genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23649208--23649267	22	2.6	24	81	7	70	31	3	1	63	1.20
23660986--23661149	44	3.7	44	81	1	177	29	18	23	28	1.98
23660991--23661341	44	7.8	44	70	10	127	31	17	22	28	1.97
23661683--23661724	21	2.0	21	86	9	59	38	28	9	23	1.86
23661896--23661924	13	2.1	14	93	6	51	55	20	20	3	1.58
23663297--23663348	23	2.3	21	81	12	59	28	3	5	61	1.37
23663446--23663511	22	2.8	23	84	9	89	28	1	1	68	1.08
23668167--23668233	20	3.5	19	69	17	57	31	4	2	61	1.31
23668151--23668228	38	2.0	39	92	2	131	32	3	2	61	1.27
23669187--23669211	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
23672002--23672104	42	2.5	40	77	10	100	27	21	25	26	1.99
23680276--23680445	41	4.2	40	73	18	152	22	22	27	27	1.99
23687583--23687754	42	4.1	42	80	8	174	36	24	19	19	1.95
23689631--23689670	20	2.0	20	100	0	80	20	25	5	50	1.68
23691929--23691973	22	2.0	22	100	0	90	42	17	26	13	1.86
23698234--23698494	46	5.6	47	77	12	211	24	26	19	29	1.98
23703159--23703281	47	2.6	47	83	2	140	31	9	32	26	1.89
23703404--23703482	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
23707916--23707967	20	2.6	20	84	0	77	26	26	28	17	1.97
23710033--23710176	46	3.1	46	73	14	143	29	27	20	22	1.98
23715439--23715659	46	4.8	46	81	5	257	27	29	21	22	1.99
23715439--23715664	93	2.4	93	85	3	287	26	29	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23716961--23717036	38	2.0	38	92	0	125	32	13	25	28	1.93
23719674--23719843	45	3.9	44	74	13	147	24	17	27	31	1.97
23724967--23725151	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
23724967--23725151	40	4.7	40	80	7	216	25	27	22	24	2.00
23728334--23728394	7	8.7	7	81	13	63	19	0	40	39	1.52
23728343--23728394	21	2.5	21	90	0	86	19	0	40	40	1.51
23728575--23728884	123	2.5	122	87	4	430	35	14	23	25	1.93
23728602--23728965	123	3.0	124	83	3	353	34	14	25	25	1.94
23730228--23730269	5	8.4	5	100	0	84	40	19	0	40	1.51
23730567--23730615	15	3.1	17	80	14	59	10	24	16	48	1.76
23731376--23731432	28	2.1	27	80	9	62	33	8	1	56	1.41
23731659--23732021	105	3.4	105	91	2	566	33	6	4	55	1.45
23732299--23732417	9	13.0	9	75	13	91	48	14	0	36	1.49
23732279--23732386	56	1.9	56	88	0	162	50	13	0	35	1.49
23737062--23737593	266	2.0	266	100	0	1064	34	13	18	32	1.90
23737764--23737792	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
23737794--23738268	238	2.0	238	100	0	950	28	10	21	40	1.85
23738814--23738945	43	3.0	42	83	3	156	26	25	16	31	1.97
23739389--23739446	28	2.1	28	100	0	116	20	18	17	43	1.89
23743214--23743386	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
23743211--23743381	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
23750793--23750968	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23750790--23750961	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
23755649--23755701	25	2.1	25	85	0	70	28	11	15	45	1.80
23757736--23757911	40	4.4	40	88	0	244	21	19	28	30	1.98
23770615--23770837	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
23770615--23770837	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
23770615--23770870	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
23772180--23772497	126	2.5	126	91	1	514	27	16	16	38	1.90
23772358--23772838	240	2.0	237	93	2	829	35	16	11	36	1.85
23772912--23772953	22	1.9	22	100	0	84	42	14	0	42	1.45
23772934--23773008	34	2.2	35	85	2	98	46	13	0	40	1.43
23773059--23773137	35	2.3	34	82	2	86	44	25	2	27	1.67
23779246--23779563	126	2.5	126	91	1	514	27	16	16	38	1.90
23779424--23779904	240	2.0	237	93	2	829	35	16	11	36	1.85
23779978--23780019	22	1.9	22	100	0	84	42	14	0	42	1.45
23780000--23780074	34	2.2	35	85	2	98	46	13	0	40	1.43
23780125--23780203	35	2.3	34	82	2	86	44	25	2	27	1.67
23785980--23786041	30	2.1	30	82	17	76	29	16	8	46	1.75
23786202--23786272	25	2.8	25	82	0	88	32	16	23	26	1.96
23786214--23786306	25	3.7	26	76	13	79	32	20	23	23	1.98
23789873--23789999	42	3.0	42	79	6	141	43	18	22	15	1.88
23789868--23789936	21	3.3	21	75	0	57	40	20	24	14	1.90
23789912--23790047	63	2.2	63	81	5	150	42	16	22	18	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23790102--23790168	24	2.8	24	90	0	107	20	29	7	41	1.80
23799582--23799628	25	1.9	25	86	4	69	25	23	14	36	1.93
23800471--23800511	18	2.3	18	86	0	55	14	39	26	19	1.90
23810117--23810164	20	2.4	21	82	10	64	29	0	27	43	1.55
23810349--23810410	5	12.4	5	100	0	124	40	0	0	59	0.97
23824793--23824840	25	1.9	25	91	0	78	37	20	12	29	1.90
23837637--23837673	15	2.4	15	90	4	56	27	0	24	48	1.51
23839305--23839343	19	2.0	20	85	5	53	33	0	20	46	1.51
23848350--23848464	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
23848350--23848464	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
23850074--23850181	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
23855375--23855458	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
23858383--23858495	40	2.8	39	90	4	165	23	24	30	22	1.99
23858866--23858925	30	2.0	30	96	0	111	33	10	18	38	1.84
23865095--23865119	13	1.9	13	100	0	50	16	40	28	16	1.89
23868126--23868158	14	2.5	13	90	9	57	72	0	9	18	1.10
23869542--23869609	27	2.5	27	95	0	127	14	14	26	44	1.84
23877454--23877492	10	3.7	10	80	12	51	58	2	0	38	1.12
23878783--23878814	15	2.1	15	94	0	55	21	0	0	78	0.76
23880436--23880467	13	2.4	14	94	5	57	75	0	0	25	0.81
23883621--23883647	8	3.4	8	100	0	54	40	0	0	59	0.98
23885508--23887489	990	2.0	990	99	0	3955	34	20	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23888763--23888806	19	2.2	21	84	8	56	45	6	11	36	1.67
23890432--23890477	10	4.5	10	78	5	56	43	2	0	54	1.12
23891921--23891971	18	2.7	19	81	9	59	54	5	1	37	1.36
23891930--23891976	18	2.6	18	86	6	60	51	4	2	42	1.33
23895647--23895689	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
23900460--23900499	19	2.0	20	85	4	55	77	2	12	7	1.07
23901303--23901331	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
23902500--23902542	21	2.1	21	87	8	63	16	4	23	55	1.59
23907259--23907295	19	1.9	20	88	5	58	48	8	10	32	1.67
23914714--23914891	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23914735--23914890	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23922781--23922958	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23922802--23922957	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23926655--23926701	22	2.1	22	96	0	85	25	19	8	46	1.77
23930506--23930547	21	2.0	22	85	4	59	69	2	2	26	1.13
23938335--23938368	18	1.9	17	88	5	50	79	0	14	5	0.91
23938411--23938450	19	2.1	19	86	9	55	75	0	2	22	0.93
23938409--23938480	25	2.9	25	83	8	67	68	0	4	27	1.08
23938407--23938456	6	7.8	6	84	8	55	74	0	2	24	0.93
23938443--23938491	3	16.0	3	87	4	71	63	0	4	32	1.13
23946445--23946556	46	2.4	46	82	7	120	29	19	28	22	1.98
23966210--23966389	96	1.9	96	86	4	256	23	31	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23966165--23966399	48	4.9	48	78	2	222	25	30	17	26	1.97
23968414--23968462	23	2.1	23	81	7	55	30	24	10	34	1.89
23973109--23973166	30	2.0	29	83	10	73	55	31	1	12	1.47
23973801--23974026	48	4.7	48	78	4	222	22	29	19	28	1.98
23978410--23978475	31	2.1	31	85	0	87	37	15	6	40	1.72
23999851--23999888	20	1.9	20	89	10	60	47	15	21	15	1.82
24006594--24006627	13	2.4	14	90	9	52	67	0	2	29	1.05
24007470--24007533	4	16.2	4	72	15	53	23	4	1	70	1.15
24007614--24007647	11	3.0	11	83	8	50	17	2	0	79	0.86
24007865--24007906	17	2.5	17	92	0	66	42	2	7	47	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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