genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88842300--88842332	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
88846758--88846807	26	1.9	26	91	0	82	30	10	18	42	1.82
88849597--88849774	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
88849598--88849753	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
88849594--88849774	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
88849679--88849785	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
88857660--88857837	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88857661--88857816	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88857657--88857837	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88867217--88867256	21	2.0	20	85	5	53	22	27	37	12	1.90
88868511--88868673	44	3.4	49	71	10	142	27	27	17	26	1.98
88873735--88873906	46	3.7	46	74	10	161	30	25	20	23	1.99
88881284--88881454	93	1.8	93	89	2	272	30	26	20	22	1.98
88881279--88881451	46	3.7	46	74	14	167	31	25	20	23	1.98
88881873--88881932	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
88883693--88883816	46	2.6	48	79	3	135	22	25	20	30	1.98
88884322--88884471	42	3.6	43	71	17	125	34	23	17	25	1.96
88905447--88905637	40	4.8	39	86	5	233	23	22	27	26	2.00
88905447--88905649	79	2.5	79	84	6	250	23	22	28	26	1.99
88913335--88913537	40	5.1	40	86	3	252	23	24	28	24	2.00
88913335--88913526	79	2.4	79	86	6	255	23	23	28	24	2.00
88913335--88913548	79	2.7	78	82	7	245	23	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88923417--88923538	43	2.9	42	77	14	133	32	26	17	23	1.96
88923426--88923506	42	1.9	43	87	7	121	32	27	18	22	1.97
88923433--88923557	43	3.0	41	75	6	117	32	27	17	22	1.96
88932384--88934230	925	2.0	925	100	0	3694	26	25	17	31	1.97
88937437--88937521	41	2.1	41	97	0	161	37	18	3	40	1.68
88939518--88939589	28	2.5	28	86	2	99	26	15	29	29	1.96
88945490--88945698	41	5.2	40	86	3	134	25	27	23	23	2.00
88945513--88945698	41	4.6	41	89	3	252	24	26	24	24	2.00
88945513--88945696	81	2.3	82	83	5	248	24	26	24	24	2.00
88951988--88952037	26	1.9	26	88	8	75	42	10	18	30	1.82
88956112--88956278	43	3.9	42	78	6	138	31	24	14	28	1.95
88958244--88958545	40	7.6	40	90	1	453	25	28	21	24	1.99
88959131--88959524	197	2.0	197	97	0	743	30	22	14	32	1.94
88970418--88970494	27	2.9	27	92	0	127	38	18	14	28	1.89
88971652--88971682	15	2.1	15	93	0	53	29	9	6	54	1.57
88975624--88975845	40	5.6	40	90	1	331	29	26	21	23	1.99
88983206--88983716	256	2.0	256	99	0	1004	38	20	16	24	1.92
88984037--88984176	40	3.5	41	83	4	189	27	27	23	22	1.99
88991834--88992813	40	24.5	40	97	0	1802	31	25	20	22	1.98
88995657--88995830	46	3.7	46	79	7	174	21	28	20	29	1.98
88995570--88995830	94	2.8	91	77	10	244	23	27	19	28	1.99
89001996--89002036	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89003189--89003313	46	2.7	46	86	7	164	22	29	20	28	1.98
89022434--89022472	20	2.0	20	90	10	62	25	23	33	17	1.96
89025156--89025232	38	2.0	38	97	0	145	22	32	20	24	1.98
89033108--89033141	18	1.9	18	88	5	52	29	0	32	38	1.58
89034882--89035039	71	2.3	66	80	11	167	20	28	15	35	1.93
89034882--89035039	68	2.3	69	82	7	187	20	28	15	35	1.93
89050657--89050682	13	2.0	13	100	0	52	7	38	38	15	1.76
89051140--89051223	42	2.0	41	97	2	159	28	25	9	35	1.87
89071690--89071749	27	2.2	27	82	5	68	25	18	20	36	1.94
89073751--89073953	43	4.5	43	79	9	226	32	30	24	12	1.93
89080482--89080686	27	7.7	27	84	3	227	23	10	20	45	1.81
89082499--89082675	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
89082519--89082674	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
89087098--89087136	19	2.1	19	90	0	60	30	7	12	48	1.69
89087072--89087200	54	2.4	54	85	2	170	34	6	16	41	1.75
89087349--89087402	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
89087349--89087418	30	2.3	30	85	9	90	21	20	18	40	1.92
89087349--89087413	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
89087407--89087480	38	2.0	38	91	2	123	17	16	20	45	1.85
89087457--89087574	59	2.0	59	98	0	227	29	10	12	47	1.74
89087805--89088542	369	2.0	369	97	0	1404	30	20	21	26	1.98
89089357--89089397	9	4.6	9	85	8	57	24	0	19	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89089361--89089420	23	2.9	20	81	16	61	23	1	18	56	1.50
89089530--89089581	23	2.3	23	80	9	54	40	17	13	28	1.87
89093757--89093801	19	2.4	19	96	0	81	26	20	37	15	1.92
89094246--89094270	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
89094240--89094296	18	3.1	18	79	2	60	68	1	21	8	1.26
89098679--89098725	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
89101913--89102009	30	3.2	30	74	8	99	28	15	27	27	1.96
89102614--89102676	18	3.4	19	82	6	69	14	15	1	68	1.29
89105021--89105066	18	2.6	17	80	12	58	60	0	28	10	1.30
89106884--89106920	19	1.9	19	94	0	65	21	8	13	56	1.63
89109645--89109696	27	2.0	26	88	3	77	19	26	19	34	1.95
89109737--89109796	27	2.3	27	85	2	77	23	20	18	38	1.93
89116842--89116902	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
89124783--89124882	50	2.0	50	100	0	200	42	12	18	28	1.85
89130968--89130999	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
89130965--89131397	50	8.6	50	79	5	390	27	14	26	31	1.95
89130965--89131397	101	4.3	100	83	5	478	27	14	26	31	1.95
89130965--89131397	200	2.1	201	81	4	480	27	14	26	31	1.95
89131966--89132317	179	2.0	179	88	2	519	38	8	20	32	1.83
89135511--89135576	34	1.9	34	100	0	132	34	18	6	40	1.75
89137263--89137377	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
89137288--89137377	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89137483--89137547	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
89139599--89140203	303	2.0	302	95	0	1066	28	31	13	26	1.94
89152863--89152901	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
89153340--89153454	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
89153365--89153454	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
89153560--89153624	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
89153873--89153904	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
89158317--89158376	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
89158324--89158383	28	2.1	28	90	0	93	30	25	10	35	1.88
89171690--89171794	56	1.9	55	82	2	129	13	23	33	29	1.93
89174279--89174357	28	2.8	28	84	7	106	27	26	12	32	1.93
89179988--89180102	27	4.3	27	84	6	72	31	24	8	35	1.86
89180005--89180225	27	8.2	27	81	6	259	27	22	10	39	1.87
89180007--89180225	81	2.7	81	86	1	314	27	22	10	39	1.86
89180230--89180425	27	7.3	27	86	0	257	35	19	19	25	1.96
89180624--89180706	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
89180794--89180852	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
89181017--89181090	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
89181208--89181394	6	30.8	6	75	16	172	20	17	13	48	1.81
89181208--89181394	85	2.2	85	97	0	347	20	17	13	48	1.81
89181208--89181415	30	7.1	30	82	11	225	20	17	13	48	1.81
89181984--89182038	27	2.0	27	100	0	110	34	14	18	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89189707--89189863	6	25.3	6	66	22	67	49	12	16	21	1.79
89189716--89189809	31	2.7	36	76	19	108	47	11	19	21	1.80
89189728--89189863	31	4.4	31	86	6	150	48	12	16	22	1.80
89189734--89189863	62	2.1	63	86	4	183	48	13	16	21	1.80
89189765--89189828	19	3.7	19	63	26	52	46	14	17	21	1.83
89189993--89190101	27	4.0	27	85	5	121	37	20	22	20	1.94
89190506--89190853	27	13.0	27	84	2	353	25	17	20	36	1.94
89190866--89191003	27	5.1	27	83	0	159	39	8	21	29	1.83
89190866--89190991	54	2.3	54	91	0	198	39	7	23	29	1.81
89191006--89191097	27	3.3	26	76	18	87	35	8	15	40	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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