genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100555333--100555400	34	2.0	34	91	5	111	44	16	8	30	1.78
100569823--100569859	19	1.9	19	88	0	56	59	5	2	32	1.34
100570930--100570980	23	2.3	22	82	3	57	13	3	21	60	1.49
100573550--100573716	72	2.4	70	82	6	196	61	4	5	28	1.39
100573640--100573776	65	2.1	65	86	0	184	60	2	6	29	1.37
100574676--100574715	20	2.0	20	85	9	55	10	2	15	72	1.21
100577449--100577523	28	2.7	28	78	10	82	60	1	1	37	1.14
100577449--100577523	27	2.7	29	79	10	84	60	1	1	37	1.14
100588568--100588595	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
100590921--100590954	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
100595560--100595593	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
100599911--100599951	22	1.9	22	85	5	57	48	2	2	46	1.28
100599902--100599962	26	2.3	28	83	8	74	47	1	6	44	1.39
100600441--100600481	19	2.2	19	91	4	66	51	0	14	34	1.43
100607631--100608408	387	2.0	387	100	0	1556	37	8	20	33	1.83
100612240--100612315	35	2.1	36	90	2	118	28	3	15	51	1.62
100614402--100614450	21	2.3	21	89	0	71	18	24	14	42	1.87
100614402--100614463	21	3.0	21	85	0	61	17	20	14	46	1.83
100618824--100618915	38	2.4	38	85	1	121	33	9	13	43	1.76
100618824--100618968	39	3.8	38	77	10	134	33	9	12	44	1.75
100618824--100618968	78	1.9	77	80	12	172	33	9	12	44	1.75
100624593--100624777	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100624574--100624777	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
100632567--100632751	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
100632548--100632751	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
100634352--100635520	584	2.0	584	100	0	2338	31	19	9	39	1.84
100639863--100639952	38	2.3	39	86	1	128	35	10	11	43	1.74
100642962--100643000	18	2.2	18	85	0	51	66	2	0	30	1.05
100646800--100646872	31	2.4	31	83	0	83	42	8	17	31	1.79
100647821--100647923	27	3.7	27	83	6	118	21	21	11	45	1.83
100647981--100648061	25	3.2	25	66	19	67	28	25	13	32	1.94
100650810--100650853	23	1.9	23	90	0	70	45	25	2	27	1.65
100651852--100652126	135	2.0	136	99	0	543	45	10	15	29	1.79
100653454--100653500	22	2.1	22	84	7	60	36	2	4	57	1.30
100662177--100662279	51	2.0	51	98	0	197	23	23	26	27	2.00
100675374--100675425	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
100681497--100681527	15	2.1	15	93	0	53	58	38	0	3	1.15
100682182--100682618	50	8.9	50	82	4	503	24	27	19	28	1.99
100683906--100683961	28	2.0	29	85	3	78	33	8	26	30	1.87
100685935--100686739	2	402.5	2	100	0	1610	50	49	0	0	1.00
100689536--100689568	16	1.9	18	88	11	52	60	0	3	36	1.12
100689456--100689594	27	5.2	27	74	14	110	57	2	3	35	1.31
100690371--100690414	20	2.1	21	87	8	63	65	13	4	15	1.41
100691157--100691319	45	3.6	45	77	4	168	27	23	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100691381--100691597	44	5.0	43	68	12	111	29	18	23	29	1.98
100691321--100691641	88	3.7	88	86	2	416	28	18	22	30	1.97
100691352--100691676	88	3.7	88	86	3	329	28	18	23	29	1.98
100691654--100691763	44	2.5	44	80	2	123	27	21	20	30	1.98
100694799--100694978	28	6.6	27	91	3	279	30	28	12	27	1.93
100694799--100694978	55	3.3	55	94	1	299	30	28	12	27	1.93
100694799--100694978	83	2.2	82	92	1	297	30	28	12	27	1.93
100704744--100704952	28	7.5	28	96	1	359	31	28	13	26	1.94
100716167--100716223	22	2.5	23	82	5	62	61	7	5	26	1.43
100717474--100717517	22	2.2	19	84	12	52	65	13	4	15	1.41
100717474--100717517	20	2.1	20	87	8	61	65	13	4	15	1.41
100718853--100719326	54	8.8	53	79	3	288	29	19	13	37	1.90
100718853--100719326	108	4.4	108	82	3	497	29	19	13	37	1.90
100718906--100719327	54	7.8	53	81	4	348	29	20	13	36	1.90
100718853--100719328	162	2.9	160	81	4	517	29	19	13	37	1.90
100720343--100720400	29	2.0	28	84	15	75	36	0	0	63	0.94
100721351--100721402	14	3.8	14	84	5	61	71	0	26	1	0.97
100721352--100721408	20	2.8	21	75	20	57	73	0	24	1	0.92
100721573--100721691	60	2.0	60	88	3	177	34	0	11	53	1.37
100731982--100732027	24	1.9	24	90	0	74	17	15	17	50	1.79
100732089--100732171	27	3.1	27	89	0	121	26	33	21	18	1.96
100732089--100732202	27	4.2	27	81	0	120	28	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100734072--100734145	26	2.7	27	87	6	89	28	1	5	64	1.23
100734087--100734170	26	3.3	26	86	5	100	32	1	5	60	1.28
100734100--100734170	13	5.6	12	71	17	54	33	1	4	60	1.25
100734197--100734239	22	2.0	23	86	9	63	60	2	0	37	1.10
100741320--100741399	32	2.4	33	87	6	108	41	1	1	56	1.15
100741320--100741410	32	2.7	32	81	6	83	42	1	1	54	1.14
100745087--100745124	19	2.0	19	94	0	67	65	13	0	21	1.26
100750119--100750213	47	2.0	47	87	0	136	27	8	13	50	1.70
100751998--100752035	14	2.7	15	84	12	53	39	0	15	44	1.47
100758782--100758953	93	1.9	92	85	3	238	30	31	17	20	1.95
100761307--100761360	27	2.0	27	100	0	108	22	22	33	22	1.97
100768373--100768481	33	3.2	33	82	2	110	30	24	19	25	1.98
100768616--100768694	26	3.0	26	88	0	113	43	18	16	21	1.88
100768698--100768761	27	2.4	26	80	10	67	37	17	21	23	1.94
100768917--100769063	27	5.4	27	83	0	177	25	23	19	31	1.98
100769070--100769254	27	6.9	27	80	0	172	29	10	19	40	1.85
100769070--100769254	81	2.3	81	80	7	205	29	10	19	40	1.85
100777386--100777641	40	6.4	40	87	2	322	27	26	21	25	1.99
100780119--100780270	67	2.2	68	82	9	186	32	15	28	22	1.95
100782226--100782396	46	3.8	45	86	5	222	24	29	17	28	1.97
100785206--100785249	21	2.1	21	95	0	79	20	9	13	56	1.64
100786162--100786217	21	2.6	21	80	5	58	76	3	8	10	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100786222--100786359	66	2.1	66	91	4	226	33	24	5	36	1.78
100789384--100789414	9	3.3	9	95	4	53	58	0	0	41	0.98
100796635--100796833	39	5.1	39	94	1	346	23	31	24	21	1.98
100801527--100801553	6	4.5	6	100	0	54	14	14	0	70	1.17
100805238--100805299	30	2.1	30	90	0	97	38	4	24	32	1.76
100807459--100807634	46	3.8	46	73	12	171	21	21	28	28	1.98
100807456--100807627	93	1.8	93	91	0	281	21	21	29	27	1.99
100808662--100808942	80	3.5	80	95	0	481	25	21	26	26	2.00
100808662--100808942	40	7.0	40	87	0	400	25	21	26	26	2.00
100813000--100813185	47	4.0	47	89	0	264	33	12	29	25	1.92
100813074--100813149	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
100813348--100813462	37	3.1	37	91	0	176	21	20	32	26	1.98
100815538--100815616	30	2.6	31	80	11	92	12	17	13	55	1.69
100815547--100815626	15	5.4	15	75	12	76	11	17	12	58	1.62
100818015--100818190	46	3.8	46	74	10	169	22	21	28	28	1.99
100818012--100818183	93	1.8	93	89	0	272	22	21	28	27	1.99
100823910--100824004	46	2.1	46	89	0	145	47	21	6	25	1.74
100829313--100829354	15	2.9	15	86	10	52	73	7	2	16	1.15
100829338--100829607	75	3.6	75	90	2	393	58	9	17	14	1.62
100843678--100843729	27	2.0	26	84	3	68	34	0	3	61	1.14
100845973--100846035	3	21.0	3	83	6	83	61	1	4	31	1.26
100847067--100847135	30	2.3	29	80	9	75	4	7	46	42	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100848345--100848388	23	1.9	23	90	9	72	36	4	4	54	1.41
100849429--100849473	22	2.0	22	95	0	81	64	11	6	17	1.46
100853385--100854195	3	270.3	3	100	0	1622	0	33	0	66	0.92
100857859--100857888	9	3.3	9	90	0	51	10	3	33	53	1.51
100858288--100858352	7	8.6	7	73	26	53	24	3	1	70	1.10
100858288--100858321	15	2.3	15	90	10	52	26	5	0	67	1.13
100869909--100870100	45	4.3	46	81	7	209	21	17	13	47	1.81
100869925--100870102	90	2.0	90	87	4	261	21	16	13	47	1.81
100872164--100872194	10	3.2	10	95	4	55	19	6	0	74	1.03
100872795--100872896	42	2.4	42	84	9	145	21	31	28	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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