genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59770284--59770599	107	2.9	108	81	1	375	31	8	20	39	1.83
59770918--59771006	28	3.2	28	90	0	133	26	35	14	22	1.93
59773363--59773479	42	2.7	43	78	5	130	28	19	24	27	1.99
59773373--59773483	43	2.6	42	77	9	118	27	20	25	26	1.99
59773627--59773682	24	2.3	24	90	0	85	41	5	25	28	1.77
59776341--59776492	78	1.9	78	85	2	207	31	15	21	30	1.95
59781209--59781270	27	2.3	28	81	13	76	40	8	20	30	1.82
59794445--59794554	30	3.7	30	88	2	150	24	0	42	31	1.61
59796258--59796292	14	2.6	13	86	8	52	31	0	0	68	0.90
59796264--59796292	14	2.1	14	100	0	58	27	0	0	72	0.85
59811317--59811365	24	2.0	24	100	0	98	51	8	20	20	1.73
59815133--59815194	30	2.1	30	82	17	76	30	8	11	50	1.67
59827989--59828106	23	5.0	23	75	9	80	23	23	18	33	1.97
59834326--59834430	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
59839351--59839510	26	6.2	26	91	5	270	30	6	26	36	1.81
59841108--59841212	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
59860174--59860278	27	3.9	27	82	9	117	20	23	20	35	1.96
59863549--59863704	43	3.6	43	75	11	140	29	26	18	25	1.98
59867853--59868244	199	2.0	199	97	0	739	37	13	12	36	1.82
59868468--59868496	15	2.0	15	93	6	51	48	20	6	24	1.74
59868493--59868517	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
59869227--59869339	43	2.6	42	82	8	113	29	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59869269--59869379	44	2.6	43	83	7	127	32	27	17	23	1.96
59874862--59874926	32	2.0	32	93	0	112	35	21	9	33	1.85
59875839--59875940	42	2.4	43	79	9	111	33	25	14	26	1.95
59875820--59875982	43	3.8	43	76	9	145	32	28	15	23	1.95
59895546--59895619	24	3.1	24	86	0	94	33	33	12	20	1.89
59903066--59903112	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
59903076--59903138	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
59910977--59911009	6	5.5	6	92	0	57	21	0	0	78	0.75
59923917--59924056	27	5.2	27	80	14	148	35	21	25	17	1.95
59923940--59924056	53	2.2	54	90	1	191	35	23	24	16	1.94
59925678--59925811	26	5.2	26	99	0	259	35	26	7	30	1.84
59930058--59930092	5	6.6	5	87	12	52	80	2	0	17	0.84
59931757--59931817	21	3.0	21	75	18	65	65	3	1	29	1.18
59935712--59935738	14	1.9	14	100	0	54	74	7	3	14	1.18
59940491--59940549	13	4.7	12	76	17	57	49	6	1	42	1.39
59944958--59945008	23	2.2	23	82	6	59	39	13	17	29	1.88
59945016--59945079	21	3.0	21	73	8	65	31	23	20	25	1.98
59944991--59945156	44	3.8	44	85	2	217	30	18	24	27	1.98
59944964--59945156	23	8.7	21	72	10	116	31	17	23	27	1.97
59945138--59945201	23	2.9	23	75	13	62	45	14	15	25	1.83
59958226--59958288	22	2.9	22	83	2	83	12	38	25	23	1.90
59961226--59961388	82	2.0	82	96	0	299	42	9	20	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59962343--59962429	27	3.2	27	80	9	106	18	22	22	35	1.95
59962343--59962447	27	3.9	26	82	7	95	20	23	20	35	1.96
59969333--59969419	27	3.2	27	85	6	115	17	22	25	34	1.96
59969333--59969437	27	3.9	26	85	7	104	19	23	22	34	1.96
59973352--59973402	6	8.0	6	83	12	66	15	1	3	78	0.99
59973321--59973402	42	2.0	39	83	6	101	15	3	6	74	1.16
59981355--59981411	6	9.0	6	84	7	69	75	3	1	19	1.04
59982273--59982316	23	1.9	23	95	0	79	18	25	25	31	1.97
59983164--59983238	5	14.2	5	72	18	55	72	2	2	22	1.11
59983168--59983240	21	3.4	21	77	19	55	71	2	4	21	1.16
59988762--59988879	59	2.0	59	88	0	173	51	11	5	32	1.59
59993441--59993883	221	2.0	221	99	0	877	29	25	18	26	1.98
59997524--59997555	15	2.1	15	100	0	64	25	18	6	50	1.70
60011607--60011826	40	5.4	40	84	5	282	27	25	23	23	2.00
60011607--60011826	83	2.7	80	85	4	291	27	25	23	23	2.00
60013142--60013187	22	2.0	23	84	12	60	21	19	0	58	1.39
60014914--60014953	21	1.9	21	85	10	55	47	15	17	20	1.83
60014916--60015045	65	2.0	64	96	1	242	42	17	15	24	1.88
60015048--60015104	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
60018263--60018288	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
60028189--60028213	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
60030100--60030189	39	2.3	38	90	3	144	35	34	17	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60038128--60038209	23	3.6	22	88	3	119	29	23	18	29	1.97
60047339--60047415	31	2.5	31	83	8	102	16	25	31	25	1.97
60061642--60061669	13	2.2	13	100	0	56	21	14	10	53	1.70
60063310--60063348	6	6.3	6	96	3	69	15	0	48	35	1.45
60065120--60065146	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
60069435--60069466	10	3.0	11	90	9	57	0	9	0	90	0.45
60070554--60070606	26	2.0	26	92	0	88	50	1	7	39	1.41
60075639--60075678	20	2.0	20	100	0	80	45	20	20	15	1.86
60079285--60079351	18	3.6	18	75	11	62	41	5	13	38	1.69
60079275--60079421	39	3.8	39	87	0	213	40	9	12	37	1.76
60079275--60079425	78	1.9	78	93	0	257	39	9	13	37	1.76
60090006--60090057	4	13.0	4	100	0	104	25	0	25	50	1.50
60092971--60093004	15	2.2	16	94	5	61	41	0	0	58	0.98
60092971--60093014	15	3.1	13	81	18	52	43	0	0	56	0.99
60097661--60097812	33	4.5	34	74	9	141	28	13	15	42	1.85
60097661--60097812	67	2.3	67	86	3	216	28	13	15	42	1.85
60101541--60101720	35	5.3	34	72	6	139	31	13	13	41	1.84
60101608--60101719	34	3.3	34	72	10	104	30	12	14	42	1.82
60104905--60104940	15	2.3	16	95	4	65	66	0	0	33	0.92
60114974--60115089	28	4.2	28	80	2	126	28	30	12	29	1.92
60115070--60115173	40	2.6	40	84	3	129	34	25	16	24	1.95
60117752--60117829	38	2.1	37	82	2	93	35	10	23	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60117779--60117930	48	3.2	48	88	0	232	36	7	25	31	1.83
60118071--60118143	37	2.0	37	97	0	137	23	19	32	24	1.97
60123758--60124071	157	2.0	157	100	0	628	31	17	15	35	1.91
60124309--60124600	146	2.0	146	100	0	584	43	22	19	15	1.88
60142264--60142302	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
60157515--60157539	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
60163538--60163770	117	2.0	117	99	0	457	31	30	14	24	1.95
60165788--60165812	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
60170993--60171360	184	2.0	184	98	0	709	40	19	11	28	1.87
60173902--60173942	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
60175898--60175932	17	2.1	17	100	0	70	28	42	17	11	1.83
60178578--60178602	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
60182632--60182809	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60182653--60182808	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60190302--60190491	85	2.2	86	83	1	238	31	18	15	34	1.92
60190573--60190674	46	2.2	46	92	1	170	39	14	11	34	1.83
60192131--60192184	24	2.3	23	81	12	65	50	27	1	20	1.59
60192703--60192868	43	3.9	42	78	10	160	33	25	16	24	1.96
60192917--60193570	327	2.0	327	99	0	1299	31	19	11	36	1.88
60197000--60197148	43	3.5	42	73	9	115	26	18	27	28	1.98
60202489--60202533	16	2.9	15	83	9	54	75	8	0	15	1.03
60206166--60206215	6	8.3	6	78	8	57	78	2	6	14	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60207754--60207811	22	2.6	22	73	10	64	67	1	8	22	1.27
60207818--60207857	17	2.2	19	86	8	57	62	0	12	25	1.30
60215757--60215805	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
60216170--60216207	19	2.0	20	89	5	60	23	15	23	36	1.94
60216810--60216834	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
60218278--60218315	19	2.0	20	89	5	60	23	15	23	36	1.94
60218918--60218942	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
60225213--60227551	773	3.0	773	95	0	4192	30	24	17	28	1.97
60227614--60227639	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
60228591--60228629	18	2.2	18	86	9	53	15	41	30	12	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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