genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5206907--5207056	73	2.1	73	81	5	169	35	22	14	28	1.93
5207436--5207465	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
5207525--5207554	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
5207614--5207643	14	2.1	14	93	0	51	66	3	6	23	1.30
5207183--5207690	89	5.8	89	88	4	744	35	19	14	29	1.92
5218525--5218704	46	3.9	45	76	15	170	28	29	21	20	1.98
5218533--5218704	93	1.8	93	90	2	274	27	29	22	20	1.99
5229221--5229253	16	2.0	17	88	5	50	45	0	12	42	1.41
5239662--5239691	15	2.1	15	93	6	53	16	0	16	66	1.25
5249229--5249326	47	2.1	47	84	3	126	42	10	10	36	1.73
5252021--5252154	66	2.0	66	91	2	216	32	11	19	37	1.87
5257136--5257182	25	1.9	25	83	12	62	17	23	8	51	1.72
5267946--5267987	21	2.0	21	85	0	57	59	28	0	11	1.33
5271992--5272056	33	1.9	35	81	12	82	56	1	6	35	1.33
5272153--5272187	17	2.1	17	100	0	70	40	11	11	37	1.77
5272657--5272824	31	5.5	31	72	18	129	24	19	11	44	1.84
5272688--5272852	28	5.7	27	71	19	109	24	20	13	41	1.89
5272657--5272887	59	3.9	59	90	2	311	23	18	12	45	1.84
5276369--5276492	62	2.0	62	96	0	230	47	15	12	25	1.79
5277217--5277314	49	2.0	49	97	0	187	20	11	35	32	1.88
5278382--5278479	51	1.9	50	93	2	169	26	16	17	39	1.90
5278938--5279020	41	2.0	41	100	0	166	46	7	26	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5281961--5282025	33	1.9	35	81	12	82	56	1	6	35	1.33
5282669--5282776	31	3.6	31	75	16	118	26	19	11	42	1.85
5282700--5282804	28	3.6	28	75	16	106	24	18	16	40	1.90
5282621--5282839	59	3.7	59	91	2	314	24	18	12	45	1.83
5291208--5291272	33	1.9	35	81	12	82	56	1	6	35	1.33
5291369--5291403	17	2.1	17	100	0	70	40	11	11	37	1.77
5291934--5292041	31	3.6	31	76	16	127	26	20	11	41	1.86
5291905--5292069	28	5.7	27	71	19	109	25	19	13	41	1.88
5291873--5292105	59	3.9	59	89	3	297	23	18	12	45	1.83
5291873--5292105	119	1.9	120	83	5	301	23	18	12	45	1.83
5295562--5295586	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
5296696--5296783	43	2.0	45	82	4	108	57	2	17	22	1.50
5298254--5298347	49	1.9	49	95	0	170	42	7	25	24	1.80
5299935--5300148	46	4.6	46	82	10	274	28	28	21	21	1.99
5306182--5306228	26	2.0	25	84	16	64	51	2	0	46	1.13
5306447--5306506	26	2.4	25	83	5	68	58	0	10	31	1.31
5306981--5307035	17	3.1	18	82	12	60	58	3	0	38	1.16
5307488--5307590	31	3.4	30	75	12	104	24	20	10	44	1.83
5311685--5311715	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
5313184--5313224	17	2.4	18	84	12	59	53	12	0	34	1.38
5319735--5319808	10	7.4	10	74	15	55	56	1	5	36	1.31
5319731--5319770	21	1.9	21	89	0	62	57	0	2	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5319726--5319787	31	2.0	31	87	6	90	54	0	4	40	1.22
5319874--5319930	20	2.9	20	77	12	64	56	1	3	38	1.27
5320015--5320086	29	2.6	27	73	18	67	30	6	1	61	1.31
5323885--5324057	46	3.7	46	79	13	201	19	20	31	28	1.97
5323878--5324050	93	1.9	93	92	0	292	19	20	31	28	1.97
5329264--5329307	21	2.1	21	82	0	52	43	22	0	34	1.54
5333269--5333472	86	2.4	85	85	3	259	39	21	15	23	1.91
5333222--5333471	43	6.0	43	70	4	170	41	20	15	22	1.90
5347444--5347499	15	3.7	15	70	15	53	35	0	32	32	1.58
5347728--5348053	166	2.0	160	95	3	580	36	17	12	33	1.87
5350364--5350411	23	2.0	25	84	8	64	39	8	2	50	1.44
5350361--5350417	25	2.3	26	84	9	82	42	7	1	49	1.40
5350701--5350917	119	1.8	121	87	4	332	30	15	11	41	1.84
5355325--5355385	32	1.9	32	100	0	122	16	16	16	50	1.78
5365846--5365884	20	2.0	20	89	0	60	53	0	28	17	1.44
5370096--5370125	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
5377943--5378103	70	2.3	70	78	3	171	41	17	8	32	1.80
5386986--5387146	46	3.5	46	80	9	161	22	28	21	27	1.99
5392747--5392883	64	2.1	64	84	0	184	29	28	26	16	1.96
5395082--5395122	20	2.0	20	85	9	55	39	7	0	53	1.29
5395898--5395934	18	2.1	18	89	0	56	37	8	13	40	1.74
5402574--5402613	15	2.5	17	84	12	57	35	2	0	62	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5403055--5403087	6	5.5	6	96	0	57	54	15	12	18	1.71
5403453--5403487	6	5.8	6	96	0	52	17	8	34	40	1.80
5404200--5404224	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
5404748--5404797	23	2.2	23	85	7	66	30	0	2	68	1.01
5408638--5408662	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
5410512--5410536	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
5411849--5411880	16	2.0	16	100	0	64	50	12	6	31	1.65
5412285--5412327	20	2.3	19	84	15	54	27	4	13	53	1.60
5412543--5412589	24	2.0	24	83	8	60	38	4	2	55	1.31
5412678--5412735	29	2.0	29	86	10	82	51	3	10	34	1.53
5412678--5412749	30	2.4	30	80	13	85	51	5	9	33	1.58
5416758--5416803	18	2.4	19	82	14	58	36	26	4	32	1.76
5416768--5416810	18	2.3	18	92	4	68	34	25	4	34	1.77
5418557--5418740	43	4.3	43	86	3	199	28	27	18	25	1.98
5418812--5418845	16	2.1	16	88	0	50	61	2	0	35	1.11
5419079--5419108	15	2.0	15	93	0	51	16	33	0	50	1.46
5420273--5420302	14	2.1	14	100	0	60	33	0	43	23	1.54
5423417--5423517	47	2.2	46	90	3	157	43	0	7	48	1.32
5424014--5424051	14	2.7	15	84	12	53	44	28	0	26	1.54
5424286--5424328	22	2.0	21	81	4	50	32	44	2	20	1.65
5424332--5424375	17	2.7	17	89	6	65	43	27	0	29	1.55
5423843--5424433	323	1.8	312	81	9	708	40	28	2	28	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5424729--5424887	73	2.2	73	89	0	237	28	24	21	25	1.99
5424787--5425340	113	4.9	113	93	1	910	27	26	20	26	1.99
5424800--5425340	227	2.4	228	93	1	906	27	26	19	26	1.99
5429070--5429111	21	2.0	21	95	0	75	38	14	16	30	1.89
5429281--5429339	31	1.9	30	83	10	75	55	0	1	42	1.09
5440699--5440762	33	1.9	33	100	0	128	35	12	3	48	1.57
5442614--5442653	18	2.1	20	86	9	57	67	0	0	32	0.91
5448138--5448200	20	3.2	20	76	0	72	31	12	22	33	1.91
5448138--5448247	40	2.8	40	85	0	148	34	15	20	29	1.94
5448154--5448227	20	3.7	20	74	0	67	36	10	20	32	1.87
5452333--5452404	35	2.1	35	97	0	135	44	12	8	34	1.72
5453963--5454136	43	4.0	43	76	10	167	24	15	25	34	1.95
5453970--5454130	86	1.9	85	81	11	195	24	16	25	34	1.95
5457904--5458011	53	2.0	53	81	0	126	40	14	21	23	1.90
5472447--5472480	14	2.3	15	90	5	52	67	0	17	14	1.23
5482357--5482444	26	3.5	26	62	12	65	35	19	2	43	1.64
5482335--5482441	50	2.1	50	98	0	205	38	15	1	43	1.58
5484298--5484439	57	2.5	57	80	6	162	28	18	20	33	1.96
5492963--5493094	59	2.4	53	80	15	126	25	17	24	32	1.97
5495998--5496051	22	2.5	21	77	14	56	18	29	33	18	1.95
5497093--5497151	30	2.0	30	93	0	100	25	3	11	59	1.48
5502993--5503094	30	3.4	31	69	16	81	48	6	24	20	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5502965--5503130	59	2.8	57	88	6	233	48	6	23	21	1.74
5503024--5503123	29	3.4	29	72	14	98	42	7	26	25	1.80
5502965--5503134	29	5.8	29	68	12	89	48	6	23	21	1.73
5510375--5510413	20	1.9	21	84	5	53	23	17	17	41	1.91
5513982--5514012	13	2.3	14	94	5	55	29	0	0	70	0.87
5524007--5524063	21	2.8	20	82	12	62	64	5	0	29	1.15
5524006--5524072	20	3.4	18	78	15	55	62	5	0	31	1.19
5524006--5524072	19	3.4	19	76	15	57	62	5	0	31	1.19
5524491--5524660	19	9.2	19	70	20	83	35	1	2	60	1.20
5524491--5524646	45	3.4	45	76	8	127	35	1	2	59	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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