genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85054527--85054639	34	3.3	34	82	2	136	37	21	6	35	1.78
85057155--85057326	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
85057148--85057323	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
85063546--85063647	28	3.5	28	71	15	98	25	28	12	33	1.93
85063579--85063679	32	3.3	32	70	16	113	27	25	10	35	1.90
85063547--85063685	60	2.3	60	100	0	278	25	27	12	34	1.92
85063758--85063871	36	3.2	36	87	3	160	36	20	6	36	1.77
85063760--85063872	34	3.3	34	86	2	145	36	20	6	37	1.78
85065516--85065717	43	4.7	43	84	2	271	28	26	18	26	1.98
85066432--85066483	28	1.9	26	84	7	68	51	5	5	36	1.50
85068629--85068707	27	2.9	28	84	5	99	30	11	18	39	1.86
85068715--85068787	27	2.7	27	89	0	110	28	12	20	38	1.89
85071835--85072061	33	6.9	33	78	2	233	36	22	10	30	1.88
85071826--85072049	65	3.4	65	86	1	295	37	21	11	29	1.89
85071825--85072058	98	2.4	98	78	1	245	35	22	11	31	1.89
85072054--85072123	29	2.4	29	92	0	113	25	30	7	37	1.83
85080398--85080484	27	3.2	27	75	6	86	31	25	13	29	1.94
85081750--85081782	15	2.2	15	100	0	66	36	21	24	18	1.95
85082732--85082873	70	2.0	70	97	0	266	33	21	16	29	1.95
85083432--85083475	17	2.5	18	79	17	56	70	6	0	22	1.11
85083435--85083476	18	2.3	18	80	8	50	71	7	0	21	1.09
85085149--85085187	20	2.1	18	90	9	60	58	0	7	33	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85092699--85092768	36	1.9	36	83	13	90	30	21	7	41	1.80
85096136--85096195	20	3.0	20	80	9	77	23	28	0	48	1.51
85098044--85098082	16	2.4	16	91	0	60	46	17	23	12	1.83
85098297--85098417	29	4.2	28	82	2	134	28	15	28	26	1.96
85112676--85112735	30	2.0	30	93	0	102	60	16	13	10	1.59
85112677--85112736	15	4.0	15	80	0	75	61	16	11	10	1.55
85121811--85121973	42	3.9	42	94	0	272	25	30	20	23	1.99
85129503--85129558	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
85130340--85130498	7	21.7	7	72	11	68	38	36	3	22	1.70
85130421--85130475	23	2.5	22	82	8	67	38	34	1	25	1.67
85130996--85131081	38	2.2	37	82	8	100	17	1	31	50	1.54
85131098--85131268	41	4.2	41	79	5	179	22	21	17	38	1.94
85131098--85131268	79	2.1	80	82	7	204	22	21	17	38	1.94
85131248--85131300	23	2.3	23	86	0	70	13	16	20	49	1.79
85133757--85133835	31	2.5	31	97	0	149	26	25	18	29	1.98
85133859--85133950	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
85134095--85134180	26	3.3	26	85	1	129	25	24	25	24	2.00
85134522--85134586	27	2.4	27	89	0	103	16	27	18	36	1.93
85134593--85134868	27	10.2	27	75	5	173	32	9	18	38	1.84
85134617--85134841	54	4.1	54	77	5	202	32	9	19	39	1.83
85134820--85135003	27	6.8	27	90	0	251	38	9	25	27	1.86
85135009--85135098	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85135009--85135113	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
85137866--85137986	42	2.8	43	76	5	120	27	20	24	27	1.99
85139445--85139504	20	3.0	20	85	9	86	50	0	25	25	1.50
85140784--85140822	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
85140784--85140823	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
85140786--85140831	21	2.2	21	92	0	74	34	19	15	30	1.93
85151754--85151806	27	2.0	27	84	0	70	37	13	13	35	1.83
85158752--85158915	39	4.2	39	93	1	267	17	21	29	32	1.96
85162951--85163003	27	2.0	27	88	0	79	33	18	15	32	1.92
85167481--85167534	27	2.0	27	88	0	81	33	20	14	31	1.93
85167597--85167627	5	6.2	5	96	0	53	41	19	16	22	1.89
85173767--85173820	27	2.0	27	88	0	81	33	20	14	31	1.93
85173883--85173913	5	6.2	5	96	0	53	41	19	16	22	1.89
85194933--85195002	33	2.1	33	89	0	104	28	25	21	24	1.99
85194971--85195030	28	2.2	27	81	3	66	30	26	23	20	1.98
85195165--85195236	27	2.7	27	73	4	74	38	19	22	19	1.93
85195392--85195496	27	3.9	27	80	7	115	22	21	20	35	1.96
85195514--85195749	27	8.7	27	75	6	163	30	8	19	40	1.82
85195744--85195813	27	2.6	27	86	0	95	28	22	17	31	1.96
85205106--85205201	48	2.0	48	100	0	192	25	20	29	25	1.99
85205569--85205632	26	2.4	26	84	5	74	35	25	10	28	1.89
85205737--85205857	54	2.2	54	81	8	147	19	25	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85205737--85205848	27	4.1	27	82	12	124	17	25	21	35	1.95
85210539--85210604	33	2.0	33	93	0	114	33	9	42	15	1.78
85213635--85213746	27	4.2	26	85	7	143	16	24	23	36	1.94
85213635--85213746	54	2.1	54	89	3	172	16	24	23	36	1.94
85219248--85219410	42	3.9	42	80	4	168	29	23	15	31	1.96
85224546--85224624	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
85224745--85225834	49	21.8	47	93	4	1099	31	29	6	32	1.84
85224830--85225023	64	3.0	64	97	0	361	30	29	8	31	1.87
85224975--85225849	49	17.9	49	99	0	1704	32	28	6	32	1.82
85230979--85231279	47	6.4	47	95	0	521	32	8	30	28	1.87
85231398--85231476	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
85238613--85238659	22	2.1	22	96	0	85	46	8	12	31	1.72
85239661--85239688	13	2.2	13	100	0	56	46	7	21	25	1.76
85242319--85242397	40	2.0	39	94	0	131	27	22	25	22	1.99
85248773--85249210	40	10.9	40	95	0	732	31	20	26	21	1.98
85253182--85253405	40	5.6	40	84	6	283	25	26	23	24	2.00
85253182--85253405	83	2.8	80	85	4	290	25	26	23	24	2.00
85256419--85256533	57	2.0	58	93	1	196	27	12	30	29	1.93
85258742--85258898	39	4.0	39	89	1	201	24	17	28	29	1.97
85258763--85258926	78	2.1	78	79	2	177	24	20	28	26	1.99
85260869--85260904	12	3.0	12	95	0	63	52	0	0	47	1.00
85265378--85265441	30	2.1	30	100	0	128	31	29	7	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85265177--85265603	230	1.9	229	97	0	809	30	20	14	34	1.92
85304483--85304534	23	2.3	23	83	9	63	21	7	5	65	1.40
85314995--85315024	15	2.0	15	100	0	60	46	20	6	26	1.75
85333142--85333193	23	2.3	23	83	9	63	21	7	5	65	1.40
85342825--85342867	22	2.0	22	95	0	77	25	23	18	32	1.97
85349268--85349301	18	1.9	17	88	5	50	14	11	0	73	1.10
85359484--85359608	46	2.7	46	93	0	205	31	28	20	20	1.97
85368521--85368613	47	2.0	47	97	0	177	11	6	19	62	1.50
85372315--85372357	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
85372828--85372925	28	3.5	28	94	1	162	26	13	28	31	1.94
85372828--85372938	28	4.0	27	89	3	116	29	11	26	32	1.92
85377919--85377960	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
85384064--85384095	16	2.0	16	93	0	55	40	15	31	12	1.85
85392592--85392789	27	7.3	27	87	2	263	28	24	7	38	1.83
85392592--85392789	81	2.4	81	90	1	299	28	24	7	38	1.83
85392802--85392943	27	5.3	27	84	5	189	40	22	8	28	1.83
85395598--85395729	40	3.3	40	82	9	169	23	20	28	28	1.99
85398694--85398839	27	5.4	27	79	4	125	37	18	17	26	1.93
85398705--85398823	54	2.2	55	83	4	143	37	20	16	25	1.93
85399269--85399301	8	4.1	8	92	0	57	27	33	36	3	1.72
85399554--85399605	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
85399535--85399679	67	2.1	69	89	3	222	21	27	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85403317--85403381	32	2.0	32	100	0	130	18	20	27	33	1.96
85417437--85417626	27	7.0	27	84	0	227	35	18	20	25	1.96
85418030--85418078	22	2.2	22	85	7	64	22	28	22	26	1.99
85418286--85418344	27	2.2	26	85	5	82	16	25	22	35	1.95
85418462--85418549	6	14.3	6	73	17	74	18	17	14	50	1.79
85418465--85418528	25	2.6	25	90	5	94	17	20	15	46	1.83
85418562--85418626	34	2.0	32	85	8	87	23	18	26	32	1.97
85423090--85423118	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
85427719--85427744	11	2.4	11	100	0	52	42	0	50	7	1.31
85430670--85430727	28	2.1	28	100	0	116	34	13	20	31	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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