genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64630161--64630273	38	3.2	38	61	29	93	18	18	16	46	1.85
64630139--64630277	69	2.0	69	98	0	269	19	17	17	44	1.87
64630634--64630787	78	2.0	78	88	2	229	40	7	16	35	1.76
64630895--64631010	57	2.0	57	96	0	214	43	4	16	36	1.68
64637081--64637205	62	2.0	62	100	0	250	28	18	19	33	1.95
64637222--64637325	26	4.0	26	93	0	181	32	7	24	35	1.84
64641249--64641413	77	2.1	77	93	2	278	55	7	10	26	1.60
64643415--64643610	44	4.4	44	71	12	157	27	19	22	30	1.98
64643360--64643659	135	2.2	135	88	2	460	26	20	21	32	1.97
64643753--64643883	45	2.9	45	79	4	140	27	25	18	29	1.98
64644282--64644387	46	2.3	46	85	4	151	23	26	16	33	1.95
64656402--64656558	78	2.0	77	95	1	278	58	8	8	24	1.56
64656785--64656834	25	2.0	25	96	0	91	52	18	4	26	1.63
64658152--64658181	15	1.9	16	93	6	53	10	0	33	56	1.32
64662145--64662184	18	2.3	18	91	4	64	75	2	0	22	0.93
64666218--64666255	18	2.1	19	90	5	60	18	2	0	78	0.86
64666439--64666487	22	2.2	22	81	0	62	57	6	14	22	1.59
64671553--64671666	11	10.9	11	66	11	51	64	2	3	28	1.23
64671543--64671665	31	4.0	31	98	0	237	66	3	4	26	1.24
64673180--64673225	14	3.4	14	74	14	51	52	4	4	39	1.41
64680359--64680440	26	3.2	26	96	0	146	28	8	29	34	1.87
64685469--64685688	110	2.0	110	96	0	404	20	27	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64704462--64704600	55	2.5	54	80	4	154	29	32	25	12	1.93
64708492--64708524	11	2.8	12	86	9	50	54	24	0	21	1.45
64713779--64713816	18	2.1	18	95	0	67	50	28	5	15	1.66
64715912--64715962	25	2.0	25	96	0	93	56	1	23	17	1.51
64716889--64716929	21	2.0	21	85	0	55	12	36	29	21	1.90
64718123--64718155	9	3.7	9	100	0	66	9	24	0	66	1.20
64728973--64729106	50	2.8	49	73	18	127	40	3	3	52	1.37
64731020--64731082	28	2.2	30	82	5	76	39	11	3	46	1.55
64738165--64738210	19	2.5	18	82	6	56	47	10	2	39	1.51
64743618--64743651	17	2.0	17	88	0	50	26	11	17	44	1.83
64743729--64743765	18	2.1	18	94	0	65	29	21	13	35	1.92
64745076--64745100	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
64745371--64745437	21	3.1	21	72	18	66	38	0	1	59	1.06
64745370--64745437	22	3.1	22	74	19	79	38	0	1	60	1.06
64745414--64745446	16	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
64745788--64745899	58	2.0	57	88	8	169	55	1	2	40	1.24
64746803--64746838	18	2.1	18	90	10	58	55	5	16	22	1.62
64749347--64749388	21	2.0	21	100	0	84	38	28	4	28	1.77
64751908--64751987	40	2.0	40	100	0	160	27	22	12	37	1.90
64751993--64752032	19	2.1	19	95	0	71	10	20	22	47	1.79
64752246--64752291	22	2.2	22	88	7	69	36	0	2	60	1.09
64755866--64756055	93	2.1	90	79	4	211	27	18	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64758154--64758196	17	2.3	19	88	11	63	37	2	2	58	1.24
64758890--64758934	23	2.0	23	95	0	81	26	6	6	60	1.47
64759817--64759863	25	2.0	25	83	8	62	27	12	4	55	1.56
64760124--64760335	46	4.8	47	86	7	250	21	24	14	40	1.90
64760264--64760324	16	3.4	16	72	23	59	24	26	13	36	1.92
64760264--64760339	38	2.0	38	100	0	152	26	26	10	36	1.89
64760274--64760337	21	3.2	21	71	24	75	26	26	9	37	1.87
64762466--64762549	27	3.1	27	70	20	77	53	3	1	41	1.26
64762482--64762558	31	2.5	32	77	10	88	54	3	1	40	1.27
64768942--64768986	17	2.4	18	82	17	56	55	6	6	31	1.52
64769321--64769435	13	8.6	13	72	17	51	58	2	2	36	1.26
64769288--64769490	38	5.0	41	72	22	114	57	3	2	36	1.31
64769297--64769473	71	2.6	66	81	11	180	57	3	2	36	1.30
64769347--64769514	26	6.9	26	75	19	75	55	4	2	36	1.34
64770094--64770150	24	2.4	24	84	0	87	10	47	26	15	1.78
64771654--64771702	14	3.5	14	88	0	71	61	2	18	18	1.45
64771499--64771756	93	2.6	94	82	9	272	37	17	17	27	1.93
64771682--64771907	73	3.1	73	89	4	348	31	22	18	28	1.97
64771776--64772077	159	1.9	157	93	1	514	33	22	16	27	1.95
64771831--64771992	86	1.9	85	88	1	243	35	22	16	25	1.95
64771917--64772072	73	2.2	73	88	2	226	33	22	17	26	1.96
64780847--64780905	29	2.0	29	96	0	109	28	20	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64785838--64785891	13	4.2	13	80	0	54	31	22	22	24	1.98
64786685--64786714	10	3.0	10	100	0	60	30	0	40	30	1.57
64788185--64788214	9	3.3	9	90	0	51	13	0	33	53	1.40
64788185--64788228	18	2.5	18	88	3	63	11	0	34	54	1.36
64791240--64791315	32	2.4	32	82	8	93	40	10	13	35	1.79
64791924--64791996	35	2.1	35	89	2	110	52	12	9	26	1.69
64796731--64796806	40	1.9	40	88	0	116	27	13	18	40	1.88
64802929--64803061	48	2.8	48	84	0	176	36	25	15	22	1.94
64814905--64814940	18	2.0	18	100	0	72	50	5	11	33	1.61
64825867--64825929	28	2.2	28	91	5	101	38	20	6	34	1.78
64826106--64826349	75	3.3	75	79	6	262	31	21	19	27	1.97
64829195--64829241	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
64829212--64829290	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
64829212--64829284	36	2.0	38	94	5	132	35	15	10	38	1.82
64829213--64829300	36	2.4	35	85	14	117	35	15	10	38	1.82
64831268--64831296	14	2.1	14	93	6	51	27	24	0	48	1.51
64831847--64831888	21	2.0	21	95	0	75	11	7	23	57	1.59
64832992--64833046	16	3.5	15	81	16	58	65	5	0	29	1.15
64833008--64833052	22	1.9	24	86	13	67	66	2	0	31	1.04
64834665--64834712	7	7.0	7	92	2	80	0	14	0	85	0.60
64834665--64834724	14	4.3	14	81	14	61	1	18	0	80	0.80
64834667--64834724	21	2.8	21	86	5	64	1	17	0	81	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64835696--64835763	31	2.2	31	97	2	129	26	8	0	64	1.22
64845345--64845408	26	2.4	27	72	15	69	31	3	3	62	1.26
64845804--64845932	65	2.0	64	95	1	231	41	4	6	47	1.49
64845989--64846038	19	2.6	19	81	12	57	52	0	4	44	1.20
64846297--64846323	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
64846373--64846512	43	3.4	42	80	13	173	48	13	1	36	1.52
64852482--64852604	43	2.9	43	83	2	140	31	23	18	26	1.97
64852824--64852954	61	2.1	61	82	8	151	44	8	22	24	1.80
64856423--64856516	47	2.0	47	97	0	179	53	6	15	24	1.66
64860244--64860344	50	2.0	50	98	0	193	37	6	18	36	1.78
64863964--64864053	47	1.9	47	84	4	119	34	6	26	32	1.83
64865473--64865515	22	2.0	22	85	0	59	13	32	23	30	1.93
64865635--64865687	27	2.0	27	85	7	72	18	26	24	30	1.98
64876423--64876449	7	3.9	7	100	0	54	85	0	14	0	0.61
64877700--64877960	79	3.3	77	84	3	324	34	6	14	44	1.71
64877740--64877957	39	5.6	38	67	17	101	36	5	15	42	1.71
64879009--64879039	16	2.0	16	93	6	55	64	0	6	29	1.18
64892446--64892484	15	2.6	15	88	8	53	2	12	48	35	1.55
64892692--64892745	17	3.2	16	79	10	54	77	3	7	11	1.09
64910397--64910439	10	4.0	10	77	16	50	53	27	6	11	1.63
64913696--64913777	40	2.0	40	100	0	164	45	14	10	29	1.79
64918959--64919017	21	2.8	22	84	5	77	10	15	33	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64922147--64922197	24	2.1	24	82	13	61	66	1	27	3	1.20
64925721--64925767	21	2.1	22	84	7	60	51	2	8	38	1.45
64933276--64933446	43	4.0	43	72	11	145	31	24	15	28	1.95
64950249--64950369	63	1.9	63	91	3	199	33	28	8	29	1.86
64951810--64952001	39	4.9	40	79	13	186	41	26	17	15	1.89
64951810--64952001	78	2.5	78	82	10	241	41	26	17	15	1.89
64954209--64954348	43	3.3	43	81	6	167	32	25	17	24	1.97
64963509--64963814	153	2.0	153	100	0	612	37	21	17	22	1.94
64964198--64964223	12	2.2	12	100	0	52	26	38	11	23	1.89
64968176--64968200	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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