genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7452647--7452671	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
7459934--7460034	38	2.6	38	90	3	148	22	25	26	24	2.00
7459950--7460057	38	2.8	38	90	0	153	21	24	26	27	1.99
7461764--7461802	18	2.2	18	85	0	51	58	5	0	35	1.20
7469232--7469290	28	2.1	27	82	14	68	52	5	5	37	1.46
7469823--7469894	29	2.5	29	72	20	69	51	13	1	33	1.50
7470200--7470291	47	1.9	47	84	2	121	45	13	11	29	1.79
7480056--7480115	5	12.8	5	98	1	92	65	13	0	21	1.27
7496389--7496451	30	2.1	30	93	0	108	38	20	15	25	1.92
7498658--7498690	9	3.8	9	88	8	50	33	0	0	66	0.92
7499123--7499385	89	3.0	88	92	1	431	38	19	16	26	1.92
7501462--7501596	59	2.3	59	83	7	161	30	6	12	50	1.66
7509363--7509402	6	6.7	6	91	0	53	10	0	35	55	1.34
7511249--7511285	18	2.2	17	86	13	51	43	0	5	51	1.24
7511383--7511419	19	1.9	19	94	0	65	70	0	29	0	0.88
7512436--7512545	51	2.1	54	84	5	145	19	20	20	40	1.92
7512670--7512841	54	3.2	54	90	1	265	40	11	12	35	1.80
7512670--7512841	18	9.6	18	79	0	173	40	11	12	35	1.80
7513159--7513224	33	2.0	33	100	0	132	33	0	15	51	1.43
7515859--7515920	32	1.9	32	96	0	115	32	14	14	38	1.86
7518906--7519126	46	4.8	46	92	1	327	40	14	23	22	1.90
7519947--7520079	49	2.6	51	83	2	171	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7522371--7522416	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
7522378--7522422	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
7525805--7525891	40	2.2	39	81	10	95	43	19	17	19	1.88
7528514--7528570	22	2.6	21	78	8	60	28	0	28	43	1.55
7528645--7528685	22	1.9	21	95	5	73	26	0	29	43	1.55
7528785--7528823	14	2.8	14	88	0	60	25	0	25	48	1.51
7528933--7529003	32	2.2	32	95	2	126	33	2	18	45	1.64
7532702--7532790	44	2.0	44	100	0	178	26	13	13	46	1.80
7535762--7535819	30	1.9	30	89	3	89	56	6	20	15	1.62
7539740--7539797	30	1.9	30	89	3	89	56	6	20	15	1.62
7544824--7544993	50	3.4	50	94	0	286	37	14	21	26	1.92
7544976--7545124	31	4.8	31	93	0	235	26	19	28	26	1.99
7545146--7545367	49	4.6	49	89	4	285	28	14	27	29	1.95
7557312--7557398	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
7557769--7557826	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
7558854--7558882	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
7560314--7560375	23	2.7	23	80	9	65	41	14	6	37	1.72
7562306--7562388	35	2.4	35	100	0	166	30	19	2	48	1.62
7564509--7564560	18	2.9	18	88	0	77	30	17	34	17	1.93
7564658--7564781	44	2.8	43	75	10	117	37	20	27	14	1.92
7571773--7572032	130	2.0	130	97	0	493	33	17	21	28	1.96
7574244--7574273	7	4.3	7	100	0	60	40	0	30	30	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7574200--7574314	51	2.3	51	90	0	176	33	13	23	29	1.93
7579928--7579971	23	2.0	21	82	8	52	52	6	0	40	1.28
7591262--7591315	1	54.0	1	96	0	99	0	1	0	98	0.13
7593343--7593476	67	2.0	67	98	0	259	14	15	22	47	1.82
7598176--7598202	5	5.4	5	100	0	54	18	0	59	22	1.38
7607017--7607056	16	2.5	16	88	8	55	45	5	0	50	1.23
7610912--7610964	14	4.0	13	78	11	54	56	1	1	39	1.21
7612912--7612940	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
7616131--7616172	15	2.8	15	82	7	50	50	0	0	50	1.00
7616862--7616931	11	6.4	11	79	0	50	67	10	5	17	1.39
7622510--7622582	36	2.0	36	91	0	119	34	24	10	30	1.90
7624527--7624557	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7625053--7625102	18	2.8	18	81	3	57	34	0	0	66	0.92
7625051--7625102	25	2.0	26	85	10	72	36	0	0	63	0.95
7625060--7625105	17	2.6	18	82	3	58	36	0	0	63	0.95
7628081--7628120	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
7628066--7628132	34	1.9	35	90	3	109	31	7	14	46	1.73
7628060--7628136	14	5.0	14	69	25	57	33	7	15	42	1.76
7628207--7628283	20	3.8	20	73	13	86	36	3	1	58	1.25
7628299--7628334	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
7630573--7630618	21	2.1	22	96	4	85	47	4	28	19	1.68
7631158--7631191	10	3.6	10	84	15	54	44	0	8	47	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7633893--7633930	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
7635726--7635907	46	4.0	46	94	1	294	39	14	23	22	1.91
7642571--7642619	24	2.1	24	88	11	75	65	2	0	32	1.04
7642632--7642697	14	4.5	14	76	17	55	66	1	1	30	1.10
7652873--7652906	18	2.0	16	88	11	50	23	0	0	76	0.79
7653079--7653103	11	2.3	11	100	0	50	72	8	0	20	1.10
7659570--7659608	17	2.3	17	81	0	51	58	0	0	41	0.98
7659995--7660032	20	1.9	20	89	10	60	60	10	5	23	1.50
7660175--7660203	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7661069--7661108	17	2.3	18	80	20	50	57	5	2	35	1.34
7670580--7670653	37	2.0	37	97	0	139	37	20	13	28	1.90
7671023--7671316	146	2.0	146	99	0	579	37	21	16	25	1.93
7673107--7673170	32	2.1	31	85	5	85	50	6	1	42	1.37
7675153--7675193	5	8.0	5	94	5	73	39	0	0	60	0.96
7675228--7675288	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
7676757--7676891	39	3.4	39	76	8	123	23	20	27	28	1.99
7683897--7683989	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
7683897--7683989	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
7686599--7686662	13	4.9	13	79	7	76	32	7	25	34	1.84
7690918--7691075	83	1.9	82	82	8	196	46	4	3	45	1.39
7697837--7697997	51	3.2	51	92	1	279	30	22	13	34	1.92
7703075--7703285	44	4.5	44	81	16	253	29	22	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7703072--7703278	94	2.1	96	88	7	301	29	22	14	33	1.94
7703075--7703278	51	4.2	50	90	4	276	29	22	14	33	1.94
7709698--7709781	42	2.0	42	100	0	168	26	4	23	45	1.73
7721994--7722075	29	2.7	31	81	9	96	54	2	1	41	1.21
7723592--7723708	20	5.4	20	68	17	65	60	2	3	33	1.27
7723592--7723707	29	3.9	29	70	13	85	60	2	3	33	1.27
7723636--7723698	21	3.2	19	79	16	58	63	3	1	31	1.19
7724278--7724321	18	2.4	18	85	11	54	31	0	4	63	1.14
7724278--7724346	10	7.6	9	76	10	61	33	1	4	60	1.25
7724278--7724329	18	2.8	18	77	13	52	32	0	5	61	1.20
7729021--7729061	20	2.1	20	86	4	57	43	4	9	41	1.59
7744230--7744294	29	2.4	26	78	14	76	47	3	1	47	1.27
7744236--7744293	29	2.0	29	89	0	89	46	3	1	48	1.29
7744385--7744433	16	3.0	16	82	5	62	51	0	0	48	1.00
7756601--7756643	12	3.5	13	84	9	54	4	18	0	76	0.95
7763470--7763615	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
7763579--7763847	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
7763622--7763841	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
7763579--7763847	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
7766973--7767176	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
7767057--7767175	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
7767066--7767156	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7768429--7768574	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
7768538--7768708	46	3.6	46	83	9	234	28	22	14	35	1.93
7768581--7768694	52	2.2	52	87	4	158	28	22	12	35	1.91
7771194--7771218	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7773200--7773255	28	2.0	28	100	0	112	28	21	7	42	1.79
7783686--7783731	15	3.1	15	81	3	58	32	0	2	65	1.05
7783725--7783975	82	3.1	82	99	0	493	29	2	7	60	1.37
7784223--7784264	14	3.1	14	86	10	61	45	30	0	23	1.53
7793306--7793449	70	2.0	71	82	6	177	30	19	22	27	1.98
7804457--7804482	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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