genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18599758--18599913	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18610621--18610803	40	4.6	39	81	6	170	24	20	27	26	1.99
18610657--18610838	79	2.3	80	79	3	190	26	20	27	25	1.99
18615565--18615642	34	2.3	33	80	8	86	60	1	10	28	1.37
18615585--18615696	7	16.1	7	79	7	86	50	1	15	32	1.54
18615595--18615690	28	3.5	27	81	7	95	52	2	12	33	1.51
18615675--18615713	14	2.8	13	85	11	51	38	0	33	28	1.57
18617522--18617564	18	2.5	17	81	7	50	32	6	0	60	1.23
18619990--18620090	43	2.3	43	86	3	141	26	28	23	20	1.99
18620252--18620282	16	1.9	16	93	0	53	70	9	3	16	1.26
18620756--18620788	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
18620878--18620923	13	3.8	13	72	21	55	36	15	13	34	1.86
18620878--18620919	22	1.9	22	100	0	84	38	14	11	35	1.83
18625074--18625120	15	3.1	15	73	11	51	40	2	21	36	1.65
18625393--18625528	72	1.9	70	83	8	177	41	29	1	27	1.65
18625460--18625553	46	2.0	46	97	0	179	42	26	2	28	1.67
18625417--18625529	25	4.6	25	71	16	94	41	27	1	29	1.66
18625471--18625561	7	12.4	7	71	9	56	46	26	1	26	1.60
18625719--18625937	41	5.4	41	90	2	316	17	24	23	34	1.96
18625719--18625968	81	3.1	82	86	2	335	19	23	22	34	1.96
18626231--18626260	15	2.0	15	100	0	60	33	20	6	40	1.78
18631642--18631789	43	3.4	43	77	4	129	31	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18632000--18632167	56	3.0	56	100	0	336	26	25	8	39	1.85
18633172--18633479	62	5.0	62	100	0	616	19	29	14	37	1.91
18635466--18635529	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
18636801--18636930	27	4.7	26	76	11	91	30	9	18	41	1.82
18636856--18636953	27	3.7	26	78	9	99	29	9	19	41	1.82
18636828--18636967	54	2.6	53	80	5	158	30	9	21	39	1.85
18636945--18637078	27	5.0	27	85	0	160	39	8	21	29	1.84
18637017--18637140	65	1.9	65	84	0	167	34	6	29	29	1.82
18637073--18637140	27	2.5	27	87	0	100	36	2	30	29	1.72
18636990--18637167	92	1.9	92	80	0	203	35	7	26	30	1.84
18637137--18637212	27	2.8	27	84	4	91	31	11	18	38	1.87
18637146--18637244	27	3.6	27	77	9	85	34	12	16	37	1.85
18644478--18644517	15	2.6	16	84	7	57	80	0	2	17	0.83
18646153--18646235	25	3.3	24	79	12	80	71	1	3	24	1.09
18646153--18646204	22	2.3	23	78	12	56	69	1	5	23	1.20
18646152--18646214	13	5.0	13	78	5	67	68	1	4	25	1.18
18651824--18651938	43	2.7	43	83	1	142	29	24	15	30	1.96
18651821--18651967	43	3.4	43	80	4	120	33	25	14	26	1.94
18653917--18654242	50	6.5	50	76	4	323	29	24	18	27	1.98
18654015--18654194	51	3.5	51	78	4	220	30	22	20	27	1.98
18653965--18654247	101	2.8	101	86	2	390	30	24	18	27	1.98
18653904--18654242	151	2.2	152	82	3	407	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18657510--18657643	69	1.9	69	92	0	223	38	20	11	29	1.88
18661096--18661155	24	2.5	24	94	0	102	30	35	1	33	1.68
18661342--18661699	178	2.0	179	97	0	673	36	22	10	30	1.88
18662812--18662936	62	2.0	62	85	0	169	41	12	28	18	1.86
18665369--18665411	16	2.7	16	85	0	59	55	18	16	9	1.67
18665635--18665768	28	4.7	28	77	12	139	26	14	32	26	1.95
18665623--18665769	57	2.6	58	85	11	182	27	13	31	27	1.94
18687472--18687604	44	3.0	44	76	16	146	23	19	29	27	1.98
18689096--18689307	53	3.9	54	78	10	227	22	25	16	35	1.95
18689104--18689303	108	1.8	108	87	5	296	23	25	17	34	1.96
18689073--18689310	53	4.5	54	75	13	219	21	24	17	36	1.94
18694991--18695049	25	2.3	25	85	5	82	38	20	22	18	1.93
18697372--18697401	15	2.1	15	93	6	53	86	0	0	13	0.57
18701623--18701912	146	2.0	146	88	5	435	25	12	26	35	1.91
18708504--18708572	12	5.6	12	80	13	77	81	2	8	7	0.97
18708514--18708572	19	3.2	18	81	15	75	83	1	8	6	0.89
18710161--18710194	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
18713164--18713271	41	2.7	41	86	4	148	26	27	22	23	1.99
18722811--18722993	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
18722790--18722993	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
18731634--18731695	13	4.6	13	75	15	63	29	1	9	59	1.38
18731639--18731695	29	2.0	29	92	0	96	28	1	8	61	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18738443--18738492	26	1.9	25	84	8	64	40	6	12	42	1.67
18743001--18743077	28	2.6	28	86	10	93	48	10	11	29	1.73
18743468--18743566	43	2.2	44	82	7	112	65	2	0	32	1.04
18743466--18743563	44	2.2	44	80	8	110	64	2	0	33	1.05
18745130--18745167	18	2.1	18	85	9	51	34	2	0	63	1.09
18746998--18747073	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
18747034--18747082	18	2.6	19	96	3	91	36	16	12	34	1.86
18749482--18749537	3	18.7	3	100	0	112	33	0	33	32	1.58
18754442--18754502	21	2.7	23	82	7	81	54	24	0	21	1.45
18756333--18756403	5	14.2	5	100	0	142	60	0	0	39	0.97
18756617--18756658	13	3.2	13	83	6	57	73	0	23	2	0.94
18756607--18756657	21	2.6	19	75	19	52	68	1	27	1	1.11
18757586--18757637	25	2.1	25	96	0	95	26	19	15	38	1.91
18757810--18757860	21	2.4	21	93	3	84	43	1	19	35	1.63
18760028--18760175	2	74.0	2	100	0	296	0	0	50	50	1.00
18765019--18765060	13	3.2	13	83	6	57	73	0	23	2	0.94
18792037--18792082	21	2.1	22	88	4	67	56	6	4	32	1.45
18796175--18796308	26	5.2	26	92	1	207	32	6	23	37	1.81
18797743--18797818	26	2.8	26	88	4	98	34	19	13	32	1.90
18797921--18798033	27	4.2	27	85	3	129	17	23	23	35	1.95
18797919--18798033	54	2.1	54	88	3	169	17	23	23	35	1.95
18802006--18802089	26	3.2	26	88	3	116	34	4	22	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18809225--18809531	155	2.0	154	92	0	515	30	25	19	24	1.98
18811307--18811428	47	2.6	47	93	0	208	35	13	23	27	1.93
18811415--18811603	55	3.5	54	80	6	179	35	19	23	21	1.95
18811410--18811614	53	3.8	54	77	7	191	35	18	23	22	1.96
18815958--18816108	27	5.6	26	80	4	115	26	16	28	28	1.97
18815958--18816083	54	2.3	54	82	8	148	26	16	28	28	1.97
18815985--18816134	55	2.8	54	81	6	160	27	15	30	27	1.96
18815958--18816113	82	1.9	81	81	3	188	26	16	28	28	1.96
18815985--18816134	27	5.5	27	81	3	113	27	15	30	27	1.96
18821080--18821163	34	2.5	34	76	7	82	30	21	19	28	1.97
18827255--18827293	20	2.0	20	94	0	69	56	7	0	35	1.28
18827734--18827783	13	3.4	14	77	20	57	42	0	0	58	0.98
18835733--18835914	40	4.6	40	95	2	314	23	23	27	25	2.00
18840567--18840603	17	2.2	17	100	0	74	13	21	21	43	1.87
18848902--18849026	47	2.7	46	79	9	137	22	29	20	28	1.98
18850631--18850673	21	2.0	21	86	0	59	34	18	16	30	1.93
18852793--18852822	7	4.4	7	91	8	53	16	0	0	83	0.65
18852793--18852818	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
18856050--18856142	40	2.4	39	83	5	125	39	35	10	13	1.80
18860526--18860597	36	2.0	36	100	0	144	30	33	11	25	1.90
18862962--18863144	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
18862941--18863144	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18865117--18865206	47	1.9	47	95	0	162	42	12	13	32	1.81
18867344--18867376	11	3.0	11	91	8	50	81	0	0	18	0.68
18867496--18867593	19	5.2	19	91	7	155	37	10	15	36	1.81
18867497--18867593	36	2.6	36	90	8	117	38	10	14	37	1.80
18867515--18867571	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
18870379--18870419	21	2.0	20	85	4	55	36	17	17	29	1.92
18873185--18873407	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
18873185--18873407	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
18873185--18873440	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
18875780--18875868	44	2.0	46	86	4	128	44	6	3	44	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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