genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74991717--74991755	20	2.0	20	100	0	78	41	12	20	25	1.88
74991720--74991763	20	2.2	20	87	0	61	45	11	18	25	1.82
74996321--74996494	46	3.8	46	77	10	183	20	20	29	28	1.98
74996315--74996486	93	1.8	93	88	0	263	20	20	30	28	1.98
74997890--74997936	20	2.3	20	89	7	69	34	10	19	36	1.86
74997986--74998082	26	3.8	26	91	1	135	26	21	21	29	1.99
74997986--74998082	51	1.9	51	85	4	133	26	21	21	29	1.99
75001702--75001772	29	2.5	29	86	6	92	30	25	12	30	1.93
75008815--75008885	29	2.5	29	88	6	101	30	26	12	29	1.93
75016205--75016251	20	2.3	20	89	7	69	34	10	19	36	1.86
75016301--75016450	26	5.8	26	90	4	225	28	20	22	29	1.98
75016301--75016450	53	2.9	52	89	4	225	28	20	22	29	1.98
75017186--75017655	235	2.0	235	94	1	818	22	21	23	32	1.98
75021324--75021445	61	2.0	61	96	0	226	28	10	34	26	1.90
75024605--75024652	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
75024688--75024734	20	2.3	20	89	7	69	34	10	19	36	1.86
75024786--75024933	26	5.7	26	90	4	221	27	20	22	29	1.98
75030782--75030947	46	3.6	44	72	15	131	28	28	21	21	1.98
75030782--75030951	93	1.8	93	88	0	259	28	28	21	21	1.98
75030782--75030967	46	4.0	44	69	16	101	29	29	20	21	1.98
75032454--75032645	27	7.1	27	82	8	180	40	20	9	29	1.85
75032454--75032645	54	3.6	53	80	8	217	40	20	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75032455--75032618	81	2.0	81	83	4	206	39	21	9	28	1.85
75034235--75034261	13	2.1	13	100	0	54	37	7	0	55	1.28
75036817--75036915	27	3.7	27	85	5	137	44	23	4	28	1.71
75036817--75036930	54	2.1	54	83	3	149	43	20	6	29	1.76
75036817--75036930	27	4.2	27	83	4	133	43	20	6	29	1.76
75036896--75036967	27	2.7	27	80	0	90	40	15	12	31	1.84
75042039--75042190	42	3.7	41	75	8	137	30	17	23	28	1.97
75043737--75043848	51	2.2	52	96	3	208	30	18	10	40	1.85
75044173--75044280	33	3.3	33	88	0	153	28	24	21	25	1.99
75044244--75044303	28	2.2	27	78	3	66	28	21	26	23	1.99
75044664--75044716	27	2.0	27	88	0	79	26	24	18	30	1.98
75044771--75044823	27	2.0	27	81	7	63	39	15	13	32	1.85
75044781--75044862	29	2.9	28	82	8	87	36	9	14	39	1.79
75044789--75044942	27	5.6	28	80	5	111	31	8	17	42	1.79
75044816--75045077	27	9.6	27	76	6	158	30	8	19	42	1.80
75044761--75045055	54	5.4	54	74	5	211	32	8	18	40	1.82
75044789--75044993	81	2.5	81	77	6	191	32	7	17	42	1.77
75045008--75045093	27	3.2	27	88	0	82	31	11	19	37	1.88
75045091--75045165	27	2.8	27	85	0	105	33	24	14	28	1.94
75047178--75047287	33	3.3	33	87	0	157	30	26	20	22	1.99
75047230--75047300	33	2.3	30	84	13	92	26	28	22	22	1.99
75047671--75047770	27	3.7	26	73	6	83	24	20	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75047777--75047829	27	2.0	27	84	0	70	35	16	15	32	1.90
75047792--75048002	54	3.9	54	78	4	210	31	8	18	42	1.79
75047792--75048002	27	7.8	27	79	3	145	31	8	18	42	1.79
75047876--75048032	53	2.9	53	80	2	154	29	7	21	42	1.80
75047877--75048027	27	5.6	27	83	3	110	28	6	21	43	1.77
75048069--75048144	27	2.8	27	79	0	89	32	22	13	31	1.92
75050159--75050266	33	3.3	33	86	0	144	29	26	19	24	1.98
75050197--75050276	33	2.7	28	75	18	81	26	26	23	23	2.00
75050650--75050750	27	3.8	26	75	6	94	23	20	19	35	1.96
75050766--75051058	27	10.9	27	77	7	175	31	9	19	39	1.83
75050772--75051058	54	5.3	53	78	3	229	31	8	19	40	1.82
75051048--75051120	27	2.7	27	84	0	101	31	23	15	30	1.95
75055552--75055634	26	3.2	26	92	0	139	36	22	8	32	1.85
75062396--75062444	12	4.1	11	82	15	53	20	4	2	73	1.10
75066495--75066716	113	2.0	113	100	0	444	29	12	27	31	1.93
75066654--75066818	40	4.1	40	91	0	258	29	20	27	23	1.98
75077029--75077089	29	2.1	28	90	3	95	29	29	11	29	1.92
75077187--75077394	104	2.0	104	99	0	407	26	14	23	35	1.94
75079018--75079082	28	2.3	28	89	0	94	33	27	7	30	1.85
75079188--75079277	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
75079198--75079288	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
75079188--75079302	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75083645--75083826	40	4.6	40	79	6	183	26	28	19	24	1.99
75090930--75091061	40	3.3	40	85	3	178	28	28	18	24	1.98
75096515--75096544	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
75096962--75097051	27	3.2	28	78	7	103	18	24	23	33	1.97
75096972--75097062	27	3.2	28	79	4	85	20	26	19	32	1.97
75098103--75098139	16	2.3	16	90	0	56	5	18	21	54	1.64
75102276--75102351	29	2.7	29	81	6	84	25	31	14	28	1.95
75102303--75102366	29	2.2	28	78	8	65	29	29	10	29	1.91
75114950--75115001	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
75115049--75115088	21	1.9	21	84	0	53	35	15	10	40	1.80
75119379--75119439	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
75127340--75127411	36	2.0	36	91	0	117	20	30	19	29	1.97
75134739--75134843	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
75140466--75140737	48	5.7	46	87	4	285	23	30	18	27	1.97
75140466--75140740	96	2.9	95	86	2	345	23	30	18	27	1.98
75142087--75142166	27	3.0	27	88	0	124	41	17	15	26	1.88
75148120--75148144	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
75157359--75157564	46	4.4	47	79	8	194	27	19	29	24	1.98
75157404--75157621	46	4.7	45	78	11	176	26	19	28	25	1.98
75157405--75157665	46	5.5	48	76	14	147	27	17	29	25	1.98
75158919--75158958	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
75165270--75165333	32	2.0	32	100	0	128	37	15	3	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75167271--75167302	7	4.7	7	96	3	57	75	0	9	15	1.05
75173580--75173804	40	5.6	40	82	2	263	22	27	24	25	2.00
75177122--75177198	29	2.7	28	82	7	102	22	14	35	28	1.93
75187113--75187198	27	3.2	27	93	1	147	30	22	15	32	1.94
75189479--75189535	27	2.1	27	86	0	78	50	12	8	28	1.69
75191571--75191748	51	3.5	51	87	4	236	28	14	29	28	1.95
75208817--75208860	18	2.4	18	96	0	79	34	6	18	40	1.77
75209412--75209437	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
75210641--75210707	25	2.7	25	95	0	116	22	20	26	29	1.99
75210752--75210802	11	4.8	11	92	7	88	29	17	17	35	1.93
75210752--75210801	21	2.4	21	100	0	100	30	18	18	34	1.94
75212966--75213158	49	3.9	49	81	2	215	30	25	18	26	1.98
75212980--75213157	50	3.6	49	81	4	187	30	25	17	25	1.97
75219025--75219202	27	6.6	27	81	3	187	29	26	15	28	1.96
75219045--75219201	82	1.9	81	88	3	235	29	26	15	28	1.96
75224346--75224415	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
75224460--75224498	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
75224460--75224499	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
75227620--75227663	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
75228999--75229076	40	1.9	41	89	2	122	25	16	24	33	1.96
75230178--75230216	21	1.9	20	85	15	53	17	35	25	20	1.95
75235472--75235694	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75235472--75235694	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
75242696--75242878	28	6.3	29	74	6	149	32	36	14	16	1.89
75242717--75242878	28	5.7	28	76	5	155	32	35	15	16	1.90
75242696--75242878	57	3.2	57	92	1	285	32	36	14	16	1.89
75243575--75243620	22	2.1	22	100	0	92	26	32	13	28	1.93
75245146--75245303	39	4.1	39	86	3	228	26	29	22	20	1.99
75260094--75260189	28	3.4	28	78	8	113	27	14	28	30	1.95
75263171--75263406	118	2.0	118	95	0	427	33	12	34	19	1.89
75264728--75264779	27	1.9	27	84	0	68	21	19	19	40	1.92
75277182--75277543	40	9.1	40	94	0	625	27	27	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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