genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99265421--99265467	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
99265276--99265704	120	3.6	120	98	0	804	42	1	5	50	1.34
99265532--99265583	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
99265360--99265667	61	5.1	61	69	16	264	42	1	6	49	1.39
99265661--99265702	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
99265652--99265693	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
99265919--99265970	16	3.2	16	94	0	95	36	36	0	26	1.57
99279020--99279076	21	2.7	21	81	13	71	22	33	7	36	1.81
99283618--99283728	42	2.6	42	87	2	152	30	26	12	30	1.93
99283876--99284053	31	5.8	31	82	5	218	25	25	19	29	1.99
99284029--99284157	50	2.5	51	91	2	206	25	22	17	34	1.95
99289536--99289577	17	2.5	17	100	0	84	33	19	11	35	1.88
99291116--99291155	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
99297532--99297595	32	1.9	35	87	9	98	50	12	7	29	1.68
99297661--99297784	60	2.1	60	92	0	203	33	20	12	33	1.89
99303287--99303332	24	1.9	24	86	8	67	26	2	2	69	1.11
99305618--99305645	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
99310475--99310538	25	2.8	21	78	19	74	45	0	3	51	1.17
99310491--99310540	25	2.0	25	96	0	91	46	0	4	50	1.20
99317370--99317419	27	1.9	26	84	8	66	30	6	4	60	1.39
99332396--99332473	25	3.2	25	87	5	99	17	24	17	39	1.91
99332416--99332492	22	3.4	22	85	5	91	18	23	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99340567--99340616	25	2.0	25	96	0	91	40	14	12	34	1.82
99341412--99341468	19	2.8	20	79	15	62	24	1	3	70	1.13
99341437--99341474	19	2.1	18	90	9	60	26	0	0	73	0.83
99342771--99342797	14	1.9	14	100	0	54	51	18	0	29	1.46
99344242--99344292	26	2.0	26	84	0	66	33	11	7	47	1.69
99348628--99348667	20	2.0	20	100	0	80	35	35	0	30	1.58
99351855--99351898	22	2.0	22	82	8	54	38	6	4	50	1.50
99352350--99352374	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
99355256--99355284	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
99358561--99359216	327	2.0	325	82	4	800	37	17	21	23	1.94
99367349--99367381	14	2.4	14	94	0	57	12	30	33	24	1.91
99375908--99375956	25	2.0	25	100	0	98	24	14	28	32	1.94
99381746--99381826	29	2.7	28	77	11	81	58	7	6	28	1.50
99382296--99382344	25	2.0	25	87	0	71	20	22	24	32	1.98
99407866--99407939	38	1.9	38	100	0	148	45	24	10	18	1.81
99412697--99412816	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
99429447--99429488	16	2.7	15	82	10	50	35	19	4	40	1.72
99430021--99430232	41	5.1	40	81	8	201	35	20	23	20	1.96
99430022--99430232	43	5.1	41	81	7	212	35	20	23	20	1.96
99430648--99430696	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
99431015--99431053	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
99435327--99435360	15	2.3	15	94	0	59	14	11	20	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99436622--99436726	53	2.0	53	88	3	158	22	15	27	34	1.94
99437223--99437284	29	2.2	29	97	2	117	17	12	38	30	1.88
99438235--99438297	26	2.4	26	94	0	108	30	14	14	41	1.85
99438235--99438321	26	3.3	26	83	3	79	29	13	13	42	1.83
99440100--99440141	21	2.0	21	100	0	84	33	14	14	38	1.86
99444495--99444527	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
99444506--99444600	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
99444762--99444796	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
99444720--99444792	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
99444681--99444952	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
99444906--99444940	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
99444926--99445104	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
99444921--99445108	61	3.1	61	68	14	190	49	6	2	41	1.41
99444889--99445111	120	1.9	120	97	0	419	49	6	2	42	1.40
99445026--99445060	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
99445101--99445147	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
99445120--99445153	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
99445186--99445380	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
99446781--99446807	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
99454995--99455102	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
99458297--99458474	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
99458318--99458473	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99465447--99465624	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
99465447--99465624	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
99466100--99466125	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
99473313--99473384	25	2.9	25	70	10	58	22	26	18	33	1.96
99476503--99476601	50	2.0	49	90	2	153	24	23	31	21	1.98
99488632--99488705	37	2.0	37	82	15	91	25	8	24	41	1.82
99511623--99511706	42	2.0	42	95	0	150	25	16	26	32	1.96
99512170--99512235	33	2.0	32	91	2	105	27	21	16	33	1.94
99535444--99535560	55	2.1	55	83	0	162	14	32	29	23	1.94
99538888--99539004	59	2.0	59	98	0	225	41	15	18	23	1.89
99540847--99540874	14	2.0	14	100	0	56	35	35	7	21	1.81
99540893--99540959	33	2.1	32	88	5	107	38	25	17	16	1.90
99545745--99545792	20	2.4	20	80	16	55	79	6	0	14	0.92
99554103--99554164	21	3.0	21	78	4	72	20	24	20	33	1.97
99554222--99554279	21	2.8	21	75	0	71	29	29	18	22	1.98
99562031--99562091	26	2.4	26	78	10	65	49	27	3	19	1.64
99563700--99563861	43	3.8	42	80	8	166	24	16	27	32	1.96
99594305--99594858	206	2.7	205	93	0	948	29	21	18	31	1.97
99599851--99599879	14	2.1	14	100	0	58	13	51	0	34	1.42
99611364--99611448	33	2.6	32	81	5	98	20	41	17	21	1.91
99613545--99613625	40	2.0	40	97	0	153	27	20	0	51	1.47
99615156--99615194	18	2.1	19	85	4	53	28	17	7	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99624155--99624293	60	2.3	59	82	8	165	27	25	19	27	1.99
99624286--99624341	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
99624365--99624408	22	2.0	22	86	0	61	15	54	4	25	1.60
99627921--99627953	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
99628122--99628218	48	2.0	48	95	0	176	38	14	12	35	1.84
99628820--99628958	60	2.3	59	81	8	156	27	25	20	26	1.99
99628951--99628994	20	2.2	20	88	4	63	27	27	18	27	1.98
99629291--99629343	26	2.1	25	85	3	70	32	18	22	26	1.97
99630268--99630307	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
99630253--99630319	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
99630247--99630323	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
99639966--99640021	27	2.1	27	100	0	112	32	0	17	50	1.47
99643737--99643907	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
99643732--99643904	46	3.7	46	78	10	190	30	27	20	22	1.98
99649833--99649913	41	2.0	41	97	0	153	34	13	6	45	1.69
99651220--99651279	30	2.0	30	83	0	75	35	25	3	36	1.72
99657699--99657736	19	2.0	20	85	15	53	39	21	0	39	1.53
99657965--99658362	46	8.7	46	87	0	580	30	28	20	20	1.98
99657961--99658361	92	4.4	92	99	0	793	30	27	20	20	1.98
99665548--99665719	46	3.7	47	78	9	192	31	26	19	22	1.98
99665553--99665723	92	1.9	92	88	2	263	30	26	19	22	1.98
99666141--99666201	30	2.0	30	87	0	86	32	24	4	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99666936--99666980	23	2.0	23	86	0	63	57	4	4	33	1.38
99667149--99667173	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
99685701--99685896	40	4.9	40	93	2	322	28	19	28	23	1.99
99685701--99685919	120	1.8	119	87	2	323	27	19	27	24	1.99
99688273--99688307	14	2.5	14	95	0	61	25	22	17	34	1.96
99692340--99692509	40	4.2	40	91	3	277	25	20	22	31	1.98
99692340--99692509	82	2.1	82	92	2	281	25	20	22	31	1.98
99692340--99692543	82	2.5	80	85	5	259	24	21	23	30	1.99
99695873--99695942	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
99695873--99695970	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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