genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71524129--71524175	22	2.1	23	88	4	69	17	4	31	46	1.67
71524233--71524334	28	3.4	28	76	17	89	45	0	11	43	1.40
71524447--71524716	125	2.2	127	85	5	372	40	12	17	29	1.86
71525628--71525756	58	2.2	59	83	10	158	52	4	5	37	1.45
71528183--71528243	29	2.1	30	81	9	72	37	14	18	29	1.90
71530056--71530102	16	2.9	16	96	0	85	53	6	0	40	1.27
71540747--71540838	19	4.8	19	89	0	139	36	14	9	39	1.79
71540724--71540838	38	2.9	38	87	5	140	39	13	8	39	1.75
71545975--71546083	53	2.1	53	98	0	209	33	14	19	33	1.92
71552390--71552504	57	2.0	57	96	0	212	32	8	30	28	1.87
71553685--71553882	45	4.5	44	73	9	168	29	18	24	27	1.98
71554033--71554130	44	2.2	45	89	5	146	30	14	27	27	1.95
71554151--71554295	44	3.3	43	70	12	125	32	22	24	21	1.98
71554141--71554343	88	2.3	88	93	0	352	32	23	22	22	1.98
71554195--71554333	44	3.2	44	70	8	147	32	23	21	23	1.98
71554681--71554766	44	2.0	44	85	0	118	41	30	12	15	1.84
71555595--71555693	50	2.0	50	95	0	180	18	19	25	37	1.94
71555968--71556009	22	1.9	22	85	9	59	30	2	0	66	1.04
71566639--71566730	45	2.0	45	95	0	166	34	8	29	27	1.87
71567905--71568102	45	4.5	44	73	9	168	29	18	24	27	1.98
71568253--71568350	44	2.2	45	89	5	146	30	14	27	27	1.95
71568371--71568515	44	3.3	43	70	12	125	32	22	24	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71568361--71568563	88	2.3	88	93	0	352	32	23	22	22	1.98
71568415--71568553	44	3.2	44	70	8	147	32	23	21	23	1.98
71568901--71568986	44	2.0	44	85	0	118	41	30	12	15	1.84
71570121--71570159	19	2.1	19	85	4	53	25	5	5	64	1.35
71569935--71570331	199	2.0	199	96	0	740	30	13	5	51	1.62
71570320--71570361	22	1.9	22	85	9	59	30	2	0	66	1.04
71580979--71581008	15	2.0	15	100	0	60	46	0	40	13	1.43
71582185--71582382	45	4.5	44	73	9	168	29	18	24	27	1.98
71582533--71582630	44	2.2	45	89	5	146	30	14	27	27	1.95
71582651--71582795	44	3.3	43	70	12	125	32	22	24	21	1.98
71582641--71582843	88	2.3	88	93	0	352	32	23	22	22	1.98
71582695--71582833	44	3.2	44	70	8	147	32	23	21	23	1.98
71583181--71583266	44	2.0	44	85	0	118	41	30	12	15	1.84
71584401--71584442	22	1.9	22	85	9	59	30	2	0	66	1.04
71587112--71587308	98	2.0	98	93	0	340	37	24	10	28	1.88
71587976--71588024	24	2.0	26	88	8	75	57	4	8	30	1.47
71588611--71588721	57	1.9	57	94	0	195	19	25	2	52	1.59
71588858--71588928	19	3.7	19	84	0	88	38	12	9	39	1.77
71590423--71590456	12	2.7	13	86	9	52	82	0	17	0	0.67
71592239--71592319	21	3.8	21	78	4	74	38	23	22	16	1.93
71593511--71593542	16	2.1	16	94	5	57	37	0	3	59	1.13
71594136--71594177	18	2.4	19	84	11	54	35	0	14	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71602009--71602129	54	2.2	54	83	2	145	21	27	23	27	1.99
71609032--71609316	27	10.6	27	79	2	196	33	16	20	30	1.94
71609032--71609316	81	3.5	81	75	2	259	33	16	20	30	1.94
71611970--71612034	31	2.1	32	85	8	89	16	4	20	58	1.56
71612546--71612872	81	4.0	81	82	2	361	35	17	19	27	1.94
71612546--71612872	27	12.1	27	85	1	314	35	17	19	27	1.94
71615176--71615403	124	1.8	124	89	0	357	33	17	15	32	1.92
71618875--71618917	18	2.3	19	84	4	52	53	13	4	27	1.60
71622775--71622824	25	2.0	25	92	0	82	34	38	14	14	1.85
71626442--71626494	20	2.7	19	77	11	54	49	0	0	50	1.00
71626441--71626490	21	2.5	20	75	15	57	48	0	0	52	1.00
71626450--71626484	13	2.5	15	90	9	56	45	0	0	54	0.99
71630309--71630403	44	2.1	46	88	7	142	35	26	4	33	1.76
71630385--71630456	16	4.5	16	87	0	108	27	26	5	40	1.78
71639887--71639981	35	2.7	35	77	11	95	42	1	4	52	1.27
71641539--71641569	6	5.2	6	92	0	53	70	0	29	0	0.87
71641704--71641745	5	8.4	5	79	10	50	38	0	19	42	1.51
71645951--71646033	43	1.9	43	90	0	130	22	14	22	39	1.91
71646919--71646955	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
71649448--71649498	24	2.1	24	85	0	66	31	11	11	45	1.77
71650170--71650306	35	3.9	34	80	5	130	24	21	18	35	1.95
71650173--71650304	70	1.9	70	80	0	156	24	21	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71657656--71657710	17	3.3	15	82	14	56	54	3	3	38	1.36
71660002--71660061	24	2.6	23	83	2	75	26	11	18	43	1.84
71666597--71666666	8	8.4	8	76	17	63	60	5	2	31	1.35
71666596--71666667	18	4.2	17	73	16	60	61	5	2	30	1.33
71671152--71671214	30	2.1	30	85	2	83	11	19	1	68	1.28
71673631--71673693	33	1.9	33	93	0	108	25	1	38	34	1.66
71673631--71673693	16	3.9	16	89	4	99	25	1	38	34	1.66
71673674--71673764	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
71673929--71673963	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
71674049--71674083	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
71673912--71674294	120	3.2	120	99	0	757	48	5	1	44	1.37
71674169--71674203	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
71677318--71677427	33	3.3	33	80	11	127	31	9	17	41	1.80
71677374--71677488	51	2.3	51	95	3	205	26	7	19	46	1.77
71677473--71677500	12	2.3	12	100	0	56	21	0	21	57	1.41
71682359--71682394	16	2.2	16	95	0	63	55	2	0	41	1.14
71682403--71682442	16	2.5	16	87	0	53	42	0	0	57	0.98
71682571--71682622	9	5.3	9	77	22	52	32	1	1	63	1.16
71682572--71682646	32	2.4	31	86	6	107	29	2	1	66	1.13
71682968--71683380	103	4.0	103	99	0	799	34	10	23	30	1.89
71685265--71685337	38	1.9	38	86	8	105	2	28	2	65	1.20
71685280--71685341	20	3.2	19	71	15	56	3	25	3	67	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71687500--71687548	23	2.1	23	92	0	80	18	18	28	34	1.94
71693448--71693525	22	3.6	21	76	10	68	73	0	23	3	1.00
71693456--71693505	20	2.5	19	81	15	57	70	0	26	4	1.05
71706032--71706075	22	1.9	24	86	9	65	18	11	54	15	1.70
71712887--71712983	51	1.9	51	84	0	131	25	25	16	31	1.96
71717009--71717346	147	2.2	152	77	8	350	31	0	15	52	1.47
71720896--71720929	15	2.3	15	90	5	52	38	0	8	52	1.33
71727917--71727947	15	2.0	16	93	6	55	25	0	45	29	1.54
71737184--71737262	34	2.3	34	95	0	140	40	0	39	20	1.52
71737200--71737262	19	3.5	19	66	16	53	41	0	38	20	1.53
71745752--71745783	16	1.9	17	93	6	57	6	15	3	75	1.14
71752279--71752326	14	3.5	13	83	13	53	66	0	4	29	1.10
71754001--71754040	17	2.5	15	84	11	53	70	5	2	22	1.19
71754001--71754081	16	5.3	15	76	14	69	69	3	1	25	1.13
71760922--71760965	21	2.1	21	83	8	54	34	0	13	52	1.41
71765524--71765890	104	3.5	105	87	6	534	38	14	17	29	1.90
71767341--71767395	29	1.9	29	85	10	78	23	25	21	29	1.99
71771652--71771701	22	2.2	24	85	7	68	26	8	0	66	1.19
71774580--71774613	6	5.7	6	100	0	68	14	52	0	32	1.42
71778668--71778710	21	2.0	21	100	0	86	58	9	0	32	1.30
71783754--71783792	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
71790032--71790070	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71790296--71790393	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
71790298--71790386	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
71793222--71793489	125	2.1	127	87	2	380	29	16	16	38	1.90
71793584--71793688	34	3.2	33	80	6	124	44	17	0	38	1.49
71798996--71799040	21	2.0	24	83	12	60	53	8	33	4	1.52
71800769--71801416	126	5.2	126	87	1	877	38	15	17	28	1.90
71800768--71801416	250	2.6	252	85	1	881	38	15	17	28	1.90
71804931--71804970	18	2.2	18	90	0	62	42	10	30	17	1.82
71816997--71817051	27	2.0	27	82	10	67	47	1	9	41	1.46
71823587--71823789	45	4.5	45	84	3	257	47	13	19	20	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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