genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69160379--69160475	48	2.0	48	88	6	142	54	2	6	37	1.37
69160378--69160475	24	4.0	25	77	9	112	54	2	7	36	1.40
69162396--69162785	134	2.9	134	91	0	629	23	21	23	31	1.99
69170847--69170889	19	2.2	20	87	4	61	46	4	18	30	1.69
69175095--69175191	48	2.0	48	88	6	142	54	2	6	37	1.37
69175094--69175191	24	4.0	25	77	9	112	54	2	7	36	1.40
69183015--69183072	17	3.3	18	75	13	59	67	1	0	31	1.01
69191734--69191776	18	2.5	17	85	14	54	46	0	6	46	1.30
69195213--69195245	5	6.4	5	93	6	57	60	0	0	39	0.97
69195213--69195242	11	2.8	11	95	5	53	63	0	0	36	0.95
69195215--69195245	16	1.9	16	100	0	62	61	0	0	38	0.96
69197564--69197604	19	2.2	19	86	8	57	29	0	0	70	0.87
69203681--69203723	22	1.9	24	86	13	65	4	60	2	32	1.30
69206060--69206146	44	2.0	44	81	4	104	44	5	6	42	1.55
69207347--69207424	38	2.1	36	83	9	95	52	0	3	43	1.19
69207351--69207427	30	2.5	30	79	14	86	51	0	5	42	1.24
69208060--69208109	24	2.1	24	96	3	93	54	0	0	46	1.00
69209234--69209317	38	2.2	38	89	0	123	45	8	11	34	1.71
69212170--69212223	27	2.0	27	100	0	108	11	14	18	55	1.68
69220628--69220687	26	2.3	26	85	0	75	60	6	1	31	1.33
69220694--69220720	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
69220836--69220877	20	2.2	20	86	4	59	33	4	7	54	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69232561--69232600	17	2.3	18	82	4	55	47	5	7	40	1.54
69240529--69240575	24	2.0	23	95	4	85	48	4	21	25	1.68
69243533--69243582	22	2.5	20	84	15	61	48	0	10	42	1.37
69244032--69244170	42	3.3	42	78	6	147	15	21	17	44	1.86
69244090--69244180	42	2.2	43	80	4	105	15	21	19	42	1.88
69249514--69249558	14	3.3	14	78	6	56	13	20	13	53	1.72
69252079--69252148	35	2.0	35	97	0	131	31	15	14	38	1.88
69253948--69254075	29	4.4	29	88	3	186	33	10	30	25	1.89
69253948--69254075	59	2.2	59	85	4	179	33	10	30	25	1.89
69254068--69254172	32	3.2	32	90	4	149	31	12	21	34	1.91
69254068--69254261	33	5.9	33	87	3	180	34	11	21	33	1.89
69257830--69257870	20	2.0	20	100	0	82	41	4	9	43	1.59
69263050--69263119	6	11.5	6	76	8	70	15	5	1	77	1.03
69263051--69263122	18	3.9	19	85	10	89	16	6	1	75	1.10
69263089--69263140	18	2.9	18	82	5	52	17	11	1	69	1.27
69266694--69266769	27	2.8	26	82	9	91	13	19	15	51	1.76
69266694--69266760	13	5.0	13	74	5	62	14	19	14	50	1.77
69267905--69267956	15	3.3	15	74	10	50	50	5	0	44	1.26
69267912--69267965	17	3.3	17	74	10	67	53	3	0	42	1.18
69276625--69276666	20	2.2	20	86	4	59	57	0	42	0	0.99
69281075--69281099	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
69288473--69288601	63	2.0	64	84	1	170	20	17	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69289080--69289125	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
69289087--69289131	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
69292546--69292659	51	2.3	49	90	4	183	42	11	9	36	1.74
69298789--69298866	23	3.2	24	75	13	70	30	21	23	24	1.99
69298813--69298877	23	2.7	24	80	7	78	38	16	23	21	1.93
69313106--69313134	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
69317663--69317708	22	2.0	23	91	4	76	63	2	0	34	1.07
69326138--69326195	24	2.5	24	85	2	73	48	17	18	15	1.82
69329241--69329271	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
69329439--69329473	18	2.0	18	88	5	54	37	0	8	54	1.31
69330723--69330770	14	3.4	14	85	5	69	54	0	12	33	1.38
69330727--69330800	7	10.6	7	78	9	53	44	0	24	31	1.54
69330761--69330800	21	1.9	21	89	0	62	37	0	32	30	1.58
69330727--69330793	14	4.8	14	76	10	66	46	0	22	31	1.52
69336427--69336562	69	2.0	69	88	2	202	36	21	19	22	1.96
69340886--69340927	21	2.0	21	100	0	84	38	0	14	47	1.44
69346039--69346305	46	5.8	46	90	0	356	40	14	23	20	1.89
69351494--69351593	11	9.6	11	74	19	74	40	5	0	55	1.22
69351517--69351584	18	3.5	18	72	18	55	41	2	0	55	1.15
69351494--69351593	41	2.5	40	90	1	146	40	5	0	55	1.22
69351494--69351619	41	3.0	41	76	12	123	38	3	0	57	1.18
69351552--69351626	32	2.3	33	79	4	89	34	2	0	62	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69351576--69351639	32	2.0	32	81	3	76	32	1	3	62	1.20
69358682--69358725	22	2.0	22	86	0	61	65	0	0	34	0.93
69358681--69358726	23	2.0	23	82	0	56	65	0	0	34	0.93
69360517--69360952	132	3.2	135	74	10	399	26	15	23	34	1.95
69360567--69361288	270	2.7	263	84	5	882	27	15	22	35	1.93
69360517--69361275	138	5.6	138	70	12	509	27	14	22	34	1.94
69363577--69363661	37	2.3	37	87	0	116	30	18	16	34	1.93
69363696--69363784	46	1.9	46	83	0	115	29	16	21	32	1.95
69365168--69365260	39	2.3	40	83	9	118	44	1	5	49	1.32
69366023--69366093	32	2.2	33	82	9	85	29	1	1	67	1.07
69367788--69367836	24	2.0	24	84	0	62	22	28	22	26	1.99
69369430--69369478	22	2.2	22	81	0	62	59	8	12	20	1.58
69371037--69371298	125	2.1	127	81	6	309	37	14	12	35	1.84
69371329--69371522	3	64.3	3	66	17	64	61	3	7	27	1.39
69371322--69371381	15	3.8	16	72	14	54	66	1	8	23	1.28
69371430--69371487	23	2.6	23	86	2	73	62	1	5	31	1.27
69371455--69371520	23	2.9	23	80	8	64	63	0	9	27	1.24
69371595--69371627	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
69372062--69372110	13	3.8	13	81	5	64	12	0	46	40	1.41
69372062--69372110	25	1.9	26	91	4	82	12	0	46	40	1.41
69372369--69373107	132	5.6	132	84	3	789	25	23	20	29	1.99
69372781--69372974	44	4.4	44	72	10	144	25	22	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69372369--69372989	263	2.4	263	87	2	872	25	24	21	29	1.99
69372901--69373250	177	2.0	178	86	1	488	26	21	20	32	1.97
69372945--69373196	44	5.7	44	70	3	130	26	21	20	30	1.98
69372962--69373239	88	3.1	88	71	5	281	26	20	21	32	1.98
69373580--69373690	46	2.4	46	84	0	150	22	23	18	36	1.95
69374061--69374182	65	1.9	65	81	3	147	50	9	17	22	1.74
69374473--69374506	9	3.7	9	84	7	50	0	5	5	88	0.64
69374471--69374513	22	1.9	22	86	13	61	0	6	6	86	0.72
69383936--69383973	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
69385755--69385800	19	2.4	19	85	7	58	47	10	19	21	1.80
69387680--69387715	18	2.1	16	90	10	54	69	0	2	27	1.02
69387680--69387725	22	2.1	21	88	4	65	65	0	6	28	1.17
69387794--69387847	21	2.5	22	87	3	74	61	0	11	27	1.30
69387760--69387912	3	50.7	3	68	19	61	62	3	7	26	1.38
69387984--69388032	20	2.5	20	74	12	55	69	0	6	24	1.11
69419646--69419959	47	6.6	47	93	1	504	33	7	29	29	1.84
69420078--69420222	37	3.9	37	93	0	236	22	20	31	24	1.98
69422472--69422501	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
69424759--69424789	10	3.1	10	100	0	62	58	0	29	12	1.35
69430340--69430365	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
69431950--69432015	29	2.3	29	81	0	78	27	19	6	46	1.73
69435619--69435686	33	2.1	33	94	0	118	35	8	17	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69437922--69437999	38	2.1	38	100	0	156	25	5	15	53	1.62
69437931--69437994	21	3.2	21	63	24	57	23	4	15	56	1.58
69451059--69451091	17	1.9	17	93	0	57	33	24	6	36	1.80
69451104--69451168	32	2.0	32	81	0	76	49	10	12	27	1.73
69463092--69463197	47	2.3	47	91	0	167	32	27	16	24	1.96
69471214--69471299	45	1.9	45	85	4	120	44	12	19	23	1.85
69471351--69471570	74	3.0	73	84	1	269	34	16	21	27	1.95
69471604--69471674	27	2.6	27	84	0	97	47	18	14	19	1.82
69473011--69473225	27	8.0	27	84	1	252	35	19	20	25	1.96
69482783--69483202	50	8.7	49	78	11	388	23	30	18	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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