genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93119443--93119531	18	4.6	18	69	24	56	20	61	3	14	1.47
93119446--93119534	21	4.4	21	68	27	66	21	61	3	13	1.46
93119410--93119540	60	2.2	60	87	2	183	25	59	3	11	1.48
93119461--93119577	21	5.7	21	73	17	102	21	61	5	11	1.50
93119527--93119589	18	3.3	18	79	12	72	25	58	7	7	1.53
93119506--93119577	24	3.1	24	76	11	69	22	61	5	11	1.50
93119434--93119552	60	2.0	60	96	0	220	22	60	4	12	1.49
93119461--93119589	39	3.2	39	75	12	118	22	60	6	10	1.52
93119446--93119585	60	2.3	59	86	7	158	22	60	5	12	1.53
93119628--93119662	12	2.9	12	86	0	52	42	51	2	2	1.31
93123607--93123719	43	2.6	42	85	9	140	29	23	19	27	1.98
93126732--93126773	12	3.5	12	90	0	57	9	23	38	28	1.86
93127276--93127378	39	2.6	39	78	1	98	35	12	27	24	1.91
93127288--93127517	40	5.8	40	78	5	182	34	14	28	22	1.93
93127320--93127501	80	2.3	80	82	6	217	34	13	30	21	1.91
93127399--93127461	20	3.2	19	68	8	54	33	12	36	17	1.88
93133627--93133701	27	2.8	27	83	0	78	32	21	10	36	1.88
93133654--93133741	27	3.3	27	93	0	140	27	23	7	40	1.82
93133777--93133874	27	3.7	26	80	9	108	44	22	6	26	1.76
93136446--93136632	27	7.0	27	90	0	259	42	16	14	26	1.87
93141955--93142065	27	4.1	27	81	7	111	18	23	19	38	1.93
93144857--93144922	20	3.3	20	69	0	60	25	19	36	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93144856--93144959	40	2.6	40	87	0	136	29	21	31	17	1.96
93148470--93148520	24	2.1	24	82	13	61	17	25	21	35	1.95
93158541--93158804	46	5.7	46	82	8	306	24	29	18	26	1.98
93158541--93158808	94	2.9	92	81	9	314	25	30	18	26	1.98
93158542--93158805	140	1.9	138	93	3	458	24	30	18	26	1.98
93160788--93160965	48	3.7	46	77	5	144	23	17	25	33	1.96
93169124--93169230	43	2.5	43	84	3	135	36	24	13	26	1.92
93171794--93171964	86	2.0	85	91	3	281	26	20	14	38	1.91
93174473--93174650	46	3.8	46	77	4	196	29	28	20	21	1.98
93174481--93174651	93	1.8	93	88	0	261	29	29	20	21	1.98
93177302--93177457	76	2.1	76	97	0	294	21	23	24	31	1.98
93179201--93179351	43	3.5	43	85	0	194	34	25	15	25	1.94
93186433--93186457	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
93188665--93188736	27	2.7	27	82	0	81	30	16	16	36	1.91
93188696--93188758	27	2.3	27	83	5	83	38	12	9	39	1.76
93188772--93189031	27	9.7	27	84	2	265	31	10	20	38	1.86
93188772--93189028	107	2.4	108	81	5	290	31	10	21	37	1.86
93189348--93189411	28	2.3	28	94	0	110	23	35	18	21	1.95
93200781--93201535	377	2.0	377	100	0	1510	32	13	16	37	1.88
93216479--93216513	18	2.1	17	89	10	54	25	48	11	14	1.77
93219295--93219470	46	3.8	46	76	11	180	23	21	27	28	1.99
93219291--93219462	93	1.8	93	88	2	265	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93224041--93224210	46	3.7	45	69	14	132	19	16	31	32	1.94
93224032--93224201	93	1.8	93	91	2	279	20	17	30	31	1.96
93225898--93225956	27	2.2	26	82	5	73	33	18	16	30	1.94
93237248--93237277	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
93237475--93237716	50	4.8	50	73	4	211	28	25	18	27	1.98
93244134--93244163	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
93244375--93244499	50	2.5	50	84	8	175	32	27	16	24	1.96
93244531--93244593	33	1.9	33	90	0	99	31	31	12	23	1.92
93250455--93250557	28	3.7	28	89	0	152	24	13	33	28	1.93
93254001--93254041	18	2.3	18	83	12	57	9	17	46	26	1.79
93254010--93254070	28	2.2	28	94	2	106	11	21	42	24	1.86
93257585--93257738	29	5.3	29	93	0	247	24	12	32	30	1.92
93261138--93261322	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
93261139--93261322	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
93261191--93261355	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
93269113--93269297	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
93269114--93269297	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
93269166--93269330	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
93275287--93275319	13	2.5	13	100	0	66	21	39	24	15	1.91
93276586--93276615	15	1.9	16	93	6	53	73	6	0	20	1.05
93288018--93288249	40	5.8	40	90	1	306	28	27	19	23	1.99
93292829--93293053	40	5.6	40	81	5	249	26	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93292829--93293089	80	3.3	79	82	5	303	26	23	26	23	2.00
93292829--93293089	120	2.2	119	82	7	314	26	23	26	23	2.00
93294245--93294325	40	2.0	40	100	0	162	37	12	23	27	1.90
93297559--93297783	40	5.6	40	80	7	233	26	24	26	23	2.00
93297559--93297819	80	3.3	79	81	6	278	26	23	25	24	2.00
93297559--93297819	120	2.2	121	80	6	291	26	23	25	24	2.00
93307578--93307623	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
93307660--93307746	20	4.3	20	97	0	165	35	9	20	34	1.85
93307671--93307746	11	7.5	11	74	16	74	35	9	21	34	1.85
93307662--93307738	9	7.9	9	75	16	73	35	6	22	36	1.80
93307660--93307760	40	2.5	39	88	6	132	35	9	19	34	1.85
93307793--93307877	26	3.4	24	84	9	100	29	20	22	28	1.98
93308089--93308148	31	1.9	31	86	0	84	35	16	20	28	1.94
93316752--93317278	40	13.2	40	98	0	973	29	18	26	25	1.98
93323042--93324026	40	24.6	40	97	0	1846	27	20	27	24	1.99
93327740--93327857	47	2.5	45	82	9	130	32	17	27	22	1.97
93327780--93327996	46	4.6	47	82	9	232	28	18	30	22	1.98
93331849--93332115	40	6.7	40	94	0	462	21	27	20	29	1.98
93340340--93340686	40	8.7	40	97	0	640	20	27	21	30	1.98
93345129--93345161	17	2.0	17	88	5	50	63	21	12	3	1.41
93346614--93346753	40	3.5	39	83	7	156	35	25	13	25	1.93
93353629--93353812	67	2.8	64	75	10	178	30	17	28	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93355356--93355573	40	5.5	40	89	2	298	25	27	22	23	2.00
93360024--93360110	43	2.0	43	97	0	165	40	16	12	31	1.85
93366156--93366182	14	1.9	14	100	0	54	44	0	25	29	1.54
93366777--93367202	27	16.0	27	79	4	407	27	14	18	39	1.89
93367552--93367626	18	4.1	18	70	6	62	18	14	18	48	1.82
93370337--93370406	24	2.9	24	84	0	95	45	18	27	8	1.78
93370821--93371324	27	19.0	27	76	8	365	27	14	18	40	1.89
93370821--93371279	79	5.8	79	83	7	427	28	14	17	39	1.89
93372050--93372080	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
93373721--93374080	180	2.0	180	93	0	612	32	18	13	35	1.90
93374304--93374351	25	1.9	25	83	8	62	33	20	29	16	1.95
93374437--93374487	23	2.2	23	82	6	59	35	17	25	21	1.95
93381080--93381172	25	3.8	25	74	7	82	35	13	25	24	1.93
93381305--93381424	64	1.9	64	83	0	159	37	22	16	23	1.94
93390112--93390160	20	2.4	21	80	10	57	22	10	6	61	1.50
93396190--93396262	34	2.1	34	97	0	137	46	8	1	43	1.42
93404618--93404711	41	2.2	43	79	7	104	28	18	24	28	1.98
93407997--93408124	47	2.7	47	78	11	147	21	20	28	29	1.98
93413717--93413794	29	2.7	28	82	11	95	24	15	30	29	1.95
93413747--93414073	173	1.9	174	92	0	557	29	14	24	31	1.94
93418652--93418827	46	3.8	45	79	14	198	20	19	30	29	1.97
93418649--93418820	93	1.8	93	93	2	301	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93431395--93431568	46	3.8	47	76	10	162	25	18	31	24	1.98
93431397--93431568	92	1.9	94	90	2	276	25	18	30	25	1.98
93431395--93431602	92	2.2	94	82	5	251	27	18	29	25	1.98
93441818--93441976	46	3.5	44	80	14	153	24	15	32	27	1.96
93444811--93444857	20	2.3	20	92	0	76	31	10	23	34	1.89
93444884--93444928	23	2.0	23	95	0	81	33	2	28	35	1.70
93444931--93445072	23	6.1	23	92	0	230	26	21	21	30	1.98
93446257--93446297	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
93449765--93449838	37	2.0	37	91	0	121	35	12	13	39	1.82
93452313--93452356	22	2.0	23	86	4	63	52	4	2	40	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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