genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  56  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17432331--17432371	17	2.4	17	88	11	66	51	2	0	46	1.14
17432823--17432881	31	1.9	31	82	6	75	30	8	13	47	1.73
17436976--17437037	20	3.1	20	76	6	72	45	0	4	50	1.23
17436976--17437038	19	3.0	22	73	15	71	46	0	4	49	1.23
17441778--17441962	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
17441745--17441962	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
17449646--17449910	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
17449613--17449910	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
17449842--17449919	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17461862--17461895	17	2.0	17	94	0	59	44	23	8	23	1.81
17466811--17466888	39	2.0	39	97	0	147	24	23	11	41	1.87
17470276--17470306	7	4.4	7	91	0	53	32	0	51	16	1.44
17486274--17486341	34	2.0	34	97	0	127	45	11	13	29	1.79
17486752--17486782	7	4.4	7	91	0	53	29	0	51	19	1.47
17488483--17488530	21	2.3	21	100	0	96	25	14	31	29	1.95
17495258--17495310	21	2.7	18	76	18	52	66	5	3	24	1.31
17495283--17495339	27	2.0	29	83	6	73	64	1	1	31	1.13
17495300--17495332	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
17495238--17495347	10	11.1	10	70	15	68	63	2	3	30	1.25
17495544--17495630	38	2.2	38	82	11	97	32	2	3	62	1.25
17498585--17498647	30	2.1	30	93	0	108	26	4	12	55	1.57
17498769--17498802	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17500120--17500233	57	2.0	57	94	0	201	46	16	18	18	1.84
17503626--17503676	27	1.9	26	88	4	75	45	3	13	37	1.63
17507449--17507477	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
17515756--17515784	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
17518873--17518912	21	2.0	21	85	5	55	35	7	22	35	1.82
17520103--17520132	16	1.9	16	93	6	53	0	20	3	76	0.92
17526908--17526979	30	2.4	30	81	2	92	33	18	15	33	1.92
17528930--17529179	134	1.9	134	82	3	315	31	14	12	42	1.83
17531260--17531312	24	2.3	22	87	6	79	32	0	11	56	1.35
17531245--17531340	42	2.3	42	83	7	115	30	0	12	57	1.36
17535799--17535854	5	10.8	5	80	17	53	19	1	0	78	0.84
17536389--17536430	14	2.8	15	82	7	50	54	11	0	33	1.37
17537415--17537484	30	2.3	32	82	7	92	44	1	5	48	1.35
17549468--17549517	6	8.7	6	79	14	52	74	0	2	24	0.93
17549468--17549517	11	4.4	11	80	9	64	74	0	2	24	0.93
17566236--17566410	47	3.7	46	76	13	137	24	30	20	25	1.99
17566148--17566407	94	2.8	92	77	9	267	25	28	18	27	1.98
17577531--17577716	26	7.2	26	98	0	345	34	25	7	32	1.84
17579111--17579245	68	2.0	68	89	1	207	49	5	3	41	1.43
17579162--17579216	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
17589184--17589217	15	2.1	17	89	10	54	52	11	5	29	1.61
17591033--17591105	35	2.1	35	97	0	137	32	19	8	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17591943--17591984	19	2.3	19	84	12	52	54	4	11	28	1.57
17592765--17592794	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
17593632--17593660	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
17596604--17596629	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
17598495--17598543	21	2.3	21	92	0	80	38	0	32	28	1.57
17601910--17601934	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17602391--17602443	21	2.6	21	82	11	58	45	0	1	52	1.11
17602879--17603111	117	2.0	117	91	2	380	38	5	2	54	1.36
17602891--17603143	117	2.2	116	86	5	350	39	4	2	52	1.37
17604650--17604679	13	2.3	13	100	0	60	63	0	0	36	0.95
17606079--17606104	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
17610466--17610738	140	2.0	140	81	5	320	37	11	10	39	1.77
17611114--17611143	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
17611172--17611198	10	2.7	10	100	0	54	29	7	0	62	1.22
17612346--17612808	231	2.0	231	100	0	926	33	25	21	19	1.97
17617779--17617861	5	15.6	5	80	14	71	26	2	0	71	0.99
17617789--17617864	3	27.3	3	75	19	76	27	1	0	71	0.95
17617779--17617864	10	8.0	11	79	14	83	26	2	0	70	0.99
17617782--17617864	15	5.9	14	82	15	93	26	2	0	71	0.99
17625904--17626031	43	3.0	44	87	5	190	28	13	25	32	1.93
17629702--17629746	22	2.0	22	83	8	56	26	8	20	44	1.80
17633710--17633793	37	2.3	37	95	0	150	44	19	10	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17634377--17634499	41	3.0	41	85	5	160	35	25	18	20	1.95
17639494--17639961	47	10.0	47	98	0	857	30	12	31	25	1.92
17656014--17656051	17	2.3	17	90	4	60	73	0	21	5	1.02
17659825--17660159	39	8.5	39	94	1	546	19	21	29	29	1.97
17663853--17663886	16	2.2	15	89	5	50	55	5	0	38	1.24
17675016--17675213	26	7.6	26	82	1	227	22	13	26	37	1.91
17675016--17675213	52	3.8	52	82	1	254	22	13	26	37	1.91
17675016--17675232	78	2.8	78	82	2	267	23	12	26	37	1.91
17678049--17678199	42	3.6	42	79	3	178	29	13	25	31	1.94
17678375--17678418	13	3.0	16	75	18	51	34	0	20	45	1.51
17681008--17681065	27	2.1	27	90	0	89	34	17	13	34	1.89
17701391--17701462	37	2.0	35	81	10	83	34	2	22	40	1.68
17722828--17722878	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
17725384--17725559	46	3.8	45	78	10	185	21	20	29	28	1.98
17725380--17725552	93	1.9	93	92	0	292	21	20	30	27	1.98
17732799--17732877	25	3.2	25	78	10	81	36	25	11	26	1.90
17732858--17732978	25	4.8	25	71	11	95	34	18	14	33	1.90
17732773--17732903	50	2.6	49	77	6	129	35	23	12	28	1.91
17732816--17732972	76	2.1	76	84	4	201	31	20	13	34	1.91
17732868--17733013	50	2.9	50	82	3	150	33	18	13	34	1.89
17735737--17736682	40	23.6	40	97	0	1720	27	27	20	25	1.99
17745705--17745763	16	3.7	16	75	8	57	47	1	1	49	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17759753--17759792	18	2.2	18	86	0	53	30	10	17	42	1.82
17761383--17761448	27	2.5	27	72	2	62	34	22	13	28	1.92
17762684--17762761	39	2.0	39	97	0	147	34	12	21	30	1.91
17765239--17765347	42	2.6	42	77	2	112	32	22	15	30	1.95
17774544--17774664	43	2.8	43	87	0	188	27	12	24	35	1.91
17774543--17774733	86	2.2	86	81	6	226	28	12	23	36	1.91
17774543--17774733	43	4.4	43	73	7	172	28	12	23	36	1.91
17786438--17786655	46	4.7	46	79	10	230	30	27	19	22	1.98
17788687--17788761	38	2.0	38	94	0	132	10	26	9	53	1.66
17795725--17795844	43	2.8	42	72	12	118	26	18	25	30	1.98
17807725--17807939	46	4.6	48	80	4	224	24	28	18	28	1.98
17807739--17807939	94	2.1	93	86	5	280	23	28	18	29	1.98
17812542--17812697	43	3.6	42	77	7	161	30	17	22	30	1.96
17813944--17814009	14	4.6	14	74	22	66	16	33	31	18	1.93
17813958--17814015	30	1.9	31	92	3	100	18	27	34	18	1.95
17833408--17833455	21	2.3	21	92	0	78	18	41	27	12	1.86
17834088--17834359	63	4.3	63	77	4	246	23	26	21	27	1.99
17841292--17841366	37	2.1	36	84	2	96	36	14	9	40	1.78
17846075--17846113	7	5.4	7	96	3	69	2	25	12	58	1.47
17847516--17847565	20	2.5	21	81	15	61	22	14	2	62	1.42
17849054--17849146	42	2.2	42	80	1	105	29	18	22	30	1.97
17855431--17855488	29	2.0	29	100	0	116	31	10	0	58	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17857013--17857089	33	2.3	33	86	0	100	40	20	10	28	1.86
17858446--17858511	5	12.6	5	75	15	62	19	3	0	77	0.90
17858446--17858511	28	2.3	28	87	10	89	19	3	0	77	0.90
17859650--17859838	99	1.9	99	86	2	272	29	12	25	32	1.92
17860495--17860544	10	5.0	10	83	9	66	22	10	2	66	1.32
17861514--17861543	11	2.7	11	94	0	51	40	0	3	56	1.16
17869205--17869239	17	2.1	17	88	0	52	45	5	5	42	1.51
17878719--17878960	50	4.8	50	77	3	225	31	26	16	24	1.97
17878711--17878911	101	2.0	101	91	0	321	29	26	18	24	1.98
17881463--17881539	29	2.6	32	74	15	76	32	6	0	61	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310