060357--96060463	50	2.1	51	84	5	137	45	4	11	38	1.61
96062457--96062489	16	2.1	16	100	0	66	57	18	12	12	1.64
96062848--96063208	84	4.3	84	97	0	659	26	22	17	33	1.96
96062848--96063275	168	2.6	168	90	3	659	27	22	16	33	1.96
96063531--96063575	15	3.1	15	80	6	56	42	40	2	15	1.59
96063539--96063637	7	14.0	7	71	14	53	43	36	1	19	1.58
96063551--96063624	21	3.5	20	74	7	67	43	35	1	20	1.60
96063531--96063602	14	5.1	14	74	14	67	43	40	1	15	1.55
96063545--96063631	42	2.1	42	91	0	138	42	36	1	19	1.59
96064075--96064128	22	2.5	22	85	8	67	25	1	24	48	1.61
96064830--96064907	38	2.1	37	85	7	104	24	25	20	29	1.99
96066006--96066061	25	2.3	25	87	3	78	51	7	7	33	1.56
96066261--96066289	11	2.7	11	94	5	51	82	0	0	17	0.66
96070657--96070721	5	12.6	5	93	6	112	81	0	0	18	0.69
96072825--96072974	43	3.5	43	74	5	126	26	19	26	28	1.99
96076927--96077055	46	2.8	46	87	0	195	31	27	20	20	1.97
96082389--96083244	46	18.6	46	99	0	1658	30	30	19	19	1.97
96095382--96095406	5	5.0	5	100	0	50	0	40	20	40	1.52
96096890--96096974	39	2.2	38	83	6	109	57	9	24	7	1.55
96100093--96100265	93	1.9	93	87	2	258	20	17	30	31	1.96
96102174--96102202	9	3.2	9	100	0	58	20	31	10	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96118159--96118238	25	3.2	26	85	8	112	62	5	12	20	1.48
96118166--96118233	11	5.5	12	78	16	68	64	5	11	17	1.45
96119268--96119328	12	5.1	12	85	0	77	55	1	24	18	1.51
96129020--96129138	47	2.5	47	84	0	157	27	30	8	33	1.86
96129363--96129504	40	3.6	40	80	11	166	24	28	22	24	2.00
96144132--96144191	29	2.0	30	93	3	104	48	10	16	25	1.77
96146881--96147010	56	2.3	56	93	0	215	24	14	29	31	1.95
96153087--96153211	46	2.7	46	85	2	162	24	29	17	28	1.97
96157226--96157346	43	2.8	43	85	0	161	23	31	20	24	1.98
96157217--96157367	43	3.5	43	80	4	160	29	29	19	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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