genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14007891--14007948	22	2.6	22	94	0	98	12	3	55	29	1.53
14008640--14008842	88	2.3	88	83	3	239	37	20	14	27	1.91
14008810--14009038	120	1.9	123	88	4	347	34	24	16	24	1.95
14010090--14010117	13	2.2	13	100	0	56	14	14	21	50	1.78
14021608--14021638	16	1.9	16	100	0	62	51	6	0	41	1.27
14021958--14022003	20	2.4	19	81	3	56	39	2	58	0	1.10
14022457--14022514	22	2.6	22	91	0	89	12	3	53	31	1.54
14034855--14034895	20	2.0	20	90	0	64	36	12	12	39	1.80
14037906--14037988	29	2.6	32	77	14	100	51	12	9	26	1.69
14048326--14048462	46	3.0	46	95	0	238	21	24	13	40	1.89
14048498--14049281	54	14.5	54	99	0	1550	32	22	16	27	1.96
14051240--14051278	16	2.4	16	91	0	60	0	30	0	69	0.89
14054460--14054578	60	2.0	60	91	0	193	33	1	12	52	1.49
14059281--14059546	46	6.0	46	84	7	334	22	24	14	38	1.91
14059460--14059535	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
14059580--14059716	54	2.5	54	100	0	274	29	24	19	26	1.98
14061681--14061728	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
14063543--14063585	17	2.5	17	88	0	59	11	32	11	44	1.77
14064279--14064322	21	2.1	21	87	8	63	56	0	2	40	1.11
14066147--14066173	12	2.2	12	100	0	54	14	85	0	0	0.61
14070820--14071937	510	2.2	504	98	0	2146	36	19	18	25	1.94
14071688--14072186	250	2.0	250	98	0	971	43	16	18	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14072291--14072345	23	2.4	23	87	6	76	43	10	12	32	1.78
14072350--14072401	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
14072286--14072401	59	2.0	59	94	0	205	45	9	13	31	1.76
14072452--14072483	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
14074536--14074692	54	2.9	54	80	4	156	39	13	15	31	1.86
14074607--14074721	54	2.1	54	79	3	133	45	14	15	24	1.84
14080065--14080172	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
14087042--14087148	26	4.2	26	92	1	180	31	7	24	36	1.83
14091559--14091598	19	2.1	19	85	0	53	65	2	2	30	1.19
14091605--14091638	13	2.7	12	86	13	50	73	0	0	26	0.83
14091586--14091637	12	4.4	12	75	20	56	65	1	0	32	1.04
14091695--14091804	42	2.5	43	79	8	116	65	0	3	30	1.16
14093629--14093708	39	2.0	39	85	7	108	37	12	16	33	1.86
14100811--14100857	23	2.0	23	91	0	76	21	21	8	48	1.76
14101537--14101566	13	2.3	13	94	0	51	43	13	10	33	1.77
14104544--14105312	2	385.0	2	99	0	1531	49	0	50	0	1.00
14106644--14106705	30	2.1	30	87	0	88	19	35	0	45	1.51
14108553--14108617	29	2.2	29	83	2	76	36	10	12	40	1.78
14110183--14110228	20	2.2	20	85	11	58	26	4	6	63	1.38
14110303--14110341	18	2.2	18	90	0	60	33	5	12	48	1.63
14111471--14111504	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
14111650--14111705	21	2.5	23	75	13	55	26	5	1	66	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14112139--14112210	32	2.2	32	80	4	83	58	2	0	38	1.13
14112171--14112217	23	2.1	21	84	7	58	65	2	0	31	1.04
14112458--14112525	31	2.2	31	78	5	75	25	13	19	42	1.87
14120668--14120692	12	2.1	12	100	0	50	68	24	0	8	1.16
14122216--14122240	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
14122262--14123117	3	285.3	3	100	0	1712	66	0	0	33	0.92
14125330--14125394	26	2.5	26	73	14	71	38	9	15	36	1.79
14130814--14131276	87	5.4	86	76	11	362	25	21	21	31	1.98
14130826--14131276	44	10.5	43	71	13	274	26	20	21	31	1.98
14145755--14145869	57	2.0	57	98	0	221	29	16	20	33	1.95
14146259--14146339	40	2.0	40	100	0	162	40	14	7	37	1.74
14148435--14148472	18	2.2	17	86	9	51	42	5	23	28	1.76
14150012--14150038	12	2.2	12	100	0	54	7	18	0	74	1.05
14154535--14154602	33	2.1	33	97	0	127	17	23	5	52	1.66
14155273--14155319	22	2.1	22	96	0	85	48	0	34	17	1.47
14163667--14163757	37	2.4	37	80	12	96	42	2	4	50	1.34
14166336--14166460	62	2.0	62	96	0	232	28	17	12	41	1.85
14168994--14169068	38	2.0	38	91	0	123	21	42	12	24	1.86
14169684--14169720	3	12.3	3	100	0	74	35	0	32	32	1.58
14176447--14176513	9	7.2	9	70	6	53	50	13	4	31	1.61
14176430--14176513	38	2.2	38	86	2	114	50	11	5	32	1.63
14179752--14179803	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14179756--14179803	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
14179916--14179975	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
14179953--14180023	25	3.0	23	78	9	81	57	5	5	30	1.45
14179968--14180073	25	4.0	28	68	20	77	59	4	6	29	1.43
14180128--14180173	25	1.9	25	86	8	69	58	0	6	34	1.24
14180199--14180325	65	2.0	65	96	0	236	16	37	29	17	1.92
14180509--14180550	16	2.6	16	84	0	57	45	28	4	21	1.72
14180626--14180659	15	2.3	15	89	0	50	67	17	0	14	1.23
14180611--14180647	14	2.6	14	91	0	65	64	16	0	18	1.29
14181485--14181887	95	4.4	91	81	9	373	36	18	16	29	1.92
14181485--14181995	91	5.6	90	79	10	404	37	18	16	28	1.92
14181798--14181830	14	2.4	14	100	0	66	66	6	9	18	1.40
14181459--14181995	87	5.9	90	80	8	436	37	18	16	27	1.93
14181932--14182599	75	8.9	74	81	8	785	33	20	15	30	1.94
14181932--14182827	148	5.8	148	87	6	985	33	20	15	30	1.94
14182417--14182451	14	2.5	14	85	0	52	60	5	20	14	1.54
14182280--14183207	163	5.5	163	79	11	870	35	19	16	28	1.94
14182930--14182974	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
14182766--14183046	100	2.8	101	89	2	415	38	18	18	24	1.93
14182954--14183121	73	2.3	74	87	1	239	33	19	17	28	1.95
14199753--14199861	22	4.9	20	71	19	67	56	6	6	30	1.49
14199823--14199911	26	3.3	28	67	19	73	59	5	5	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14199966--14200011	25	1.9	25	86	8	69	58	0	6	34	1.24
14200400--14200440	16	2.5	17	88	8	66	68	17	0	14	1.22
14203620--14203690	31	2.3	31	87	4	99	26	12	12	47	1.77
14207789--14207949	46	3.5	44	81	10	164	24	29	16	29	1.97
14209645--14209694	25	2.0	25	100	0	100	28	8	0	64	1.22
14209645--14209687	15	3.2	15	69	30	51	27	6	0	65	1.18
14209649--14209702	25	2.3	23	84	12	67	35	7	0	57	1.27
14217110--14217166	27	2.1	27	100	0	114	38	15	14	31	1.87
14222174--14222223	22	2.4	20	78	18	57	78	0	18	4	0.91
14222169--14222224	19	2.8	19	77	15	60	78	0	16	5	0.92
14224711--14224918	38	5.4	38	85	1	263	33	26	20	18	1.96
14232531--14232745	38	5.7	38	90	3	326	32	24	22	20	1.98
14232498--14232744	76	3.2	76	86	6	331	33	25	21	19	1.97
14238138--14238183	15	3.1	14	84	3	56	80	4	10	4	0.99
14246303--14246384	43	1.9	43	97	0	155	34	17	21	26	1.95
14248194--14248337	57	2.5	58	78	5	168	30	18	16	34	1.93
14253857--14254687	47	17.7	47	99	0	1599	32	12	27	27	1.93
14257159--14257305	47	3.1	47	92	0	222	34	10	28	25	1.90
14257467--14257611	37	3.9	37	92	0	236	22	18	33	25	1.97
14259852--14259905	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
14267609--14267733	62	2.0	63	95	1	225	36	8	13	42	1.74
14267866--14268128	47	5.7	45	73	16	186	27	18	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14267866--14268033	46	3.6	46	82	7	180	29	19	28	22	1.98
14273523--14273740	46	4.7	46	80	5	192	25	20	32	22	1.98
14273523--14273734	92	2.3	90	82	8	232	25	19	32	22	1.98
14273619--14273777	46	3.5	43	84	10	151	23	19	32	24	1.97
14284618--14284783	47	3.6	46	77	8	176	28	16	29	25	1.97
14284618--14284792	94	1.9	93	89	2	271	28	17	29	25	1.97
14287490--14287592	43	2.4	43	98	0	197	22	15	36	25	1.93
14287574--14287647	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
14287958--14288166	40	5.2	40	79	4	192	24	22	27	25	2.00
14296195--14296375	96	1.9	96	89	4	285	35	27	16	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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