genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51196335--51196438	43	2.4	45	82	6	133	29	20	22	27	1.98
51196879--51196916	17	2.2	17	90	0	58	60	0	5	34	1.19
51203410--51203476	24	2.7	23	80	17	64	58	7	4	29	1.46
51203436--51203526	46	2.0	46	88	0	137	63	6	1	28	1.26
51203325--51203757	26	17.7	24	68	17	153	60	4	5	28	1.40
51203556--51203605	24	2.1	24	85	7	66	66	0	4	30	1.10
51203702--51203757	25	2.2	27	87	9	82	62	5	3	28	1.34
51205502--51205928	44	9.6	45	73	9	216	28	21	18	31	1.97
51205485--51205928	133	3.3	131	82	3	507	28	21	18	31	1.96
51205544--51205926	44	8.7	43	72	10	229	28	21	18	30	1.97
51214109--51214155	19	2.5	20	89	6	71	48	6	19	25	1.72
51217906--51218014	46	2.3	48	84	6	132	60	6	3	29	1.39
51217812--51218256	26	17.7	24	66	17	140	60	4	6	28	1.42
51218054--51218110	30	1.9	30	88	0	87	66	1	1	29	1.12
51218202--51218256	25	2.1	27	86	6	78	61	5	5	27	1.40
51218201--51218263	25	2.5	24	80	10	72	57	4	6	31	1.45
51227079--51227112	17	2.0	17	88	0	50	2	17	17	61	1.46
51227342--51227385	23	2.0	24	86	13	67	15	11	27	45	1.81
51231624--51231652	14	2.0	15	93	6	51	31	13	13	41	1.84
51235489--51235529	19	2.2	18	91	4	64	65	0	4	29	1.13
51240805--51240837	9	3.5	10	88	12	52	30	6	0	63	1.18
51241085--51241109	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51242624--51242732	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
51242895--51243033	47	3.0	47	85	0	179	27	30	10	32	1.89
51250596--51250650	24	2.3	23	90	6	83	87	1	10	0	0.63
51251086--51251186	49	2.1	48	90	1	157	19	20	9	49	1.77
51251765--51252348	181	3.2	181	88	0	857	34	16	20	28	1.94
51253991--51254114	15	7.7	15	71	22	74	29	7	2	61	1.36
51254074--51254114	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
51254275--51254299	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
51254759--51254814	28	2.0	28	96	0	103	28	10	19	41	1.85
51255046--51255108	22	2.9	22	83	6	76	22	31	38	7	1.83
51256201--51256469	46	5.8	48	78	10	224	23	30	19	27	1.98
51256201--51256466	94	2.8	93	81	8	267	22	30	19	27	1.98
51259712--51260082	40	9.3	40	90	1	575	22	22	28	27	1.99
51259712--51260082	80	4.7	80	96	1	647	22	22	28	27	1.99
51267214--51267336	46	2.6	46	84	7	151	24	27	19	28	1.99
51267208--51267385	46	3.8	45	78	10	135	23	27	20	28	1.99
51267260--51267433	94	1.9	92	86	7	253	24	27	20	28	1.99
51270157--51270203	24	1.9	25	86	4	69	51	14	6	27	1.67
51271164--51271191	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
51275517--51275559	5	8.6	5	100	0	86	18	0	0	81	0.69
51277697--51277744	22	2.2	22	85	7	62	33	0	8	58	1.28
51278227--51278252	9	2.9	9	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51278452--51278497	24	1.9	24	100	0	92	41	13	15	30	1.85
51281502--51281569	31	2.2	31	86	5	93	41	5	14	38	1.70
51283475--51283520	17	2.7	17	80	10	58	39	0	0	60	0.97
51283671--51283715	24	1.9	24	90	4	74	48	20	15	15	1.80
51283997--51284711	140	5.3	134	85	6	774	25	18	23	31	1.97
51284198--51284711	132	3.9	131	87	2	701	24	18	24	32	1.97
51284059--51284711	264	2.4	263	84	5	830	25	18	23	32	1.97
51285026--51285101	7	10.4	7	76	7	71	15	0	35	48	1.46
51285026--51285101	15	5.2	14	81	7	71	15	0	35	48	1.46
51285772--51285828	22	2.6	21	72	5	51	71	1	5	21	1.14
51286375--51286508	35	3.9	34	92	3	214	11	46	23	19	1.82
51289173--51289205	11	3.0	11	95	0	57	0	21	0	78	0.75
51296400--51296551	75	2.0	75	82	8	186	26	9	19	44	1.81
51296745--51296828	35	2.4	35	82	9	109	22	21	15	40	1.91
51296745--51296840	35	2.7	34	76	17	106	21	20	15	41	1.90
51296739--51297069	108	3.1	106	72	7	274	27	20	16	35	1.94
51297005--51297242	38	6.4	37	73	10	148	28	17	17	36	1.93
51296791--51297129	36	9.4	36	70	10	118	27	18	17	36	1.93
51297010--51297214	75	2.7	73	78	7	196	31	16	17	34	1.92
51297285--51297374	35	2.5	36	85	3	119	24	20	14	41	1.89
51298025--51298062	14	2.6	15	83	4	51	71	2	2	23	1.12
51299080--51299137	27	2.2	28	81	12	77	63	1	0	34	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51300968--51301022	18	2.9	18	91	5	83	34	16	10	38	1.84
51302802--51302827	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
51303176--51303214	17	2.2	18	86	4	53	33	2	2	61	1.23
51303438--51303511	31	2.4	31	79	2	87	47	13	10	28	1.76
51303924--51303953	14	2.1	14	100	0	60	40	6	46	6	1.56
51305523--51305563	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
51305526--51305565	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
51305583--51305686	9	11.6	9	83	0	91	26	9	19	44	1.81
51306453--51306786	179	1.9	179	96	0	623	39	12	12	35	1.81
51308394--51308613	51	4.3	51	78	4	210	32	26	15	25	1.96
51308415--51308613	50	3.9	50	78	5	193	32	26	16	25	1.96
51314150--51314202	24	2.2	24	86	0	70	33	11	18	35	1.87
51319142--51319199	23	2.5	23	80	5	64	22	12	25	39	1.89
51322381--51322448	34	2.0	34	100	0	136	50	11	8	29	1.69
51323237--51323392	49	3.2	48	77	8	156	30	19	26	24	1.98
51323193--51323392	98	2.1	95	83	6	246	28	18	27	26	1.98
51330863--51330969	49	2.2	49	86	3	144	24	21	28	25	1.99
51332939--51333314	23	16.4	23	92	4	636	31	26	21	21	1.98
51335589--51335627	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
51335854--51335927	23	3.3	23	86	3	114	18	21	27	32	1.97
51335855--51335920	22	3.0	22	90	2	105	18	22	27	31	1.97
51339858--51340768	39	23.3	39	99	0	1754	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51352530--51352559	12	2.5	12	94	0	51	10	33	36	20	1.86
51357917--51357970	27	2.0	27	85	0	72	33	22	12	31	1.92
51358162--51358198	19	1.9	19	89	10	58	70	10	2	16	1.27
51360274--51360499	50	4.6	50	80	9	218	27	16	30	26	1.97
51360274--51360499	99	2.3	96	79	8	235	27	16	30	26	1.97
51384487--51384511	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
51393502--51393529	14	2.0	14	100	0	56	64	7	7	21	1.43
51394682--51394706	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
51397546--51397624	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
51399326--51399393	6	11.3	6	71	10	50	75	0	4	20	0.98
51399362--51399395	13	2.6	13	85	0	50	73	0	5	20	1.04
51400681--51400737	29	1.9	30	89	3	89	57	21	1	19	1.49
51406867--51407063	55	3.6	54	76	4	182	19	22	19	38	1.93
51411368--51411419	25	2.1	25	96	0	95	28	15	13	42	1.85
51412472--51412556	33	2.6	33	81	1	109	61	2	18	17	1.46
51424725--51424832	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
51427490--51427820	177	1.9	177	85	2	459	28	21	19	31	1.97
51427766--51427910	45	3.2	45	88	0	193	30	20	20	28	1.97
51427588--51428015	222	1.9	222	83	3	549	27	21	19	31	1.98
51427795--51428539	177	4.2	178	87	2	953	26	21	19	32	1.97
51427530--51428397	399	2.2	397	78	9	861	27	21	18	32	1.97
51433139--51433181	21	2.1	20	91	4	68	48	13	11	25	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51436727--51436772	19	2.4	19	85	7	58	43	13	23	19	1.86
51440665--51440693	6	4.8	6	100	0	58	0	68	0	31	0.89
51444231--51444523	120	2.4	120	94	2	500	41	3	4	50	1.39
51444356--51444397	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
51444476--51444517	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
51445951--51445999	11	4.2	12	78	17	50	61	4	2	32	1.26
51445944--51445991	23	2.1	23	92	0	78	64	8	2	25	1.32
51446012--51446053	20	2.2	20	87	12	61	61	0	4	33	1.17
51447128--51447171	18	2.4	18	96	0	79	11	0	34	54	1.36
51447838--51448011	88	2.0	86	87	4	251	20	20	21	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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