genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9860524--9860728	91	2.3	90	83	5	236	28	21	19	30	1.98
9860801--9861214	223	1.9	222	89	2	652	27	28	17	26	1.98
9860925--9861214	44	6.5	43	73	12	160	27	30	17	24	1.97
9860784--9861247	223	2.1	217	82	7	599	26	29	17	26	1.97
9860969--9861530	178	3.2	177	88	2	795	27	26	18	28	1.98
9861370--9861664	134	2.2	134	89	0	455	26	25	18	30	1.98
9861198--9861772	312	1.8	312	88	0	882	26	26	17	29	1.98
9861602--9861704	44	2.3	44	81	1	116	27	27	18	27	1.98
9863050--9863103	10	5.5	11	73	22	57	16	0	5	77	0.94
9863060--9863124	7	8.9	7	82	12	51	15	0	7	76	0.99
9863050--9863110	18	3.3	18	86	8	86	16	0	6	77	0.98
9863075--9863117	7	6.3	7	86	5	61	16	0	9	74	1.06
9863669--9863720	19	2.7	19	77	20	54	13	3	0	82	0.80
9863674--9863739	7	10.3	6	83	3	51	10	6	1	81	0.92
9863665--9863733	21	3.5	20	76	11	70	11	4	2	81	0.95
9863689--9863727	7	5.4	7	96	3	69	12	2	0	84	0.72
9868967--9869018	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
9869254--9869288	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9869148--9869457	157	2.0	157	96	0	575	44	2	5	47	1.40
9869391--9869432	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
9869400--9869441	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
9869605--9869690	39	2.1	41	93	4	149	61	11	5	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9872836--9872871	15	2.3	16	90	4	56	66	8	5	19	1.38
9874927--9874981	24	2.3	24	82	14	78	76	3	3	16	1.07
9874910--9874977	6	11.2	6	76	9	66	76	5	2	14	1.09
9876267--9876292	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
9876643--9876681	20	2.0	20	84	0	51	17	46	17	17	1.85
9876870--9876928	30	2.0	30	86	0	82	15	20	33	30	1.93
9881349--9881377	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
9881415--9881471	15	3.6	15	77	11	60	36	19	3	40	1.69
9881501--9881541	21	2.0	21	90	0	64	53	4	0	41	1.22
9881501--9881550	21	2.5	20	80	6	57	52	8	0	40	1.31
9884226--9884291	22	3.2	22	62	16	59	34	4	4	56	1.40
9884226--9884316	40	2.3	40	96	3	168	35	4	4	56	1.39
9888840--9888871	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
9889030--9889092	25	2.5	24	80	10	63	53	1	7	36	1.40
9889083--9889229	3	49.3	3	69	5	75	57	3	8	29	1.45
9895733--9895933	101	2.0	101	84	2	260	33	14	23	28	1.94
9897394--9897529	26	5.2	26	96	0	227	33	6	24	35	1.81
9898701--9898730	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
9898968--9899042	26	2.8	26	81	4	78	33	21	13	32	1.92
9899146--9899258	27	4.2	27	85	3	129	18	23	22	35	1.96
9899144--9899258	54	2.1	54	85	3	151	18	23	22	35	1.95
9902347--9902455	43	2.5	43	77	5	112	27	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9903581--9903739	27	5.9	27	80	11	166	33	21	23	20	1.97
9903599--9903742	54	2.7	54	91	2	227	34	22	23	19	1.97
9905337--9905444	26	4.2	26	90	2	164	37	22	7	33	1.82
9909310--9909421	37	2.8	39	78	9	129	25	16	25	33	1.95
9909558--9909595	19	2.0	19	85	10	51	42	0	26	31	1.56
9920556--9920599	15	2.8	17	83	10	58	50	0	18	31	1.47
9929242--9929329	21	4.1	21	68	21	58	51	1	6	40	1.36
9930569--9930643	31	2.5	30	80	8	82	28	6	4	61	1.39
9930832--9930895	18	3.4	18	72	19	67	42	1	4	51	1.32
9930825--9930902	39	2.0	39	97	0	147	42	2	3	51	1.34
9932766--9932872	47	2.3	47	88	0	151	20	20	20	38	1.94
9933964--9934045	41	2.0	40	86	6	112	34	10	31	21	1.88
9936850--9936899	24	2.1	24	81	7	57	44	0	2	54	1.11
9946319--9946489	45	3.9	45	86	3	215	24	29	23	22	1.99
9949906--9950081	50	3.5	49	83	3	181	28	27	18	25	1.98
9949906--9950089	101	1.8	99	84	2	251	28	27	18	25	1.98
9956802--9956862	9	6.8	9	96	0	95	22	9	27	39	1.86
9958900--9958956	22	2.6	23	86	10	68	42	1	5	50	1.35
9958914--9958956	22	1.9	23	95	4	79	41	0	6	51	1.29
9959031--9959083	3	17.7	3	81	11	56	66	7	0	26	1.18
9960643--9960813	93	1.8	93	88	0	261	29	26	20	23	1.99
9960638--9960806	46	3.7	44	74	10	151	30	26	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9963478--9963557	15	5.4	15	78	12	85	11	17	12	58	1.62
9963469--9963548	30	2.7	30	81	11	92	12	17	13	56	1.68
9966838--9966863	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
9967936--9967961	13	2.0	13	100	0	52	15	0	38	46	1.46
9968826--9968857	16	2.0	16	100	0	64	56	12	6	25	1.59
9971927--9971984	30	1.9	30	89	0	89	17	17	27	37	1.92
9974550--9974582	14	2.4	14	90	5	50	27	12	0	60	1.32
9974885--9974918	10	3.6	9	88	11	50	52	2	2	41	1.31
9974871--9974934	20	3.1	19	73	13	56	46	1	7	43	1.42
9977974--9978078	47	2.2	47	91	0	174	25	15	13	45	1.82
9980719--9980759	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
9986702--9986747	7	6.4	7	87	12	67	2	56	0	41	1.11
9992692--9992759	34	2.0	34	97	0	127	26	27	8	36	1.86
9993120--9993163	21	2.2	20	83	4	52	59	0	6	34	1.24
9993135--9993172	20	1.9	20	88	0	58	63	2	7	26	1.35
9996109--9996152	18	2.4	18	92	0	70	38	15	13	31	1.87
9996260--9996370	51	2.1	53	86	5	154	39	21	21	17	1.92
9998672--9998755	35	2.5	35	90	3	127	29	9	26	34	1.88
9999471--9999504	17	2.0	17	88	0	50	76	23	0	0	0.79
9999464--9999503	6	6.7	6	94	0	53	77	20	2	0	0.88
10002839--10002953	33	3.5	32	80	6	124	28	25	14	31	1.95
10002963--10003043	33	2.5	33	87	4	110	29	22	7	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10004235--10004260	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
10007340--10007634	144	2.0	144	98	0	572	40	22	11	25	1.87
10011588--10011629	19	2.1	21	86	8	61	71	7	19	2	1.20
10016812--10016891	31	2.5	32	90	6	119	48	16	2	32	1.59
10023846--10023908	32	2.0	32	100	0	126	33	25	9	31	1.88
10026142--10026212	23	3.1	23	85	2	90	2	18	9	69	1.29
10032015--10032182	46	3.6	46	79	10	189	21	19	29	29	1.98
10032012--10032182	93	1.8	93	91	0	279	21	19	29	29	1.98
10032412--10032449	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
10039597--10039722	46	2.7	46	87	0	189	20	19	27	31	1.97
10039947--10039984	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
10044876--10044947	37	1.9	37	91	0	117	20	34	22	22	1.97
10045081--10045186	48	2.2	48	89	0	158	33	26	4	34	1.77
10050719--10050775	28	2.0	28	86	0	78	10	24	40	24	1.87
10051696--10051768	22	3.3	22	90	0	110	34	4	20	41	1.72
10051696--10051780	44	1.9	44	80	4	100	34	7	18	40	1.78
10057763--10057971	46	4.5	44	72	14	145	29	20	26	23	1.99
10063788--10064679	40	22.3	40	98	0	1707	27	27	20	25	1.99
10076700--10076769	22	3.2	22	75	0	68	37	8	20	34	1.83
10079510--10079559	21	2.6	19	84	9	57	24	4	12	60	1.49
10079510--10079559	18	2.5	20	81	15	59	24	4	12	60	1.49
10079948--10079991	22	2.0	22	90	0	70	36	9	20	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10082986--10083010	12	2.1	12	100	0	50	32	8	24	36	1.84
10084340--10084389	24	2.1	24	92	0	82	34	22	34	10	1.87
10086874--10086905	4	7.8	4	93	6	55	50	0	0	50	1.00
10088479--10088577	45	2.2	45	83	3	128	40	9	23	27	1.84
10088734--10088791	27	2.1	27	81	6	64	41	15	24	18	1.89
10098895--10098988	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
10098905--10098982	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
10103556--10103649	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
10103566--10103643	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
10109780--10109877	3	32.0	3	73	11	74	60	2	7	30	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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