Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  272  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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66
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2.4
23
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0
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34
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
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Score
A
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2
6
66
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90090040--90090084
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5
0
42
1.25
90131491--90131531
21
2.0
21
81
18
50
31
19
26
21
1.97
90144252--90144368
58
2.0
58
100
0
234
38
20
13
27
1.90
90150426--90151128
226
3.0
235
88
4
1100
33
14
19
32
1.92
90160014--90160040
14
1.9
14
100
0
54
77
0
22
0
0.76
90169641--90169679
20
2.0
20
85
10
53
53
2
7
35
1.43
90176093--90176151
30
1.9
31
83
10
77
20
13
23
42
1.88
90182228--90182274
22
2.2
21
84
3
58
36
21
8
34
1.84
90182245--90182323
19
4.2
19
87
9
117
35
15
10
39
1.81
90182245--90182317
36
2.0
38
91
5
123
35
13
10
39
1.80
90182246--90182333
36
2.4
35
83
14
108
35
14
10
39
1.80
90185496--90185533
13
2.7
14
88
8
51
34
18
2
44
1.64
90186014--90186256
48
4.9
48
83
7
274
31
26
15
27
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90203501--90203529
11
2.6
11
100
0
58
31
10
17
41
1.83
90220008--90220045
19
2.0
19
89
0
58
65
2
0
31
1.06
90220032--90220089
21
2.8
21
76
5
55
53
0
1
44
1.10
90225866--90225902
2
18.5
2
88
0
56
45
0
5
48
1.25
90225866--90225899
12
2.8
12
100
0
68
44
0
5
50
1.26
90228505--90228664
87
1.8
87
91
0
266
20
23
20
36
1.95
90228508--90228674
44
3.8
44
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7
151
20
23
20
35
1.96
90229075--90229205
66
2.0
66
92
0
217
38
12
19
29
1.88
90232568--90232634
31
2.2
31
86
0
89
56
19
7
16
1.63
90232877--90232926
21
2.4
21
93
0
82
0
48
22
30
1.51
90233346--90233374
14
2.1
14
93
6
51
58
6
0
34
1.25
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9
30.6
9
75
9
181
37
1
13
47
1.52
90238582--90238861
18
15.3
18
75
8
208
37
1
13
47
1.52
90238966--90239021
15
3.8
15
78
21
73
53
0
0
46
1.00
90239195--90239265
24
3.0
24
85
8
108
45
7
19
28
1.76
90239313--90239446
64
2.1
64
94
0
232
44
4
11
38
1.62
90241879--90241913
16
2.2
16
90
10
54
74
2
0
22
0.95
90242028--90242076
16
2.9
16
85
11
62
48
4
8
38
1.52
90242203--90242370
73
2.3
72
85
2
228
36
38
0
24
1.60
90242192--90242342
15
10.3
15
72
3
76
38
37
0
23
1.60
90242277--90242342
7
9.1
7
77
6
60
37
39
1
21
1.63
90242593--90242630
16
2.6
14
91
8
58
47
31
0
21
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90242858--90242912
28
2.0
28
85
0
74
27
1
21
49
1.60
90243014--90243055
16
2.7
16
82
13
52
23
0
30
45
1.53
90243004--90243056
23
2.3
23
77
6
63
24
0
33
41
1.55
90243106--90243136
6
5.3
6
92
7
55
67
12
0
19
1.22
90243452--90243532
41
2.0
42
85
4
112
29
23
16
30
1.96
90243445--90243535
41
2.2
40
80
7
103
29
23
15
31
1.95
90251802--90251883
32
2.5
33
78
13
80
20
23
39
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1.92
90252351--90252437
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2.5
35
100
0
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20
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1.99
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12
2.4
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88
11
53
10
13
40
36
1.78
90259470--90259552
41
2.0
41
97
0
157
30
20
9
39
1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310