genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83075261--83075391	43	3.0	43	80	8	176	25	16	26	31	1.96
83077437--83077598	77	2.1	77	89	0	243	33	24	13	28	1.93
83078241--83078297	29	2.0	28	83	6	71	64	8	5	21	1.41
83078595--83078656	24	2.5	25	77	15	65	53	3	6	37	1.43
83082483--83082667	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
83082464--83082667	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
83085304--83085365	24	2.5	25	77	15	65	53	1	6	38	1.37
83096974--83097149	46	3.8	46	78	5	178	19	20	31	28	1.97
83096970--83097142	93	1.9	93	89	4	269	19	20	31	27	1.97
83104866--83104894	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
83106022--83106149	43	3.0	43	81	4	177	25	17	27	28	1.98
83112108--83112212	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
83112068--83112231	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
83112068--83112218	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
83115559--83115679	43	2.9	42	78	11	129	29	24	16	28	1.97
83115559--83115679	42	2.9	42	82	4	145	29	24	16	28	1.97
83126606--83126669	25	2.6	25	87	0	92	46	14	18	20	1.83
83126955--83127015	22	2.8	22	73	9	61	34	24	21	19	1.96
83127547--83127616	27	2.6	27	88	0	104	27	18	18	35	1.94
83130583--83130710	42	3.0	41	75	15	116	33	23	18	24	1.97
83130602--83130710	42	2.6	43	85	5	141	34	22	18	24	1.96
83145184--83145522	50	6.7	50	77	5	333	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83145183--83145469	101	2.8	101	86	0	385	26	18	24	29	1.98
83147573--83147610	16	2.4	16	86	0	58	28	23	5	42	1.76
83149403--83149504	42	2.4	43	82	8	111	29	19	24	26	1.98
83149403--83149513	43	2.6	42	77	9	118	29	19	24	26	1.99
83151467--83151495	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
83154825--83154881	25	2.3	25	90	6	89	36	5	36	21	1.76
83156265--83156367	27	3.8	26	79	12	100	19	26	19	34	1.95
83162674--83162737	25	2.6	24	90	7	101	42	6	34	17	1.74
83164116--83164219	27	3.9	26	80	9	93	18	22	23	36	1.95
83164116--83164223	54	2.0	53	82	5	128	17	22	22	37	1.94
83173350--83173520	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
83173345--83173517	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
83173940--83173999	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
83183089--83183146	18	3.4	18	67	26	54	12	29	36	22	1.90
83183068--83183152	32	2.7	32	88	0	125	11	27	37	23	1.90
83193750--83193793	21	2.1	21	83	8	54	43	0	2	54	1.12
83195644--83195811	46	3.6	46	80	6	178	29	18	28	23	1.98
83198314--83198479	43	3.9	43	75	15	155	25	18	27	29	1.98
83204185--83204213	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
83207299--83207411	57	2.0	55	93	6	192	34	5	14	46	1.67
83214372--83214517	40	3.7	40	96	0	256	32	20	26	21	1.98
83220999--83221055	28	2.0	28	93	0	96	35	14	26	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83227749--83227910	43	3.8	43	77	6	150	25	14	25	34	1.94
83239147--83239193	23	2.0	23	100	0	94	44	8	12	34	1.73
83257349--83257432	25	3.4	24	82	9	89	26	22	21	29	1.99
83257362--83257431	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
83258111--83258210	27	3.7	28	82	7	127	37	10	25	28	1.88
83266320--83266378	28	2.1	28	93	0	100	30	10	16	42	1.82
83267941--83268041	27	3.8	27	82	1	105	20	23	20	34	1.96
83267967--83268093	26	4.8	26	77	2	94	20	17	22	40	1.92
83268001--83268102	26	3.9	26	78	5	107	20	14	22	42	1.89
83273756--83273902	29	5.1	29	80	4	163	40	16	16	27	1.89
83273926--83273989	29	2.2	29	82	0	74	34	10	10	43	1.75
83273942--83274063	29	4.2	29	77	0	109	37	17	13	31	1.89
83280564--83280748	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
83280545--83280748	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
83285445--83285576	66	2.0	66	92	0	219	28	34	12	25	1.92
83286074--83286248	87	2.0	88	92	2	289	24	30	18	26	1.98
83286437--83286506	35	2.0	35	97	0	131	24	28	18	28	1.98
83286756--83286890	71	1.9	71	92	3	227	31	25	20	22	1.98
83287244--83287297	24	2.2	24	100	0	108	7	29	42	20	1.79
83288988--83289050	30	2.1	31	93	3	110	25	3	14	57	1.52
83288991--83289064	30	2.4	30	82	6	87	25	4	13	56	1.55
83290333--83290381	25	2.0	25	83	0	62	51	6	14	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83292467--83292530	24	2.7	24	87	0	83	39	4	9	46	1.57
83296933--83296985	24	2.2	24	86	6	72	37	5	11	45	1.64
83298810--83298851	21	2.0	21	95	0	75	33	11	23	30	1.91
83300573--83300624	26	2.0	25	85	3	68	65	3	0	30	1.10
83302574--83302623	26	1.9	26	84	8	66	44	18	24	14	1.86
83302500--83302709	84	2.4	86	80	9	232	37	13	27	22	1.91
83302498--83302767	58	4.7	58	73	10	198	37	13	27	22	1.91
83302517--83302767	113	2.2	115	82	5	321	37	14	26	22	1.92
83302498--83302781	29	9.9	29	74	8	179	36	14	27	22	1.92
83302662--83302781	59	2.1	58	82	4	143	36	14	26	22	1.92
83310423--83310521	39	2.5	39	93	0	162	29	4	22	44	1.71
83314317--83314394	25	3.2	25	63	17	65	35	7	26	29	1.84
83314276--83314538	47	5.6	47	88	2	359	33	9	30	26	1.88
83316496--83316998	40	12.6	40	91	1	771	24	21	28	25	1.99
83316496--83316998	80	6.3	80	96	1	859	24	21	28	25	1.99
83321352--83321426	23	3.2	23	63	29	59	34	8	29	28	1.85
83321353--83321430	25	3.2	25	62	17	65	33	7	29	29	1.85
83321322--83321903	47	12.4	47	93	0	914	32	9	30	26	1.89
83321425--83321499	22	3.3	22	68	17	71	30	10	32	26	1.90
83323861--83324224	40	9.1	40	92	1	360	25	20	28	25	1.99
83324066--83324132	23	3.2	23	60	24	56	23	23	28	23	2.00
83324054--83324259	40	5.2	39	91	2	295	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83328498--83329408	47	19.4	47	94	0	1574	33	10	29	25	1.90
83329186--83329260	23	3.2	23	63	29	59	36	8	28	28	1.85
83329527--83329606	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
83343785--83343859	38	2.0	37	89	2	114	50	10	6	32	1.63
83346628--83346705	39	2.0	38	95	2	138	24	30	25	17	1.97
83349079--83349202	63	2.0	63	93	0	212	31	20	22	25	1.98
83355655--83355725	22	3.2	22	82	7	72	35	19	23	21	1.96
83355673--83355736	22	2.8	22	85	4	74	35	21	23	18	1.95
83364317--83364478	42	3.8	41	80	7	146	25	17	24	31	1.97
83364354--83364484	42	3.1	42	84	2	163	27	16	22	32	1.96
83369651--83369685	16	2.2	16	90	10	54	8	20	17	54	1.68
83381867--83381936	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
83388005--83388175	93	1.8	93	88	0	261	21	20	28	29	1.98
83388003--83388176	46	3.8	46	76	4	188	22	20	28	28	1.98
83395600--83395769	46	3.7	45	75	16	168	21	20	28	30	1.98
83395597--83395767	93	1.8	93	91	2	281	21	20	28	29	1.98
83395997--83396034	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
83400150--83400219	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
83408028--83408096	28	2.5	28	85	4	86	33	27	11	27	1.91
83429393--83429561	27	6.3	27	81	0	185	27	23	7	41	1.81
83429401--83429560	81	2.0	81	92	0	266	28	21	7	41	1.80
83429448--83429592	54	2.7	54	84	2	166	30	22	6	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83429624--83429749	27	4.7	27	85	3	164	39	22	9	28	1.85
83429591--83429746	54	2.9	54	81	3	154	39	19	12	28	1.88
83429628--83429775	54	2.7	55	80	4	167	40	21	9	28	1.84
83429740--83429833	27	3.4	27	80	13	111	41	18	8	31	1.80
83429843--83429958	53	2.2	54	87	4	164	30	23	6	40	1.78
83429843--83429958	27	4.3	27	89	4	155	30	23	6	40	1.78
83429994--83430229	27	8.7	27	76	7	174	39	19	9	31	1.84
83429961--83430116	54	2.9	54	81	5	156	39	19	10	30	1.86
83429472--83430218	370	2.0	371	96	0	1379	36	19	9	34	1.85
83430260--83430324	27	2.4	27	82	5	78	36	18	24	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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