genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58187754--58187922	36	4.8	34	75	16	121	48	0	51	0	1.00
58187758--58187922	27	6.1	26	71	14	75	48	0	51	0	1.00
58191210--58191287	30	2.6	29	78	11	77	30	6	2	60	1.35
58191266--58191300	10	3.5	10	88	0	52	31	2	0	65	1.07
58199773--58199865	47	2.0	47	97	0	177	25	11	25	36	1.90
58203257--58203291	18	1.9	18	100	0	70	22	8	34	34	1.85
58214613--58214662	26	1.9	26	91	0	82	26	20	18	36	1.95
58219867--58219940	37	2.0	37	92	5	123	28	24	17	29	1.97
58224341--58224427	42	2.1	42	86	4	122	24	31	24	20	1.98
58231042--58231069	12	2.3	12	100	0	56	46	7	14	32	1.71
58233074--58233134	14	4.3	14	73	8	52	40	19	3	36	1.68
58233217--58233253	11	3.4	11	88	0	56	59	13	10	16	1.61
58252805--58252867	31	2.0	31	81	6	74	63	3	12	20	1.42
58256054--58256126	29	2.5	29	82	6	85	35	1	8	54	1.39
58261156--58261194	16	2.5	15	84	8	51	43	0	2	53	1.14
58262539--58262604	27	2.4	28	87	2	98	42	0	3	54	1.15
58264168--58264363	103	1.9	104	80	4	227	36	9	18	35	1.84
58267065--58267112	20	2.4	20	85	0	60	37	16	29	16	1.91
58267084--58267123	20	2.0	20	85	5	53	37	15	30	17	1.90
58273629--58273987	178	2.0	178	97	0	682	35	27	10	26	1.90
58283784--58283825	16	2.6	16	85	7	50	45	0	0	54	0.99
58283787--58283872	26	3.3	25	74	6	91	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58283815--58283845	14	2.2	14	94	0	53	61	0	0	38	0.96
58283842--58283883	15	2.8	15	82	10	50	42	0	0	57	0.99
58286805--58286945	54	2.6	54	100	0	282	24	19	26	30	1.98
58288660--58288715	29	1.9	29	85	0	76	46	7	8	37	1.63
58288667--58288741	29	2.5	29	80	4	87	46	9	9	34	1.68
58290159--58290203	22	2.2	21	77	14	51	33	2	24	40	1.68
58290622--58290657	19	1.9	18	88	5	54	44	0	2	52	1.15
58290622--58290679	18	3.1	19	78	12	57	44	0	3	51	1.18
58290661--58290697	20	1.9	20	88	5	58	29	0	8	62	1.24
58292333--58292488	44	3.5	44	78	5	172	27	17	22	32	1.97
58294204--58294253	22	2.3	22	80	19	61	16	10	6	68	1.38
58294207--58294252	21	2.2	21	85	14	60	15	8	6	69	1.34
58296609--58296950	142	2.5	141	78	9	303	40	10	17	31	1.83
58309898--58309956	30	1.9	31	89	3	93	27	11	8	52	1.66
58314379--58314444	21	3.2	21	66	33	61	27	16	16	39	1.90
58314380--58314461	41	2.0	41	97	0	155	28	19	13	39	1.89
58320678--58320793	59	2.0	59	94	0	205	43	4	12	40	1.62
58321143--58321194	21	2.4	21	81	12	61	51	1	1	44	1.23
58321518--58321546	4	7.5	4	92	7	51	75	0	0	24	0.80
58325021--58325138	62	1.9	61	94	1	209	35	5	10	49	1.59
58326105--58326169	28	2.3	28	100	0	130	27	9	0	63	1.25
58329222--58329250	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58329193--58329360	62	2.7	62	94	0	300	47	10	5	36	1.63
58331358--58331450	46	2.0	46	97	0	177	16	19	31	33	1.94
58334201--58334225	9	2.8	9	100	0	50	52	0	24	24	1.48
58340071--58340127	28	2.0	28	96	0	105	49	1	17	31	1.57
58345247--58345301	26	2.2	25	96	3	101	30	5	27	36	1.79
58354483--58354646	80	2.0	80	97	0	310	42	18	3	35	1.68
58361280--58361430	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
58363181--58363228	21	2.3	21	85	7	62	12	2	54	31	1.49
58364218--58364325	26	4.2	26	92	0	189	31	6	25	37	1.81
58365811--58365863	26	2.0	25	82	13	63	35	22	15	26	1.93
58371045--58371152	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
58372884--58372931	21	2.3	21	85	7	62	12	2	54	31	1.49
58375825--58375878	27	2.0	27	85	3	72	29	3	1	64	1.21
58377810--58379785	102	19.1	105	91	4	1430	58	14	0	26	1.39
58378250--58379838	102	15.6	102	97	0	2968	58	14	0	26	1.37
58385492--58385524	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
58390963--58390988	11	2.4	11	100	0	52	7	11	50	30	1.67
58400901--58400956	16	3.6	16	90	2	87	41	7	25	26	1.81
58400933--58401023	44	2.0	44	83	8	112	30	4	27	37	1.76
58401195--58401274	36	2.2	36	82	4	90	48	5	1	45	1.32
58410484--58410545	31	2.0	31	100	0	124	29	0	16	54	1.42
58410898--58411167	148	1.8	148	90	0	432	25	6	18	49	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58413618--58413738	49	2.5	48	82	6	147	25	27	17	29	1.97
58413715--58413835	48	2.5	48	91	0	197	24	25	19	30	1.98
58413746--58413846	48	2.1	48	84	0	130	27	26	16	28	1.97
58414321--58414384	31	2.1	31	100	0	128	40	9	7	42	1.66
58418989--58419027	19	2.1	19	95	0	69	15	15	17	51	1.77
58419365--58419462	47	2.1	47	82	3	117	41	20	9	28	1.83
58426742--58426801	30	2.0	30	90	0	93	50	0	28	21	1.49
58428040--58428353	140	2.3	138	84	4	413	22	9	12	55	1.66
58428511--58428544	16	2.2	16	89	5	52	23	2	0	73	0.97
58434142--58434261	46	2.7	44	78	8	125	25	29	18	26	1.98
58435588--58435645	30	1.9	31	89	3	91	36	8	22	32	1.85
58436185--58436271	44	2.0	44	86	4	122	35	13	26	24	1.93
58436272--58436503	95	2.5	92	76	9	227	34	18	25	22	1.96
58436461--58436657	55	3.6	54	85	4	272	35	18	24	20	1.95
58444457--58444514	29	2.0	29	96	0	107	32	27	15	24	1.95
58446459--58446491	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
58446777--58447142	46	8.0	46	94	0	545	21	24	15	39	1.91
58460841--58460932	40	2.4	39	87	3	123	15	11	34	38	1.84
58461845--58461870	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
58464803--58464859	21	2.7	21	86	0	78	45	17	21	15	1.85
58467467--58467523	15	3.5	15	71	17	51	47	5	0	47	1.24
58467604--58467655	16	3.4	16	71	17	56	50	0	1	48	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58469299--58469444	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
58469408--58469676	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
58469451--58469670	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
58469408--58469676	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
58471975--58472018	3	14.7	3	81	9	54	29	6	0	63	1.20
58471967--58472019	24	2.2	24	89	0	79	26	7	0	66	1.18
58471975--58472032	15	3.8	15	80	15	66	31	6	0	62	1.22
58473724--58473767	22	2.0	22	95	0	79	38	27	9	25	1.86
58481100--58481137	19	1.9	19	94	5	67	73	0	5	21	1.02
58482274--58482302	8	3.8	8	90	9	51	65	0	0	34	0.93
58482300--58482331	13	2.5	13	95	5	57	68	0	0	31	0.90
58487884--58487940	24	2.3	25	84	3	71	57	3	0	38	1.16
58488657--58488721	29	2.2	31	81	10	73	64	4	3	27	1.28
58489063--58489122	27	2.1	27	84	9	75	26	0	5	68	1.10
58497189--58497236	24	2.0	24	87	0	69	64	2	4	29	1.23
58498034--58498075	14	2.9	14	86	10	50	78	7	4	9	1.08
58504426--58504727	132	2.3	131	77	5	331	29	19	15	35	1.93
58506257--58506304	19	2.5	19	93	0	78	22	18	14	43	1.87
58510332--58510564	88	2.7	88	91	0	378	27	17	27	27	1.97
58510526--58510895	44	8.4	44	88	0	488	28	15	30	25	1.96
58510526--58511130	132	4.7	132	81	7	652	29	15	30	25	1.96
58510874--58510938	28	2.2	28	86	5	85	21	16	33	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58510899--58511130	44	5.2	44	77	5	225	30	15	29	24	1.95
58510783--58510999	116	1.9	116	91	0	353	27	16	32	23	1.96
58510739--58511052	160	2.0	161	85	1	434	27	15	31	25	1.96
58512577--58512601	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
58513662--58513695	14	2.4	14	90	0	50	20	17	5	55	1.62
58514035--58514278	132	1.8	133	79	2	285	29	19	19	31	1.96
58514221--58514549	132	2.5	131	77	5	342	27	19	16	36	1.93
58521703--58521727	7	3.6	7	100	0	50	44	16	16	24	1.86
58522376--58522409	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
58527353--58527401	22	2.2	22	88	0	71	34	24	22	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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