genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56304834--56304889	21	2.7	21	94	2	96	37	26	7	28	1.83
56307400--56307526	48	2.4	52	83	10	154	42	2	4	50	1.36
56307446--56307564	61	2.0	58	83	4	148	42	2	5	49	1.38
56308214--56308299	43	2.0	43	100	0	172	23	18	32	25	1.97
56311067--56311117	24	2.1	24	85	0	66	47	1	0	50	1.12
56324377--56324456	32	2.5	32	81	4	90	53	18	2	25	1.57
56325966--56327669	852	2.0	852	100	0	3408	40	10	18	30	1.83
56329016--56329185	31	5.5	30	88	4	214	27	20	25	26	1.99
56329016--56329185	93	1.8	93	88	0	259	27	20	25	26	1.99
56330280--56330316	17	2.2	18	85	9	51	75	2	0	21	0.92
56346777--56346869	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
56346777--56346869	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
56351308--56351364	23	2.5	23	100	0	114	40	19	12	28	1.87
56352032--56352120	44	2.0	44	95	0	160	32	14	5	47	1.68
56352200--56352240	20	2.0	20	100	0	82	41	9	9	39	1.71
56354068--56354092	10	2.5	10	100	0	50	12	0	8	80	0.92
56354077--56354114	18	2.2	17	90	4	58	18	0	2	78	0.86
56355260--56355609	18	19.1	18	72	10	190	37	15	12	35	1.84
56355287--56355542	134	1.9	134	94	0	449	36	15	12	35	1.86
56355785--56355894	45	2.4	45	86	5	150	42	18	17	21	1.89
56355874--56355906	6	5.5	6	96	0	57	45	15	18	21	1.85
56357301--56357353	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56358838--56358921	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
56360156--56360194	16	2.4	16	91	0	60	0	30	0	69	0.89
56370595--56370629	12	2.8	13	86	8	54	22	0	2	74	0.95
56374378--56374435	25	2.5	23	78	15	66	56	8	3	31	1.46
56374412--56374450	17	2.4	17	86	4	53	64	7	0	28	1.21
56374443--56374481	17	2.3	17	95	0	69	64	0	10	25	1.25
56374634--56374700	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
56374920--56375000	18	4.5	18	74	11	60	60	4	7	27	1.44
56376562--56376590	14	2.1	14	93	6	51	72	3	0	24	1.00
56377037--56377088	24	2.2	24	85	0	68	36	3	11	48	1.58
56386743--56386787	22	2.0	22	82	0	54	17	8	8	64	1.47
56389037--56389107	22	3.2	23	78	7	67	25	1	11	61	1.37
56389034--56389099	23	3.0	23	80	6	82	22	1	13	62	1.40
56392743--56392769	2	13.5	2	100	0	54	0	0	51	48	1.00
56395606--56395657	26	2.0	26	85	10	72	42	13	7	36	1.73
56395837--56395876	20	2.0	21	85	5	55	57	7	2	32	1.40
56396018--56396059	22	1.9	22	85	9	59	45	2	2	50	1.27
56405237--56405296	30	2.0	31	83	9	79	56	1	5	36	1.31
56416896--56416941	17	2.7	17	90	6	67	28	23	23	23	2.00
56417668--56417723	27	2.1	27	100	0	112	33	21	12	32	1.91
56420495--56420589	33	2.8	34	85	6	131	42	1	14	42	1.53
56420690--56421205	125	4.1	124	86	3	662	39	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56423265--56423311	20	2.2	20	85	7	58	72	4	4	19	1.18
56423309--56423347	15	2.5	15	87	8	51	71	5	15	7	1.26
56424503--56424547	22	2.0	23	87	12	67	48	0	20	31	1.49
56426915--56426955	18	2.3	18	95	0	73	39	9	26	24	1.86
56440396--56440440	23	2.0	23	100	0	90	40	15	17	26	1.90
56447157--56447267	27	4.1	28	74	6	104	24	23	16	36	1.94
56449035--56449169	40	3.4	40	79	3	146	23	17	23	35	1.95
56449152--56449211	28	2.1	28	87	6	86	28	10	26	35	1.89
56456598--56456685	40	2.2	40	79	4	97	26	15	25	32	1.96
56458308--56458415	40	2.9	35	81	9	85	30	24	12	32	1.93
56458350--56458438	40	2.4	38	87	9	121	29	23	11	35	1.90
56461818--56461864	21	2.3	21	82	10	53	48	2	4	44	1.34
56464066--56464093	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
56464134--56464176	17	2.4	18	77	14	54	39	6	0	53	1.28
56465840--56465872	17	1.9	17	100	0	66	30	3	6	60	1.36
56465869--56465902	15	2.3	15	85	5	52	38	0	0	61	0.96
56471267--56471331	6	10.8	6	98	0	121	47	0	33	18	1.49
56480304--56480328	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
56480869--56480999	44	3.0	43	72	15	97	45	3	3	48	1.33
56483425--56483478	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
56483468--56483495	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
56485651--56485780	23	5.5	23	74	11	111	14	24	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56485645--56485811	71	2.3	71	80	5	176	16	24	22	36	1.94
56490525--56490563	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
56490662--56490739	38	2.0	37	82	9	93	61	1	7	29	1.32
56492373--56492582	44	4.8	43	70	6	134	20	21	22	35	1.96
56492373--56492576	89	2.3	87	84	5	250	19	22	22	35	1.96
56492608--56492841	42	5.5	42	65	15	147	20	23	23	32	1.98
56492592--56492834	86	2.8	86	96	0	432	18	25	22	32	1.97
56492650--56492792	44	3.3	44	65	14	125	18	26	23	32	1.97
56502073--56502111	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
56502210--56502287	38	2.0	37	82	9	93	61	1	7	29	1.32
56503668--56503793	49	2.7	45	70	17	121	31	18	15	34	1.92
56503908--56504384	44	10.9	46	70	12	242	19	21	22	37	1.94
56503920--56504384	86	5.3	87	83	7	418	18	21	22	37	1.94
56504158--56504391	42	5.5	42	68	13	163	20	20	22	36	1.95
56512262--56512358	43	2.3	43	78	3	106	29	13	24	31	1.93
56515622--56515718	43	2.3	43	78	3	106	29	13	24	31	1.93
56519442--56519477	18	1.9	19	88	5	56	36	16	0	47	1.47
56519707--56519898	56	3.4	56	96	0	339	33	25	13	28	1.93
56520796--56520828	16	1.9	18	88	11	52	45	6	0	48	1.27
56532616--56532803	26	7.2	26	99	0	367	31	6	26	35	1.83
56533501--56533541	22	1.9	21	90	5	64	19	12	19	48	1.80
56535925--56535994	24	3.0	23	70	13	63	48	4	21	25	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56539403--56539427	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
56541057--56541087	16	1.9	16	93	0	53	25	9	22	41	1.84
56541988--56542034	18	2.6	18	80	10	51	42	12	25	19	1.86
56542014--56542121	45	2.4	45	84	3	146	42	17	18	21	1.89
56542916--56542970	3	18.3	3	88	0	83	69	0	0	30	0.89
56542916--56542964	18	2.7	18	100	0	98	71	0	0	28	0.86
56543220--56543274	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
56545885--56546109	40	5.7	40	87	5	278	25	28	22	24	2.00
56545885--56546109	119	1.9	120	83	6	296	25	28	22	24	2.00
56553895--56554079	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
56553895--56554079	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
56561897--56561940	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
56562020--56562079	22	2.7	20	80	19	66	11	5	5	78	1.07
56567089--56567139	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
56567101--56567149	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
56569743--56569838	47	2.0	47	97	0	183	22	8	15	53	1.69
56572296--56572337	18	2.3	18	88	8	59	59	2	7	30	1.37
56572778--56572862	2	43.5	2	70	9	50	54	5	1	38	1.33
56572793--56572839	23	2.0	24	83	8	60	57	6	0	36	1.24
56574696--56575178	205	2.4	204	87	2	682	28	21	18	30	1.97
56585088--56585133	23	2.0	23	95	0	83	10	34	23	30	1.89
56587423--56587464	18	2.3	18	88	8	59	59	2	7	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56587905--56587989	2	43.5	2	70	9	50	54	5	1	38	1.33
56587920--56587966	23	2.0	24	83	8	60	57	6	0	36	1.24
56591145--56591213	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
56591145--56591213	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
56591194--56591284	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
56591449--56591483	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
56595151--56595192	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
56595149--56595439	120	2.4	121	91	4	482	48	4	3	43	1.39
56595291--56595325	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
56595186--56595376	61	3.2	61	69	16	198	47	6	3	43	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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