genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81225078--81225132	6	9.0	6	96	4	101	49	16	16	18	1.81
81231307--81231382	38	2.0	38	89	5	118	40	9	19	30	1.83
81236951--81237010	33	1.9	30	86	10	84	28	10	5	56	1.53
81248792--81248958	46	3.6	47	82	4	205	28	19	29	22	1.98
81248792--81249056	46	5.7	45	76	13	177	24	18	30	26	1.98
81251106--81251141	13	2.8	13	100	0	72	27	25	16	30	1.97
81252451--81252532	22	3.7	22	79	6	94	34	12	31	21	1.91
81252431--81252554	44	2.8	44	85	2	142	35	15	28	20	1.93
81252475--81252555	22	3.7	22	81	6	92	35	18	27	18	1.94
81257549--81257705	43	3.6	44	76	12	173	26	19	23	31	1.98
81257871--81257916	23	2.0	23	83	8	58	54	4	8	32	1.51
81262273--81262476	43	4.7	43	83	1	194	39	18	18	24	1.92
81262269--81262476	86	2.4	86	82	3	222	39	18	18	24	1.92
81262342--81262581	43	5.6	43	75	2	167	38	20	15	25	1.92
81262378--81262581	86	2.4	86	77	3	205	38	19	15	25	1.92
81264363--81264401	15	2.3	18	87	12	57	20	28	0	51	1.48
81266373--81266411	18	2.2	18	100	0	78	35	15	10	38	1.81
81266573--81266604	15	2.1	16	88	11	50	62	6	12	18	1.50
81267540--81267615	11	6.4	11	77	14	53	73	3	9	13	1.21
81267550--81267584	12	3.0	12	91	4	54	77	0	11	11	1.00
81269217--81269246	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
81270872--81271134	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81279154--81279496	40	8.6	40	88	3	424	26	27	20	25	1.99
81279428--81279505	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
81281865--81281936	36	2.0	36	89	8	103	33	15	13	36	1.87
81286990--81287257	48	5.6	48	82	4	303	26	22	27	23	1.99
81287038--81287209	94	1.8	94	92	0	290	25	21	27	25	1.99
81286984--81287257	142	1.9	141	87	5	401	25	22	28	24	1.99
81291340--81291384	21	2.1	21	87	0	63	31	26	17	24	1.97
81303216--81303275	24	2.5	24	94	5	104	15	11	5	68	1.36
81304523--81304576	10	5.2	10	80	13	56	46	0	3	50	1.19
81307831--81307904	37	2.0	37	97	0	139	28	16	22	32	1.96
81308007--81308075	23	3.0	23	80	0	75	27	11	26	34	1.91
81308560--81308648	29	3.1	29	70	6	74	23	29	29	17	1.97
81311157--81311200	23	1.9	23	95	0	79	75	4	0	20	0.98
81311138--81311206	28	2.4	29	81	11	72	75	2	0	21	0.93
81312635--81312809	44	4.1	44	70	10	119	28	18	17	35	1.94
81312687--81312867	40	4.3	41	70	11	138	25	17	20	35	1.95
81312622--81312938	127	2.5	127	91	0	517	26	21	18	33	1.96
81312714--81312945	44	5.4	43	70	8	141	26	19	20	33	1.97
81313021--81313376	44	7.6	44	68	15	167	27	22	20	29	1.98
81312873--81313378	143	3.5	143	89	0	737	27	22	19	29	1.98
81313352--81313447	45	2.2	44	88	1	138	32	26	12	29	1.93
81319312--81319359	20	2.4	20	100	0	96	25	33	33	8	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81320134--81320275	73	1.9	74	88	1	214	22	19	13	44	1.85
81320377--81320407	14	2.2	14	94	0	53	19	16	32	32	1.94
81329297--81329325	14	2.1	14	100	0	58	24	20	20	34	1.97
81330697--81330739	3	14.3	3	90	9	70	67	0	0	32	0.91
81330688--81330830	12	13.0	11	72	16	59	62	1	3	32	1.20
81330916--81331038	3	41.7	3	75	9	110	62	2	6	28	1.33
81330907--81330987	26	3.2	26	70	25	75	69	2	3	24	1.17
81330904--81330987	41	2.1	40	86	6	116	69	2	3	25	1.17
81330921--81331066	15	9.6	15	74	13	102	60	2	6	30	1.35
81332180--81332212	13	2.6	13	90	4	50	0	0	42	57	0.98
81337826--81337905	30	2.7	30	75	9	83	23	16	22	37	1.93
81342096--81342147	26	2.0	26	100	0	104	61	3	7	26	1.41
81344264--81344611	109	3.2	108	83	7	411	26	18	20	35	1.95
81347700--81347819	39	3.1	39	93	0	195	24	28	20	27	1.99
81349101--81349142	22	1.9	23	90	9	70	35	23	2	38	1.68
81355018--81355138	39	3.1	39	91	1	181	24	26	19	28	1.99
81356416--81356456	21	2.0	21	90	9	66	34	24	2	39	1.69
81373270--81373454	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
81373251--81373454	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
81375726--81375793	5	12.6	5	80	9	55	57	0	22	20	1.41
81375726--81375794	11	6.3	11	76	14	54	57	0	21	20	1.40
81375726--81375794	22	3.1	21	77	8	66	57	0	21	20	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81375983--81376024	16	2.7	16	78	14	52	64	2	4	28	1.26
81376126--81376247	5	22.4	5	68	18	50	53	0	15	31	1.43
81376151--81376226	28	2.7	28	87	0	98	53	0	13	32	1.39
81376274--81376326	20	2.8	17	76	20	52	62	0	13	24	1.31
81378722--81378788	31	2.2	31	91	0	107	26	5	4	62	1.38
81379832--81379928	47	2.0	48	80	5	108	22	21	17	38	1.93
81380488--81380532	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
81384758--81384799	20	2.1	20	100	0	84	47	9	9	33	1.68
81395474--81395499	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
81400682--81400808	51	2.5	51	90	0	200	43	13	5	37	1.67
81400769--81401081	39	8.0	39	99	0	608	43	13	5	38	1.66
81401997--81402190	96	2.0	96	84	4	248	15	32	15	36	1.89
81402548--81402637	46	2.0	46	97	0	171	25	35	14	24	1.93
81403816--81404206	51	7.7	51	97	0	701	41	13	5	38	1.69
81413955--81414014	30	2.0	30	86	0	84	38	13	20	28	1.90
81417471--81417509	19	2.1	19	90	0	60	25	7	23	43	1.80
81420065--81420247	40	4.6	39	82	9	210	24	21	28	26	1.99
81420116--81420280	79	2.1	79	84	6	210	25	20	27	26	1.99
81422754--81422811	30	1.9	30	82	0	71	32	10	25	31	1.89
81423202--81423373	50	3.6	47	75	16	149	26	18	30	25	1.97
81423151--81423374	94	2.4	93	81	4	252	27	19	29	24	1.98
81424348--81424387	21	2.0	21	85	5	55	10	32	27	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81430107--81430165	30	2.0	30	86	0	82	30	13	27	28	1.94
81430273--81430300	9	3.1	9	100	0	56	46	21	10	21	1.81
81440452--81440714	47	5.5	49	72	11	190	23	30	20	26	1.98
81443283--81443501	47	4.7	47	80	9	204	27	19	29	23	1.98
81447271--81447314	18	2.4	18	80	3	52	13	4	29	52	1.60
81447514--81447539	12	2.2	12	100	0	52	23	26	15	34	1.94
81449133--81449159	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
81456330--81456511	27	6.7	27	78	2	143	34	12	23	29	1.92
81456323--81456484	54	3.0	54	82	2	200	33	12	25	28	1.92
81456331--81456485	81	1.9	81	85	0	211	33	11	25	29	1.91
81456341--81456511	81	2.1	81	80	2	182	36	12	22	27	1.91
81456925--81457089	54	3.1	52	79	6	168	44	12	18	25	1.84
81456925--81457089	27	6.1	27	74	2	116	44	12	18	25	1.84
81462085--81462111	14	1.9	14	100	0	54	40	22	14	22	1.90
81472137--81472314	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81472138--81472293	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81472134--81472314	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81478938--81479009	35	2.1	35	100	0	144	50	11	33	5	1.61
81479441--81479465	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
81481055--81481448	47	8.4	47	90	0	565	33	10	30	26	1.89
81481567--81481646	37	2.2	37	84	4	99	26	17	28	27	1.98
81485018--81485195	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81485015--81485195	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
81487866--81487900	12	2.9	12	86	0	52	28	22	11	37	1.89
81488347--81488418	27	2.7	26	76	16	76	44	0	1	54	1.08
81488357--81488450	39	2.4	40	82	8	115	45	2	1	51	1.20
81489927--81489966	21	1.9	21	85	10	55	22	5	40	32	1.76
81490104--81490137	13	2.6	13	90	0	50	55	20	0	23	1.43
81504166--81504258	46	2.0	46	100	0	186	43	10	21	24	1.84
81506057--81506111	15	3.7	15	82	0	74	43	30	7	18	1.77
81507136--81507356	43	5.1	43	82	0	226	30	26	15	27	1.96
81507136--81507393	86	3.0	84	76	5	239	29	25	17	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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