genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70874588--70874614	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
70874715--70874758	13	3.6	13	76	17	58	50	13	0	36	1.42
70874716--70874767	23	2.3	23	96	0	95	50	13	0	36	1.42
70879747--70879850	42	2.5	42	75	0	100	45	20	21	13	1.85
70879819--70879868	21	2.4	21	80	6	57	52	16	12	20	1.75
70905264--70905370	52	2.1	52	96	0	196	56	13	0	30	1.38
70915401--70915437	19	1.9	19	100	0	74	43	27	18	10	1.83
70916556--70916656	39	2.6	39	88	0	148	37	22	25	13	1.92
70916669--70916716	20	2.3	20	85	3	60	45	18	14	20	1.85
70921075--70921156	36	2.3	36	82	4	94	43	19	6	30	1.75
70921152--70921189	17	2.2	18	85	4	51	50	15	7	26	1.72
70922993--70923059	32	2.1	31	83	8	82	37	7	0	55	1.28
70933554--70933592	19	2.1	19	90	0	60	7	7	0	84	0.77
70933559--70933593	15	2.4	14	86	9	52	2	8	0	88	0.61
70934607--70934655	5	9.4	5	83	16	64	79	4	0	16	0.88
70936248--70936276	13	2.1	14	93	6	51	72	0	3	24	1.00
70939370--70939457	40	2.3	38	84	7	122	35	36	11	17	1.85
70939380--70939457	40	2.0	40	92	0	129	34	35	11	17	1.86
70942496--70942546	18	2.8	18	82	5	68	76	7	1	13	1.09
70942749--70942807	29	2.1	29	93	3	102	35	5	16	42	1.71
70946431--70946499	34	2.0	34	100	0	138	23	11	13	52	1.72
70946971--70947025	26	2.1	26	86	10	76	58	0	7	34	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70946982--70947020	18	2.2	18	86	4	53	64	0	7	28	1.21
70947087--70947134	18	2.6	19	83	6	62	62	0	2	35	1.07
70947253--70947365	56	1.9	56	82	12	138	36	6	4	53	1.46
70947295--70947396	27	3.7	26	72	13	71	40	5	0	52	1.32
70950618--70950921	56	5.4	56	92	0	502	33	23	13	28	1.93
70950618--70950921	111	2.7	112	93	0	520	33	23	13	28	1.93
70951753--70951786	16	2.1	17	88	5	52	8	11	0	79	0.94
70952762--70952790	5	5.8	5	100	0	58	82	17	0	0	0.66
70961994--70962097	42	2.4	43	85	7	133	29	24	19	26	1.98
70963887--70963935	25	2.0	25	87	0	71	34	0	20	44	1.52
70969819--70969856	20	1.9	20	84	10	51	39	7	0	52	1.31
70970285--70970342	30	1.9	30	86	6	82	36	13	10	39	1.79
70978239--70978304	25	2.6	25	87	0	96	19	12	9	59	1.59
70979090--70979140	18	2.9	18	82	8	52	25	1	21	50	1.59
70979431--70979482	15	3.4	15	76	5	50	44	0	3	51	1.19
70980805--70980890	39	2.2	40	85	4	111	41	2	5	50	1.39
70982787--70982911	63	2.0	63	100	0	250	38	8	16	37	1.78
70983268--70983450	92	2.0	92	93	0	312	32	18	10	38	1.85
70988391--70988431	16	2.3	18	80	12	50	43	21	7	26	1.79
70992370--70992402	2	16.5	2	93	0	57	0	48	3	48	1.17
70993928--70993974	17	2.8	16	87	12	67	31	0	0	68	0.90
71000289--71000321	16	1.9	18	88	11	52	57	0	9	33	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71012699--71012844	67	2.3	63	87	4	202	28	10	13	47	1.76
71016030--71016205	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
71016027--71016197	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
71018498--71018537	18	2.1	18	86	9	53	40	17	0	42	1.49
71022276--71022340	22	3.0	22	79	4	78	41	13	23	21	1.89
71023807--71023999	69	2.8	69	87	4	264	36	21	14	26	1.92
71023807--71023998	103	1.9	104	88	1	296	36	21	14	27	1.93
71023807--71024000	34	5.6	34	90	1	262	36	21	14	27	1.92
71023842--71024019	34	5.2	34	88	4	151	34	21	15	28	1.94
71027617--71027651	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
71027614--71027652	16	2.4	17	83	12	55	51	0	0	48	1.00
71035251--71035488	34	6.7	35	69	15	109	32	21	23	22	1.98
71035250--71035531	143	2.0	144	82	8	344	32	21	22	23	1.98
71038793--71038844	26	2.0	25	85	14	70	38	3	26	30	1.74
71048748--71048845	23	4.3	23	89	2	153	31	25	21	21	1.98
71048755--71048843	45	2.0	45	93	0	151	31	25	22	20	1.98
71050656--71050714	5	11.8	5	100	0	118	59	0	0	40	0.97
71050832--71050884	15	3.4	15	84	5	70	54	0	0	45	0.99
71050838--71050882	5	8.8	5	86	13	65	60	0	0	40	0.97
71050832--71050915	23	3.6	24	79	16	81	53	2	1	42	1.21
71051100--71051152	15	3.4	15	84	5	70	54	0	0	45	0.99
71051106--71051150	5	8.8	5	86	13	65	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71050692--71051227	268	2.0	268	99	0	1054	41	8	4	44	1.56
71051100--71051183	23	3.6	24	79	16	81	53	2	1	42	1.21
71053278--71053385	26	4.2	26	91	0	180	33	6	24	36	1.81
71055007--71055111	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
71057494--71057528	17	2.1	17	100	0	70	34	0	22	42	1.54
71063932--71063991	18	3.4	18	80	15	65	61	0	3	35	1.12
71065315--71065572	129	2.0	129	100	0	516	24	24	13	37	1.92
71065853--71065900	18	2.5	20	80	19	57	31	2	0	66	1.03
71066683--71066761	39	2.0	39	92	0	131	37	27	6	27	1.81
71067670--71067700	15	2.1	15	94	5	55	48	0	19	32	1.49
71067651--71067715	13	4.9	13	75	17	62	38	6	15	40	1.72
71069714--71069792	40	2.0	40	89	0	122	15	15	32	36	1.88
71076991--71077066	40	1.9	40	94	0	134	13	11	36	38	1.81
71085087--71085226	27	5.2	28	88	5	166	35	20	25	19	1.96
71085087--71085226	54	2.6	54	88	2	183	35	20	25	19	1.96
71089117--71089256	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
71090876--71090933	26	2.2	26	90	6	91	36	24	3	36	1.72
71092276--71092482	46	4.5	46	76	8	172	25	28	18	28	1.98
71092215--71092492	94	3.0	92	72	15	255	25	27	19	28	1.98
71107053--71107148	49	2.0	49	93	0	165	12	16	23	46	1.81
71109256--71109536	48	5.9	48	74	12	215	25	29	16	28	1.96
71109260--71109576	46	6.8	46	72	17	194	24	29	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71109261--71109574	94	3.3	94	73	13	265	25	28	16	28	1.97
71118948--71118994	19	2.5	19	96	0	85	31	6	21	40	1.78
71119253--71119277	10	2.5	10	100	0	50	48	20	0	32	1.50
71119623--71119654	11	2.8	11	95	4	55	43	21	0	34	1.53
71121979--71122092	37	3.1	37	87	0	147	42	28	11	18	1.85
71127085--71127130	21	2.2	21	88	7	67	17	39	23	19	1.92
71127950--71127980	5	6.2	5	100	0	62	58	22	0	19	1.40
71139470--71139589	57	2.1	57	92	0	195	43	12	7	36	1.71
71142589--71142674	43	2.0	43	88	0	127	20	24	17	37	1.94
71142889--71142980	38	2.4	39	85	5	114	35	21	20	21	1.96
71142993--71143171	90	2.0	92	97	2	344	37	20	16	25	1.93
71143125--71143266	40	3.6	39	77	11	121	29	19	19	31	1.96
71143421--71143573	22	7.1	21	70	11	69	21	1	30	47	1.59
71143482--71143573	15	6.4	15	83	7	120	19	0	34	45	1.51
71143477--71143573	22	4.5	21	78	6	97	20	0	32	46	1.51
71143482--71143558	29	2.7	29	97	0	145	18	0	35	46	1.49
71143477--71143622	29	5.1	29	80	6	118	21	0	34	43	1.53
71143531--71143683	50	3.0	50	76	9	132	21	0	37	41	1.54
71143477--71143696	7	30.7	7	73	6	91	21	0	35	43	1.53
71144339--71144389	14	3.8	13	75	17	50	60	1	0	37	1.08
71146627--71146655	14	2.1	14	100	0	58	62	0	0	37	0.96
71148337--71148562	75	3.0	75	97	0	416	23	23	7	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71148871--71149018	76	2.0	74	85	5	199	31	19	24	24	1.98
71155902--71155944	19	2.3	19	87	0	59	20	0	2	76	0.89
71157425--71157464	18	2.2	18	86	8	55	37	0	5	57	1.21
71162911--71163018	26	4.2	26	91	2	173	37	25	4	32	1.77
71164181--71164271	45	2.0	45	91	0	146	26	14	24	35	1.93
71167338--71167374	19	1.9	19	89	10	58	32	5	21	40	1.76
71169963--71170084	40	3.0	40	80	4	147	22	22	27	27	1.99
71170327--71170368	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
71172171--71172238	35	1.9	35	90	0	109	23	29	25	22	1.99
71176594--71176642	20	2.3	20	79	6	53	55	0	6	38	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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