genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76352117--76352155	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
76352428--76352469	21	2.0	21	100	0	84	33	9	14	42	1.78
76353303--76353338	18	1.9	19	88	5	56	33	0	16	50	1.46
76354904--76354949	24	1.9	24	95	0	83	28	2	26	43	1.66
76356538--76356684	74	2.0	74	98	0	285	20	28	27	23	1.99
76357418--76357577	42	3.8	41	72	9	117	43	15	22	18	1.87
76357441--76357500	21	2.9	21	76	0	57	45	15	21	18	1.86
76368145--76368175	7	4.4	7	95	0	53	32	45	9	12	1.75
76374676--76374715	16	2.5	16	95	0	71	35	5	15	45	1.68
76375359--76375654	50	5.9	50	77	3	254	26	16	25	31	1.96
76375852--76375881	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
76385821--76385912	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
76385802--76385965	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
76391318--76391424	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
76394309--76394368	25	2.4	25	91	0	93	31	21	23	23	1.98
76397473--76397566	42	2.2	42	92	0	152	20	29	26	23	1.99
76398412--76398644	110	2.1	111	98	0	450	40	19	18	21	1.92
76403044--76403464	49	8.6	49	76	4	389	29	26	18	26	1.98
76403044--76403414	98	3.8	98	94	1	618	29	26	17	25	1.98
76405386--76405424	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
76407467--76407526	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
76414293--76414533	39	6.2	39	92	1	385	36	23	28	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76418327--76418364	20	1.9	19	85	15	51	50	13	0	36	1.42
76418561--76418620	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
76419782--76419886	40	2.6	39	79	8	120	24	15	26	33	1.95
76430088--76430241	76	2.0	76	100	0	308	24	16	26	32	1.96
76431769--76431793	12	2.1	12	100	0	50	20	32	16	32	1.94
76433507--76433586	39	2.1	39	95	0	142	27	21	23	27	1.99
76438919--76438951	15	2.1	16	88	5	50	3	12	0	84	0.72
76441358--76441470	27	4.2	26	80	8	118	17	23	23	36	1.95
76441358--76441479	55	2.2	54	82	4	147	18	24	22	34	1.96
76460719--76460834	27	4.3	26	81	12	108	17	24	22	36	1.95
76460719--76460834	55	2.1	54	84	4	144	17	24	22	36	1.95
76473466--76473521	27	2.1	27	83	6	69	21	17	21	39	1.93
76482495--76482757	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
76482495--76482757	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
76482689--76482766	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
76490480--76490744	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
76490447--76490744	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
76490676--76490753	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
76497182--76497287	51	2.1	51	100	0	212	54	7	14	23	1.65
76498427--76498469	23	1.9	22	85	4	59	16	6	27	48	1.71
76505286--76505390	43	2.5	43	81	7	126	26	20	20	33	1.97
76506121--76506163	23	1.9	22	85	4	59	16	6	27	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76509425--76509456	5	6.4	5	92	0	55	65	0	15	18	1.27
76512742--76512869	48	2.6	47	84	9	143	26	29	17	26	1.97
76514449--76514634	67	2.8	67	80	9	177	31	16	29	22	1.95
76514473--76514656	67	2.8	64	77	8	194	29	16	29	23	1.96
76516437--76516741	48	6.4	48	87	0	423	29	30	16	23	1.96
76527998--76528070	38	1.9	38	97	0	137	31	15	21	31	1.94
76528102--76528356	55	4.8	54	78	10	251	36	17	24	21	1.94
76528109--76528309	108	1.8	110	88	4	309	34	17	24	22	1.96
76528414--76528442	5	5.8	5	100	0	58	41	0	37	20	1.53
76535363--76535617	55	4.8	54	79	9	251	36	18	25	20	1.95
76535370--76535570	108	1.8	110	88	6	311	34	18	25	21	1.96
76545964--76546017	22	2.3	24	78	18	60	72	22	0	5	1.05
76545971--76546017	22	2.1	23	84	11	62	72	21	0	6	1.07
76555756--76555980	40	5.7	40	87	5	278	25	28	22	24	2.00
76555756--76555980	119	1.9	120	83	6	296	25	28	22	24	2.00
76559266--76559510	126	1.9	127	84	2	323	28	20	17	33	1.96
76559406--76559919	131	3.9	128	73	10	351	28	19	17	34	1.95
76569136--76569165	10	3.0	10	100	0	60	20	50	0	30	1.49
76572164--76572190	11	2.5	11	100	0	54	0	14	0	85	0.61
76572605--76572653	22	2.2	22	92	0	80	40	28	8	22	1.82
76572756--76572788	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
76576086--76576318	27	8.6	27	82	2	234	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76576086--76576318	54	4.3	54	82	3	261	28	28	15	27	1.96
76576086--76576318	110	2.1	110	84	3	274	28	28	15	27	1.96
76577980--76578166	27	6.9	27	87	4	261	39	10	22	27	1.87
76577980--76578197	81	2.7	80	81	8	235	37	10	24	28	1.88
76586461--76586576	49	2.4	48	91	5	182	31	8	30	29	1.87
76586482--76586580	49	2.0	49	100	0	198	33	8	28	30	1.86
76586687--76586765	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
76606438--76606471	16	2.1	17	88	5	52	38	5	20	35	1.77
76611700--76611753	24	2.2	26	83	12	69	38	5	0	55	1.23
76616925--76617105	8	23.1	8	67	15	69	59	1	6	33	1.29
76617042--76617111	5	13.4	5	73	18	54	62	1	1	34	1.13
76617046--76617105	26	2.3	25	83	11	68	65	1	1	31	1.13
76617053--76617113	21	2.9	21	80	11	63	63	3	1	31	1.20
76617031--76617089	25	2.3	26	86	11	79	64	0	5	30	1.15
76617096--76617147	27	2.0	26	81	11	61	59	1	1	36	1.19
76618801--76619340	206	2.6	206	90	1	841	29	22	17	30	1.97
76621856--76622344	47	10.4	47	92	0	789	31	8	30	29	1.87
76622463--76622541	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
76624542--76624653	7	14.9	7	72	19	50	2	11	5	80	0.98
76624541--76624653	24	4.6	24	73	15	70	3	11	5	79	1.02
76624585--76624659	18	4.3	18	77	14	77	5	2	9	82	0.91
76624568--76624646	35	2.3	34	84	6	97	3	5	7	83	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76624582--76624660	29	2.8	28	80	5	95	5	3	8	82	0.94
76637767--76637867	42	2.4	42	81	6	107	32	26	11	28	1.92
76641523--76641588	33	2.0	33	96	0	123	28	16	21	33	1.95
76645647--76645725	40	2.0	39	94	0	131	32	12	30	22	1.91
76654347--76654448	41	2.5	40	85	6	132	26	25	19	28	1.99
76654961--76655175	107	2.0	107	99	0	421	41	12	3	42	1.60
76662063--76662291	41	5.5	40	71	15	160	28	24	17	29	1.97
76662074--76662328	127	2.0	127	99	0	501	29	23	16	30	1.96
76673576--76673639	30	2.2	29	94	2	110	31	25	18	25	1.98
76675143--76675201	27	2.2	27	81	0	64	30	15	18	35	1.92
76675170--76675615	27	16.6	27	85	4	476	30	9	20	38	1.86
76675155--76675212	27	2.1	27	87	6	82	34	12	12	41	1.79
76675931--76676022	28	3.3	28	90	0	139	28	34	16	20	1.94
76676745--76676788	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
76687900--76688067	46	3.7	46	89	0	228	41	12	25	21	1.88
76698733--76698844	46	2.4	46	83	0	125	39	16	25	17	1.91
76704660--76704756	47	2.1	47	96	0	176	29	18	12	39	1.87
76706744--76706783	15	2.6	15	96	4	71	27	7	30	35	1.84
76707217--76707296	40	2.0	40	100	0	160	50	15	10	25	1.74
76708989--76709717	363	2.0	363	100	0	1458	38	15	14	31	1.88
76710484--76710545	27	2.3	27	97	0	115	25	29	0	45	1.54
76718345--76718404	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76722771--76722801	11	2.8	11	95	0	53	12	9	12	64	1.50
76722788--76722837	22	2.3	22	86	3	75	8	8	20	64	1.46
76724399--76724461	31	2.0	31	90	0	99	34	4	4	55	1.42
76732624--76732655	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
76734608--76734652	21	2.1	21	100	0	90	48	8	26	15	1.74
76739000--76739052	20	2.7	20	77	13	65	50	3	1	43	1.30
76749744--76749812	35	2.0	35	97	0	129	21	27	18	31	1.97
76750823--76751786	39	24.6	39	96	1	1688	23	27	22	25	2.00
76755284--76756281	75	13.3	75	96	1	1768	19	17	24	38	1.92
76786063--76786166	40	2.6	40	90	4	158	26	25	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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