genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66346436--66346578	53	2.9	50	84	7	166	34	24	13	27	1.93
66347422--66347454	12	2.8	12	100	0	66	57	0	24	18	1.40
66352708--66352740	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
66354576--66354621	5	9.2	5	100	0	92	41	0	19	39	1.52
66382130--66382215	43	2.0	43	93	0	145	44	12	4	38	1.64
66389433--66389464	1	32.0	1	93	0	55	0	96	0	3	0.20
66394603--66394632	5	6.0	5	100	0	60	0	20	60	20	1.37
66400519--66400558	21	1.9	21	100	0	80	17	37	25	20	1.94
66401963--66402033	35	2.0	35	100	0	142	33	22	15	28	1.95
66407186--66407216	14	2.1	15	94	5	55	70	6	0	22	1.09
66415134--66415167	18	1.9	18	88	5	52	41	23	8	26	1.83
66418384--66418488	37	2.9	37	92	2	169	24	20	17	37	1.94
66418452--66418720	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
66418495--66418714	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
66418452--66418720	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
66420726--66420824	39	2.5	39	91	0	162	24	20	29	26	1.99
66433214--66433442	111	2.0	113	86	3	329	27	13	14	44	1.82
66433789--66433955	40	4.2	40	90	2	239	23	23	28	25	2.00
66441808--66442065	40	6.4	40	85	1	277	24	22	27	25	2.00
66450477--66450514	20	1.9	20	100	0	76	26	10	26	36	1.89
66451722--66451758	12	3.1	12	96	0	65	0	27	62	10	1.28
66454495--66454667	46	3.7	46	76	10	172	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66462088--66462260	46	3.7	46	77	11	183	21	20	27	30	1.98
66462084--66462255	93	1.8	93	88	2	265	21	20	28	29	1.98
66464437--66464581	40	3.6	40	82	4	175	26	24	24	23	2.00
66468293--66468373	23	3.5	23	89	0	126	20	20	17	40	1.91
66468501--66468578	33	2.6	29	80	10	77	25	25	25	23	2.00
66468519--66468613	33	2.9	33	85	3	111	28	20	23	28	1.98
66470530--66470591	25	2.5	25	78	0	70	25	30	12	30	1.93
66479419--66479700	49	5.7	49	78	4	296	28	17	25	28	1.98
66479421--66479708	100	2.9	100	95	1	497	28	18	24	28	1.98
66482360--66482749	59	6.6	59	90	1	615	46	5	2	45	1.39
66482609--66482746	20	7.0	20	60	21	58	46	5	1	46	1.35
66486341--66486497	43	3.7	43	76	5	147	36	21	17	25	1.94
66486381--66486539	43	3.7	42	77	3	147	38	19	16	25	1.93
66486341--66486543	86	2.4	86	82	3	239	34	20	18	25	1.96
66486424--66486578	43	3.6	43	79	2	134	34	18	20	27	1.96
66487578--66487636	30	2.0	30	83	6	75	55	3	6	33	1.43
66490031--66490062	16	2.0	16	93	0	55	46	6	6	40	1.54
66495981--66496224	48	5.1	48	75	11	232	26	19	26	27	1.99
66498775--66498828	17	3.1	17	78	10	56	50	7	18	24	1.72
66499632--66499671	16	2.4	16	87	4	53	0	20	5	75	0.99
66502311--66502340	14	2.1	14	93	0	51	20	16	30	33	1.94
66509921--66510042	61	2.0	61	98	0	235	34	13	7	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66510814--66510892	37	2.1	37	90	0	122	25	29	18	26	1.98
66511011--66511268	47	5.4	47	90	3	390	29	30	8	32	1.87
66511011--66511264	49	5.3	49	88	4	360	29	29	8	32	1.87
66514823--66515001	40	4.5	40	95	0	304	26	27	21	24	1.99
66515117--66515196	39	2.1	39	97	0	151	47	20	2	30	1.63
66521876--66521984	25	4.4	25	75	5	87	22	25	20	31	1.98
66521888--66521983	25	3.9	25	75	6	90	23	25	21	29	1.99
66526281--66526624	40	8.6	40	92	4	520	26	27	21	25	1.99
66530558--66530661	28	3.7	28	88	2	136	25	13	32	28	1.93
66530558--66530678	28	4.2	28	86	3	134	28	13	32	26	1.93
66533708--66533852	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
66559652--66559691	20	2.0	20	100	0	80	20	20	20	40	1.92
66562587--66562615	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
66580908--66581155	27	9.2	26	81	5	228	37	22	10	30	1.87
66580915--66581154	81	3.0	81	82	4	290	38	21	10	30	1.86
66581222--66581286	34	1.9	34	90	0	103	26	10	20	43	1.84
66584442--66584669	46	4.9	47	77	5	209	28	18	28	24	1.98
66584507--66584702	92	2.1	92	78	8	202	28	17	30	24	1.97
66586135--66586302	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
66586158--66586302	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
66589379--66589473	24	4.2	23	73	17	74	13	16	21	48	1.81
66589392--66589446	24	2.3	24	87	6	76	12	12	23	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66595884--66595948	22	3.0	22	81	4	78	13	27	26	32	1.94
66596087--66596139	27	2.0	27	88	7	81	20	26	22	30	1.98
66611203--66611297	24	4.2	23	73	17	74	13	16	21	48	1.81
66611216--66611270	24	2.3	24	87	6	76	12	12	23	50	1.74
66617708--66617772	22	3.0	22	81	4	78	13	27	26	32	1.94
66617911--66617963	27	2.0	27	88	7	81	20	26	22	30	1.98
66623106--66623208	42	2.4	43	84	7	122	27	17	27	28	1.98
66623061--66623217	43	3.6	44	76	13	146	23	15	28	31	1.96
66628257--66628437	93	1.9	93	88	0	272	33	12	29	24	1.92
66628257--66628545	47	6.1	47	88	2	273	34	10	28	26	1.89
66628419--66628651	48	4.8	48	89	4	351	36	6	26	30	1.81
66628797--66628905	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
66630175--66630486	40	7.8	40	93	0	480	23	22	29	24	1.99
66633173--66633350	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
66633174--66633329	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
66633170--66633350	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
66641365--66641542	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
66641366--66641521	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
66641364--66641542	82	2.2	81	83	3	225	26	15	27	29	1.96
66643531--66643589	28	2.1	28	100	0	118	52	16	3	27	1.60
66646832--66646897	29	2.3	30	79	12	75	59	3	6	31	1.37
66647669--66647749	40	2.0	40	95	0	144	25	23	33	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66649375--66649405	12	2.6	12	94	0	53	22	19	9	48	1.78
66650658--66650865	103	2.0	103	99	0	407	35	16	15	32	1.91
66651385--66651735	86	4.1	86	99	0	693	34	7	18	39	1.78
66661150--66661177	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
66661981--66662010	11	2.6	12	94	5	53	43	20	0	36	1.52
66664522--66664556	18	1.9	18	100	0	70	28	5	28	37	1.80
66664525--66664566	18	2.3	18	87	0	57	26	11	26	35	1.91
66664769--66664811	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
66667459--66667496	19	1.9	19	89	5	58	31	7	2	57	1.41
66667708--66667782	26	3.2	24	81	10	75	70	2	0	26	1.00
66667738--66667782	21	2.2	21	88	4	65	71	2	0	26	0.98
66667747--66667792	21	2.2	21	84	3	58	71	4	2	21	1.14
66668031--66668066	7	5.1	7	100	0	72	27	0	13	58	1.36
66669860--66670111	63	4.0	63	99	0	495	34	14	4	45	1.66
66678461--66678521	3	20.3	3	75	12	54	29	3	4	62	1.32
66680368--66680433	20	3.3	18	79	14	60	28	0	6	65	1.17
66683491--66683529	17	2.3	17	90	0	60	0	33	0	66	0.92
66696920--66696988	31	2.2	31	97	0	129	53	2	13	30	1.54
66702552--66702824	146	1.9	145	87	3	406	41	9	10	37	1.74
66704614--66704766	27	5.7	27	80	0	117	21	30	15	32	1.95
66704723--66704769	14	3.4	14	72	16	53	25	31	8	34	1.86
66704665--66704769	27	3.9	27	87	0	147	24	29	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66704698--66704781	27	3.1	27	89	0	96	28	28	9	33	1.88
66704669--66704781	54	2.1	54	81	3	129	26	29	11	32	1.91
66709671--66709709	16	2.4	16	87	8	53	35	7	25	30	1.84
66712131--66712683	287	1.9	286	90	0	881	36	12	12	38	1.81
66715545--66715620	39	2.0	38	82	7	91	26	27	23	22	1.99
66716932--66716974	3	13.7	3	83	9	50	60	4	0	34	1.17
66735394--66735567	43	4.0	43	98	0	330	59	6	0	33	1.24
66736246--66736288	21	2.0	22	90	4	70	23	18	0	58	1.40
66739638--66739765	64	2.0	64	100	0	256	37	20	17	25	1.93
66745824--66745854	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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