genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74314786--74314856	26	2.7	27	88	4	108	33	19	18	28	1.95
74315054--74315153	50	2.0	50	100	0	200	18	36	30	16	1.92
74316796--74316863	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
74316965--74317043	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
74319224--74319395	40	4.3	40	88	2	204	25	27	20	25	1.99
74319380--74319457	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
74328100--74328167	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
74328274--74328341	29	2.3	29	80	5	75	27	27	13	30	1.94
74328443--74328521	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
74327989--74328490	174	2.9	174	97	0	941	30	24	14	30	1.95
74332972--74333028	27	2.1	27	100	0	114	14	17	29	38	1.89
74334160--74334279	13	9.2	13	71	5	71	44	2	17	35	1.62
74335517--74335592	3	27.3	3	68	24	51	63	0	1	35	1.03
74335511--74335575	10	6.4	10	74	13	53	58	0	1	40	1.07
74335553--74335578	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
74335542--74335592	15	3.1	18	76	21	58	62	0	0	37	0.95
74335616--74335667	18	2.7	18	83	13	68	71	3	25	0	1.03
74335638--74335671	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
74335616--74335677	18	3.3	18	80	14	54	72	3	24	0	0.99
74336956--74337107	50	3.1	50	66	17	147	46	3	17	32	1.64
74336949--74337147	96	2.1	96	100	0	398	45	4	16	33	1.66
74343085--74343132	23	2.0	25	84	11	66	56	0	6	37	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74343137--74343161	13	1.9	13	100	0	50	80	4	8	8	1.03
74344510--74344776	133	2.0	133	100	0	534	31	18	21	28	1.97
74345214--74345251	20	1.9	20	100	0	76	21	34	31	13	1.91
74354466--74354571	50	2.1	50	86	8	153	27	13	18	40	1.88
74355949--74356047	45	2.2	44	85	3	128	25	24	11	38	1.88
74367277--74367518	132	1.8	132	87	1	360	34	17	18	29	1.94
74370891--74370959	36	1.9	36	100	0	138	63	8	13	14	1.51
74374718--74374756	17	2.4	16	87	12	53	61	2	0	35	1.10
74374725--74374765	17	2.4	17	88	8	57	56	2	0	41	1.13
74376286--74376466	83	2.2	82	84	3	231	29	19	15	35	1.93
74376402--74376942	119	4.5	119	95	0	920	29	21	18	30	1.97
74376520--74377365	440	1.9	440	89	0	1296	29	20	18	32	1.96
74376960--74377421	119	3.9	119	98	0	872	29	19	16	34	1.94
74376640--74377246	321	1.9	321	89	0	935	29	20	18	32	1.96
74376309--74377400	559	2.0	559	91	0	1761	29	20	17	32	1.95
74377305--74378098	397	2.0	397	98	0	1554	26	19	17	36	1.94
74388825--74388938	58	2.0	58	94	0	201	42	10	21	25	1.84
74390282--74390371	35	2.6	35	78	3	101	54	12	14	18	1.71
74391383--74391466	38	2.2	38	93	2	141	27	17	16	38	1.92
74398661--74398845	40	4.6	41	84	7	231	25	27	22	24	2.00
74398661--74398845	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
74407301--74407330	15	1.9	16	93	6	53	13	3	3	80	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74416507--74416540	12	2.8	12	90	0	50	44	0	23	32	1.54
74420130--74420223	39	2.4	39	80	5	102	25	30	24	19	1.98
74420195--74420281	39	2.2	39	87	0	120	27	28	20	22	1.99
74425310--74425378	30	2.3	30	92	0	120	17	14	31	36	1.90
74428063--74428749	101	6.8	101	96	0	1185	25	18	24	31	1.98
74428790--74428869	40	2.0	40	92	0	133	31	22	23	22	1.99
74429421--74429754	179	1.9	181	86	2	485	40	6	19	33	1.78
74433723--74434079	180	2.0	180	86	2	493	38	7	20	33	1.81
74434644--74434735	45	2.0	45	85	0	121	45	17	20	16	1.85
74442978--74443089	29	3.9	30	79	11	110	25	30	17	25	1.98
74442985--74443096	58	1.9	57	82	8	138	25	29	16	27	1.97
74443169--74443206	19	2.1	19	90	5	60	18	39	15	26	1.91
74443179--74443215	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
74444850--74444888	20	2.0	20	85	10	53	20	20	10	48	1.78
74452365--74452428	30	2.2	29	97	2	119	25	17	23	34	1.96
74458588--74458612	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
74459609--74459676	30	2.3	29	87	2	91	23	19	26	30	1.98
74459620--74459676	29	1.9	30	92	3	98	24	19	26	29	1.98
74463534--74463727	40	4.9	40	93	0	318	26	22	27	22	1.99
74465406--74465471	33	2.0	33	100	0	132	39	6	36	18	1.75
74465477--74465536	30	2.0	30	96	0	111	51	6	10	31	1.61
74467614--74467667	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74471228--74471270	21	2.2	21	84	12	56	25	23	16	34	1.95
74475137--74475262	63	2.0	62	96	1	234	46	15	18	19	1.85
74475446--74475481	18	2.0	18	100	0	72	22	38	11	27	1.88
74510563--74510600	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
74520205--74520361	85	1.8	85	79	6	183	28	20	24	26	1.99
74523539--74523602	32	2.0	32	87	0	92	18	18	35	26	1.94
74523919--74524071	27	5.7	27	86	4	193	40	20	8	30	1.82
74523919--74524098	27	6.7	27	83	6	163	39	20	10	30	1.85
74523942--74524111	54	3.1	54	80	6	184	38	18	12	30	1.88
74523939--74524090	81	1.9	81	83	5	200	38	17	11	31	1.86
74523942--74524116	27	6.5	27	85	3	124	37	18	13	30	1.89
74524572--74524597	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
74527355--74527511	68	2.3	67	83	3	190	26	15	17	41	1.88
74530640--74530741	41	2.5	41	84	7	154	23	25	25	25	2.00
74538622--74538806	40	4.7	40	76	11	184	26	27	21	24	1.99
74545910--74546028	43	2.8	43	90	0	193	10	21	33	33	1.89
74546179--74546275	29	3.3	29	75	11	117	20	16	34	28	1.95
74546171--74546309	58	2.4	58	93	1	235	22	17	30	28	1.97
74548636--74548776	68	2.1	68	82	2	167	26	14	16	41	1.87
74554984--74555015	10	3.2	10	100	0	64	31	28	0	40	1.57
74555039--74555070	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
74556578--74556680	29	3.6	29	82	8	115	26	14	32	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74557730--74557764	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
74563098--74563174	38	2.0	38	94	0	136	36	10	20	32	1.87
74563452--74563595	55	2.6	54	81	4	153	24	29	27	18	1.98
74583972--74584018	19	2.5	19	86	6	60	29	19	8	42	1.80
74584151--74584201	24	2.1	24	85	0	66	50	15	23	9	1.73
74592053--74592163	44	2.5	44	86	0	150	38	21	22	17	1.93
74592089--74592204	44	2.7	44	84	6	130	37	22	19	20	1.95
74592321--74592653	44	7.6	44	70	9	216	36	20	22	19	1.95
74592305--74592648	87	4.0	87	88	1	467	36	21	22	20	1.95
74592695--74592790	41	2.3	41	92	0	156	31	19	19	29	1.97
74594399--74594497	28	3.5	28	88	1	135	32	25	13	29	1.93
74606961--74606998	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
74614364--74614401	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
74614624--74614750	46	2.8	45	82	8	150	29	28	19	22	1.98
74615173--74615232	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
74619240--74619299	27	2.2	28	96	3	113	33	15	15	36	1.88
74619715--74619795	40	2.0	40	100	0	162	30	19	12	37	1.89
74623439--74623660	48	4.7	48	74	9	206	27	22	22	27	1.99
74623439--74623660	91	2.4	95	83	5	265	27	22	22	27	1.99
74624890--74624936	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
74625285--74625679	50	7.9	50	75	4	364	27	17	24	30	1.97
74625286--74625679	101	3.9	100	75	7	307	27	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74625284--74625676	151	2.6	151	91	0	651	27	17	24	30	1.97
74625879--74625911	17	1.9	17	93	0	57	48	0	18	33	1.48
74629140--74629323	40	4.6	40	77	10	180	26	27	21	25	2.00
74629148--74629324	79	2.2	80	81	7	200	25	27	22	24	2.00
74636119--74636192	37	2.0	37	97	0	139	33	16	10	39	1.83
74637004--74637186	79	2.3	80	83	7	221	25	27	22	24	2.00
74637002--74637186	40	4.7	40	81	7	216	25	27	22	24	2.00
74650304--74650403	51	1.9	52	95	2	184	26	25	28	21	1.99
74652093--74652277	40	4.7	40	84	6	216	24	22	27	26	2.00
74652093--74652310	79	2.7	79	80	8	214	25	21	26	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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