genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  257  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84779790--84779822	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
84779400--84779972	287	2.0	287	100	0	1146	38	13	6	42	1.70
84780440--84780482	23	2.0	21	86	9	59	20	11	39	27	1.88
84783999--84784034	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
84790813--84790877	34	1.9	34	87	6	96	81	4	6	7	0.98
84791392--84791453	22	2.9	21	83	9	81	74	6	0	19	1.03
84792978--84793080	44	2.3	46	77	11	108	31	17	21	30	1.96
84792718--84793977	177	7.1	177	88	1	1659	30	17	24	27	1.97
84793152--84793785	44	14.3	45	65	11	240	30	17	24	27	1.97
84803237--84803452	40	5.4	40	92	2	314	24	22	27	25	2.00
84805044--84805081	20	1.9	19	85	15	51	5	28	13	52	1.61
84811154--84811371	40	5.5	40	88	3	307	24	28	23	23	2.00
84811154--84811375	80	2.8	80	89	2	340	24	27	22	24	2.00
84812557--84812748	95	2.0	95	97	0	366	40	21	8	29	1.83
84815478--84815714	119	2.0	118	99	0	456	52	10	11	24	1.68
84824037--84824121	41	2.1	41	97	0	161	36	23	11	28	1.90
84828607--84828657	21	2.4	22	87	6	70	64	0	0	35	0.94
84828619--84828709	33	2.7	33	75	14	89	58	3	0	38	1.15
84844682--84844921	119	2.0	119	100	0	480	22	18	17	41	1.90
84846914--84846982	26	2.7	26	79	0	66	33	15	8	42	1.78
84852862--84852909	25	1.9	25	82	0	60	37	4	20	37	1.72
84857982--84858024	22	2.0	22	81	9	52	25	6	2	65	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84860016--84860045	12	2.5	12	94	0	51	30	43	20	6	1.77
84863896--84864052	43	3.6	44	81	7	187	28	14	24	32	1.95
84866086--84866317	56	4.1	56	99	0	455	45	9	22	22	1.80
84867071--84867255	40	4.7	40	81	6	198	24	21	27	25	1.99
84867124--84867288	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	25	1.99
84874196--84874292	49	2.0	49	95	2	178	29	10	4	55	1.52
84874695--84874867	43	4.1	44	77	12	159	32	27	16	23	1.96
84875356--84875422	29	2.4	29	79	16	70	25	17	4	52	1.64
84877908--84878038	46	2.8	46	86	2	165	23	32	7	35	1.83
84878024--84878201	47	3.8	47	87	3	243	24	29	11	34	1.90
84878111--84878182	22	3.1	22	64	24	58	25	29	13	31	1.94
84878223--84878353	46	2.8	46	86	2	165	23	32	7	35	1.83
84878339--84878476	47	2.9	46	86	4	186	26	30	8	34	1.86
84877883--84878476	315	1.9	314	96	0	1098	26	29	8	35	1.87
84884497--84884629	45	3.0	45	93	0	221	27	27	21	24	1.99
84884456--84884629	90	2.0	87	84	5	224	27	27	21	24	1.99
84884810--84885333	261	2.0	261	98	0	1003	31	20	8	39	1.82
84888393--84888438	20	2.3	20	96	0	83	30	19	15	34	1.93
84890970--84891029	30	2.0	30	83	6	77	36	6	26	30	1.82
84891676--84891920	49	4.9	50	84	3	307	26	18	26	28	1.98
84891679--84891920	100	2.4	98	85	3	324	26	18	26	29	1.98
84894640--84894678	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84896726--84896784	29	2.0	29	83	9	75	35	8	25	30	1.86
84897432--84897663	49	4.7	49	82	2	275	26	17	26	29	1.98
84901683--84901830	47	3.1	47	95	0	260	33	8	29	28	1.87
84901798--84902145	183	1.9	183	100	0	696	27	20	24	27	1.99
84902132--84902211	38	2.1	37	84	6	99	26	17	30	26	1.97
84905169--84905404	27	8.7	27	77	6	183	31	9	20	38	1.84
84905282--84905438	54	2.9	55	83	6	178	29	10	20	39	1.86
84905254--84905447	54	3.6	53	80	6	176	28	10	22	39	1.86
84905279--84905445	81	2.0	81	81	5	194	28	10	22	37	1.88
84905428--84905512	27	3.2	25	81	8	80	41	7	20	31	1.79
84905437--84905525	27	3.3	27	87	0	133	40	6	23	29	1.80
84905426--84905553	54	2.4	53	76	8	141	37	8	21	32	1.84
84909296--84909801	128	3.9	128	81	6	562	29	26	17	26	1.98
84909291--84909824	86	6.2	86	80	6	566	29	25	17	26	1.98
84909291--84909785	171	2.9	168	81	8	545	29	26	17	26	1.98
84909291--84909801	43	11.9	43	79	9	508	29	26	17	26	1.98
84914123--84914158	18	2.0	18	88	0	54	27	33	8	30	1.86
84920035--84920221	40	4.7	40	95	0	329	18	19	28	32	1.96
84927790--84927936	40	3.7	40	90	0	231	19	19	27	33	1.96
84936777--84936814	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
84937044--84937214	93	1.8	93	89	2	272	29	27	20	22	1.99
84937039--84937205	46	3.6	47	76	10	164	30	26	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84937038--84937223	46	4.0	46	69	20	127	29	27	19	23	1.98
84937635--84937694	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
84942204--84942269	33	2.0	33	96	0	123	28	21	19	30	1.98
84944403--84944440	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
84945261--84945320	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
84947220--84947302	27	3.1	27	85	0	112	31	19	21	27	1.97
84947284--84947504	27	8.2	27	84	4	194	37	20	9	32	1.85
84947265--84947379	54	2.1	54	85	3	151	39	21	11	27	1.88
84947457--84947865	27	15.2	27	84	1	489	29	20	7	42	1.79
84947430--84947865	81	5.4	81	87	0	550	30	21	7	41	1.80
84948369--84948512	6	23.3	6	68	18	55	20	21	12	45	1.83
84948400--84948486	25	3.8	24	77	16	85	20	25	11	42	1.86
84948369--84948436	31	2.2	31	83	0	82	22	19	11	47	1.81
84948406--84948455	19	2.6	19	96	0	91	24	24	8	44	1.80
84950709--84950750	12	3.4	13	81	18	54	28	0	0	71	0.86
84953911--84954043	46	2.9	47	84	3	171	34	26	18	20	1.96
84956099--84956128	14	2.1	14	100	0	60	36	13	0	50	1.42
84956329--84956450	42	2.8	43	77	6	131	33	23	15	27	1.95
84956328--84956469	43	3.3	43	76	5	126	33	23	16	27	1.95
84959665--84959697	15	2.2	16	89	10	52	24	0	21	54	1.45
84960986--84961865	56	15.7	56	96	0	1561	25	15	23	35	1.94
84967727--84967798	27	2.6	27	86	4	99	31	18	26	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84967727--84967808	27	3.0	27	83	3	83	31	20	24	23	1.98
84967914--84967978	28	2.3	28	92	5	105	27	9	29	33	1.88
84975578--84975692	55	2.1	56	83	8	146	34	22	23	19	1.96
84975603--84975692	28	3.2	27	85	4	108	32	24	23	20	1.98
84975603--84975692	27	3.2	27	82	7	110	32	24	23	20	1.98
84975801--84975862	28	2.2	28	97	0	115	30	8	27	33	1.86
84977728--84977850	42	2.9	42	81	4	149	34	25	14	25	1.94
84977728--84977854	43	3.0	42	82	3	155	35	25	14	25	1.93
84984259--84984350	40	2.3	40	83	7	107	28	25	17	29	1.97
84991468--84991613	48	3.0	48	87	0	220	36	6	25	32	1.81
84991754--84991844	37	2.5	37	92	3	148	23	19	31	25	1.98
84997314--84997459	48	3.0	48	87	0	220	36	6	25	32	1.81
84997600--84997708	36	3.0	37	89	2	175	23	17	31	27	1.97
85005131--85005225	28	3.4	28	73	11	95	31	16	26	25	1.97
85005308--85005374	32	2.1	32	82	0	80	37	10	23	28	1.88
85011563--85011629	32	2.1	32	88	0	98	34	10	26	28	1.90
85017582--85017842	40	6.5	40	80	6	280	25	27	22	24	2.00
85018150--85018228	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
85018210--85018312	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
85022009--85022192	79	2.3	81	79	7	207	25	21	27	25	1.99
85022008--85022192	40	4.7	40	80	6	207	24	21	27	25	1.99
85022061--85022225	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85023188--85023622	218	2.0	218	96	0	807	34	16	19	28	1.94
85024334--85024407	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
85024799--85024995	40	4.9	40	91	0	313	26	22	26	24	2.00
85024758--85024995	80	3.0	79	85	3	316	26	22	26	24	2.00
85032101--85032229	47	2.8	47	89	3	190	46	14	10	27	1.78
85036702--85036873	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
85036695--85036870	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
85039201--85039239	21	1.9	20	84	5	51	43	0	12	43	1.42
85042851--85042912	27	2.3	27	82	0	70	30	19	11	38	1.87
85054525--85054638	36	3.2	36	85	3	151	37	21	6	35	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310