genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  230  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75646629--75647183	235	2.4	237	92	3	946	49	5	6	38	1.50
75647400--75647446	24	2.0	24	87	8	69	46	8	17	27	1.76
75648642--75648722	42	1.9	42	100	0	162	44	7	14	33	1.73
75649508--75649541	16	2.1	16	100	0	68	52	11	17	17	1.73
75649987--75650125	73	1.9	71	84	5	181	38	6	35	19	1.78
75650485--75650660	73	2.4	74	87	3	250	34	20	14	31	1.92
75650999--75651058	21	2.8	21	87	12	79	25	0	25	50	1.50
75651007--75651058	14	3.7	14	78	0	59	23	0	26	50	1.50
75651176--75651219	16	2.8	16	86	3	54	22	0	34	43	1.54
75651672--75651704	15	2.1	16	94	5	59	33	42	0	24	1.55
75651676--75651711	15	2.4	15	85	0	54	41	36	0	22	1.54
75656394--75656461	34	2.0	34	85	5	93	45	16	20	17	1.85
75656749--75656900	43	3.6	43	81	8	168	33	23	15	26	1.95
75659519--75659549	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
75659516--75659555	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
75659741--75659992	55	4.8	53	78	9	230	21	24	17	36	1.95
75659788--75659988	108	1.8	110	87	4	300	21	24	18	35	1.96
75662881--75662932	22	2.4	22	83	0	68	11	30	36	21	1.89
75667886--75667916	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
75667883--75667922	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
75668116--75668362	55	4.7	52	77	12	181	20	24	18	36	1.95
75668155--75668352	108	1.8	110	84	6	278	22	25	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75668700--75668757	30	2.0	30	86	3	82	27	27	3	41	1.72
75672085--75672117	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
75673185--75673249	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
75673355--75673445	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
75673899--75673939	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
75692694--75692758	28	2.3	28	91	0	103	33	29	7	29	1.85
75692865--75692954	28	3.2	28	87	4	128	21	24	22	32	1.98
75693408--75693448	18	2.3	18	86	0	55	26	2	4	65	1.25
75695807--75695984	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
75695808--75695963	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
75695804--75695984	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
75695889--75695995	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
75696079--75696285	103	2.0	104	96	0	380	29	14	22	33	1.93
75711807--75711846	20	2.0	20	85	0	53	37	20	0	42	1.52
75712080--75712287	55	3.8	53	82	7	224	22	25	16	35	1.95
75712080--75712280	108	1.8	110	88	4	309	22	25	17	34	1.96
75722906--75722930	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
75723423--75723462	21	1.9	20	85	10	53	42	0	27	30	1.56
75725704--75725813	40	2.8	38	80	10	105	34	8	20	37	1.82
75727346--75727501	27	5.8	27	88	1	215	27	14	17	40	1.89
75727357--75727533	54	3.3	54	88	3	223	24	14	18	41	1.88
75727346--75727522	27	6.6	27	83	5	148	27	12	18	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75727848--75727928	18	4.6	18	87	3	110	18	19	13	48	1.81
75727844--75727928	35	2.4	36	88	2	118	20	20	12	47	1.82
75737117--75737141	8	3.1	8	100	0	50	12	48	12	28	1.76
75747685--75748030	50	7.0	50	83	5	452	23	16	30	29	1.96
75747690--75748021	99	3.4	99	100	0	664	23	16	30	30	1.96
75750858--75750911	15	3.7	15	72	20	51	7	12	18	61	1.54
75754565--75754794	53	4.3	54	78	6	216	20	23	18	38	1.93
75762070--75762276	53	3.8	54	76	1	200	20	22	18	38	1.94
75765734--75765764	15	2.1	15	100	0	62	51	19	12	16	1.76
75767979--75768011	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
75768144--75768176	16	2.0	17	88	5	50	57	3	0	39	1.14
75774216--75774257	21	2.0	21	100	0	84	47	19	4	28	1.69
75774538--75774762	40	5.6	40	83	2	272	24	26	24	25	2.00
75774502--75774762	80	3.3	80	81	3	285	24	25	24	26	2.00
75782086--75782310	40	5.6	40	84	0	279	23	26	24	25	2.00
75791053--75791127	38	2.0	38	89	0	114	25	24	13	37	1.91
75792972--75793258	27	10.6	27	85	0	358	39	20	9	31	1.84
75792972--75793258	108	2.7	108	89	1	414	39	20	9	31	1.84
75792963--75793314	81	4.3	80	80	4	348	38	20	9	31	1.84
75793102--75793302	27	7.4	27	80	7	108	38	19	8	32	1.83
75793213--75793367	81	1.9	81	81	2	186	38	22	8	30	1.84
75793242--75793367	27	4.7	27	72	7	85	38	23	7	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75793358--75793569	27	7.9	27	88	0	282	35	18	22	24	1.96
75793351--75793574	81	2.8	80	87	3	324	35	18	20	25	1.95
75793908--75793967	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
75794086--75794269	6	29.8	6	70	17	101	21	17	11	49	1.78
75794117--75794183	19	3.6	19	74	11	66	23	20	8	46	1.79
75794086--75794153	25	2.7	25	84	8	93	23	17	10	48	1.78
75794157--75794212	25	2.2	25	90	0	85	19	17	14	48	1.81
75794086--75794252	62	2.7	62	82	0	181	21	17	11	48	1.80
75794156--75794257	37	2.7	37	80	4	116	19	18	12	49	1.80
75794142--75794246	19	5.7	18	74	15	65	20	18	13	48	1.80
75795076--75795257	91	2.0	91	98	0	355	24	12	25	37	1.91
75795878--75796174	80	3.8	79	81	7	234	24	20	27	26	1.99
75795931--75796174	40	6.3	39	78	10	214	24	20	27	26	1.99
75796045--75796189	74	2.0	74	97	0	272	26	20	27	25	1.99
75799192--75799371	90	2.0	90	100	0	360	37	7	18	35	1.80
75808332--75808381	26	2.0	25	84	11	66	14	32	2	52	1.53
75810940--75811042	51	2.0	51	100	0	206	24	21	15	38	1.92
75859989--75860053	32	2.0	32	96	0	121	24	26	12	36	1.91
75872282--75872341	30	2.0	30	87	6	86	46	11	8	33	1.70
75878753--75878798	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
75884909--75885264	103	3.5	103	92	0	579	33	28	18	18	1.95
75886333--75886385	7	7.4	7	97	2	97	13	13	0	73	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75886338--75886445	14	7.3	14	78	10	56	18	8	3	69	1.29
75888130--75888186	5	11.2	5	83	10	64	17	1	1	78	0.91
75888130--75888186	6	10.0	6	86	5	59	17	1	1	78	0.91
75889833--75890454	311	2.0	311	100	0	1244	37	14	11	36	1.83
75891263--75891318	25	2.4	22	78	16	67	21	14	48	16	1.81
75891269--75891322	25	2.2	25	93	0	90	22	12	48	16	1.80
75891439--75891484	24	1.9	24	90	0	74	32	4	36	26	1.76
75897015--75897232	111	2.0	112	92	0	366	14	27	17	40	1.88
75898149--75898247	49	2.0	49	98	0	189	25	20	9	45	1.80
75899436--75899498	27	2.3	27	88	0	90	46	20	17	15	1.85
75901145--75901196	27	1.9	27	92	0	86	30	32	23	13	1.93
75901009--75901237	102	2.2	103	88	0	334	31	28	19	20	1.97
75901179--75901280	43	2.4	43	100	0	204	32	29	13	24	1.94
75901261--75901407	33	4.3	33	66	24	99	34	27	19	17	1.95
75901219--75901420	103	2.0	103	97	0	386	34	29	16	19	1.94
75901073--75901383	146	2.1	145	91	2	491	33	27	17	21	1.96
75908366--75908539	75	2.3	75	91	2	269	32	28	18	19	1.96
75908441--75908643	101	2.0	102	94	0	354	33	28	17	20	1.96
75908316--75908641	177	1.8	178	91	2	539	33	28	18	19	1.95
75933375--75933419	24	1.9	23	86	4	63	17	44	2	35	1.62
75946126--75946181	28	2.0	29	92	3	96	41	28	12	17	1.86
75984695--75984763	7	9.9	7	98	0	129	14	13	1	71	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75989332--75989385	25	2.2	25	86	0	72	24	11	46	18	1.81
75989747--75989776	15	2.0	15	93	0	51	33	40	10	16	1.82
75990877--75990955	27	2.9	27	90	0	131	43	21	16	18	1.88
75996891--75996950	27	2.2	27	85	5	77	48	18	13	20	1.81
76000498--76000595	48	2.0	48	98	0	187	13	28	5	53	1.61
76003058--76004369	652	2.0	652	90	0	2090	30	26	15	27	1.96
76006258--76006435	27	6.6	27	83	3	205	29	28	15	26	1.96
76006279--76006434	82	1.9	81	88	3	233	28	28	15	26	1.96
76011027--76011064	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
76011285--76011457	46	3.8	45	78	7	177	30	27	19	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310