Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  44  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12964010--12964057
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28
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22
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1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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(0-2)
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18
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28
20
22
1.99
13103033--13103397
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49
78
13
405
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28
20
22
1.98
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2.3
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24
22
27
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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2.0
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26
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2.0
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112
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1.44
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1.24
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2.2
46
85
9
130
34
3
2
60
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13146278--13146373
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5
140
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3
2
60
1.24
13146447--13146554
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17
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31
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2.1
18
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0
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31
5
10
1.58
13171025--13171051
5
5.4
5
100
0
54
81
0
0
18
0.69
13195590--13195616
12
2.2
12
100
0
54
25
44
14
14
1.84
13226036--13226072
15
2.3
17
86
9
51
37
21
0
40
1.54
13226501--13226539
20
2.0
20
84
0
51
35
12
28
23
1.91
13229040--13229121
44
1.9
44
82
7
107
30
7
18
43
1.77
13235789--13235814
5
5.2
5
100
0
52
76
0
0
23
0.78
13237526--13237605
41
2.0
41
87
0
115
23
17
21
37
1.94
13237691--13237874
89
2.1
89
95
0
332
23
21
23
31
1.98
13255749--13256095
131
2.7
127
82
4
392
36
20
17
25
1.94
13256972--13257051
40
2.0
40
100
0
160
62
2
7
27
1.35
13258694--13259346
89
7.4
89
89
1
861
22
25
21
30
1.99
13258973--13259289
44
7.1
44
65
13
139
21
25
22
30
1.98
13259172--13259310
44
3.1
44
69
13
140
15
23
24
35
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13270840--13271179
131
2.6
128
87
3
443
35
21
17
25
1.95
13278634--13278678
22
2.0
22
91
0
72
11
22
31
35
1.89
13283149--13283195
24
1.9
25
86
4
69
51
6
8
34
1.58
13284550--13284583
6
5.8
6
89
3
52
17
17
17
47
1.84
13284725--13284777
18
2.9
18
88
0
70
33
9
16
39
1.81
13284727--13284788
18
3.5
16
82
8
52
35
9
17
37
1.83
13285956--13285981
13
2.0
13
100
0
52
30
7
0
61
1.24
13290317--13290446
35
3.6
35
73
11
109
30
23
13
33
1.93
13295339--13295411
32
2.3
32
88
4
103
17
8
17
56
1.65
13297052--13297093
21
2.0
22
90
4
68
59
4
0
35
1.19
13297101--13297156
6
9.2
6
81
11
69
53
0
0
46
1.00
13297119--13297165
25
1.9
24
95
4
85
59
0
0
40
0.97
13297941--13297997
22
2.6
22
80
0
69
19
10
10
59
1.59
13298137--13298197
23
2.6
24
73
19
58
32
0
3
63
1.10
13299365--13299407
22
2.0
20
82
8
50
53
0
2
41
1.13
13307604--13307643
18
2.4
17
87
8
55
25
7
0
67
1.16
13312449--13312613
35
4.7
35
83
1
197
31
12
24
31
1.92
13316646--13316679
13
2.6
13
85
0
50
47
0
2
50
1.16
13320355--13320379
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
13323616--13323676
6
9.8
6
74
13
52
36
0
6
57
1.25
13323620--13323669
19
2.7
18
81
9
64
36
0
6
58
1.23
13323616--13323676
25
2.4
25
86
7
88
36
0
6
57
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13323927--13323976
21
2.4
21
83
3
66
68
2
0
30
1.01
13323927--13323976
10
4.9
10
82
4
64
68
2
0
30
1.01
13325084--13325194
53
2.1
53
98
0
213
33
16
23
27
1.95
13325851--13325970
48
2.5
48
83
2
134
30
16
29
24
1.97
13325836--13326121
144
2.0
144
80
5
328
26
17
29
25
1.98
13325871--13326151
48
5.9
48
73
7
230
27
19
29
23
1.98
13332580--13332644
10
6.8
10
69
20
50
26
1
1
70
1.04
13332559--13332636
35
2.3
35
82
8
90
21
3
1
73
1.07
13332590--13332640
13
3.8
13
76
19
59
23
1
1
72
1.05
13332590--13332653
20
3.2
20
80
13
69
23
3
1
71
1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310